genome.fa.s3440.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  886014

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 340 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444--2519	37	2.1	37	94	0	134	51	6	11	30	1.64
8206--8313	37	3.0	35	78	16	105	52	0	2	43	1.22
11392--11464	14	5.1	14	76	5	65	30	21	21	26	1.99
18873--19031	82	1.9	82	93	0	273	38	13	18	28	1.89
23853--23912	20	2.9	22	75	12	54	55	6	1	36	1.36
23853--23913	21	2.9	21	75	22	56	54	6	1	37	1.37
23879--23917	20	2.1	19	85	9	53	56	5	0	38	1.22
30003--30031	12	2.5	12	94	5	51	13	31	6	48	1.69
37859--37963	21	5.0	21	73	0	84	42	19	21	16	1.88
37853--37988	42	3.2	41	85	2	164	44	16	21	17	1.87
42076--42219	46	3.2	46	93	2	247	29	21	16	31	1.95
46276--46394	49	2.5	47	84	5	141	31	26	15	27	1.95
47317--47433	46	2.6	44	89	4	173	26	24	15	33	1.95
50635--50766	43	3.1	43	80	5	151	28	23	18	28	1.98
50717--50829	41	2.7	43	72	12	108	36	23	11	28	1.90
56249--56485	21	10.7	21	67	17	83	36	37	3	22	1.73
56196--56444	70	3.6	70	97	0	480	35	36	4	23	1.75
56408--56484	27	2.8	27	78	4	82	38	37	2	20	1.67
56453--56627	74	2.3	74	80	6	179	44	26	1	27	1.64
56708--56740	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
56789--56825	14	2.6	14	100	0	74	45	32	0	21	1.52
57112--57433	41	7.9	41	90	1	486	30	25	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57112--57433	81	4.0	81	90	2	493	30	25	22	22	1.99
57112--57433	122	2.6	123	90	1	486	30	25	22	22	1.99
57471--57605	40	3.4	40	78	8	150	20	22	20	37	1.95
59136--59174	14	2.8	14	84	11	53	56	0	0	43	0.99
59168--59192	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
59248--59281	11	3.2	11	83	8	52	32	32	11	23	1.91
59248--59301	21	2.5	21	84	3	63	31	31	14	22	1.94
59642--59709	32	2.1	33	83	2	84	32	1	2	63	1.18
59736--59769	17	1.9	18	88	5	52	23	0	5	70	1.09
63313--63355	21	2.0	21	86	0	59	62	0	6	30	1.21
63402--63457	19	2.8	19	81	10	60	66	1	8	23	1.30
63405--63458	20	2.8	19	78	13	56	64	1	7	25	1.30
64305--64439	67	2.0	67	100	0	270	40	8	8	42	1.67
70500--70576	9	8.4	9	84	8	102	40	28	9	22	1.84
70498--70576	27	2.9	28	88	1	124	41	27	8	21	1.83
72383--72547	37	4.5	37	95	0	267	38	12	21	27	1.89
77703--77939	116	2.0	117	97	0	449	46	7	13	32	1.71
77945--77979	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
82686--82711	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
82881--82935	28	2.0	28	82	7	67	29	14	0	56	1.39
87838--87867	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
88637--88676	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93644--93668	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
94770--94919	43	3.5	42	78	5	131	24	16	27	32	1.96
102480--102504	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
103605--103754	43	3.5	42	78	5	131	24	16	27	32	1.96
105221--105262	21	2.0	22	90	4	68	38	26	4	30	1.77
109193--109250	28	2.1	28	84	12	75	46	0	3	50	1.18
109200--109257	28	2.2	27	82	14	68	50	0	1	48	1.11
109896--109995	49	2.0	49	90	0	155	22	9	10	59	1.57
122286--122340	28	2.0	28	92	0	92	29	21	23	25	1.99
122585--122636	27	1.9	27	84	0	68	23	17	23	36	1.95
130641--130685	24	2.0	23	83	12	58	71	6	15	6	1.29
131266--131327	3	20.7	3	93	0	106	70	29	0	0	0.87
137698--137774	38	1.9	38	84	7	100	44	11	7	36	1.70
143335--143383	23	2.1	23	81	7	55	8	34	2	55	1.41
150528--150569	22	2.1	19	86	13	57	45	2	0	52	1.13
160557--160620	31	2.1	31	100	0	128	21	3	29	45	1.67
161770--161799	14	2.1	14	100	0	60	53	20	0	26	1.46
162176--162234	31	1.9	31	82	6	75	23	32	20	23	1.98
164150--164193	18	2.4	19	88	7	72	36	2	0	61	1.09
165913--165937	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
184895--184988	28	3.4	27	74	12	100	46	19	15	18	1.84
185055--185083	12	2.3	13	94	5	51	17	17	0	65	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186920--186944	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
186928--187018	48	1.9	47	93	4	157	35	0	7	57	1.28
187113--187138	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
190248--190300	26	2.0	27	88	3	81	33	20	7	37	1.81
196718--196763	19	2.4	18	85	7	65	82	17	0	0	0.67
196727--196760	6	5.7	6	92	0	59	88	11	0	0	0.52
197892--197916	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
197901--197949	24	2.0	25	84	4	64	28	4	6	61	1.38
198617--198790	55	3.2	55	99	0	339	31	8	1	58	1.39
199276--199346	22	3.1	22	74	11	72	56	1	4	38	1.28
210622--210674	15	3.9	14	77	22	60	26	5	0	67	1.12
212574--212618	19	2.4	19	85	7	56	28	24	8	37	1.86
217133--217296	44	3.8	42	79	5	114	31	16	22	29	1.96
217356--217533	44	4.0	43	78	9	153	33	16	22	28	1.95
217400--217533	45	3.0	42	81	8	133	31	15	23	29	1.95
217536--217913	89	4.2	89	85	2	481	27	24	21	25	1.99
217910--218327	131	3.2	132	89	3	601	28	18	25	26	1.98
219924--219998	22	3.4	21	83	7	78	21	28	2	48	1.64
219938--219998	11	5.5	11	86	5	79	21	29	3	45	1.67
221868--221910	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
222523--222554	7	4.9	7	85	14	50	46	0	0	53	1.00
222376--222617	110	2.2	107	93	3	349	47	20	1	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222586--222761	22	8.4	22	85	9	244	45	30	0	24	1.54
222586--222763	43	4.3	43	87	7	267	44	30	0	24	1.54
222657--222704	17	3.0	16	82	8	53	47	31	0	20	1.50
222667--222704	17	2.3	17	90	4	60	47	31	0	21	1.51
222602--222761	81	2.0	82	92	3	270	45	29	0	25	1.54
222586--222763	21	8.5	21	84	8	247	44	30	0	24	1.54
222823--222854	6	5.3	6	100	0	64	37	46	0	15	1.46
222803--222854	18	2.9	18	85	0	59	44	38	0	17	1.49
222969--223133	21	7.9	21	89	2	242	44	29	0	26	1.55
223104--223161	28	2.1	28	83	6	73	44	36	0	18	1.50
222969--223133	64	2.6	64	89	3	246	44	29	0	26	1.55
223125--223170	20	2.2	21	92	3	76	43	41	0	15	1.46
222969--223159	64	3.0	64	82	9	216	43	30	0	25	1.55
223146--223179	12	2.6	13	90	9	52	44	41	0	14	1.45
222641--223291	325	2.0	325	85	7	876	44	22	3	29	1.69
226250--226685	125	3.5	125	88	1	640	28	21	18	31	1.97
229775--229823	22	2.2	22	92	0	80	51	10	20	18	1.75
231898--231938	18	2.2	19	86	4	57	24	26	0	48	1.51
231898--231998	43	2.3	43	78	10	105	23	19	0	55	1.49
233131--233162	4	7.8	4	96	3	55	3	21	0	75	0.95
233184--233220	17	2.1	18	85	14	51	16	10	0	72	1.10
239188--239227	20	2.0	20	100	0	80	20	15	25	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239299--239455	42	3.7	42	82	3	156	26	21	22	30	1.98
239713--239869	42	3.7	42	82	3	156	26	21	22	30	1.98
239190--240019	414	2.0	415	98	0	1608	32	20	17	29	1.95
240254--240309	21	2.7	21	91	0	94	3	41	19	35	1.69
245293--245627	9	35.7	9	65	21	102	32	4	20	42	1.71
245282--245373	25	3.6	25	76	11	80	34	2	20	42	1.64
245483--245538	21	2.7	20	83	8	67	28	0	25	46	1.53
245440--245696	125	2.0	126	96	1	480	33	3	20	43	1.67
245681--245718	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
245666--245738	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52

Tables:   1   2   3