genome.fa.s3440.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold193
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  886014

Tables:   1   2   3   

This is table  3  of  3  ( 340 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
614595--614819	111	2.0	109	87	5	319	37	1	19	42	1.60
614517--614916	206	1.9	206	89	1	622	41	1	17	39	1.60
614702--614951	96	2.6	94	86	4	356	42	2	18	36	1.65
615487--615512	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
616603--616632	15	2.1	15	93	6	53	73	0	0	26	0.84
621731--621755	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
628107--628165	21	2.8	21	74	5	57	72	1	13	11	1.19
628911--628943	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
629798--629832	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
638749--638782	16	2.3	15	90	10	52	61	23	0	14	1.33
638740--638789	15	3.4	15	73	15	50	56	28	0	16	1.41
638742--638804	23	2.8	22	81	13	67	57	26	0	15	1.39
639771--640410	229	2.8	228	82	6	699	25	21	22	31	1.98
642809--642861	7	7.0	7	91	8	70	30	0	16	52	1.44
642816--643030	9	25.9	9	72	16	132	35	1	19	44	1.59
642809--643030	25	9.0	25	71	17	130	35	1	18	44	1.59
642861--642889	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
643165--643735	154	3.7	156	83	5	732	51	7	10	30	1.64
643475--643508	9	3.8	9	88	11	52	85	0	0	14	0.60
643475--643508	18	1.9	18	94	5	61	85	0	0	14	0.60
646716--646762	23	2.0	23	84	8	60	59	14	2	23	1.46
646739--646853	43	2.8	41	75	23	109	48	11	4	35	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651910--651965	29	2.0	29	85	3	78	51	28	0	19	1.47
652830--652933	42	2.5	42	84	4	147	22	25	34	17	1.95
652862--653050	104	1.8	104	82	0	243	25	21	27	25	1.99
656936--657234	90	3.3	90	81	6	338	51	13	6	29	1.65
658399--658448	25	2.0	26	88	4	75	58	0	2	40	1.10
660071--660127	26	2.2	25	84	3	78	73	5	0	21	1.02
660721--660783	30	2.1	30	93	0	108	26	4	12	55	1.57
661424--661468	16	2.7	17	79	6	56	48	0	6	44	1.29
662949--662995	19	2.4	20	96	3	87	23	10	17	48	1.77
675697--675746	17	3.2	17	72	21	63	56	22	10	12	1.65
675762--675789	9	3.1	9	100	0	56	67	0	21	10	1.20
682725--682858	69	1.9	68	83	7	171	40	9	11	38	1.74
684904--684959	25	2.3	24	84	6	78	51	0	7	41	1.29
685345--685402	27	2.1	27	93	0	98	29	1	18	50	1.57
705497--705523	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
706965--707022	14	4.1	14	76	6	55	58	3	3	34	1.32
707146--707197	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
711496--711542	24	2.0	24	87	8	69	46	8	6	38	1.60
711508--711561	24	2.2	24	83	0	63	48	7	3	40	1.49
712927--712973	21	2.2	21	88	7	69	68	4	6	21	1.30
716511--716565	22	2.5	22	87	0	83	63	16	10	9	1.51
731875--731925	16	3.3	15	81	8	57	54	11	13	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733605--733629	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
742593--742619	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
744124--744170	22	2.2	21	85	11	60	59	2	6	31	1.34
746566--746590	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
748290--748374	41	2.0	42	93	2	145	27	18	24	29	1.98
748290--748414	41	3.0	41	86	5	137	27	19	25	28	1.99
757729--757754	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
767342--767379	19	2.0	20	85	10	53	76	0	10	13	1.02
768542--768577	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
769159--769198	19	2.0	20	85	4	55	27	0	5	67	1.11
773104--773129	3	8.7	3	100	0	52	30	69	0	0	0.89
777987--778046	26	2.4	24	74	15	59	46	0	5	48	1.24
778850--778880	16	2.0	15	93	6	53	19	19	25	35	1.95
778849--778995	41	3.6	41	89	0	204	21	22	22	34	1.97
778849--779013	41	4.0	40	87	1	186	20	21	23	35	1.96
784372--784472	45	2.2	45	84	3	132	40	20	17	20	1.91
787377--787464	40	2.2	40	84	9	110	37	18	7	36	1.80
788287--788320	15	2.4	14	90	9	52	52	0	0	47	1.00
788284--788323	16	2.6	15	84	15	55	55	0	0	45	0.99
788284--788323	19	2.1	19	85	0	53	55	0	0	45	0.99
788430--788490	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
788438--788517	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803251--803287	18	2.1	18	89	0	56	40	10	27	21	1.86
806709--806742	18	1.9	18	88	5	52	14	5	38	41	1.70
807294--807337	22	2.0	22	90	0	70	47	20	2	29	1.62
807930--808033	52	2.0	52	92	0	172	17	18	20	44	1.87
810011--810327	114	2.8	114	96	1	588	40	3	14	41	1.63
810668--810818	41	3.7	41	83	0	194	27	17	29	25	1.98
813391--813435	19	2.3	19	84	3	54	44	11	13	31	1.78
829732--829776	19	2.3	19	84	3	54	44	11	13	31	1.78
831916--831975	19	3.2	20	79	15	65	56	0	6	36	1.26
831920--831991	37	1.9	36	83	5	90	52	0	6	40	1.28
831939--831985	20	2.4	19	86	10	60	53	0	8	38	1.32
832068--832137	33	2.2	32	89	2	104	50	8	7	34	1.61
833768--833812	18	2.3	20	75	17	51	35	0	2	62	1.08
836758--837030	70	4.0	69	85	7	378	26	5	4	63	1.34
836748--837030	134	2.1	135	89	2	428	26	5	4	63	1.35
836997--837069	29	2.6	29	82	4	96	26	2	5	65	1.27
836781--837039	133	1.9	132	88	4	387	27	4	4	63	1.33
836879--837179	163	1.9	162	84	10	418	25	5	3	64	1.33
836788--837134	70	5.1	69	80	11	222	25	4	4	64	1.32
837064--837158	30	3.2	30	70	16	88	25	6	3	65	1.31
837048--837179	68	2.0	66	80	8	151	25	6	3	65	1.30
837358--837414	21	2.8	20	82	12	71	21	10	1	66	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
848536--848698	44	3.7	44	81	5	177	32	17	20	29	1.95
849871--850123	69	3.8	69	84	10	373	28	4	4	62	1.35
849862--850127	128	2.1	128	94	0	471	28	4	4	62	1.34
850713--850761	12	3.9	12	78	7	53	18	8	0	73	1.07
850723--850789	25	2.7	25	84	9	75	20	11	1	65	1.33
868876--868981	51	2.1	52	98	1	205	22	26	3	47	1.68
869180--869241	19	3.3	19	97	0	115	33	16	12	37	1.87
869858--870323	44	10.6	44	68	11	244	28	20	20	30	1.98
869903--870020	45	2.6	45	79	9	141	27	24	19	28	1.99
870028--870323	88	3.4	88	96	0	522	29	19	19	31	1.97
882617--882655	19	2.0	20	90	5	62	35	2	0	61	1.10
882996--883119	43	2.9	43	83	4	151	23	28	20	28	1.99

Tables:   1   2   3

The End!