genome.fa.s3548.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold242
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  704627

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223--247	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
212--317	52	2.1	52	87	1	151	34	12	5	47	1.65
17255--17324	31	2.2	32	82	12	92	24	10	17	48	1.77
17438--17480	18	2.3	19	84	8	52	6	11	2	79	1.02
27702--27773	21	3.4	21	82	0	99	44	13	19	22	1.86
27685--27780	42	2.3	41	92	3	158	42	16	19	20	1.89
27825--27907	21	4.0	21	75	6	78	42	15	20	21	1.89
27810--27890	42	1.9	42	87	0	117	41	16	20	20	1.89
30737--30772	17	2.2	16	90	5	54	11	5	13	69	1.34
31677--31742	33	2.0	34	96	3	125	27	15	9	48	1.74
33359--33391	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
33479--33507	9	3.2	9	100	0	58	31	10	10	48	1.71
45461--45596	73	1.9	71	93	3	236	54	10	12	22	1.68
47604--47663	27	2.2	27	82	11	70	33	1	5	60	1.29
52030--52055	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
75565--75600	17	2.1	18	94	5	65	2	75	0	22	0.94
75571--75606	17	2.1	17	89	0	54	0	80	0	19	0.71
75572--75608	19	1.9	19	94	0	65	0	81	0	18	0.70
79155--79262	51	2.1	51	84	8	139	29	20	7	42	1.79
82218--82256	21	1.9	21	89	5	62	41	7	10	41	1.68
82218--82264	21	2.3	21	85	3	60	40	6	8	44	1.60
94099--94150	16	3.3	15	74	12	50	19	26	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109025--109129	41	2.7	40	72	13	101	34	26	18	20	1.96
110492--110775	142	2.0	142	100	0	568	33	21	19	26	1.97
112073--112215	33	4.3	33	71	7	117	27	25	16	30	1.97
111978--112217	101	2.4	101	93	1	401	27	26	15	30	1.96
114411--114456	22	2.1	22	84	8	58	47	2	15	34	1.57
120713--120768	21	2.6	22	81	15	73	58	3	0	37	1.15
120715--120771	20	2.8	20	84	12	71	63	1	0	35	1.05
120729--120781	10	5.4	10	80	10	56	64	1	0	33	1.05
120885--120959	20	3.7	20	70	8	62	64	5	2	28	1.29
121074--121116	8	5.4	8	91	0	59	25	0	2	72	0.97
121418--121483	17	3.6	18	71	18	55	39	3	4	53	1.37
121446--121494	19	2.4	21	83	10	57	38	2	6	53	1.38
121667--121697	9	3.4	9	100	0	62	38	0	0	61	0.96
121630--121697	35	1.9	36	83	16	90	35	0	1	63	1.04
139511--139621	55	2.0	55	92	0	186	17	18	20	43	1.88
139568--139654	21	4.1	21	74	0	75	17	22	18	41	1.90
139572--139664	42	2.2	42	92	0	150	13	23	19	43	1.87
139572--139684	42	2.7	42	88	0	145	13	23	20	43	1.86
141100--141165	32	2.1	32	97	0	123	39	9	13	37	1.77
142725--142946	111	2.0	111	100	0	444	30	9	21	37	1.86
146310--146351	21	2.0	22	85	4	59	23	0	4	71	1.05
146310--146366	28	2.0	27	80	12	62	26	0	7	66	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149327--149352	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
149917--149977	30	2.0	31	90	3	97	36	0	44	19	1.51
150527--150587	15	4.1	15	73	10	54	26	11	3	59	1.48
154555--154600	23	2.0	24	83	12	60	19	19	2	58	1.49
154991--155023	13	2.5	13	100	0	66	6	15	6	72	1.24
156691--156757	20	3.3	20	78	12	73	14	22	17	44	1.86
156661--156735	20	3.7	21	75	5	73	13	25	17	44	1.85
156655--156763	41	2.7	41	82	2	112	12	22	19	45	1.83
159409--159539	38	3.4	38	80	7	131	22	19	27	29	1.98
162074--162113	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
162046--162098	22	2.4	22	87	0	70	52	1	1	43	1.23
165933--165969	9	4.1	9	89	0	56	32	8	13	45	1.73
177083--177149	18	3.7	18	87	0	98	38	20	11	28	1.88
177083--177149	9	7.4	9	79	0	80	38	20	11	28	1.88
177083--177149	27	2.5	27	85	0	98	38	20	11	28	1.88
196294--196345	19	2.7	19	80	13	63	28	3	1	65	1.21
196358--196407	20	2.6	19	78	6	55	38	0	4	58	1.17
196384--196411	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
196996--197054	31	1.9	31	82	6	75	38	16	11	32	1.86
198686--198756	25	2.8	25	83	8	74	26	2	2	67	1.18
203136--203286	50	3.0	50	99	0	293	19	15	9	54	1.68
206373--206407	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206998--207109	55	2.0	56	98	1	217	21	25	23	29	1.99
207307--207342	17	2.1	17	89	0	54	13	0	2	83	0.76
209833--209895	21	3.0	21	77	9	65	36	22	9	31	1.86
218386--218444	23	2.5	24	78	18	70	40	0	0	59	0.97
218386--218426	14	2.7	15	82	17	50	43	0	0	56	0.99
218401--218451	23	2.2	23	79	6	59	43	0	1	54	1.11
223083--223107	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
224751--224788	2	19.0	2	94	0	67	50	2	47	0	1.15
227291--227320	16	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
231469--231515	21	2.3	21	88	3	69	38	6	12	42	1.69
248053--248086	14	2.4	14	90	5	50	88	5	5	0	0.64
251069--251168	5	20.0	5	74	20	68	39	2	4	55	1.30
251068--251153	19	4.4	18	70	16	57	38	1	4	55	1.28
251107--251166	29	2.0	29	87	9	86	40	1	1	56	1.19
251189--251255	35	1.9	34	82	8	82	67	4	23	4	1.28
255745--256212	233	2.0	235	99	0	922	46	7	15	30	1.74
266205--266243	6	6.7	6	94	2	62	89	0	10	0	0.48
270348--270383	14	2.5	15	90	4	56	88	8	2	0	0.59
270633--270668	14	2.5	15	90	4	56	88	8	2	0	0.59
270266--270836	285	2.0	286	99	0	1135	33	17	16	31	1.93
277928--277997	34	2.1	34	94	0	122	28	32	21	17	1.96
279100--279140	20	2.0	20	100	0	82	43	31	0	24	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282408--282442	7	5.0	7	100	0	70	14	28	28	28	1.95
287128--287216	3	29.7	3	97	0	169	68	0	31	0	0.90
287739--287775	16	2.3	17	86	9	51	8	2	18	70	1.25
289221--289250	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
289396--289425	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
289204--289555	175	2.0	177	98	1	690	34	17	19	28	1.95
308646--308674	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
313583--313642	22	2.8	21	80	12	59	55	3	1	40	1.27
313634--313680	17	2.8	17	83	0	58	61	0	0	38	0.96
315527--315582	26	2.1	27	90	3	87	37	3	1	57	1.27
316000--316065	19	3.5	19	79	4	89	37	10	1	50	1.47
329706--329743	19	2.1	19	90	5	60	60	2	0	36	1.11
335719--335743	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
340133--340174	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
340652--340688	14	2.6	14	91	0	56	40	13	2	43	1.58
367897--367941	23	2.0	22	82	8	54	33	11	4	51	1.58
370507--370556	24	2.1	24	100	0	100	66	14	4	16	1.40
379499--379597	39	2.9	31	75	23	101	60	0	2	37	1.08
379499--379589	10	8.9	11	71	19	65	59	0	2	38	1.10
379512--379597	39	2.2	39	100	0	172	62	0	2	34	1.08
383317--383397	6	13.2	6	71	17	60	3	19	2	74	1.09
383310--383397	21	4.3	20	72	17	74	3	20	2	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
383329--383385	25	2.3	24	82	11	71	5	19	3	71	1.19
383406--383481	28	2.7	29	85	8	111	47	5	0	47	1.24
383500--383846	181	1.9	181	89	2	536	32	21	4	41	1.74
385881--385932	24	2.2	24	85	0	68	53	11	1	32	1.48
386916--386972	1	57.0	1	91	0	78	92	1	3	1	0.47
405707--405758	3	17.0	3	92	4	86	30	0	1	67	1.02
405708--405759	25	2.1	25	96	0	95	28	0	1	69	0.99
406092--406123	6	5.7	6	92	7	50	15	0	0	84	0.63
406092--406125	11	3.1	11	84	16	52	17	0	0	82	0.67
407212--407305	46	2.0	46	91	4	154	31	28	6	32	1.82

Tables:   1   2