genome.fa.s3566.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold419
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  303202

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26216--26300	35	2.4	34	86	9	102	62	4	10	22	1.46
28691--28870	51	3.6	49	83	3	207	25	17	26	30	1.98
29077--29150	37	2.0	38	83	2	96	44	2	21	31	1.66
34879--34969	45	2.0	44	82	2	110	29	5	28	36	1.80
35114--35166	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
35021--36633	155	10.4	155	99	0	3199	44	3	4	47	1.40
35269--35321	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
35424--35476	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
35579--35631	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
35734--35786	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
35889--35941	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
36044--36096	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
36199--36251	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
36354--36406	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
36509--36561	16	3.4	15	79	7	52	52	1	0	45	1.11
37961--38038	40	2.0	40	82	10	97	25	8	30	34	1.87
42002--42112	20	5.5	19	71	23	77	36	0	4	59	1.18
53891--53949	30	2.0	30	89	0	91	28	5	10	55	1.54
54034--54073	18	2.2	18	91	8	64	22	0	12	65	1.26
53980--54230	125	2.0	126	99	0	495	34	2	12	50	1.55
54159--54198	18	2.2	18	91	8	64	22	0	12	65	1.26
70450--70487	20	2.0	20	89	5	60	57	5	0	36	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71850--72120	43	6.3	43	81	4	305	32	24	16	25	1.96
71850--72120	85	3.2	86	82	4	280	32	24	16	25	1.96
76773--76919	7	20.9	7	71	14	63	46	29	1	23	1.61
76769--76919	14	10.7	14	70	12	85	45	30	1	22	1.61
76769--76931	21	7.7	21	72	6	105	46	30	1	21	1.59
76800--76951	69	2.2	69	79	2	162	48	29	1	21	1.58
77110--77153	14	3.1	14	86	0	61	54	25	0	20	1.45
77129--77170	21	2.0	21	85	0	57	54	26	0	19	1.44
77339--77377	19	2.0	20	95	5	71	30	23	25	20	1.98
77526--77620	41	2.3	41	87	5	131	23	23	21	32	1.98
77526--77654	40	3.2	41	80	7	138	24	20	21	33	1.97
77698--77863	40	4.1	40	84	2	188	24	22	20	32	1.98
77698--77863	81	2.0	81	83	2	208	24	22	20	32	1.98
78900--78959	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
79160--79306	7	20.9	7	71	14	63	46	29	1	23	1.61
79156--79306	14	10.7	14	70	12	85	45	30	1	22	1.61
79156--79318	21	7.7	21	72	6	105	46	30	1	21	1.59
79187--79338	69	2.2	69	79	2	162	48	29	1	21	1.58
79497--79540	14	3.1	14	86	0	61	54	25	0	20	1.45
79516--79557	21	2.0	21	85	0	57	54	26	0	19	1.44
79894--79988	41	2.3	41	87	5	131	23	23	21	32	1.98
79894--80022	40	3.2	41	80	7	138	24	20	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80066--80231	40	4.1	40	84	2	188	24	22	20	32	1.98
80066--80231	81	2.0	81	83	2	208	24	22	20	32	1.98
81268--81327	5	12.0	5	100	0	120	60	0	0	40	0.97
82409--82452	20	2.2	20	84	8	54	45	2	9	43	1.48
88160--88234	35	2.1	35	100	0	150	52	10	14	22	1.73
88706--88837	50	2.6	50	82	4	167	26	21	29	21	1.99
90325--90392	34	2.0	34	100	0	136	35	8	11	44	1.72
92118--92176	21	2.8	21	82	10	59	37	0	1	61	1.07
93017--93041	9	2.8	9	100	0	50	24	0	8	68	1.16
96146--96360	113	1.9	113	83	7	285	40	20	10	28	1.85
109920--111183	632	2.0	632	99	0	2519	30	21	15	32	1.94
115298--115328	14	2.2	14	94	0	53	9	6	45	38	1.63
115307--115364	7	8.3	7	84	0	80	15	1	41	41	1.57
118725--118775	22	2.3	23	82	6	68	60	11	9	17	1.57
119581--119647	30	2.3	30	82	7	84	43	8	13	34	1.75
137337--137365	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
142055--142105	27	1.9	26	88	11	77	43	5	3	47	1.46
143846--143897	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
144721--144753	13	2.4	14	90	5	50	42	0	3	54	1.15
153234--153262	13	2.1	14	93	6	51	13	3	0	82	0.79
155857--155949	40	2.3	38	85	10	123	33	20	24	21	1.97
155875--155971	40	2.4	40	87	3	142	38	20	21	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156026--156162	41	3.3	41	95	0	238	25	21	27	25	1.99
156274--156307	14	2.3	15	95	5	61	38	0	26	35	1.57
156546--156598	7	7.6	7	93	0	88	3	0	54	41	1.18
156394--156556	89	1.8	89	89	2	256	26	1	28	42	1.63
156989--157022	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
157374--157439	22	3.0	23	78	8	68	25	46	3	24	1.66
161724--161950	43	5.3	43	87	1	287	19	17	32	30	1.95
162531--162688	64	2.4	64	84	7	192	34	8	15	41	1.77
162727--162843	41	2.8	42	80	10	134	18	19	29	32	1.96
164662--164723	13	4.8	13	80	7	81	32	6	24	37	1.81
165030--165079	16	2.8	18	72	22	52	36	4	6	54	1.44
166060--166093	18	1.9	18	88	5	52	41	11	14	32	1.82
166916--166951	18	1.9	18	88	5	54	52	8	2	36	1.46
170142--170175	18	2.0	18	88	11	54	55	20	0	23	1.43
170850--170903	21	2.6	22	82	11	69	46	0	1	51	1.11
171267--171325	14	4.4	14	70	14	52	72	0	1	25	0.93
171267--171322	12	4.3	13	77	8	53	73	0	1	25	0.93
176094--176149	20	2.8	20	83	0	67	12	26	17	42	1.85
179914--179968	27	2.0	27	100	0	110	25	20	14	40	1.90
182755--183039	141	2.0	142	99	0	563	36	18	11	33	1.86
188158--188187	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
190453--190494	21	2.0	21	90	0	66	45	9	14	30	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190750--190785	19	1.9	19	88	5	56	16	5	0	77	0.94
200887--200986	9	10.6	9	69	17	51	37	1	0	62	1.02
200888--200954	19	3.7	18	86	7	91	40	0	0	59	0.97
200888--200953	17	3.7	17	84	9	78	39	0	0	60	0.97
200918--200994	30	2.6	29	85	6	100	35	1	0	63	1.03
201382--201463	25	3.3	25	74	3	76	23	24	18	34	1.96
201432--201589	25	6.3	25	71	11	110	21	27	18	32	1.96
201434--201550	24	4.7	24	75	7	99	21	28	18	31	1.97
201543--201610	25	2.7	26	77	6	77	23	25	19	32	1.97
207692--207724	6	5.5	6	86	13	50	81	0	18	0	0.68
207692--207725	17	1.9	18	94	5	61	79	0	20	0	0.73
208755--208809	23	2.4	23	87	0	74	21	20	23	34	1.97
212240--212332	45	2.1	45	91	0	150	26	19	21	32	1.97
214353--214435	25	3.4	23	73	8	67	19	25	19	36	1.95
214354--214450	49	2.0	50	82	10	119	18	23	19	38	1.93
214479--214534	24	2.3	24	84	6	69	23	23	21	32	1.98
221209--221255	4	11.8	4	81	0	58	27	4	0	68	1.08
221393--221422	4	7.5	4	92	0	51	26	0	3	70	1.03
221482--221522	12	3.2	12	89	10	55	24	2	2	70	1.11
222119--222163	21	2.1	21	91	0	72	33	46	4	15	1.66
224580--224619	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
225117--225159	18	2.4	18	92	7	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225332--225521	47	4.0	47	99	0	371	37	12	14	35	1.85
226297--226346	18	2.7	19	78	3	57	72	2	0	26	0.96
227496--227524	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
228237--228289	20	2.7	20	85	11	65	60	7	0	32	1.25
230875--230900	9	2.9	9	100	0	52	34	23	19	23	1.96
237039--237071	13	2.4	14	85	10	50	51	3	6	39	1.42
246076--246141	20	3.4	19	72	4	60	53	9	16	21	1.71
246065--246146	39	2.1	39	93	0	137	51	8	19	20	1.73
248816--248918	52	2.0	52	100	0	206	33	23	17	25	1.96
256658--256817	44	3.6	44	90	1	250	26	16	26	29	1.97

Tables:   1   2