genome.fa.s4015.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold430
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  405003

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 187 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79--113	16	2.2	16	94	0	61	45	17	0	37	1.48
1767--1813	20	2.3	20	92	0	76	31	36	17	14	1.90
2800--2966	82	2.0	83	98	1	327	38	14	7	39	1.74
7222--7298	32	2.6	30	76	11	88	51	0	3	44	1.19
7947--7996	20	2.5	20	100	0	100	48	0	12	40	1.40
8378--8425	23	2.1	23	85	11	64	33	4	4	58	1.36
8698--8735	3	12.7	3	100	0	76	65	0	34	0	0.93
8734--8772	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
11693--11760	32	2.1	33	83	10	86	58	1	7	32	1.34
11745--11797	18	3.0	17	75	8	52	66	0	3	30	1.10
11840--11929	25	3.6	26	73	8	96	50	3	6	40	1.45
15599--15647	25	2.0	23	84	7	62	46	0	0	53	1.00
16096--16121	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
16112--16612	243	2.1	243	95	0	903	39	23	8	28	1.84
19766--19791	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
20059--20108	24	2.1	24	96	0	91	32	8	8	52	1.60
21580--21645	3	21.0	3	76	14	62	68	1	3	27	1.13
21579--21645	17	4.0	18	76	18	65	68	1	2	26	1.12
21580--21645	20	3.3	19	81	8	78	68	1	3	27	1.13
21580--21645	22	3.1	21	76	23	68	68	1	3	27	1.13
21597--21644	14	3.6	13	83	10	53	68	2	4	25	1.18
22208--22240	15	2.3	14	94	5	57	78	0	3	18	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23342--24057	44	16.3	44	64	11	176	28	24	17	29	1.97
23271--24182	132	6.9	132	92	0	1421	28	24	17	29	1.98
25488--25518	12	2.5	13	94	5	55	9	6	0	83	0.79
28308--28353	19	2.4	19	85	7	58	47	8	19	23	1.77
29422--29462	21	2.0	21	100	0	82	60	0	0	39	0.96
29406--29477	24	3.2	24	75	20	66	59	0	2	37	1.12
32474--32514	13	3.2	13	82	6	57	9	26	0	63	1.25
35681--35763	39	2.2	37	83	14	98	48	3	3	44	1.37
41509--41714	91	2.3	91	88	2	290	31	25	14	29	1.94
42925--43154	34	6.8	34	100	0	460	38	0	0	61	0.96
47263--47301	19	2.1	19	90	0	60	41	7	0	51	1.31
50834--50876	21	2.0	21	82	8	52	39	16	6	37	1.75
52822--52848	10	2.7	10	100	0	54	51	11	11	25	1.70
57611--57662	27	1.9	27	92	0	86	44	17	9	28	1.80
62110--62156	22	2.1	22	92	0	76	8	27	23	40	1.83
66847--66886	20	2.0	20	95	0	71	7	25	22	45	1.78
66852--66896	20	2.2	20	84	0	54	13	28	15	42	1.85
68878--68991	27	4.2	27	79	4	122	34	21	28	16	1.95
73870--73939	32	2.2	32	100	0	140	17	25	30	27	1.97
86323--86374	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
88965--89030	13	4.8	13	89	10	89	60	9	30	0	1.27
89073--89192	19	6.1	19	69	22	86	51	10	36	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89050--89180	42	3.2	42	68	22	132	51	12	35	1	1.49
89037--89191	81	1.9	81	100	0	310	52	10	34	1	1.45
91280--91362	43	1.9	43	85	0	112	30	27	18	24	1.98
105119--105176	29	2.0	29	100	0	116	31	20	13	34	1.92
109614--109716	32	3.2	32	71	15	77	29	1	3	65	1.21
109607--109688	32	2.6	31	80	9	94	29	0	2	68	1.03
123890--124164	100	2.8	100	87	0	379	30	22	23	24	1.99
123882--124049	50	3.4	50	66	9	126	30	21	25	23	1.99
128122--128201	28	3.0	27	79	15	85	50	3	1	45	1.28
129768--129819	3	17.3	3	95	0	86	63	0	3	32	1.12
136362--137221	44	19.7	44	74	6	412	27	22	19	29	1.98
136363--136915	218	2.5	218	91	2	857	27	22	20	29	1.98
136543--137084	261	2.1	262	95	1	964	28	22	19	30	1.98
136804--137306	219	2.3	218	95	1	900	28	22	19	29	1.98
137434--137483	25	2.0	25	88	0	73	26	20	20	34	1.96
137345--137583	125	1.9	126	85	0	327	25	19	21	33	1.97
137554--137812	50	5.2	50	70	7	215	24	19	22	33	1.97
137475--137813	99	3.4	99	87	4	454	24	19	22	32	1.97
138021--138564	87	6.3	87	91	1	887	23	24	23	28	1.99
138021--138564	260	2.1	260	91	1	885	23	24	23	28	1.99
138021--138564	173	3.1	173	94	1	928	23	24	23	28	1.99
150022--150073	3	17.3	3	95	0	86	63	0	3	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150775--150799	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
152022--152065	20	2.1	21	84	12	56	54	2	0	43	1.12
152011--152058	18	2.5	19	78	18	55	47	2	2	47	1.25
162152--162191	18	2.1	20	90	9	66	52	15	10	22	1.71
166610--166675	28	2.4	27	82	5	71	31	21	21	25	1.98
166774--166850	26	2.9	26	75	21	79	38	23	18	19	1.93
172532--172597	26	2.5	27	78	7	73	34	25	21	18	1.96
175031--175195	42	4.0	41	84	2	222	23	21	20	34	1.97
180906--181153	9	27.8	9	68	20	139	34	1	18	44	1.60
180895--180999	25	4.2	25	78	7	113	34	1	18	45	1.60
180910--181153	34	7.4	34	73	18	137	34	1	18	45	1.60
180933--181152	16	12.3	18	67	19	113	34	1	19	45	1.59
181014--181052	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
180957--181151	62	3.1	61	77	17	177	34	1	19	44	1.60
183891--183978	44	2.0	44	93	0	149	35	22	17	25	1.95
183953--184258	147	2.1	147	80	2	328	36	24	15	23	1.93
184710--184748	14	2.8	14	84	0	51	53	43	0	2	1.14
184722--184756	7	4.9	7	93	6	61	45	54	0	0	0.99
184722--184763	15	2.9	15	85	3	50	50	47	0	2	1.14
185635--185670	18	2.0	18	89	10	56	69	5	0	25	1.10
185639--185678	18	2.2	19	86	4	55	70	5	0	25	1.08
185884--186176	113	2.6	113	83	5	369	27	24	16	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186000--186354	190	1.9	190	84	2	480	27	22	17	32	1.97
186818--186864	21	2.2	22	84	3	60	46	10	2	40	1.50
188099--188132	17	1.9	18	88	5	52	50	8	5	35	1.58
194837--194883	21	2.2	22	88	3	69	29	2	0	68	1.02
197487--197553	25	2.7	25	95	2	118	49	0	8	41	1.34
200147--200944	69	11.6	69	77	2	600	20	21	24	33	1.97
212276--212300	9	2.8	9	100	0	50	56	20	0	24	1.43
212321--212354	17	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
219488--219540	26	2.0	27	85	3	72	49	9	1	39	1.46
219683--219772	44	2.0	44	86	0	126	37	8	4	48	1.55
220864--220898	16	2.2	16	94	0	61	37	0	17	45	1.48
227999--228193	97	2.0	98	98	1	383	32	13	16	37	1.87
228285--228336	18	2.8	19	80	8	63	57	0	0	42	0.98
229665--229737	31	2.4	31	88	0	101	27	24	24	23	2.00
231056--231144	42	2.1	42	85	2	115	23	20	35	20	1.95
231643--231686	22	1.9	22	81	9	52	31	11	13	43	1.80
231737--231789	25	2.1	25	96	0	97	39	18	15	26	1.90
232379--232431	27	2.0	27	88	3	81	62	0	1	35	1.06
232445--232599	77	2.0	78	98	1	303	29	19	11	39	1.87
233184--233229	18	2.5	18	82	10	58	36	6	6	50	1.54
234127--234179	22	2.5	22	84	9	65	64	1	0	33	1.05
242633--242687	27	2.0	27	100	0	110	25	29	10	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247561--247662	19	5.3	19	92	4	177	36	15	10	37	1.83
247559--247662	40	2.7	40	95	3	185	36	15	10	37	1.82
248703--248900	63	3.1	62	77	5	200	22	23	28	24	1.99
251728--252017	145	2.0	146	99	0	573	44	7	5	42	1.56
256634--256667	18	2.0	17	88	11	52	41	8	2	47	1.50
259115--259143	13	2.2	13	100	0	58	44	34	6	13	1.71
262929--262995	25	2.7	25	83	4	82	32	16	10	40	1.82
262956--263006	25	2.0	25	85	7	68	37	15	11	35	1.84
263325--263372	18	2.7	18	81	9	62	37	16	4	41	1.68
276381--276427	23	2.1	22	84	7	60	61	4	0	34	1.15

Tables:   1   2