genome.fa.s4080.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1304497

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658686--658794	35	3.1	35	82	0	146	27	25	16	30	1.97
661394--661453	21	2.9	21	90	2	86	71	5	5	18	1.23
664043--664251	40	5.4	40	75	11	184	17	30	17	33	1.94
664055--664120	20	3.3	20	70	8	62	15	34	16	33	1.90
664048--664194	73	2.0	72	89	3	224	17	29	17	34	1.93
664148--664209	20	3.2	20	73	13	65	17	35	17	29	1.93
664128--664227	39	2.5	40	80	9	123	17	30	18	35	1.93
669750--671497	39	44.4	38	79	7	929	19	30	16	34	1.94
669750--671495	79	22.2	76	79	7	893	19	30	16	34	1.94
669862--669922	19	3.2	19	67	19	54	19	32	18	29	1.95
669750--671498	119	14.8	118	80	6	1277	19	30	16	34	1.94
669801--671089	20	65.5	20	63	13	174	18	30	16	34	1.93
670529--670871	40	8.7	39	85	3	440	17	30	17	34	1.93
670811--671042	59	3.9	59	72	10	181	18	30	15	35	1.92
670471--670970	98	5.1	98	71	10	335	17	30	16	35	1.93
670686--671042	177	2.0	177	86	3	504	18	31	16	34	1.93
671315--671379	20	3.3	19	68	12	51	16	32	20	30	1.95
683809--683898	45	2.0	45	93	0	153	37	11	25	25	1.89
693495--693545	21	2.5	20	80	6	57	33	7	21	37	1.82
693649--693692	19	2.3	19	80	11	54	54	31	6	6	1.53
694106--694187	39	2.2	38	84	8	105	39	17	20	23	1.92
698075--698228	41	3.8	40	82	2	157	35	14	29	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698105--698174	20	3.5	20	70	18	63	35	15	31	17	1.91
698643--698696	26	2.0	27	85	3	74	50	18	0	31	1.48
707446--707484	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
707732--707929	50	3.8	50	75	4	171	23	27	21	27	1.99
708265--708325	30	2.1	29	84	9	79	32	18	11	37	1.86
715010--715056	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
718095--718316	33	6.4	33	69	21	116	33	26	18	21	1.96
718018--718293	75	3.7	75	89	1	401	32	26	17	22	1.96
718344--718514	93	1.8	94	87	8	260	30	28	16	23	1.97
722790--722831	20	2.1	20	95	0	75	19	23	28	28	1.98
723614--723662	21	2.4	20	75	3	53	12	8	2	77	1.07
725902--725942	16	2.6	16	85	11	50	34	0	36	29	1.58
731426--731894	27	17.4	27	79	4	365	19	17	20	42	1.89
731496--731530	18	1.9	18	94	0	61	20	20	25	34	1.96
739339--739432	48	2.0	48	93	0	161	35	27	17	20	1.94
743092--743128	19	1.9	19	88	0	56	56	5	10	27	1.55
748260--748298	8	4.9	8	84	9	53	2	12	0	84	0.72
748260--748298	15	2.4	16	91	8	62	2	12	0	84	0.72
748979--749318	44	7.8	43	75	5	245	29	24	17	28	1.97
749156--749343	45	4.2	45	82	2	155	28	25	16	29	1.97
760466--760498	14	2.4	14	100	0	66	6	12	0	81	0.85
760452--760504	22	2.5	21	82	17	65	7	11	0	81	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763878--764150	38	7.2	39	70	12	113	22	21	23	31	1.98
763886--764137	76	3.3	76	79	6	199	22	21	22	34	1.97
778752--778786	18	1.9	19	88	11	56	48	0	0	51	1.00
779517--779909	199	2.0	199	95	0	705	33	25	15	25	1.95
782517--782546	11	2.7	11	100	0	60	40	13	0	46	1.43
784591--784670	40	2.0	40	100	0	160	20	27	2	50	1.61
784602--784666	20	3.2	20	67	16	62	23	27	1	47	1.60
784612--784676	20	3.3	19	68	14	51	21	26	3	49	1.64
784880--785177	50	5.9	50	79	7	235	22	26	22	28	1.99
800573--800606	16	2.1	17	88	5	52	20	11	14	52	1.73
800573--800624	26	2.0	26	92	0	86	21	11	13	53	1.70
801534--801677	50	2.8	51	78	3	166	31	25	13	28	1.94
806768--806811	7	6.3	7	100	0	88	27	0	0	72	0.85
807556--807736	49	3.7	49	88	1	263	29	17	20	32	1.95
807556--807736	100	1.8	98	89	4	283	29	17	20	32	1.95
808044--808105	29	2.1	29	82	11	74	20	6	17	54	1.65
813553--813593	21	2.0	20	85	4	55	46	12	7	34	1.69
823444--823639	52	3.8	52	74	3	187	22	16	27	34	1.95
823953--823997	22	2.0	22	100	0	90	35	0	13	51	1.41
834101--834130	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
834179--834207	13	2.2	13	100	0	58	24	6	6	62	1.45
835365--835470	42	2.5	42	80	3	115	31	12	19	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836733--836799	23	2.9	23	84	0	89	34	26	19	19	1.96
838170--838262	24	3.9	24	74	16	86	29	22	22	25	1.99
840710--840750	15	2.7	15	88	0	64	39	9	19	31	1.84
845526--845583	30	1.9	30	85	0	80	36	6	25	31	1.83
845932--846019	47	2.0	43	82	12	108	30	14	30	23	1.95
845924--846156	50	4.7	50	76	9	178	29	20	26	24	1.99
855447--855485	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
855674--855800	49	2.6	49	81	7	143	27	26	17	28	1.98
857368--857408	13	3.1	14	75	10	50	53	17	12	17	1.72
868276--868381	43	2.5	43	87	0	140	26	16	33	23	1.95
873440--873533	48	2.0	48	100	0	188	46	10	17	25	1.79
874914--875046	50	2.7	50	81	4	160	30	23	22	24	1.99
885113--885147	9	3.9	9	100	0	70	20	0	11	68	1.20
890040--890243	27	7.6	27	86	1	257	43	22	16	17	1.88
890040--890243	80	2.5	81	88	3	304	43	22	16	17	1.88
892788--893221	27	16.2	27	81	0	442	41	22	17	18	1.90
901839--902327	250	2.0	246	84	4	642	38	10	7	43	1.69
902903--903051	73	2.0	74	98	1	291	28	21	16	34	1.95
915508--915541	16	2.1	16	94	0	59	64	14	0	20	1.28
916045--916106	21	3.0	21	78	0	70	40	19	16	24	1.91
917295--917387	24	3.9	24	72	13	102	22	17	1	59	1.44
917346--917397	24	2.2	23	89	3	77	25	17	0	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921827--922105	50	5.5	49	81	7	170	22	29	21	26	1.99
921863--922105	50	4.7	51	84	4	258	23	29	21	25	1.99
929473--929668	50	3.9	49	75	6	169	21	28	22	27	1.99
935131--935324	50	3.9	50	75	4	169	27	21	28	22	1.99
940096--940536	40	11.1	39	80	6	435	34	18	29	18	1.94
940117--940536	79	5.3	79	86	2	574	34	18	29	17	1.94
940377--940481	20	5.3	20	64	11	72	32	19	35	13	1.90
943217--943376	33	4.8	33	72	1	133	46	16	22	13	1.82
943219--943376	66	2.4	66	80	5	185	46	17	22	13	1.83
947211--947246	13	2.8	13	95	0	63	61	11	5	22	1.50
950927--950986	31	1.9	32	86	6	88	40	30	18	11	1.86
959252--959781	84	6.4	84	91	0	834	35	25	16	23	1.94
962421--962502	42	2.0	42	80	9	96	30	23	13	32	1.93
965216--965490	41	6.6	40	80	9	309	34	26	17	22	1.96
965212--965490	84	3.4	83	91	2	427	33	26	17	22	1.96
965216--965497	125	2.3	125	83	4	347	34	26	16	22	1.95
986125--986165	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
986402--986452	23	2.3	23	93	3	86	23	21	27	27	1.99
987535--987665	51	2.6	51	84	8	162	25	16	27	30	1.96
991224--991250	12	2.2	12	100	0	54	18	0	22	59	1.38
1000529--1000623	44	2.2	44	94	0	163	42	12	21	24	1.87
1000702--1000761	30	2.0	30	96	0	111	21	23	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1000652--1000811	80	2.0	80	92	2	268	23	22	33	20	1.97
1000732--1000861	50	2.6	50	88	0	179	27	19	33	20	1.96
1010537--1010587	26	1.9	27	92	4	86	41	41	3	13	1.63
1016535--1016615	6	13.7	6	84	2	74	70	9	7	12	1.34
1016532--1016617	41	2.2	39	83	6	109	72	9	6	11	1.29
1016530--1016624	47	2.0	46	85	4	127	71	8	9	10	1.31
1016623--1016647	8	3.1	8	100	0	50	76	0	24	0	0.80
1017496--1017547	9	6.6	8	79	20	65	76	0	11	11	1.01
1017495--1017538	15	2.9	16	90	10	74	77	0	11	11	1.00
1017497--1017558	23	2.7	24	87	9	94	74	0	12	12	1.08

Tables:   1   2   3   4