genome.fa.s4136.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold286
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  607008

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4144--4183	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
4190--4232	16	2.7	16	92	0	77	32	0	9	58	1.30
4182--4231	23	2.0	25	88	11	77	36	0	8	56	1.29
4190--4231	9	5.1	9	78	21	56	33	0	9	57	1.31
4272--4299	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
10336--10414	30	2.5	30	91	6	122	58	0	1	40	1.06
10338--10418	14	4.6	19	77	18	63	56	0	1	41	1.07
10343--10396	14	3.7	14	90	9	90	59	0	0	40	0.98
17764--17816	14	3.9	14	80	7	56	39	3	0	56	1.17
18591--18632	22	1.9	22	85	0	57	23	16	2	57	1.51
21317--21365	18	2.6	19	75	15	57	48	2	0	48	1.12
24423--24625	105	1.9	104	87	3	291	51	15	19	14	1.77
25018--25056	15	2.6	15	84	8	53	46	2	33	17	1.62
25018--25058	16	2.6	16	84	3	57	46	4	31	17	1.69
26094--26141	18	2.4	21	76	20	66	62	0	0	37	0.95
26103--26141	18	2.2	18	100	0	78	61	0	0	38	0.96
26744--26783	21	1.9	21	89	0	62	52	2	2	42	1.28
26743--26808	12	5.6	12	71	20	50	53	3	3	40	1.32
26755--27008	117	2.1	119	94	5	460	43	6	6	43	1.56
26876--26925	26	2.0	25	84	11	66	54	2	2	42	1.23
29134--29161	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
31525--31558	15	2.3	15	94	0	59	29	11	5	52	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33522--33614	46	2.0	47	91	2	152	4	6	38	50	1.48
33755--33779	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
38689--39067	174	2.2	173	85	5	514	34	7	17	40	1.78
39034--39136	52	2.0	52	94	3	181	44	5	10	38	1.63
39666--39714	24	2.0	25	84	11	66	65	2	0	32	1.04
49238--49884	153	4.3	149	86	5	870	30	9	8	52	1.62
49238--49884	306	2.1	301	89	5	968	30	9	8	52	1.62
49352--49967	306	2.0	300	80	7	690	34	9	7	48	1.64
55309--55371	27	2.3	27	94	0	108	26	28	26	17	1.98
56477--56514	12	3.2	12	92	0	58	28	42	26	2	1.69
61095--61185	4	20.8	4	74	22	69	3	26	0	70	1.03
61082--61209	24	5.4	24	75	15	106	2	30	0	67	1.03
61087--61193	18	5.7	18	77	20	96	2	28	0	68	1.04
61087--61211	10	12.9	10	73	19	79	2	31	0	66	1.05
62436--62611	69	2.6	69	82	0	199	27	28	18	25	1.98
62631--62706	32	2.4	32	84	2	100	31	22	15	30	1.95
63660--63692	15	2.2	15	100	0	66	36	6	12	45	1.66
63517--63917	198	2.0	199	99	0	795	51	5	8	34	1.57
63858--63890	15	2.2	15	100	0	66	36	6	12	45	1.66
68125--68172	15	3.1	15	85	8	53	14	14	4	66	1.39
68125--68172	16	3.1	16	85	8	55	14	14	4	66	1.39
73804--73896	25	3.7	25	73	11	91	29	6	9	54	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76373--76402	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
76374--76403	15	2.0	15	100	0	60	33	6	0	60	1.23
87651--87718	31	2.2	32	89	7	104	26	5	17	50	1.69
91732--91774	16	2.7	16	81	0	50	39	4	11	44	1.62
94971--95095	60	2.1	57	86	5	169	38	19	8	33	1.82
94983--95123	60	2.4	57	79	12	142	34	21	9	34	1.85
97201--97252	21	2.3	22	78	18	54	34	13	7	44	1.72
97739--98457	386	1.9	385	89	2	1129	34	21	13	30	1.92
103247--103278	17	1.9	16	93	6	55	71	18	0	9	1.12
116801--116827	12	2.2	12	100	0	54	44	0	0	55	0.99
129405--129439	18	1.9	18	94	0	61	25	20	2	51	1.61
135241--135766	200	2.6	199	87	1	748	37	22	13	27	1.91
141768--141805	17	2.5	15	87	12	51	34	0	0	65	0.93
149698--149948	138	1.8	138	91	1	414	17	18	16	47	1.82
150989--151016	13	2.2	13	100	0	56	25	17	21	35	1.95
172149--172178	14	2.1	14	93	0	51	26	16	20	36	1.93
176304--176503	92	2.1	93	96	2	366	30	10	14	46	1.77
178458--178507	2	25.0	2	100	0	100	50	50	0	0	1.00
179755--179788	8	4.2	8	84	0	50	61	0	0	38	0.96
186443--186508	32	2.1	32	100	0	132	50	0	12	37	1.40
187719--187762	22	2.0	22	82	8	54	50	11	9	29	1.69
189248--189349	53	2.0	51	86	7	143	43	20	2	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189757--189786	15	1.9	16	93	6	53	86	0	0	13	0.57
190921--191240	166	1.9	166	91	0	523	40	18	15	25	1.89
204151--204212	30	2.0	31	81	9	74	58	0	0	41	0.98
213834--214443	191	3.2	188	79	10	670	32	16	19	32	1.94
214422--214465	21	2.1	21	100	0	88	45	11	18	25	1.82
214550--215092	194	2.8	193	91	1	838	31	16	18	33	1.94
215887--215920	17	1.9	18	88	5	52	32	8	8	50	1.64
216350--216389	20	2.0	20	85	4	55	50	5	0	45	1.23
223294--223363	31	2.3	31	85	2	88	41	12	12	32	1.82
223306--223364	31	1.9	30	89	3	91	40	13	13	32	1.84
224682--224845	79	2.1	80	97	2	314	39	8	8	43	1.66
225763--225822	30	2.0	29	81	9	68	61	3	1	33	1.22
226650--226692	22	2.0	22	81	9	52	55	2	6	34	1.39
242032--242103	30	2.4	29	81	6	81	43	8	12	36	1.73
250415--250486	30	2.4	29	81	6	81	43	8	11	37	1.71
250755--250826	30	2.4	29	81	6	81	43	8	11	37	1.71
250312--250993	340	2.0	340	99	0	1346	43	9	11	36	1.72
254502--254552	25	2.1	23	85	7	66	11	11	0	76	1.02
268795--268820	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
271566--271628	29	2.2	29	86	11	85	44	12	3	39	1.59
272149--272175	4	6.8	4	100	0	54	25	0	25	48	1.52
274298--274364	31	2.2	31	83	5	82	26	7	16	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275500--275569	30	2.3	29	85	9	88	45	5	8	40	1.58
275521--275577	29	1.9	29	92	3	96	45	8	8	36	1.66
278535--278573	18	2.2	18	95	0	69	25	23	5	46	1.73
279076--279698	222	2.8	221	89	3	918	21	17	20	39	1.92
280568--280614	10	4.5	10	82	10	58	46	10	2	40	1.50
282875--282917	15	2.7	15	82	10	50	60	0	0	39	0.97
282878--282929	16	3.3	16	78	5	61	53	0	0	46	1.00
284957--285016	31	1.9	31	86	0	84	38	10	13	38	1.78
286320--286405	31	2.8	31	80	3	84	58	3	9	29	1.46
288214--288684	235	2.0	236	99	0	926	39	10	13	36	1.79
298331--298383	23	2.2	24	83	10	72	49	11	15	24	1.77
298338--298385	23	2.1	23	92	0	78	54	12	12	20	1.70
298299--298446	79	1.9	79	80	5	174	47	14	12	25	1.79
299103--299162	4	15.0	4	92	0	84	45	26	5	23	1.73
301141--301559	209	2.0	210	95	0	759	21	18	22	37	1.94
302406--302436	14	2.1	15	94	5	55	32	0	6	61	1.21
305330--305381	26	2.0	26	100	0	104	57	7	11	23	1.59
307570--307668	48	2.1	48	94	0	171	35	14	13	37	1.84
308703--308782	31	2.6	31	82	4	99	41	18	15	25	1.89
315161--315230	28	2.4	29	85	4	88	31	1	0	67	1.00
321544--321579	16	2.2	17	90	5	56	72	5	0	22	1.05
330862--330928	34	1.9	35	84	3	91	46	13	8	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341545--341598	27	2.0	27	85	3	74	31	1	1	64	1.14
344838--344951	60	1.9	61	85	1	158	35	7	6	51	1.54
345120--345162	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
346246--346294	25	2.0	25	88	4	73	24	0	18	57	1.41
348038--348067	8	3.6	8	95	4	51	16	0	0	83	0.65
349456--349728	135	2.0	136	97	0	521	21	19	5	53	1.64
350317--350383	31	2.2	31	84	7	84	38	11	2	46	1.56
350330--350441	31	3.7	29	75	7	98	41	8	2	47	1.49
351333--351894	280	2.0	281	99	0	1117	40	14	9	35	1.79
352464--352502	19	2.0	20	85	5	53	48	0	2	48	1.15

Tables:   1   2