genome.fa.s4324.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold266
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  653600

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 242 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
467--495	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
6498--6543	21	2.2	21	84	0	56	47	2	0	50	1.13
11878--11959	38	2.2	38	82	4	96	43	1	6	48	1.35
11894--11975	37	2.2	37	84	4	103	48	0	4	46	1.23
14257--14304	25	2.0	23	84	8	60	58	4	14	22	1.54
14495--14744	132	1.9	132	89	3	387	37	10	26	25	1.88
19127--19192	30	2.3	27	80	16	80	3	6	10	80	1.00
19143--19218	34	2.3	33	83	2	89	7	9	11	71	1.32
25171--25215	19	2.3	20	84	3	56	82	4	2	11	0.91
31805--31843	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
32069--32190	23	5.3	23	87	2	174	20	22	27	29	1.99
32069--32190	46	2.7	46	89	2	192	20	22	27	29	1.99
39283--39316	14	2.3	15	90	5	52	50	11	14	23	1.76
39746--39808	31	2.0	31	96	0	117	39	7	9	42	1.67
40070--40144	23	3.3	23	88	3	125	21	21	26	30	1.98
45480--45515	19	1.9	18	88	5	54	33	11	13	41	1.80
45571--45601	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
48723--48752	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
60347--60394	22	2.1	22	84	3	60	54	2	8	35	1.42
63174--63214	21	2.0	21	85	9	57	51	4	4	39	1.45
64860--64999	69	2.0	69	85	0	190	25	14	22	37	1.92
76302--76328	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80192--80234	18	2.4	18	88	0	59	41	44	2	11	1.53
83351--83387	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
88339--88382	22	2.0	21	91	4	70	40	13	4	40	1.65
88780--88830	13	3.9	13	92	0	75	35	31	9	23	1.87
90653--90683	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
104360--104476	44	2.7	44	93	0	198	25	16	29	29	1.97
106318--106372	15	3.7	15	85	0	74	32	3	0	63	1.12
106308--106418	30	3.8	29	72	17	86	34	4	3	57	1.36
106366--106612	122	2.0	123	97	1	469	32	8	4	53	1.53
116506--116557	26	2.0	26	100	0	104	46	11	26	15	1.80
121419--121466	26	2.0	22	84	15	60	39	14	6	39	1.71
121686--121735	25	2.0	24	81	11	57	48	6	6	40	1.52
130136--130242	38	2.8	38	81	2	108	38	19	9	32	1.84
130650--130697	20	2.3	21	82	3	53	81	2	12	4	0.93
131110--131159	19	2.5	21	87	9	70	40	4	0	56	1.18
131986--132011	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
132000--132091	40	2.3	38	83	9	112	30	21	26	21	1.99
132017--132113	40	2.4	40	82	3	124	36	21	22	19	1.95
132150--132299	41	3.6	41	89	0	219	22	21	27	28	1.99
132399--132448	26	1.9	26	83	0	64	54	6	14	26	1.63
133217--133270	21	2.5	20	77	11	54	20	0	42	37	1.52
133287--133451	89	1.9	89	87	2	242	27	1	29	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133962--134249	147	2.0	143	89	5	445	39	14	15	30	1.87
134268--134325	21	2.7	22	78	10	66	29	41	3	25	1.72
138479--138790	43	7.3	43	84	1	315	21	17	29	31	1.97
138498--138790	129	2.3	129	84	0	363	22	18	29	30	1.97
138833--138877	22	2.1	22	91	4	74	37	28	22	11	1.88
143184--143226	18	2.4	18	80	3	61	46	0	0	53	1.00
143546--143599	21	2.6	20	82	11	56	53	0	9	37	1.33
143680--145508	914	2.0	915	99	0	3651	43	9	10	35	1.72
148515--148646	44	2.8	45	80	6	140	21	29	21	26	1.99
148457--148690	50	4.7	50	73	12	162	23	28	20	27	1.99
151473--151594	61	2.0	61	100	0	244	32	8	16	42	1.78
156372--156415	20	2.3	19	80	7	52	47	9	0	43	1.35
160425--160479	21	2.7	20	77	8	65	38	3	3	54	1.36
160492--160543	25	2.0	26	82	10	63	28	0	3	67	1.08
163907--163935	13	2.3	13	94	5	51	27	10	0	62	1.28
166519--166571	11	4.6	11	73	17	54	67	3	3	24	1.23
171067--171121	20	2.7	20	97	2	101	21	18	10	49	1.78
171478--171530	23	2.2	24	96	3	99	41	24	3	30	1.72
172102--172143	21	2.0	21	85	0	57	38	19	26	16	1.92
180832--180877	22	2.0	23	91	4	76	52	10	0	36	1.37
182033--182336	147	2.0	148	93	1	520	40	6	35	18	1.76
182341--182457	36	3.2	36	85	0	153	30	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184913--184977	33	2.0	33	100	0	130	9	26	18	46	1.79
184914--184968	17	3.3	17	69	5	58	9	25	20	45	1.80
190108--190149	18	2.4	17	84	7	57	45	2	14	38	1.58
192294--192340	15	3.1	15	76	14	51	70	4	0	25	1.05
192389--192432	21	2.1	22	83	12	65	65	2	4	27	1.23
192681--192719	7	5.4	7	84	3	51	28	0	0	71	0.86
194702--194758	29	2.0	29	89	0	87	33	17	8	40	1.81
195739--195779	20	2.0	20	86	9	57	39	2	4	53	1.35
196302--196431	49	2.6	50	84	3	183	31	13	23	31	1.93
196489--196535	23	2.0	23	95	0	85	21	14	25	38	1.92
202802--202826	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
203371--203399	14	2.1	14	100	0	58	58	6	6	27	1.50
203792--203852	32	1.9	32	86	0	86	45	13	11	29	1.78
205378--206367	4	247.5	4	99	0	1971	24	0	25	50	1.50
213564--213589	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
214443--214473	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
221857--222013	42	3.7	42	74	5	129	17	23	15	43	1.86
229425--229581	42	3.7	42	77	5	147	14	22	17	45	1.85
229426--229582	21	7.5	21	69	4	84	14	22	17	44	1.86
229425--229579	84	1.8	84	84	2	213	14	22	17	45	1.84
231899--232145	50	4.8	50	78	11	182	24	25	20	28	1.99
238969--239165	56	3.8	50	82	8	209	22	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238932--239165	49	4.6	50	80	8	208	22	26	21	29	1.99
248139--248164	13	2.0	13	100	0	52	23	46	7	23	1.78
252095--252124	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
257207--257231	13	1.9	13	100	0	50	56	12	8	24	1.62
269590--269719	43	3.0	42	79	14	158	21	19	28	30	1.97
270565--270687	24	5.3	22	75	13	113	27	18	13	40	1.88
270565--270730	47	3.6	47	92	1	262	28	19	13	38	1.90
271910--271934	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
275006--275073	17	4.1	16	75	9	57	20	4	0	75	0.98
275016--275081	12	5.5	12	73	16	57	21	6	0	72	1.05
275216--275265	22	2.3	22	86	6	66	24	46	10	20	1.81
275593--275644	25	2.1	25	82	7	61	9	5	28	55	1.55
276172--276360	101	1.8	100	84	7	254	27	16	25	30	1.97
282520--282555	15	2.5	14	86	8	54	44	0	11	44	1.39
286027--286113	13	6.5	14	70	17	51	40	3	21	34	1.71
286027--286115	40	2.2	40	93	0	160	40	3	22	33	1.71
289776--289831	28	2.0	28	96	0	103	28	19	7	44	1.77
289797--289950	75	2.1	75	98	0	299	35	22	5	37	1.76
292468--292498	6	5.3	6	92	7	55	0	12	0	87	0.55
292827--292977	76	2.0	76	97	0	284	54	9	3	33	1.49
293978--294010	8	4.4	8	85	14	52	12	12	51	24	1.73
302421--302499	25	3.2	25	79	0	95	32	13	18	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303623--303685	31	2.0	31	100	0	126	46	9	15	28	1.78
308194--308237	23	1.9	23	100	0	88	40	18	6	34	1.77
318685--318724	21	1.9	21	85	10	55	15	25	25	35	1.94
323368--323423	21	2.7	21	82	0	76	28	8	33	28	1.87
326852--326932	39	2.1	39	95	0	144	19	17	9	53	1.71
327240--327428	30	6.2	30	96	1	351	38	10	0	51	1.35
327474--327606	43	3.0	43	92	2	212	9	49	3	36	1.54
329034--329092	16	3.2	19	68	18	61	10	23	8	57	1.59
329023--329097	36	2.1	36	100	0	150	14	22	8	54	1.66
329412--329482	19	3.6	19	88	7	106	36	11	15	36	1.83

Tables:   1   2   3