genome.fa.s4437.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold338
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  543359

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143--214	33	2.2	33	80	5	83	54	12	27	5	1.60
241--277	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
2441--2484	18	2.3	19	85	14	56	61	2	4	31	1.28
4954--5195	121	2.0	121	97	0	457	31	18	23	26	1.97
14715--15234	259	2.0	260	99	0	1033	41	10	6	42	1.63
15711--15739	15	2.0	15	93	6	51	68	0	3	27	1.05
16370--16428	31	1.9	31	82	6	75	10	27	11	50	1.71
18175--18263	46	2.0	44	83	14	112	16	6	21	55	1.64
18201--18263	23	2.7	23	81	16	85	15	6	20	57	1.61
19067--19130	31	2.1	31	96	0	119	32	15	0	51	1.44
19175--19247	37	2.0	37	100	0	146	41	13	8	36	1.75
24162--24227	13	5.1	13	81	0	78	36	21	7	34	1.82
24375--24408	18	1.9	18	88	5	52	32	8	20	38	1.84
24545--24648	26	3.7	26	72	20	91	3	35	16	44	1.66
27846--27870	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
29471--29572	41	2.5	41	90	3	152	27	19	25	27	1.99
30557--30604	18	2.7	18	90	0	78	35	12	10	41	1.77
31035--31168	71	1.9	72	88	1	207	21	6	14	56	1.61
32562--32604	21	2.0	21	100	0	86	32	13	27	25	1.94
32889--32938	17	2.8	18	72	22	52	54	6	4	36	1.44
33243--33293	26	2.0	26	84	0	66	39	21	5	33	1.78
37080--37179	43	2.3	43	94	0	173	23	31	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37536--37582	21	2.2	21	96	0	85	2	46	19	31	1.61
39731--39783	27	2.0	25	82	13	63	16	3	1	77	1.01
39988--40040	22	2.3	24	87	9	76	33	43	0	22	1.54
40011--40080	17	3.9	17	72	20	61	31	44	2	21	1.67
39990--40101	38	2.9	38	83	1	143	33	42	3	19	1.69
41133--41208	21	3.8	20	73	16	68	36	39	5	18	1.73
41755--41881	41	3.1	41	87	0	182	29	26	23	20	1.99
41916--42027	40	2.8	40	78	9	113	24	20	20	34	1.96
43200--43245	22	2.1	22	88	8	67	43	13	2	41	1.55
48453--48482	13	2.4	12	94	5	51	33	0	33	33	1.58
55962--56021	18	3.1	20	75	13	63	15	6	1	76	1.06
71418--71479	26	2.5	26	84	7	85	38	6	17	37	1.76
71580--71629	23	2.2	22	82	3	64	34	6	2	58	1.34
71807--71837	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
72122--72166	7	6.7	7	87	7	67	73	2	0	24	0.95
80670--80716	12	3.2	16	69	25	50	61	4	2	31	1.27
92908--92933	9	2.9	9	100	0	52	69	11	0	19	1.18
92883--92924	21	1.9	23	85	9	61	64	16	0	19	1.30
100309--100345	19	1.9	19	89	10	58	32	0	21	45	1.52
118100--118146	9	5.2	9	85	10	69	29	12	0	57	1.36
118130--118707	288	2.0	288	100	0	1156	34	17	10	36	1.85
124973--125006	17	2.0	17	100	0	68	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126391--126500	47	2.4	44	77	15	114	49	3	3	43	1.37
126391--126513	50	2.5	51	76	16	132	49	3	3	43	1.34
127952--128061	47	2.4	44	77	15	114	49	3	3	43	1.37
137844--137996	76	2.0	76	96	0	279	48	14	9	28	1.74
155303--155327	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
156212--156293	25	3.3	25	77	3	85	26	18	18	36	1.94
161458--161511	21	2.6	20	80	8	63	29	9	31	29	1.88
168725--168855	44	3.0	44	72	6	131	25	23	19	30	1.98
168713--168871	87	1.8	87	90	0	255	23	23	20	32	1.98
168712--168832	44	2.8	44	73	6	120	23	24	22	29	1.99
168893--169503	44	13.8	44	91	1	997	22	28	21	27	1.99
168893--169503	133	4.6	132	92	0	997	22	28	21	27	1.99
168860--169503	177	3.6	177	91	0	1020	22	28	21	27	1.99
170764--170800	13	2.6	15	83	12	51	13	18	0	67	1.23
183370--183430	24	2.5	24	83	2	68	37	9	6	45	1.63
183378--183439	24	2.5	25	84	5	81	40	8	6	45	1.59
183426--183455	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
189518--190578	45	24.0	45	75	7	707	29	16	23	30	1.96
189518--190500	134	7.4	134	83	5	1023	29	16	23	30	1.96
189520--190642	89	12.7	88	81	6	1078	29	16	23	30	1.96
190206--190648	44	10.0	44	77	3	433	30	14	23	31	1.94
200968--201022	14	4.0	14	72	9	51	63	0	3	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202515--202573	27	2.2	27	100	0	118	35	13	15	35	1.87
203141--203230	45	2.0	45	91	0	144	34	15	12	37	1.85
203985--204061	34	2.2	34	81	6	84	33	5	14	46	1.66
206805--206843	18	2.2	18	90	0	60	48	2	25	23	1.63
208627--208750	43	2.9	41	73	4	113	30	14	21	33	1.93
209380--209462	26	3.3	25	79	16	66	22	25	20	31	1.98
213465--213500	15	2.4	15	85	0	54	33	16	13	36	1.89
214197--214260	32	2.0	32	100	0	128	25	15	28	31	1.96
218126--218160	18	1.9	18	94	0	61	5	0	28	65	1.15
224532--225162	122	4.9	132	89	4	845	29	24	19	26	1.98
224923--225103	44	4.1	44	67	18	117	30	24	18	25	1.98
225162--225337	87	2.0	88	84	3	230	25	22	22	30	1.99
228123--228164	16	2.6	17	85	14	54	11	14	0	73	1.09
228118--228163	15	3.1	15	81	12	51	13	19	0	67	1.23
228644--228702	1	59.0	1	79	0	64	0	0	10	89	0.47
228644--228702	9	6.3	9	86	9	75	0	0	10	89	0.47
228647--228703	21	2.7	21	91	2	87	0	0	12	87	0.54
234489--234519	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
234539--234572	3	11.7	3	87	6	52	64	0	0	35	0.94
237944--237989	4	11.5	4	86	9	67	47	23	2	26	1.63
240426--240453	13	2.2	13	100	0	56	50	0	0	50	1.00
240681--240710	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244938--244963	11	2.4	11	100	0	52	7	7	0	84	0.77
245125--245154	10	3.0	10	100	0	60	60	0	0	40	0.97
248745--248778	14	2.5	14	90	4	52	20	0	0	79	0.73
248745--248778	13	2.5	13	90	9	50	20	0	0	79	0.73
248786--248848	27	2.3	27	86	5	83	36	0	1	61	1.05
248740--248844	39	2.7	38	72	12	97	34	0	0	63	1.07
251226--251333	37	3.0	33	74	16	90	50	3	2	42	1.34
251232--251286	25	2.2	25	81	12	60	49	5	1	43	1.36
253143--253172	15	2.0	15	100	0	60	26	33	0	40	1.57
257317--257398	26	3.1	27	85	7	105	37	17	21	23	1.93
257335--257509	27	6.7	27	79	10	150	34	16	21	26	1.95
257361--257515	54	2.9	55	82	8	189	32	18	21	27	1.97
257361--257517	27	6.0	26	79	10	151	32	18	21	27	1.97
257626--257856	32	7.2	32	70	17	117	20	19	22	38	1.94
257689--257829	64	2.2	64	87	2	194	19	19	23	37	1.94
257905--257955	26	2.0	26	88	0	75	23	27	15	33	1.95
261162--261209	25	1.9	25	83	8	62	41	6	8	43	1.60
266169--266227	16	3.4	17	76	9	57	69	1	1	27	1.07
266185--266236	16	3.2	16	71	12	52	69	3	0	26	1.06
266169--266243	34	2.3	33	80	19	95	68	2	2	26	1.17
266169--266236	33	2.0	34	88	8	104	69	2	1	26	1.12
281300--281340	21	2.0	21	85	0	55	26	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284118--284150	16	2.1	16	94	0	57	39	6	33	21	1.78
284132--284224	44	2.1	46	93	4	163	27	4	31	36	1.76
284132--284237	39	2.5	44	85	11	141	29	3	32	34	1.75
294647--294688	20	2.1	20	100	0	84	33	28	16	21	1.95
294845--294887	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
296245--296396	75	2.0	76	98	1	297	38	13	6	41	1.71
297886--298110	90	2.4	92	83	8	260	46	12	7	33	1.70
298924--298952	14	2.1	14	93	6	51	82	13	0	3	0.79
299280--299366	44	2.0	44	95	0	156	49	20	11	18	1.78
300400--300481	32	2.6	29	78	17	76	41	10	9	37	1.73

Tables:   1   2