genome.fa.s575.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold347
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  466911

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
517--746	122	1.9	122	93	1	399	28	24	16	30	1.97
1801--1831	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
4102--4158	24	2.4	25	80	14	66	26	1	10	61	1.38
11832--11861	12	2.5	12	100	0	60	50	0	13	36	1.42
16761--16794	12	2.8	12	90	0	50	58	0	8	32	1.29
21780--21948	40	4.2	40	84	0	176	31	21	19	27	1.98
24601--24807	80	2.6	80	81	3	229	33	19	23	23	1.97
24610--24817	40	5.2	39	82	5	202	32	20	22	24	1.98
25292--25387	29	3.4	28	78	8	88	22	1	30	45	1.59
25874--25922	19	2.6	19	78	9	55	42	8	0	48	1.32
26423--26478	18	3.3	17	75	7	51	62	0	1	35	1.06
38124--38238	50	2.3	50	80	0	140	28	22	28	20	1.98
41519--41545	14	1.9	14	100	0	54	81	3	0	14	0.82
53001--53223	94	2.4	94	85	1	277	33	17	21	27	1.96
55894--55940	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
56609--56806	27	7.3	27	83	0	198	39	20	16	22	1.92
56620--56806	54	3.5	54	81	5	227	39	21	16	21	1.92
56609--56806	81	2.4	81	82	3	229	39	20	16	22	1.92
57172--57255	28	3.0	29	91	6	138	23	20	23	32	1.98
57706--57927	111	2.0	111	97	0	417	33	27	10	28	1.90
64988--65057	22	3.3	21	75	16	63	52	1	0	45	1.09
64998--65057	22	2.8	22	80	12	70	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65016--65057	20	2.0	20	86	9	57	54	0	0	45	0.99
65623--65675	27	2.0	26	85	10	72	13	18	1	66	1.34
66214--66414	100	2.0	101	99	0	395	36	7	6	48	1.58
67652--67688	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
68497--68522	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
71034--71138	49	2.1	49	92	0	174	32	22	25	19	1.97
71065--71231	74	2.2	75	78	11	175	34	20	25	19	1.96
77002--77057	27	2.1	26	83	9	69	14	19	1	64	1.38
77454--77489	17	2.1	17	89	0	54	63	2	0	33	1.08
78876--78931	27	2.1	26	83	9	69	14	19	1	64	1.38
79328--79363	17	2.1	17	89	0	54	63	2	0	33	1.08
81186--81234	23	2.1	23	96	0	89	48	22	2	26	1.61
81186--81243	23	2.5	23	88	5	73	53	20	1	24	1.55
81473--81519	3	15.7	3	100	0	94	34	65	0	0	0.93
87570--87904	98	3.4	98	95	0	598	37	24	10	26	1.88
89724--90524	44	18.8	43	69	16	395	26	23	20	29	1.99
89724--90037	128	2.5	128	88	2	452	28	21	19	29	1.98
90037--90524	45	11.3	44	72	17	335	25	25	20	28	1.99
90037--90227	89	2.1	90	91	0	321	25	25	21	27	1.99
90345--90519	89	2.0	90	96	1	325	22	27	20	29	1.99
89898--90608	297	2.4	298	95	0	1293	26	24	20	28	1.99
102196--102488	98	3.0	98	93	0	514	37	25	10	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103036--103078	21	2.1	20	82	4	50	65	6	2	25	1.30
113039--113128	25	3.6	25	76	4	85	21	23	20	35	1.96
118016--118042	14	1.9	14	100	0	54	14	7	14	62	1.51
119357--119406	26	1.9	26	84	8	66	32	4	8	56	1.47
122918--122955	19	2.0	19	100	0	76	52	5	36	5	1.47
124189--124230	17	2.4	18	92	7	70	57	2	0	40	1.12
124207--124257	26	2.0	27	88	7	79	54	3	1	39	1.30
125600--125645	24	1.9	24	90	0	74	30	2	13	54	1.50
130531--130560	16	1.9	16	93	6	53	40	0	13	46	1.43
142911--142952	21	2.0	21	100	0	84	42	19	14	23	1.87
146902--146995	45	2.1	45	100	0	188	23	22	10	43	1.84
148162--148239	24	3.2	24	64	25	63	28	12	17	41	1.87
148152--148249	50	2.0	50	100	0	196	27	13	20	38	1.90
150210--150264	27	2.0	27	100	0	110	36	3	18	41	1.68
156708--156866	39	4.1	39	100	0	318	22	12	15	49	1.77
161687--161955	43	6.3	42	83	6	299	26	32	17	22	1.97
163123--163156	17	1.9	18	94	5	61	55	0	5	38	1.24
165867--165974	40	2.7	39	80	2	117	20	21	19	38	1.93
165842--165977	39	3.5	39	78	5	132	19	20	19	39	1.92
169952--170026	32	2.2	35	81	9	93	20	4	17	58	1.54
170726--170773	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
170741--170828	45	2.0	45	90	0	140	51	11	0	37	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171235--171273	18	2.2	18	95	0	69	38	7	30	23	1.83
172084--172121	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
172801--172838	11	3.5	11	89	7	51	63	0	0	36	0.95
175984--176021	18	2.1	19	95	5	69	50	0	2	47	1.15
176023--176047	11	2.3	11	100	0	50	44	0	8	48	1.32
176612--176659	21	2.2	20	85	10	60	31	4	10	54	1.53
178010--178034	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
184260--184303	17	2.5	18	85	10	56	34	4	4	56	1.40
186618--186666	25	2.0	25	100	0	98	48	4	0	46	1.20
189557--189593	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
190464--190494	5	6.2	5	92	0	53	19	19	16	45	1.86
190693--190732	17	2.4	16	91	4	62	42	2	10	45	1.51
191016--191047	6	5.3	6	100	0	64	34	0	15	50	1.45
191075--191112	17	2.2	17	86	9	51	55	0	10	34	1.34
192950--192988	20	1.9	20	85	15	53	20	12	7	58	1.58
198430--198462	16	2.1	15	94	5	57	69	0	3	27	1.03
201641--201686	13	3.5	13	76	5	56	4	13	13	69	1.33
201632--201687	27	2.1	27	100	0	112	3	10	14	71	1.26
208912--208962	20	2.7	19	80	17	61	31	0	1	66	1.03
209699--209758	18	3.3	18	79	6	59	68	1	0	30	0.99
213154--213191	18	2.1	18	85	9	51	28	0	5	65	1.14
213982--214055	29	2.5	29	86	4	94	50	16	13	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225046--225220	86	2.0	87	98	1	343	45	9	10	34	1.71
225198--225268	29	2.4	29	81	13	90	43	14	11	30	1.80
225793--225834	22	1.9	22	85	9	59	30	0	11	57	1.35
225793--225834	20	2.0	21	90	4	68	30	0	11	57	1.35
226006--226061	29	1.9	29	81	0	67	25	21	19	33	1.97
228355--228394	20	2.0	20	85	5	53	40	5	0	55	1.22
231155--231218	28	2.4	26	82	15	69	76	1	12	9	1.08
237652--237705	27	2.0	27	92	0	90	40	16	9	33	1.80
238204--238229	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
239033--239062	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
242932--242975	21	2.1	21	87	8	63	52	4	4	38	1.42
245857--245898	21	2.0	21	95	0	75	33	14	11	40	1.82
247151--247479	169	1.9	170	86	1	464	28	21	23	27	1.99
248321--248425	53	2.0	53	92	3	176	28	11	13	46	1.77
253261--253312	22	2.4	22	100	0	104	3	57	0	38	1.17
253536--253659	26	4.7	25	69	25	85	20	7	4	67	1.31
253537--253659	39	3.1	39	68	19	101	21	7	4	67	1.32
253491--253659	80	2.1	81	96	3	315	21	7	3	66	1.32
259474--259580	41	2.6	41	83	4	128	40	17	25	16	1.91
259992--260040	17	2.5	21	71	28	61	22	14	22	40	1.90
260001--260038	17	2.2	17	95	0	67	18	15	23	42	1.89
272433--272469	19	2.0	20	89	10	60	29	10	21	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274462--274497	15	2.2	16	90	9	56	72	0	0	27	0.85
277850--277887	17	2.2	18	85	4	51	42	5	0	52	1.24
279371--279412	21	2.0	21	81	13	50	11	11	14	61	1.56
279509--279562	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
283068--283462	201	2.0	202	92	0	666	38	16	4	40	1.70
283485--283765	70	4.0	70	83	5	327	45	18	9	25	1.79
283482--283741	139	1.9	139	84	3	353	45	18	8	26	1.79
283905--283935	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
284588--284701	41	2.8	41	81	2	140	30	28	21	19	1.97
284832--284871	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2