genome.fa.s641.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold440
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  457504

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
490--556	31	2.1	32	91	5	109	43	22	16	17	1.88
1155--1192	17	2.2	17	100	0	76	5	50	13	31	1.63
2015--2181	83	2.0	83	96	0	307	31	17	10	40	1.84
2713--2774	32	1.9	31	81	12	72	37	35	3	24	1.72
2719--2796	39	2.0	40	87	2	113	37	38	2	21	1.68
3514--3588	31	2.4	32	84	2	98	38	38	1	21	1.62
4396--4947	114	4.9	114	80	6	570	26	25	23	25	2.00
5400--5434	4	8.8	4	100	0	70	48	0	0	51	1.00
6776--6824	20	2.5	20	83	3	55	63	6	2	28	1.30
7186--7224	8	4.9	8	96	0	69	51	25	10	12	1.71
9608--9655	21	2.3	21	88	0	69	25	10	52	12	1.71
18601--18639	8	4.9	8	96	0	69	51	25	10	12	1.71
25585--26215	324	1.9	324	89	1	987	32	14	22	30	1.94
32147--32252	41	2.6	41	90	0	176	24	30	18	26	1.98
32148--32308	41	3.9	41	84	3	155	27	27	18	25	1.98
37280--37327	19	2.5	20	83	12	64	16	14	12	56	1.68
38123--38151	15	1.9	15	100	0	58	44	6	34	13	1.71
42071--42238	42	4.0	42	88	1	237	25	20	19	34	1.96
42071--42238	85	2.0	84	88	1	246	25	20	19	34	1.96
42299--42332	14	2.4	14	95	0	59	58	20	8	11	1.59
42556--42626	21	3.4	21	84	0	88	4	47	16	30	1.66
77390--77418	5	5.8	5	100	0	58	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84723--84782	18	3.5	18	75	11	54	30	0	1	68	0.99
88046--88108	26	2.4	26	77	12	67	61	1	4	31	1.26
88170--88194	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
88673--88713	19	2.1	20	90	4	66	80	2	9	7	0.99
94227--94514	110	2.6	110	87	3	418	34	21	15	28	1.94
94902--94946	3	15.0	3	90	0	72	64	2	2	31	1.18
95874--95919	24	2.0	23	84	12	60	4	17	19	58	1.55
96551--97918	129	10.6	129	89	2	2025	25	21	21	31	1.98
96604--97960	44	31.5	44	69	11	245	25	21	22	31	1.98
97938--98221	85	3.3	82	75	12	275	28	22	19	29	1.98
98024--98313	44	6.7	44	74	9	204	26	22	20	30	1.98
97763--98315	173	3.2	172	84	6	658	26	22	20	30	1.98
99677--99722	21	2.2	21	92	0	74	13	2	4	80	0.95
100309--100498	93	2.0	95	92	4	321	51	4	14	28	1.63
104102--104160	3	19.7	3	96	0	109	64	0	1	33	1.04
105083--105128	24	2.0	23	84	12	60	4	17	19	58	1.55
113178--113204	12	2.2	12	100	0	54	0	7	7	85	0.75
135698--135775	38	2.1	38	95	0	138	44	15	24	15	1.85
147608--147693	25	3.1	27	77	19	97	60	4	2	32	1.30
152927--152982	5	11.0	5	79	11	60	76	5	0	17	0.96
153845--153885	21	1.9	22	85	5	57	24	19	0	56	1.42
156091--156302	76	2.8	76	83	0	253	34	21	19	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157242--157783	106	5.1	106	89	2	755	34	16	16	32	1.92
157844--157874	15	2.1	15	93	0	53	64	6	9	19	1.45
158798--158826	14	2.1	14	93	6	51	6	3	6	82	0.93
159288--159328	6	6.8	6	100	0	82	65	17	0	17	1.27
159685--159731	17	2.7	18	86	6	69	2	0	25	72	0.96
160456--160617	45	3.6	44	83	6	166	26	21	22	29	1.99
160733--161028	128	2.3	129	86	3	400	28	19	22	30	1.98
160838--161027	44	4.5	41	72	10	141	27	19	24	27	1.99
161115--162849	100	17.4	100	86	1	2208	25	19	21	33	1.97
162847--163297	132	3.4	132	85	5	628	26	24	19	28	1.99
163938--163984	19	2.5	19	86	6	60	44	10	19	25	1.82
165487--165922	106	4.1	106	91	1	658	33	16	17	31	1.93
166089--166207	9	13.8	8	74	22	59	61	4	3	31	1.31
166154--166213	3	19.7	3	86	10	86	63	5	0	31	1.16
166946--166974	14	2.1	14	93	6	51	6	3	6	82	0.93
170589--171030	144	3.1	143	83	4	559	32	15	23	28	1.95
176645--176678	6	5.5	6	89	3	50	14	20	29	35	1.93
180588--180640	17	3.1	17	97	0	97	43	3	28	24	1.71
183848--183896	24	2.0	24	84	7	64	34	6	2	57	1.35
187798--187844	18	2.6	18	93	0	76	29	21	19	29	1.97
197790--197834	22	2.0	22	91	0	72	11	22	22	44	1.84
197922--198232	43	7.3	42	85	1	345	26	29	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197922--198232	129	2.4	128	83	2	390	26	29	19	25	1.99
197922--198228	86	3.6	85	83	2	391	26	29	19	25	1.99
202834--203075	89	2.8	84	88	7	339	43	26	2	27	1.67
203158--203191	15	2.3	15	85	5	52	35	29	0	35	1.58
203687--203795	41	2.6	41	92	1	173	30	24	20	24	1.99
225032--225062	16	2.0	16	93	6	55	16	6	6	70	1.29
225916--225974	17	3.4	17	77	11	57	13	20	30	35	1.91
228160--228203	18	2.4	19	77	11	56	25	25	13	36	1.92
231885--231962	32	2.5	30	84	10	104	37	2	0	60	1.11
235239--235263	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
235979--236060	29	2.8	30	80	10	96	51	20	19	8	1.73
240695--240749	21	2.5	22	76	8	58	70	10	12	5	1.31
240697--240750	22	2.5	21	80	14	56	70	11	12	5	1.32
241416--241477	31	2.1	30	87	6	90	51	8	0	40	1.31
241416--241480	29	2.2	28	84	10	78	50	7	0	41	1.31
248377--248415	20	2.0	20	89	0	60	48	5	0	46	1.24
248213--248525	155	2.0	156	99	0	619	43	10	3	42	1.56
257702--257862	2	80.5	2	100	0	322	49	0	0	50	1.00
258728--258799	37	2.0	36	89	8	110	41	12	22	23	1.88
261456--261492	15	2.4	15	90	4	56	24	13	35	27	1.93
261950--262032	30	2.8	30	77	3	78	18	13	27	40	1.87
266235--266308	29	2.4	30	80	10	80	43	8	1	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266326--266382	28	2.0	27	83	6	69	35	3	3	57	1.33
266631--266952	109	3.0	109	90	0	504	31	16	18	33	1.93
271033--271135	9	10.4	9	71	15	71	56	0	1	40	1.17
271029--271135	31	3.5	31	83	12	141	56	0	1	41	1.17
271037--271134	50	2.0	49	82	6	117	57	1	2	39	1.17
273541--273599	31	1.9	31	92	0	100	42	5	10	42	1.60
274251--274307	28	1.9	31	83	16	77	63	1	1	33	1.15
279083--279118	18	2.0	18	94	0	63	33	19	11	36	1.87
284184--284233	20	2.6	19	93	3	82	56	12	0	32	1.36
284169--284217	10	5.0	10	77	20	50	61	10	0	28	1.29
287873--288072	109	1.9	106	93	3	346	37	7	16	40	1.75
292591--292636	23	2.0	23	100	0	92	39	21	13	26	1.90
303024--303080	15	3.8	15	92	0	96	12	12	12	63	1.53
303013--303077	30	2.2	30	86	5	87	12	13	13	60	1.60
303543--303603	29	2.1	28	82	8	70	39	11	19	29	1.87
303722--303784	32	2.0	30	81	6	72	19	0	23	57	1.41
303786--303867	29	2.8	29	85	5	103	36	4	25	32	1.77
313479--313540	25	2.5	25	91	0	97	19	22	11	46	1.81
315924--316032	57	1.9	57	92	3	184	23	25	20	30	1.98
329995--330032	20	1.9	20	100	0	76	34	7	15	42	1.76
330877--330934	7	7.8	8	88	9	63	36	0	0	63	0.94
336685--336713	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339068--339098	15	2.0	16	93	6	55	70	12	0	16	1.16
342520--342555	18	2.0	18	100	0	72	33	27	11	27	1.91
347399--347426	14	2.0	14	100	0	56	57	0	14	28	1.38
348309--348353	22	2.2	19	84	11	54	66	4	4	24	1.29
348954--349002	21	2.4	21	79	3	55	57	2	2	38	1.22
353770--353807	15	2.6	15	83	4	51	44	15	7	31	1.75
353774--353841	34	2.0	35	85	2	93	44	13	7	35	1.71
356767--356793	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
364672--364726	16	3.4	16	79	2	56	1	3	25	69	1.15
373515--373560	15	2.8	17	80	9	51	58	2	2	36	1.22

Tables:   1   2