genome.fa.s696.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold309
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1359455

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489--2577	43	2.1	43	84	0	115	30	23	22	23	1.99
3470--3541	21	3.2	21	64	21	56	20	18	12	48	1.80
3468--3685	45	4.8	45	90	0	310	21	20	12	45	1.84
10658--10697	20	2.0	20	85	5	53	57	0	10	32	1.32
13496--13773	132	2.1	132	91	0	430	28	22	20	28	1.99
13575--13796	44	5.0	45	71	13	149	29	23	16	30	1.96
13575--13928	176	2.0	176	84	5	450	29	23	17	30	1.97
13746--14039	132	2.2	131	86	3	403	27	22	19	30	1.98
13371--14039	308	2.2	308	90	0	1036	27	22	18	30	1.98
26903--27908	132	7.5	133	72	13	500	26	22	20	31	1.98
27457--27653	44	4.5	43	71	13	143	24	21	20	32	1.98
27251--27565	175	1.8	175	81	2	400	26	21	20	31	1.98
27324--27940	131	4.7	132	83	2	697	24	22	20	31	1.98
27247--27613	175	2.1	173	77	5	369	26	21	20	31	1.98
27324--27921	263	2.3	262	85	2	779	25	22	21	31	1.98
27864--27965	43	2.3	43	83	1	123	29	23	22	24	1.99
27601--28237	306	2.1	307	90	1	992	25	21	21	31	1.98
27454--28007	131	4.2	130	82	4	517	25	22	21	31	1.98
27758--28096	175	1.9	174	87	0	498	25	22	21	31	1.98
27932--28228	132	2.2	132	89	2	454	25	20	21	31	1.98
28233--28407	88	2.0	89	85	3	235	21	24	25	28	1.99
29633--29666	15	2.3	15	90	10	52	2	8	0	88	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29663--29803	48	2.9	47	81	5	165	14	19	21	45	1.85
30631--30672	22	1.9	22	85	9	59	9	19	0	71	1.13
30657--30692	14	2.5	15	86	9	56	16	8	2	72	1.21
30686--30749	25	2.5	26	84	5	76	12	6	6	75	1.19
35028--35097	25	2.7	25	82	4	77	58	8	7	25	1.53
36567--36683	45	2.6	46	86	1	155	21	20	11	47	1.81
45253--45308	25	2.2	25	87	6	78	23	10	26	39	1.87
45674--46034	180	2.0	180	98	1	697	32	9	14	43	1.78
46457--46495	16	2.4	16	82	0	51	35	23	25	15	1.94
47735--47780	11	3.8	12	76	18	51	30	2	2	65	1.16
53262--53308	17	2.9	16	90	6	69	72	0	14	12	1.13
54563--54890	88	3.7	88	91	0	505	27	22	26	24	2.00
54912--55739	267	3.1	266	92	1	1343	26	19	27	26	1.99
55610--55849	100	2.4	100	87	2	322	28	21	24	25	1.99
55663--55844	50	3.6	50	73	5	161	28	23	24	24	2.00
56530--56555	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
56783--56817	17	2.1	17	100	0	70	17	22	5	54	1.64
64962--64993	12	2.7	12	95	0	55	25	0	0	75	0.81
70557--70606	16	3.1	16	82	5	57	14	4	18	64	1.44
76979--77031	22	2.5	22	78	9	56	41	1	11	45	1.51
81558--81626	26	2.7	26	95	0	120	21	30	24	23	1.99
94557--94629	25	2.9	25	87	4	103	30	28	19	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94549--94630	25	3.3	25	82	3	94	28	30	19	21	1.98
94549--94646	25	3.9	25	81	2	72	29	31	17	21	1.96
94658--94719	25	2.5	25	89	0	88	33	24	14	27	1.94
94645--94739	25	3.8	25	75	12	70	31	24	15	28	1.96
95764--95806	20	2.0	23	86	13	65	44	2	4	48	1.36
95786--95904	33	3.6	33	70	18	95	42	5	2	50	1.37
95779--95912	66	2.0	64	86	9	182	44	4	2	48	1.38
96510--96561	17	2.7	19	77	17	54	42	21	15	21	1.89
96960--96997	15	2.5	15	84	12	51	71	5	2	21	1.19
105912--105960	20	2.5	20	93	0	80	40	6	14	38	1.71
107554--107624	3	23.3	3	73	13	56	28	4	2	64	1.26
107558--107624	18	3.7	17	77	13	62	28	4	2	64	1.28
107557--107624	25	2.6	25	77	13	66	27	4	2	64	1.27
107767--107821	2	29.0	2	76	10	53	45	0	1	52	1.11
107846--107877	15	2.1	15	100	0	64	31	31	0	37	1.58
108147--108446	109	2.8	109	87	2	439	29	18	17	35	1.93
109914--109973	25	2.4	25	81	10	77	28	23	21	26	1.99
109916--110057	49	2.9	49	84	3	187	30	22	21	24	1.99
109922--110053	25	5.3	25	75	13	112	31	21	22	24	1.99
113738--113853	61	1.9	61	82	3	144	20	11	25	42	1.85
113755--113871	61	1.9	61	79	10	132	23	12	23	40	1.89
113922--113997	30	2.5	30	84	0	98	17	15	27	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117605--117753	61	2.5	61	86	3	205	18	13	27	40	1.88
118631--118690	25	2.3	26	80	5	68	15	8	10	66	1.43
120332--120369	19	2.0	19	100	0	76	36	0	5	57	1.21
126839--126894	20	2.8	20	75	15	55	28	1	1	67	1.10
134780--134809	12	2.5	12	94	0	51	20	30	36	13	1.90
136912--136940	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
149859--149897	11	3.5	11	82	6	51	38	2	0	58	1.12
153755--153806	26	2.0	26	88	7	79	32	7	17	42	1.77
160875--160993	50	2.4	50	83	7	143	31	31	11	26	1.92
165707--165832	50	2.5	50	86	8	168	25	30	16	27	1.97
170673--170955	41	6.9	41	89	0	422	22	22	26	28	1.99
171917--171955	15	2.7	15	92	4	62	28	0	33	38	1.57
171910--171970	22	2.8	22	76	0	68	29	0	31	39	1.57
176202--176473	43	6.3	43	85	5	345	22	16	26	33	1.96
176202--176473	128	2.1	129	85	4	370	22	16	26	33	1.96
181450--181488	20	1.9	20	89	5	60	25	10	5	58	1.51
186508--186555	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
186856--186902	24	2.0	24	100	0	94	44	8	17	29	1.78
188931--189111	92	2.0	92	93	0	308	40	9	12	37	1.76
191926--191972	21	2.2	21	88	0	67	31	29	27	10	1.90
192097--192153	21	2.7	21	72	0	60	21	28	33	17	1.96
199620--199767	62	2.5	59	80	16	150	53	10	4	32	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202102--202150	24	2.2	23	82	17	59	75	2	16	6	1.09
203560--203609	5	10.0	5	75	16	50	74	0	0	26	0.83
203563--203609	21	2.3	22	82	14	64	72	0	0	27	0.85
204576--204620	16	2.9	16	86	3	65	22	8	8	60	1.55
204575--204620	15	3.0	15	81	6	56	23	8	8	58	1.56
208543--208657	13	9.5	13	75	19	124	46	13	0	39	1.48
208543--208657	36	3.2	36	92	4	173	46	13	0	39	1.48
208541--208666	23	5.3	23	77	14	123	46	12	0	39	1.48
210150--210181	10	3.1	11	86	13	50	75	0	0	25	0.81
216499--216532	13	2.5	13	90	4	50	76	0	20	2	0.92
216631--216681	23	2.3	23	89	3	77	47	9	0	43	1.36
220919--220943	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
232653--232686	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
237738--237953	100	2.1	101	87	0	308	31	13	24	30	1.94
244610--244642	17	1.9	17	93	0	57	75	0	0	24	0.80
245198--245275	33	2.4	32	81	10	86	33	17	23	25	1.96
245061--245320	101	2.6	101	85	1	335	30	16	25	27	1.97
251412--251453	20	2.1	20	100	0	84	59	4	9	26	1.48
253703--254293	294	2.0	295	99	0	1175	44	7	14	32	1.74
255959--255998	11	3.6	11	96	0	71	20	25	7	47	1.75
256189--256231	11	3.8	11	81	3	50	39	0	0	60	0.97
256723--256848	30	4.2	29	78	6	119	33	23	3	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256723--256848	59	2.1	60	82	4	148	33	23	3	39	1.71
257604--257718	30	3.9	29	75	4	115	30	22	6	40	1.78
258245--258324	4	20.5	4	75	19	71	76	1	22	0	0.86
258245--258324	11	7.2	11	78	12	65	76	1	22	0	0.86
258272--258329	17	3.5	17	72	21	52	77	1	20	0	0.86
258248--258329	15	5.4	14	77	11	65	78	1	20	0	0.83
258262--258336	33	2.3	33	84	6	91	78	1	18	1	0.89
258647--258690	21	2.2	19	92	8	70	81	0	18	0	0.68
259221--259325	16	6.2	16	75	10	84	28	11	11	48	1.74
259220--259327	18	6.4	17	73	12	78	29	11	11	48	1.73

Tables:   1   2   3   4   5