genome.fa.s754.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold433
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  252396

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
950--987	17	2.2	18	86	13	53	65	5	18	10	1.41
9782--9833	24	2.1	24	85	7	68	40	5	3	50	1.45
9776--9837	26	2.4	27	78	15	76	40	6	3	50	1.44
16011--16075	27	2.4	27	81	0	76	40	9	24	26	1.85
23392--23486	37	2.6	37	84	0	118	13	12	31	42	1.82
32159--32277	61	2.0	61	87	0	175	33	1	10	53	1.46
33217--33246	7	4.3	7	95	0	51	36	0	43	20	1.52
34479--34505	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
35303--35327	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
36434--36559	43	2.9	42	78	14	132	21	17	29	31	1.96
37542--37732	23	8.2	23	86	2	247	26	10	20	41	1.85
37536--37731	69	2.8	71	85	3	279	26	10	20	41	1.85
39947--40005	20	3.0	20	73	11	50	20	6	3	69	1.26
42524--42582	24	2.5	24	91	0	91	16	16	32	33	1.92
42262--42848	171	3.4	171	89	4	824	17	22	26	33	1.96
42694--42753	24	2.5	24	84	12	79	15	18	35	31	1.91
42896--42954	24	2.5	24	85	0	82	16	20	32	30	1.95
43946--44199	95	2.7	95	100	0	508	43	10	18	27	1.83
45065--45101	16	2.3	17	81	13	51	59	0	2	37	1.12
51898--52208	43	7.3	43	82	1	347	28	28	17	26	1.97
51898--52208	128	2.4	129	82	6	364	28	28	17	26	1.97
51898--52204	86	3.6	86	84	2	395	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55816--55867	21	2.4	22	75	9	54	34	34	0	30	1.58
56619--56677	29	2.1	28	87	6	84	49	5	10	35	1.59
56705--56742	16	2.3	17	86	4	51	55	5	2	36	1.37
59690--59717	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
59693--59737	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
60895--61212	113	2.8	114	94	0	539	29	21	22	26	1.99
61109--61284	72	2.4	73	87	2	239	28	20	22	27	1.99
61008--61398	187	2.1	187	90	0	613	29	21	22	26	1.99
61196--61518	114	2.8	114	86	0	432	31	20	21	26	1.98
60876--61583	301	2.4	300	89	2	1091	29	20	22	28	1.98
61416--61638	72	3.1	72	88	2	340	26	17	23	32	1.97
61637--61732	40	2.4	40	82	3	104	20	20	21	36	1.95
61656--61733	40	2.0	40	87	5	113	21	20	23	34	1.97
61656--61749	40	2.3	40	83	7	111	25	23	20	30	1.98
62591--62638	9	5.1	9	78	9	51	68	0	2	29	1.01
62964--63008	22	2.1	22	91	4	74	13	20	28	37	1.90
63100--63298	43	4.6	43	85	0	272	29	32	18	19	1.96
69152--69848	9	82.2	9	67	21	182	33	2	16	47	1.59
69181--69262	25	3.3	25	83	6	103	35	2	14	47	1.58
69152--69848	34	20.8	34	68	19	260	33	2	16	47	1.59
69218--69349	69	1.9	69	85	0	183	32	3	19	43	1.69
69316--69406	25	3.6	25	78	10	80	25	1	23	50	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69360--69426	25	2.7	25	85	0	80	26	2	22	47	1.65
69328--69415	41	2.1	41	83	4	106	27	1	25	46	1.60
69493--69793	31	9.6	31	74	13	276	33	1	13	51	1.50
69650--69848	95	2.1	95	97	0	380	33	2	15	49	1.56
69765--69822	21	2.8	21	84	7	82	36	3	17	43	1.66
69439--69793	126	2.8	126	99	0	701	33	1	13	50	1.52
69884--69922	16	2.5	16	95	4	71	51	5	0	43	1.24
69919--69954	13	2.8	13	91	0	54	55	2	8	33	1.44
70845--70885	15	2.6	16	84	11	57	51	9	0	39	1.35
70851--70885	15	2.2	16	95	5	63	51	11	0	37	1.38
76863--77344	39	12.4	39	88	2	646	11	31	31	25	1.92
78740--78912	43	4.0	43	100	0	346	25	16	16	42	1.88
79623--79670	15	3.5	15	72	21	59	50	6	0	43	1.27
79617--79670	26	2.0	27	92	3	92	46	7	0	46	1.31
82820--82854	10	3.6	10	88	7	54	57	0	11	31	1.34
95898--95979	33	2.8	28	85	10	103	15	23	9	51	1.73
95896--95962	33	2.0	33	97	0	125	19	25	11	43	1.85
97487--97544	28	2.1	28	83	0	71	27	8	20	43	1.81
100094--100156	20	3.3	20	65	13	60	33	4	12	49	1.62
100103--100163	17	3.4	17	65	12	50	32	3	13	50	1.57
100077--100172	37	2.6	37	91	3	149	32	4	13	50	1.61
100174--100253	9	8.9	9	83	0	106	32	8	22	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100618--100651	15	2.3	15	94	0	59	14	0	2	82	0.79
100663--100716	25	2.2	25	80	12	67	0	22	16	61	1.35
100671--100715	23	2.0	21	87	12	63	0	20	13	66	1.24
110318--110412	44	2.2	44	84	1	129	35	22	10	31	1.88
113137--113190	19	2.9	18	81	8	63	57	1	1	38	1.20
113971--114027	30	1.9	30	85	7	80	66	3	3	26	1.24
114171--114331	88	1.8	88	82	2	207	39	8	16	35	1.80
116394--116427	16	2.1	16	100	0	68	47	0	11	41	1.40
116425--116463	21	1.9	21	89	5	62	30	7	12	48	1.69
117046--117084	20	1.9	21	84	5	53	2	28	0	69	1.02
122727--122764	18	2.1	18	85	9	51	5	42	26	26	1.76
123001--123028	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
124466--124532	26	2.6	26	90	4	100	26	23	25	23	2.00
129694--129742	24	2.0	24	92	0	80	22	30	20	26	1.98
142637--142674	18	2.1	18	85	9	51	44	0	15	39	1.47
148474--148639	67	2.5	67	86	0	233	23	17	18	40	1.90
149421--149522	50	2.0	50	100	0	204	47	7	11	33	1.69
152253--152314	19	3.3	19	78	10	65	33	0	3	62	1.11
155058--155185	41	3.2	39	77	6	132	26	10	5	57	1.53
155058--155168	39	2.8	40	81	2	125	26	10	6	56	1.57
155971--155995	12	2.1	12	100	0	50	16	8	8	68	1.38
155995--156043	24	2.1	23	81	11	55	24	16	6	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156216--156261	15	3.1	15	76	14	51	65	6	4	23	1.35
157164--157239	29	2.7	28	88	6	118	42	9	1	47	1.44
158638--158686	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
161336--161369	15	2.3	15	89	0	50	47	5	17	29	1.71
161482--161532	27	2.0	27	84	7	70	33	1	1	62	1.17
164648--164783	50	2.7	51	86	4	186	24	15	28	31	1.95
164794--164882	45	2.0	45	93	0	151	24	17	23	33	1.96
172698--172739	20	2.2	19	83	12	50	64	2	16	16	1.40
173189--173218	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
180675--180754	20	3.9	21	77	6	74	40	7	8	43	1.64
182705--182763	23	2.6	22	84	12	84	35	3	16	44	1.65
189345--189761	140	3.0	140	95	0	744	20	17	25	35	1.95
192311--192340	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
192314--192344	15	2.1	14	94	5	53	45	0	0	54	0.99
196302--196439	40	3.5	40	76	10	138	38	18	21	21	1.94
196405--196954	113	4.8	114	89	4	827	22	18	27	31	1.97
196810--196835	9	2.9	9	100	0	52	7	11	46	34	1.69
196697--196949	122	2.1	123	90	2	402	20	17	30	31	1.96
198762--198816	28	2.0	28	92	0	92	54	7	5	32	1.51
199611--199722	42	2.7	42	94	0	197	30	23	23	23	1.99
203866--204241	185	2.0	185	96	0	689	47	6	29	16	1.71
204408--204516	40	2.7	40	80	2	121	44	16	13	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205056--205100	14	3.2	14	84	6	56	20	0	31	48	1.49
205068--205107	7	5.7	7	84	0	53	20	0	32	47	1.50
205061--205107	21	2.2	21	92	0	76	19	0	31	48	1.49
220165--220228	21	3.1	20	82	8	67	17	0	37	45	1.48
220196--220243	21	2.3	21	100	0	96	14	0	41	43	1.45
220290--220422	7	18.7	7	70	9	72	20	1	30	47	1.59
224970--225058	41	2.2	41	84	8	110	35	23	24	15	1.94
224970--225126	41	3.9	37	72	15	109	37	21	22	17	1.94
225163--225356	41	4.7	42	83	8	231	19	24	24	31	1.98
225163--225356	82	2.4	82	86	1	255	19	24	24	31	1.98

Tables:   1   2