genome.fa.s791.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold399
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  323073

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186--230	22	2.0	22	86	4	63	66	15	0	17	1.25
1082--1465	133	3.0	128	87	6	569	24	25	20	29	1.99
11429--11729	98	3.1	98	97	0	575	37	24	9	28	1.87
12727--12762	10	3.5	10	96	3	63	11	33	36	19	1.87
13173--13694	259	2.0	260	98	0	1010	22	18	24	34	1.96
15064--15159	39	2.5	39	94	0	165	31	15	14	38	1.88
19614--19668	16	3.4	16	74	18	60	20	29	3	47	1.67
19611--19685	32	2.3	32	95	0	132	22	28	2	46	1.65
19630--19684	16	3.4	16	74	18	60	21	29	1	47	1.61
33207--33239	16	2.0	17	88	5	50	12	3	21	63	1.41
34157--34317	33	4.8	32	73	8	133	30	26	13	29	1.94
34205--34351	33	4.3	34	72	11	113	31	25	13	29	1.94
34145--34351	101	2.0	101	93	0	360	30	26	14	29	1.94
38325--38387	6	10.5	6	92	0	90	15	25	0	58	1.37
38325--38388	24	2.7	24	100	0	128	15	25	0	59	1.36
38474--38502	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
51066--51106	20	2.0	22	85	9	59	63	4	7	24	1.40
53372--53440	30	2.3	30	94	0	120	33	28	1	36	1.67
54514--54557	21	2.1	21	100	0	88	34	22	34	9	1.86
55206--55242	18	2.1	18	89	0	56	24	24	8	43	1.81
55648--55695	25	2.0	24	84	12	62	39	0	2	58	1.10
60674--60754	42	2.0	42	83	11	96	46	24	1	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62573--62614	18	2.4	19	80	15	54	26	0	33	40	1.56
75649--75713	6	10.2	6	72	18	51	21	6	0	72	1.06
81064--81095	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
84738--84789	23	2.3	23	83	3	70	44	3	1	50	1.31
85834--85901	23	3.2	22	78	14	61	47	0	8	44	1.34
90066--90098	8	4.4	8	88	11	52	60	0	0	39	0.97
90593--90660	10	6.9	10	79	14	63	35	4	0	60	1.17
90606--90660	10	5.5	11	80	20	68	34	5	0	60	1.20
90597--90688	20	4.8	19	74	13	75	32	6	0	60	1.22
90594--90700	20	5.6	19	71	16	60	35	5	0	58	1.21
90709--90872	53	3.1	53	60	22	117	47	11	1	39	1.51
90656--90874	106	2.1	107	99	0	431	44	10	1	43	1.49
90689--90911	106	2.1	105	85	5	297	45	13	2	38	1.58
92999--93027	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
98007--98121	9	13.0	9	82	5	137	33	0	21	45	1.52
98406--98457	26	2.0	26	100	0	104	46	0	11	42	1.40
98285--98577	147	2.0	146	93	0	505	46	2	10	41	1.49
98493--98539	21	2.3	21	88	3	69	48	0	8	42	1.33
98432--98683	120	2.1	120	96	0	468	46	3	8	42	1.50
99590--99630	6	6.8	6	89	10	66	65	17	0	17	1.27
99590--99630	11	3.4	12	90	10	66	65	17	0	17	1.27
99593--99630	17	2.2	18	95	4	69	68	15	0	15	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101644--101869	7	31.7	7	69	7	96	45	31	1	21	1.62
101824--101874	20	2.5	21	78	9	61	49	31	0	19	1.49
102870--103085	7	30.4	7	71	8	114	43	33	3	18	1.67
102871--103085	21	10.1	21	73	9	132	43	33	3	19	1.67
103861--104408	195	2.9	192	80	6	603	29	20	16	33	1.95
104710--104750	20	2.0	21	90	4	66	46	9	26	17	1.79
106161--106208	19	2.6	19	83	3	62	35	2	12	50	1.52
106231--106311	42	1.9	42	89	0	126	30	2	14	51	1.55
106801--106855	26	2.1	26	96	0	101	20	3	9	67	1.34
109775--109822	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
109845--109927	42	2.0	42	87	0	121	30	8	13	48	1.72
116706--117099	69	5.7	68	80	3	405	20	23	24	31	1.98
116743--117098	137	2.6	137	81	3	419	20	24	23	31	1.98
117049--117196	50	3.0	50	81	4	181	16	25	26	31	1.97
117150--117357	69	3.0	68	82	2	236	20	22	24	33	1.97
120135--120300	69	2.4	69	86	0	233	18	22	26	31	1.97
126436--126484	25	1.9	25	83	4	62	73	10	2	14	1.18
128143--128202	8	6.9	9	76	14	63	75	3	3	18	1.09
128147--128212	32	2.0	32	85	5	87	77	4	3	15	1.06
128184--128219	10	3.2	12	77	22	51	72	8	5	13	1.27
128153--128224	21	3.4	20	81	11	74	75	6	4	13	1.17
128153--128233	21	3.8	19	79	11	63	74	6	4	14	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131875--131916	21	2.0	21	100	0	84	33	19	23	23	1.97
135675--135797	36	3.2	36	64	26	88	49	8	4	38	1.51
135652--135815	81	2.0	82	98	1	321	46	9	4	39	1.57
142280--142334	24	2.3	24	81	6	67	25	30	27	16	1.96
143782--143826	19	2.3	19	81	11	56	48	0	13	37	1.42
144055--144636	287	2.0	288	89	1	880	37	6	18	37	1.76
146328--146380	27	2.0	27	100	0	106	47	11	15	26	1.79
149211--149243	17	2.0	17	88	5	50	33	0	0	66	0.92
149567--149602	17	2.1	18	89	5	56	55	0	2	41	1.14
155406--155443	19	2.0	19	85	10	51	44	5	2	47	1.39
155827--156096	135	2.0	135	97	1	506	37	17	10	35	1.84
157179--157220	20	2.1	20	86	8	59	76	2	14	7	1.10
157659--157920	126	2.1	127	97	0	499	43	6	6	43	1.57
157909--157957	26	1.9	25	84	12	64	65	2	2	30	1.15
157999--158042	18	2.4	18	88	3	61	29	2	0	68	1.02
158830--158892	18	3.4	18	82	4	90	61	3	4	30	1.32
158844--158929	27	3.1	27	77	9	93	61	1	5	31	1.27
158830--158910	9	9.0	9	69	9	58	62	2	4	29	1.29
158923--158988	19	3.4	19	73	10	62	57	3	9	30	1.45
159163--159365	88	2.3	87	83	6	241	31	8	22	37	1.85
159561--159598	14	2.6	15	91	4	60	55	0	0	44	0.99
162003--162056	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161992--162063	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
162003--162079	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
166532--166692	33	4.7	33	74	18	118	31	27	19	21	1.98
167893--167926	11	2.8	12	91	8	52	35	8	11	44	1.72
170061--170093	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
171771--171902	44	3.0	45	67	4	115	32	27	19	20	1.97
171424--171911	88	5.5	88	94	1	791	30	24	22	21	1.99
171924--172021	44	2.2	44	87	3	135	24	19	24	31	1.98
172008--172434	44	9.8	44	70	11	213	29	20	22	26	1.99
172135--172514	45	8.6	45	72	10	178	30	20	22	25	1.98
173215--173259	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
180287--180360	32	2.3	32	90	4	114	25	36	16	21	1.94
180758--180815	29	2.0	29	89	0	89	29	24	15	31	1.95
185520--185552	16	2.1	16	100	0	66	24	6	18	51	1.68
187961--187990	14	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
190434--190486	16	3.2	16	75	5	52	24	0	5	69	1.09
190005--190961	478	2.0	478	99	0	1898	32	11	13	42	1.80
196446--196503	29	2.0	29	100	0	116	41	3	44	10	1.55
199008--199083	34	2.3	34	90	4	120	35	13	6	44	1.69
200720--200782	31	2.0	31	100	0	126	25	28	12	33	1.92
204486--204533	25	2.0	24	91	4	78	37	22	25	14	1.92
204482--204548	24	2.7	26	81	9	86	37	19	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204609--204674	26	2.6	25	78	7	69	37	25	22	13	1.91
216201--216235	16	2.1	17	89	5	54	37	0	25	37	1.57
219191--219345	42	3.7	42	86	3	204	16	17	17	48	1.82
219200--219389	21	9.0	21	71	13	113	18	19	16	45	1.86
219190--219393	84	2.4	84	84	2	257	17	20	16	46	1.85
222983--223122	43	3.3	43	77	9	153	27	22	18	32	1.97
226954--226987	14	2.4	14	85	14	52	85	2	11	0	0.71
227149--227179	15	2.1	15	93	0	53	54	9	12	22	1.67
231736--231792	24	2.4	23	79	5	69	45	10	15	28	1.79
235273--235350	26	3.0	26	77	5	68	34	21	21	21	1.97

Tables:   1   2