genome.fa.s49.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397302.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_135.1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  211022

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 108 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136--6072	171	34.9	171	74	6	3490	38	12	13	34	1.81
2866--2904	20	2.0	20	90	10	62	30	12	10	46	1.75
6652--7029	171	2.2	171	86	4	521	34	13	12	39	1.82
8188--8563	171	2.2	170	80	4	416	33	12	11	39	1.79
9537--9585	21	2.4	21	96	3	91	22	18	14	44	1.85
9683--10255	173	3.4	168	75	9	532	35	15	10	39	1.82
10629--11447	171	4.8	170	76	6	701	35	12	12	39	1.80
10746--11349	169	3.6	168	77	4	477	34	13	11	38	1.81
11608--13690	171	12.3	168	72	8	898	32	13	12	39	1.82
11608--13845	341	6.6	335	74	8	1315	32	13	12	38	1.82
13049--13683	169	3.8	165	74	8	455	32	14	13	37	1.86
25910--25967	24	2.3	25	77	20	66	1	29	1	67	1.11
27513--29936	171	14.2	171	73	6	1274	34	13	12	37	1.82
27655--29860	340	6.4	336	73	7	1172	34	13	12	38	1.82
29522--30354	417	2.0	420	80	5	938	35	14	12	37	1.84
29947--30460	171	3.0	167	74	9	473	35	13	11	39	1.81
35742--35781	18	2.4	16	88	12	62	0	27	2	70	1.01
38090--39919	171	10.7	171	74	6	1185	38	12	13	33	1.83
38825--39893	170	6.3	168	77	6	641	39	12	13	33	1.83
38349--39926	341	4.6	339	76	4	1329	38	12	14	32	1.84
41452--41480	11	2.6	11	100	0	58	34	0	0	65	0.93
41530--41570	22	2.0	20	90	9	64	19	24	4	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42151--42181	15	2.1	15	93	0	53	38	35	0	25	1.56
45681--45841	73	2.2	73	82	2	180	40	15	17	26	1.89
51662--53157	342	4.4	337	73	6	1017	37	11	14	33	1.82
52360--52743	172	2.2	170	78	2	419	39	13	11	33	1.80
51759--53165	171	8.2	168	72	6	594	36	12	14	33	1.83
54651--54709	4	14.8	4	78	7	66	67	1	30	0	1.00
54976--55257	151	1.9	151	81	1	341	35	12	14	38	1.83
61823--63855	170	11.9	170	76	5	1406	34	13	13	38	1.84
61823--63855	341	6.0	339	76	5	1573	34	13	13	38	1.84
61837--63851	681	3.0	679	76	6	1508	34	13	13	38	1.84
72896--73572	341	2.0	332	76	9	702	39	12	12	33	1.80
75209--76329	171	6.6	169	76	8	657	40	12	12	34	1.81
77392--89354	171	69.5	171	70	9	3919	38	12	13	33	1.83
83843--84520	341	2.0	330	78	7	688	38	12	13	33	1.84
90599--92133	172	9.0	169	73	9	736	34	13	11	38	1.82
90986--91284	160	1.9	161	84	3	406	36	14	11	37	1.82
90807--91433	332	1.9	332	79	5	703	35	14	12	37	1.83
94237--94320	35	2.4	35	83	0	96	42	5	8	42	1.59
96214--96261	25	2.0	24	83	4	60	33	16	25	25	1.96
98468--98823	171	2.1	170	80	5	380	33	13	12	40	1.82
99401--100435	171	6.1	168	75	7	669	34	11	12	38	1.80
99401--100151	341	2.2	340	77	5	777	34	11	12	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100628--102187	171	9.2	169	70	7	744	34	13	11	37	1.82
103305--104298	171	5.8	170	73	7	514	34	12	12	39	1.80
105972--106913	171	5.5	168	74	6	547	39	13	12	31	1.81
106236--106907	340	2.0	331	86	1	864	39	12	13	31	1.82
107358--108893	171	9.0	170	70	6	608	37	12	13	32	1.82
110088--110967	171	5.2	170	73	9	436	38	12	13	33	1.84
112806--113142	171	2.0	171	80	3	383	35	13	11	39	1.81
113842--114327	171	2.8	172	77	4	439	33	13	12	37	1.83
116126--116206	35	2.3	35	91	0	126	43	7	11	38	1.68
121843--121985	35	4.1	35	77	8	132	36	7	12	43	1.71
121965--122017	18	2.8	19	75	10	56	43	1	9	45	1.47
123363--131125	171	45.5	170	72	7	2997	33	13	12	37	1.82
122969--135597	684	18.6	680	73	7	5484	33	13	12	38	1.82
123656--132388	513	17.1	513	73	7	1348	33	13	12	37	1.83
123076--132298	342	27.1	339	71	8	2226	33	13	12	37	1.83
131196--132356	170	6.8	170	79	4	1070	35	13	11	39	1.82
132607--135597	171	17.5	171	75	4	2076	33	13	11	38	1.82
132844--135597	512	5.4	505	73	7	1635	33	14	11	39	1.82
132843--135597	683	4.0	679	78	3	2311	33	14	11	39	1.82
136554--137225	340	2.0	329	80	8	750	34	12	12	39	1.81
136085--137502	171	8.3	168	72	7	811	33	12	13	37	1.82
137656--140140	171	14.5	171	74	4	1641	34	13	11	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138035--138351	172	1.9	161	87	2	384	34	12	12	37	1.82
139415--139733	169	1.9	161	76	11	297	34	13	13	35	1.83
137656--140140	343	7.3	338	74	5	1646	34	13	11	37	1.82
140151--144031	171	22.8	169	73	7	2337	34	13	12	37	1.83
140561--142958	854	2.8	843	76	7	1798	34	13	12	37	1.83
148128--150779	170	15.5	168	70	6	865	36	12	13	33	1.82
148884--150779	171	11.1	171	74	5	1192	37	12	13	34	1.82
148884--150773	512	3.7	507	74	7	1145	37	12	13	34	1.82
152610--153971	171	8.0	171	75	5	868	33	14	11	37	1.83
153047--153971	504	1.8	497	78	6	1027	32	15	11	37	1.83
156134--157416	170	7.5	169	76	4	1031	33	13	12	39	1.83
160363--160696	170	2.0	161	75	14	361	38	10	14	32	1.81
161105--162668	342	4.6	341	79	3	1277	38	14	14	32	1.85
161747--162763	515	2.0	503	78	7	1063	38	13	13	33	1.84
161256--163284	857	2.4	855	80	3	2065	38	13	14	32	1.84
161107--163284	171	12.7	169	72	6	1099	38	13	13	32	1.84
161623--162915	686	1.9	673	78	7	1321	38	13	13	33	1.84
163506--163811	170	1.9	160	84	2	328	35	12	16	32	1.86
163461--166965	171	20.5	171	72	5	1915	38	12	14	33	1.84
163461--166965	341	10.3	339	75	5	1803	38	12	14	33	1.84
163461--166963	852	4.1	846	76	6	2364	38	12	14	33	1.84
163461--166565	511	6.1	510	76	5	1780	38	12	14	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164815--165740	340	2.7	331	76	8	740	39	12	13	33	1.82
167753--167878	35	3.5	35	83	4	137	42	16	6	34	1.74
167774--167878	35	2.9	36	85	2	158	44	16	6	32	1.73
169226--169550	170	2.0	158	82	4	316	31	14	13	38	1.84
168874--172397	171	20.7	171	73	5	2045	32	13	12	38	1.82
168874--176864	512	15.7	509	73	6	4210	32	13	12	38	1.82
168874--176864	341	23.5	339	72	8	2752	32	13	12	38	1.82
172422--177198	171	28.0	171	73	5	2294	33	12	12	38	1.82
174610--175042	173	2.5	169	79	4	449	34	14	12	39	1.83
177730--189958	171	71.3	171	73	7	6674	38	12	13	33	1.83
177730--197928	342	59.1	341	73	7	8765	38	12	13	33	1.83
177730--197908	512	39.4	510	73	7	9053	38	12	13	33	1.83
177814--197928	683	29.4	679	72	8	8326	38	12	13	33	1.83
190006--197936	171	46.6	166	71	9	1835	38	12	13	33	1.82
194155--194459	168	1.8	167	80	4	364	36	14	14	34	1.87
208687--209325	171	3.7	171	78	6	444	34	13	12	38	1.83
208677--209573	341	2.6	340	78	7	831	34	14	13	37	1.86
208675--209573	170	5.3	167	75	8	681	34	14	13	37	1.86
209426--209724	151	2.0	151	81	6	356	36	12	11	39	1.80
209571--209938	171	2.1	172	83	3	438	37	13	8	40	1.75

Tables:   1

The End!