genome.fa.s52.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397305.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_485.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  176565

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
977--1096	35	3.4	36	86	3	172	31	5	15	46	1.70
9208--13672	171	26.1	171	73	6	2735	34	14	11	37	1.82
9216--16962	512	15.2	508	73	8	3390	34	13	11	38	1.82
9208--16962	681	11.4	678	73	7	3624	34	13	11	38	1.82
9207--16494	342	21.4	336	73	9	2102	34	13	11	38	1.82
9208--16963	171	45.5	172	72	7	1423	34	13	11	38	1.82
13017--13391	169	2.2	170	80	6	420	36	13	10	40	1.79
14387--14704	169	1.9	161	79	10	227	33	13	12	39	1.83
33793--34106	162	2.0	159	82	3	378	37	11	15	35	1.84
33414--36777	171	19.9	169	72	8	1358	38	12	13	33	1.82
36624--36928	151	2.0	152	83	6	386	36	11	13	38	1.81
36966--37342	171	2.2	170	83	2	461	40	9	14	35	1.79
37707--38084	172	2.2	170	80	7	424	40	11	14	34	1.82
38281--42104	171	22.4	170	73	5	2260	33	14	12	38	1.84
42146--42171	13	2.0	13	100	0	52	46	0	15	38	1.46
42182--42819	171	3.7	170	80	3	663	34	12	13	39	1.82
46303--46351	18	2.7	18	96	0	89	38	6	0	55	1.25
46476--54907	171	49.6	171	73	6	4537	34	13	12	38	1.82
47525--47574	23	2.2	23	82	10	59	42	0	8	50	1.32
47353--47667	161	2.0	159	81	5	366	37	15	10	36	1.82
46452--54529	341	23.7	337	72	8	2955	34	13	12	38	1.82
46452--54505	512	15.8	506	74	8	3307	34	13	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51108--51152	22	2.0	22	86	0	63	40	0	4	55	1.20
51310--51381	21	3.4	21	82	3	92	41	22	18	18	1.90
54947--57037	170	12.1	170	68	7	748	34	12	12	37	1.82
56480--56525	20	2.3	20	100	0	92	32	8	6	52	1.58
60003--60259	131	2.0	131	90	0	406	32	17	10	40	1.83
68831--72050	171	18.9	171	72	4	1782	33	13	12	37	1.82
68794--83679	342	43.3	338	71	9	3442	33	13	12	38	1.82
69450--74052	513	9.0	507	72	9	1345	33	14	12	38	1.83
72080--74052	171	11.6	170	77	3	1538	33	14	12	38	1.83
74059--83533	171	55.5	169	72	8	4303	34	13	12	38	1.82
73611--74508	456	2.0	456	83	2	1142	34	15	12	38	1.84
73127--75021	969	2.0	968	82	3	2348	33	14	12	39	1.83
74083--83533	511	18.4	507	71	10	2399	34	13	12	38	1.82
74059--83420	682	13.7	676	72	8	2787	34	13	12	38	1.82
76672--83533	341	20.2	337	73	8	2201	34	13	12	37	1.83
79130--79472	182	1.9	183	80	6	401	35	11	12	40	1.80
78399--83681	341	15.5	340	74	6	2916	34	13	13	37	1.83
89780--93245	171	20.3	170	74	6	2254	33	13	12	38	1.84
89777--93245	511	6.8	507	77	6	2507	33	13	12	38	1.84
89780--93245	682	5.1	678	75	6	2563	33	13	12	38	1.84
93353--93835	171	2.8	169	80	5	526	32	15	13	35	1.87
94036--94080	22	2.0	22	82	0	54	37	0	4	57	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95167--95222	27	2.1	27	96	0	103	57	12	3	26	1.52
95735--95792	25	2.2	25	85	11	73	31	34	13	20	1.92
104287--104675	170	2.3	168	77	4	383	36	13	12	37	1.82
104141--109309	171	30.4	170	71	8	2633	34	13	12	37	1.82
104118--109309	341	15.2	340	72	7	2511	34	13	12	37	1.82
108493--108818	172	1.9	168	81	9	392	34	14	14	37	1.87
109331--109753	169	2.5	169	81	3	413	36	10	14	38	1.80
109331--113047	171	21.8	171	72	8	1820	34	12	12	37	1.81
109397--112534	682	4.6	682	75	6	1728	34	12	11	38	1.81
109309--119203	512	19.2	505	70	10	1964	34	12	12	38	1.81
113605--119203	171	32.9	169	73	7	2987	34	13	12	38	1.82
113605--119127	341	16.2	340	73	8	2374	34	13	12	38	1.82
119111--119313	112	1.8	110	85	6	284	40	12	12	33	1.82
119230--119758	170	3.1	170	80	5	550	36	11	10	40	1.77
119794--121346	171	9.3	167	74	11	1049	35	13	12	38	1.82
120395--120983	161	3.6	160	77	7	599	35	12	11	40	1.79
119895--121330	332	4.3	332	80	8	1304	35	12	12	39	1.81
120403--121051	161	4.0	160	76	8	574	35	12	12	39	1.81
121562--121591	15	1.9	16	93	6	53	36	20	10	33	1.86
126552--126599	19	2.6	18	81	12	53	54	2	6	37	1.38
134609--135806	344	3.5	338	76	6	999	35	12	12	37	1.82
134607--135804	171	7.0	168	72	6	666	35	12	12	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136382--142194	171	34.2	171	72	7	3159	37	12	12	34	1.82
139638--140097	168	2.8	161	78	10	358	35	12	13	36	1.82
141379--141697	161	2.0	161	83	1	397	40	13	11	35	1.80
142295--142658	164	2.2	167	82	5	423	40	12	11	34	1.80
142868--144052	172	6.9	170	78	6	975	39	12	13	34	1.83
142868--144029	343	3.4	342	80	5	1184	39	12	13	34	1.83
144074--145221	171	6.7	171	74	4	859	38	12	14	34	1.84
145933--146291	172	2.1	171	80	2	389	37	11	15	34	1.84
146073--146493	171	2.5	171	75	6	388	38	12	14	32	1.83
147129--147919	171	4.6	169	77	4	656	38	13	13	32	1.83
148212--154779	171	38.8	171	73	7	3887	34	13	12	38	1.82
152929--153212	149	1.9	149	81	4	349	33	13	11	41	1.80
152763--154399	319	5.0	315	72	12	853	34	13	13	39	1.83
153990--154755	161	4.7	160	78	9	679	34	12	13	39	1.83
153060--154755	332	5.0	334	79	5	1425	34	13	13	38	1.84
155895--155958	32	2.0	32	90	0	101	37	17	26	18	1.93
162588--163614	171	6.0	171	77	6	892	39	13	13	34	1.83
163431--163471	21	1.9	22	90	5	66	29	17	9	43	1.80
163452--163761	147	2.1	150	90	4	486	40	13	13	33	1.83
163609--165182	171	9.3	169	79	6	1443	39	12	13	35	1.82
162588--165086	336	7.4	337	77	9	2014	39	12	13	34	1.82
163642--165182	678	2.3	669	83	4	1827	39	11	13	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166976--168191	171	7.1	170	75	5	806	36	12	13	35	1.83
166976--168191	513	2.4	513	83	2	1449	36	12	13	35	1.83
168563--168964	171	2.4	162	74	11	342	34	13	12	34	1.82
174756--174798	22	2.0	22	81	9	52	37	2	6	53	1.41
174357--176443	171	12.2	169	76	7	1493	34	13	13	39	1.83
174366--176443	513	4.1	503	78	7	1782	34	13	13	39	1.83
174357--176443	343	6.1	337	77	6	1728	34	13	13	39	1.83
174357--176565	342	6.5	337	77	6	1719	34	13	12	38	1.82

Tables:   1

The End!