genome.fa.s1095.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001095.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002169_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  842675

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 410 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
472--1819	238	5.7	240	82	6	1604	46	9	13	29	1.75
431--1814	477	2.9	472	82	8	1646	47	9	13	29	1.75
1818--3080	242	5.2	241	82	5	1424	46	10	13	29	1.76
1463--2182	358	2.0	355	88	2	1059	46	9	13	30	1.75
2789--3392	311	1.9	310	82	5	756	45	10	13	29	1.78
2551--3629	550	2.0	547	85	6	1497	46	10	13	29	1.77
3098--3609	236	2.1	242	83	6	630	46	9	13	30	1.75
4740--4816	30	2.6	30	89	2	120	24	16	23	35	1.95
7592--8425	240	3.5	239	82	6	990	48	9	11	30	1.71
9047--9080	13	2.6	13	100	0	68	47	0	0	52	1.00
11606--11642	14	2.6	14	95	0	65	21	21	32	24	1.98
20145--20192	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
20616--20678	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
21100--21165	34	1.9	34	93	0	114	18	16	16	48	1.82
21438--21474	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
21909--21971	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
24686--25357	183	3.7	183	96	0	1188	33	16	15	34	1.90
26825--26905	3	27.0	3	75	0	72	23	34	6	35	1.80
26829--26917	12	7.4	12	84	0	88	21	34	7	35	1.82
26829--26920	18	5.1	18	77	0	76	20	34	7	36	1.81
26841--26917	36	2.1	36	90	0	118	20	35	9	35	1.85
26829--26920	6	15.3	6	79	0	67	20	34	7	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28382--29936	199	7.8	199	96	0	2819	32	16	15	36	1.89
30045--30093	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
31884--31949	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
31983--32047	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
32130--32162	15	2.2	15	94	0	57	9	63	9	18	1.49
34460--34506	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
34247--34718	180	2.6	180	89	1	694	26	17	14	42	1.87
34785--35271	229	2.1	228	96	0	884	39	7	8	44	1.63
42599--42820	55	4.0	55	90	0	309	28	18	19	33	1.95
42599--42804	110	1.9	110	91	0	340	29	17	19	33	1.95
42951--42981	13	2.4	13	94	0	53	61	0	16	22	1.34
50161--50230	20	3.5	20	90	0	113	22	15	25	35	1.94
51936--51980	17	2.6	17	96	0	81	37	0	26	35	1.57
52244--52281	6	6.3	6	85	8	51	2	15	0	81	0.80
52448--52507	19	3.5	19	74	25	78	56	0	21	21	1.42
52459--52510	16	3.2	16	71	28	56	55	0	23	21	1.43
52443--52518	32	2.4	32	100	0	152	57	0	21	21	1.40
52467--52518	13	3.5	13	73	26	50	59	0	21	19	1.38
54089--54402	55	5.7	55	93	2	533	27	20	19	33	1.96
54371--54427	26	2.2	26	90	9	91	21	21	17	40	1.92
54316--54465	81	1.9	81	88	2	230	26	21	18	33	1.96
56232--56283	19	2.7	19	87	0	77	21	36	17	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59356--60182	234	3.7	214	83	7	924	47	9	13	29	1.75
60623--60694	17	4.2	17	75	8	58	40	13	5	40	1.68
65315--65371	27	2.2	26	87	3	78	21	12	14	52	1.73
66138--66321	94	1.9	95	81	1	217	35	12	21	29	1.90
66668--66878	59	3.6	59	88	1	298	34	13	18	33	1.90
69835--69888	27	2.0	27	96	0	99	37	14	9	38	1.79
81169--81217	5	9.8	5	82	12	57	81	0	2	16	0.78
81168--81220	6	9.2	6	84	12	67	81	0	1	16	0.79
81133--81219	28	3.0	29	78	10	97	75	3	2	18	1.04
81169--81217	10	4.4	11	85	12	64	81	0	2	16	0.78
83946--84017	36	2.0	36	91	0	117	38	18	16	26	1.91
85357--86429	59	18.8	59	88	4	1446	33	11	18	36	1.87
85357--86429	455	2.4	455	91	1	1735	33	11	18	36	1.87
85357--86429	514	2.1	510	90	3	1690	33	11	18	36	1.87
86662--86789	69	1.9	68	85	1	175	32	15	21	30	1.95
86807--87028	83	2.7	82	89	2	322	38	8	24	28	1.84
90244--90320	33	2.3	35	90	4	122	51	7	12	27	1.67
90369--90478	36	3.0	36	88	6	159	47	7	15	30	1.72
90369--90496	36	3.5	36	86	5	132	46	7	15	30	1.74
90244--90686	170	2.6	169	83	6	540	44	7	16	30	1.76
90543--90665	36	3.4	36	87	1	174	53	8	12	25	1.66
93465--93547	15	5.4	15	86	4	85	39	7	18	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93477--93549	15	4.7	16	91	3	105	41	8	16	34	1.78
93465--93547	31	2.7	30	84	3	85	39	7	18	34	1.78
100244--101089	423	2.0	423	97	0	1602	33	18	19	28	1.95
105153--105182	15	2.0	15	100	0	60	73	0	0	26	0.84
105238--105297	17	3.8	15	76	10	66	76	0	3	20	0.92
105229--105297	15	4.4	15	78	10	66	75	0	4	20	0.97
105231--105297	26	2.8	25	84	10	86	74	0	4	20	0.99
105227--105297	23	3.0	23	77	16	74	73	0	4	22	1.01
106529--106598	37	1.9	36	88	2	104	37	5	4	52	1.45
106600--106677	37	2.1	38	88	9	117	46	7	2	43	1.46
106610--106737	58	2.2	59	81	7	152	43	9	4	42	1.57
106686--106800	38	3.0	38	87	6	144	45	11	3	40	1.57
118183--118246	18	3.3	20	79	20	66	59	0	1	39	1.07
118233--118299	20	3.4	20	66	24	52	53	1	0	44	1.09
118244--118347	12	8.5	12	72	18	72	58	1	0	39	1.09
118242--118324	24	3.3	25	80	12	91	56	1	0	42	1.07
118236--118295	14	4.4	14	74	18	56	55	1	0	43	1.10
118305--118355	12	4.3	12	76	18	54	68	1	0	29	1.00
138224--138274	25	2.0	25	85	7	68	52	7	11	27	1.65
140287--140375	42	2.1	42	81	4	99	46	19	14	20	1.84
142325--142418	41	2.3	41	83	1	116	25	18	18	38	1.93
145546--145598	25	2.1	26	89	3	81	75	5	5	13	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145632--145694	32	2.0	32	84	6	83	53	1	11	33	1.46
146230--146281	14	3.7	14	80	7	61	73	0	5	21	1.04
146418--146449	17	1.9	16	93	6	55	71	0	0	28	0.86
147982--148545	98	5.5	103	87	5	770	21	18	25	33	1.97
148342--148543	105	1.9	106	96	1	379	22	19	25	33	1.97
149350--149410	1	61.0	1	83	0	68	0	9	0	90	0.46
149340--149410	11	6.5	11	85	6	83	0	12	0	87	0.55
159778--159830	25	2.1	26	89	3	81	75	5	5	13	1.16
160454--160505	14	3.7	14	80	7	61	73	0	5	21	1.04
160640--160671	17	1.9	16	93	6	55	71	0	0	28	0.86
162398--162437	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
164751--164775	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
167274--167612	166	2.0	170	96	3	632	28	13	18	39	1.89
168660--168711	20	2.6	20	81	0	68	30	11	19	38	1.87
168731--168843	41	2.8	41	100	0	226	33	20	12	33	1.90
176844--176887	19	2.3	19	100	0	88	54	4	4	36	1.41
176844--176899	19	2.8	19	71	17	51	51	5	3	39	1.42
192534--192579	22	2.1	23	84	8	60	39	4	10	45	1.59
195148--196470	657	2.0	658	91	0	2159	37	10	18	33	1.85
195805--197801	740	2.7	740	90	1	3140	36	9	19	33	1.85
203960--204173	106	2.0	106	100	0	428	26	9	17	46	1.79
203960--204216	106	2.4	106	88	3	275	30	9	16	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207941--208114	90	2.0	88	90	2	276	45	6	10	36	1.66
214755--214928	90	2.0	88	91	2	285	44	6	11	36	1.67
215432--215788	118	3.0	118	94	0	606	34	19	12	33	1.89
215788--216003	53	4.1	53	87	2	317	36	17	15	31	1.91
228013--228228	53	4.1	53	87	1	308	36	17	14	31	1.90
228020--228230	106	2.0	106	91	1	343	36	18	13	31	1.90
229068--229111	20	2.1	21	83	4	54	45	29	2	22	1.65
229334--229388	23	2.3	24	96	3	103	61	27	10	0	1.29
229423--229456	12	2.6	13	86	13	52	61	0	23	14	1.33
234355--234390	13	2.7	14	87	12	58	30	19	11	38	1.86

Tables:   1   2   3   4