genome.fa.s1128.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001128.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251207

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738--787	14	3.0	17	75	24	61	48	18	22	12	1.80
729--782	14	3.5	14	75	22	54	48	18	20	12	1.81
814--881	20	3.4	20	65	15	50	19	20	19	41	1.91
1094--1143	20	2.5	20	73	0	55	20	16	22	42	1.89
2174--2211	15	2.5	15	100	0	76	52	21	21	5	1.66
4472--4544	33	2.2	33	87	4	103	43	20	20	15	1.87
4487--4550	33	1.9	33	93	0	110	42	20	20	17	1.90
4485--4569	19	4.7	19	77	14	99	44	20	20	15	1.86
4695--4731	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
6065--6131	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
6065--6187	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
6405--6589	91	2.0	90	91	6	300	47	17	12	22	1.82
8265--8372	20	5.8	19	74	18	102	46	19	22	12	1.82
8265--8372	33	2.9	37	76	16	116	46	19	22	12	1.82
8265--8377	19	6.1	19	77	13	110	45	19	23	12	1.84
8373--8439	19	3.5	19	82	8	73	10	14	25	49	1.76
8959--9070	20	5.6	20	84	6	120	21	20	19	38	1.94
9067--9126	20	2.9	21	82	5	77	41	18	21	18	1.90
9066--9132	21	3.2	21	80	4	82	38	17	22	20	1.93
9125--9194	20	3.5	20	69	11	61	24	21	20	34	1.97
9145--9234	20	4.4	21	73	9	78	23	22	17	36	1.95
9122--9215	41	2.3	41	96	0	170	23	22	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9224--9276	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
10526--10569	22	2.0	22	100	0	88	40	13	18	27	1.88
11350--11426	37	2.1	37	82	4	93	49	1	3	45	1.28
11561--11609	20	2.6	18	84	12	71	24	24	6	44	1.76
33577--33648	36	2.1	33	84	7	90	45	22	0	31	1.52
34396--34434	14	2.8	14	85	11	53	25	7	25	41	1.82
34731--34797	14	4.8	14	76	7	55	31	1	22	44	1.62
34745--34809	21	3.1	21	71	20	55	30	1	21	46	1.61
36180--36252	20	3.6	20	77	3	83	39	20	23	16	1.92
36172--36274	41	2.5	41	93	0	170	34	20	22	22	1.96
36172--36280	21	5.3	21	71	4	96	33	19	22	23	1.97
36312--36374	21	3.0	21	79	4	74	38	19	22	20	1.94
59253--59287	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
60389--60422	8	4.4	8	96	3	61	23	26	35	14	1.94
60395--60471	13	5.3	13	72	18	55	22	22	40	15	1.91
60411--60489	31	2.5	31	81	0	95	20	18	43	17	1.89
60448--60493	18	2.6	18	92	0	74	15	15	50	19	1.79
61300--61336	19	1.9	19	94	0	65	43	13	18	24	1.86
62924--62977	22	2.5	23	79	11	69	48	24	0	27	1.52
70340--70393	28	1.9	28	92	0	90	31	0	24	44	1.54
73359--73443	31	2.7	31	82	7	84	34	10	2	52	1.49
76555--76657	32	3.3	31	90	1	116	38	4	8	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76574--76657	32	2.6	32	96	0	150	38	5	9	46	1.61
85136--85191	27	2.0	28	86	10	78	50	21	0	28	1.49
85850--85905	15	3.5	16	85	11	71	3	12	51	32	1.56
85860--85912	15	3.5	15	84	0	52	1	18	47	32	1.60
87393--87444	21	2.5	21	100	0	104	17	17	34	30	1.93
88402--88525	60	2.1	59	83	4	151	29	16	19	35	1.93
89311--89424	60	1.9	61	85	5	160	37	14	17	30	1.89
89314--89440	60	2.1	60	81	8	143	37	14	14	32	1.88
98579--98660	37	2.2	38	87	6	116	43	19	3	32	1.68
101848--101929	37	2.2	38	85	6	107	42	19	3	34	1.69
103777--103810	13	2.6	13	100	0	68	29	8	11	50	1.69
103791--103859	31	2.3	29	87	7	102	39	10	11	39	1.75
104067--104108	15	2.8	15	79	13	50	35	23	0	40	1.55
106668--106727	30	2.0	30	100	0	120	43	6	13	36	1.70
107169--107254	39	2.2	39	89	2	138	50	0	0	50	1.00
108563--108588	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
109286--109734	229	2.0	227	93	2	776	45	7	7	39	1.61
109800--109845	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
109967--110013	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
112313--112375	33	1.9	33	86	0	90	28	1	46	23	1.62
114158--114201	19	2.4	19	92	3	72	31	2	9	56	1.43
114284--115699	198	7.1	199	96	1	2614	37	14	15	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114284--115699	395	3.6	396	97	1	2633	37	14	15	32	1.88
117155--117222	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
117155--117252	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
117170--117256	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
117158--117248	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
117155--117252	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
118727--119387	184	3.6	184	97	0	1243	34	15	15	34	1.89
121941--122004	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
121941--122013	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
122369--122431	22	2.8	22	90	2	90	36	6	19	38	1.77
122636--122672	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
122628--122674	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
132384--132444	3	21.0	3	80	12	56	65	1	4	27	1.22
132389--132451	29	2.2	30	85	8	94	65	3	6	25	1.32
132599--132886	43	6.8	43	75	9	216	26	20	30	22	1.98
132641--132785	40	3.5	41	75	5	141	28	19	30	22	1.98
132606--132770	83	2.0	83	96	2	305	28	19	30	21	1.97
132766--132874	46	2.5	43	86	4	137	23	22	29	24	1.99
132709--132977	130	2.1	130	87	3	382	25	20	30	24	1.99
133313--133395	35	2.3	36	82	10	100	38	10	18	32	1.85
133666--133951	29	9.8	28	68	16	136	42	15	11	30	1.82
133784--133946	57	2.9	55	78	9	166	41	16	11	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133831--133939	27	3.9	27	79	11	94	43	13	13	29	1.83
134224--134317	35	2.7	34	78	8	100	34	12	20	32	1.90
134259--134488	103	2.3	99	82	11	267	37	12	20	30	1.89
134931--134976	4	12.2	4	82	13	62	26	0	21	52	1.47
134933--134968	18	2.1	17	94	5	63	25	0	22	52	1.47
137145--137596	224	2.0	223	99	0	886	28	24	19	27	1.99
140461--140495	17	2.1	17	100	0	70	20	28	17	34	1.95
142476--142536	3	21.0	3	80	12	56	65	1	4	27	1.22
142481--142543	29	2.2	30	85	8	94	65	3	6	25	1.32
147829--147937	46	2.3	47	98	1	211	49	20	8	22	1.75
150310--150346	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
162212--162256	2	22.5	2	86	0	63	42	0	6	51	1.28
162212--162269	8	7.2	8	90	0	71	39	0	10	50	1.37
162238--162268	4	7.8	4	92	0	53	29	0	19	51	1.47
164525--164551	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
164856--164892	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
165046--165076	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
181673--181717	21	2.1	21	87	0	63	31	28	22	17	1.97
183227--183540	148	2.1	149	97	1	587	27	16	21	34	1.95
183508--183552	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
188248--188562	149	2.1	149	97	1	596	26	16	21	34	1.95
188530--188574	23	2.0	23	86	0	63	22	24	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193810--193878	21	3.5	21	64	22	58	44	17	8	28	1.78
193805--193886	38	2.2	38	100	0	164	40	19	10	29	1.86
194592--194616	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
198865--198926	30	2.1	30	100	0	124	51	12	3	32	1.56
201442--201498	20	2.8	21	72	5	62	35	28	17	19	1.94
201536--201626	41	2.2	42	88	2	130	41	23	18	16	1.90
201514--201608	22	4.5	22	78	7	106	38	25	17	17	1.92
201597--201693	41	2.4	42	87	6	146	38	23	18	19	1.93
201619--201692	21	3.6	21	68	3	69	33	25	18	21	1.96
203153--203179	12	2.2	12	100	0	54	33	33	0	33	1.58

Tables:   1   2