genome.fa.s1135.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001135.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002263_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  162108

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547--2596	19	2.6	19	100	0	100	30	18	30	22	1.97
3742--3898	30	5.2	29	95	3	260	24	17	23	35	1.95
4498--4559	16	3.9	16	95	0	115	56	24	11	8	1.61
4755--4866	23	4.8	23	88	1	116	27	23	23	25	2.00
4780--4866	11	7.6	11	74	7	75	26	22	22	27	2.00
5345--5404	24	2.5	24	88	0	93	56	16	13	13	1.67
5358--5429	34	2.1	34	92	0	117	52	23	13	9	1.70
5399--5430	14	2.3	14	100	0	64	50	28	15	6	1.68
5358--5415	10	5.4	10	75	15	53	53	22	13	10	1.70
10416--10456	22	1.9	22	85	5	57	29	4	12	53	1.58
11227--11297	2	36.5	2	94	5	128	50	0	0	49	1.00
11733--11778	21	2.2	21	100	0	92	23	32	19	23	1.97
12402--12552	31	4.9	31	85	7	184	37	20	17	25	1.94
12402--12552	61	2.4	62	83	8	200	37	20	17	25	1.94
17105--17159	21	2.6	20	80	11	56	41	20	21	16	1.90
19825--19873	3	15.7	3	80	16	55	32	0	0	67	0.91
19825--19863	15	2.5	16	91	4	62	30	0	0	69	0.89
19827--19875	21	2.4	21	86	3	73	32	0	0	67	0.91
23300--23329	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26070--26152	42	2.0	42	97	0	157	49	16	2	31	1.59
27982--28021	3	13.7	3	89	5	64	0	35	0	65	0.93
27972--28017	9	4.9	9	89	7	56	0	39	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31413--31473	23	2.7	23	97	0	113	26	27	26	19	1.99
33045--33089	21	2.1	21	91	0	72	15	22	28	33	1.95
33986--34028	17	2.6	16	78	7	50	39	25	0	34	1.56
36357--36409	23	2.3	23	83	0	70	30	24	24	20	1.99
37002--37043	21	2.0	22	85	4	59	21	23	16	38	1.93
37266--37327	18	3.0	22	69	26	62	27	38	16	17	1.91
37658--37706	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
37719--37783	20	3.3	20	80	2	78	15	15	21	47	1.82
39661--39804	20	7.5	20	82	9	174	39	20	20	20	1.93
39661--39842	40	4.9	40	75	14	174	40	19	20	19	1.92
39854--39897	20	2.2	20	87	0	61	22	20	22	34	1.97
39935--40001	20	3.3	20	93	0	107	20	19	22	37	1.95
40487--40528	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
41944--41979	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
42113--42176	34	1.9	33	96	3	119	43	18	23	14	1.86
42114--42181	19	3.8	19	72	21	74	45	19	22	13	1.84
42196--42268	19	4.1	19	76	18	84	15	21	16	46	1.83
42196--42305	52	2.1	54	87	3	161	15	22	18	43	1.87
42277--42370	20	4.7	20	86	2	136	20	22	23	34	1.97
44721--44774	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
44721--44788	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
45645--45831	96	2.0	93	86	3	257	41	10	11	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48257--48321	32	2.0	32	100	0	130	35	6	27	30	1.81
49246--49355	55	2.0	55	92	3	186	40	16	19	24	1.91
55544--55593	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
58043--58099	29	2.0	29	92	0	96	29	5	21	43	1.74
64942--65076	20	6.7	20	80	7	139	35	22	18	23	1.96
64939--65076	41	3.4	41	82	7	165	36	21	18	23	1.94
65611--65665	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
66794--66838	18	2.5	18	92	0	72	26	42	15	15	1.87
67222--67259	13	2.6	16	84	16	55	5	0	18	76	0.97
67322--67377	20	2.8	20	83	2	69	37	23	23	16	1.93
67361--67457	19	5.6	19	69	22	88	47	19	19	13	1.82
67361--67454	33	2.8	33	93	0	161	47	19	19	13	1.82
67469--67526	14	3.9	14	77	16	62	12	17	22	48	1.80
67465--67542	32	2.4	33	93	2	131	12	19	21	46	1.83
67527--67582	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
69620--69656	19	1.9	19	94	0	65	48	13	21	16	1.80
69695--69782	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
69675--69762	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
69995--70106	20	5.5	20	74	5	73	23	18	19	38	1.93
70072--70123	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
70908--70961	24	2.2	24	93	0	90	22	14	20	42	1.88
71136--71172	12	3.1	12	100	0	74	72	0	27	0	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73478--73537	19	3.4	19	71	21	67	45	18	18	18	1.86
73465--73572	33	3.3	33	81	5	137	42	19	22	15	1.89
73564--73606	19	2.3	19	83	0	50	16	23	18	41	1.89
73572--73647	19	4.3	19	77	16	81	13	22	21	43	1.86
73750--73786	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
75133--75202	21	3.3	21	68	5	61	20	20	37	22	1.95
75136--75258	42	2.9	41	78	7	104	23	18	35	21	1.95
75476--75660	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	21	1.81
77347--77456	33	3.0	37	75	15	120	44	19	23	12	1.85
77347--77456	19	5.9	19	76	14	113	44	19	23	12	1.85
77355--77458	52	2.0	54	86	3	149	43	20	24	12	1.86
78047--78137	20	4.6	20	78	8	87	21	18	21	37	1.94
78047--78137	40	2.3	39	86	7	121	21	18	21	37	1.94
78135--78193	20	2.9	21	79	5	66	44	18	18	18	1.88
78127--78199	21	3.5	21	77	3	76	38	19	20	21	1.94
78188--78261	20	3.7	20	75	10	87	24	22	20	32	1.98
78174--78282	41	2.7	41	91	0	137	26	21	20	32	1.97
78212--78301	20	4.4	21	78	9	96	23	22	17	36	1.95
78065--78301	41	5.8	40	75	8	133	27	20	18	33	1.96
78291--78343	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
82325--82359	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
83761--83786	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85357--85395	9	4.4	9	90	6	62	0	20	0	79	0.73
85357--85402	9	5.6	8	85	10	58	0	19	0	80	0.71
85349--85402	16	3.2	16	86	5	72	1	22	0	75	0.89
99418--99573	32	4.9	32	76	6	131	28	17	21	32	1.96
99418--99556	32	4.4	32	80	8	133	28	17	20	33	1.95
103441--103489	20	2.5	20	100	0	98	10	32	20	36	1.86
106685--106786	3	34.3	3	98	2	197	33	0	0	66	0.92
116783--116860	35	2.2	35	80	11	88	67	3	2	25	1.20
116803--116856	22	2.5	22	85	14	76	68	1	3	25	1.16
116790--116838	18	2.7	19	81	6	57	75	0	2	22	0.90
118954--119054	40	2.4	43	75	15	113	37	11	12	37	1.81
119088--119144	24	2.4	24	88	5	80	15	14	12	57	1.65
119075--119114	10	4.0	10	86	0	62	15	10	15	60	1.60
119601--119670	23	3.0	23	83	6	79	14	12	15	57	1.66
120465--120498	15	2.3	15	94	0	59	32	32	20	14	1.93
120583--120650	28	2.4	28	81	11	77	20	23	11	44	1.84
121669--121718	3	16.7	3	95	0	82	64	0	0	36	0.94
127054--127308	124	2.1	123	88	3	370	36	14	12	36	1.84
128974--129082	33	3.2	35	80	14	97	40	0	2	56	1.13
129039--129120	15	5.7	14	71	16	53	37	1	1	59	1.13
129578--129637	25	2.3	26	80	8	68	41	0	1	56	1.09
129622--129671	22	2.3	21	83	6	64	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138325--138369	23	2.0	21	83	8	54	35	0	0	64	0.94
138502--138541	21	2.0	21	85	5	55	12	2	2	82	0.87
138661--138699	11	3.5	11	83	10	53	17	0	0	82	0.68
138622--138700	41	2.0	39	83	14	99	15	2	3	78	1.00
139988--140019	16	1.9	17	93	6	57	6	15	3	75	1.14
142861--143057	99	2.0	99	90	0	313	34	15	18	31	1.92
144159--144470	86	3.6	87	86	3	398	32	25	21	20	1.98
144546--145042	85	5.8	85	84	2	559	36	20	16	25	1.94
144546--145042	255	1.9	256	82	2	624	36	20	16	25	1.94
146905--146944	13	3.2	13	82	7	55	20	7	0	72	1.08

Tables:   1   2