genome.fa.s1175.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001175.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002341_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  212349

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1995--2021	13	2.1	13	100	0	54	48	14	14	22	1.81
4650--4698	24	2.0	24	96	0	89	30	30	26	12	1.92
13825--13900	32	2.4	32	80	4	91	30	21	21	27	1.98
13873--13920	20	2.4	20	89	0	69	39	16	22	20	1.92
13943--13998	20	2.7	21	80	5	69	23	19	19	37	1.94
13988--14041	20	2.6	21	79	5	65	38	18	22	20	1.93
14517--14578	31	2.0	31	100	0	124	9	6	22	61	1.50
14668--14763	32	2.9	33	89	3	140	11	23	22	41	1.87
14742--14788	20	2.3	20	79	13	60	12	25	14	46	1.80
16911--16990	42	1.9	42	85	10	110	27	32	16	23	1.96
18313--18348	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
18455--18509	27	2.0	28	92	3	94	41	23	21	12	1.88
18520--18648	19	7.7	19	64	26	85	13	22	19	44	1.86
18524--18648	33	3.9	32	88	8	191	14	22	19	44	1.86
18524--18647	64	1.9	64	96	0	230	14	22	19	43	1.87
21132--21185	24	2.2	24	83	0	63	40	16	16	25	1.89
21966--22017	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
22044--22093	20	2.5	20	76	0	64	38	20	18	24	1.93
22307--22394	20	4.4	20	75	5	97	39	22	20	17	1.92
22426--22479	14	3.5	14	73	22	54	11	20	18	50	1.77
22408--22478	33	2.2	33	81	0	79	19	19	19	40	1.91
22433--22469	19	1.9	19	94	0	65	10	21	13	54	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24043--24131	42	2.2	40	84	7	119	22	15	40	21	1.91
24468--24520	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
24474--24560	20	4.4	20	82	1	86	36	25	20	17	1.94
24533--24598	19	3.7	19	71	19	70	48	21	18	12	1.80
24533--24598	33	2.0	33	91	5	107	48	21	18	12	1.80
24605--24701	19	5.6	19	69	22	88	13	19	20	46	1.83
24627--24685	14	3.9	14	72	20	55	11	16	22	49	1.78
24610--24701	33	2.8	33	94	0	166	13	18	20	47	1.81
24686--24729	20	2.3	19	84	11	54	20	25	18	36	1.95
25272--25319	18	2.7	18	86	0	78	16	12	43	27	1.84
26625--26682	20	2.9	20	81	0	62	44	20	15	18	1.86
26938--26986	21	2.4	19	75	15	53	24	14	40	20	1.89
27174--27287	20	5.7	20	79	6	113	23	16	26	33	1.96
27154--27291	41	3.4	41	80	2	170	23	15	24	36	1.94
27174--27309	41	3.3	41	82	3	114	23	17	24	34	1.96
27322--27370	21	2.3	22	79	6	66	36	16	26	20	1.93
28428--28485	14	4.6	13	75	16	52	8	12	18	60	1.57
28432--28480	12	4.1	12	84	15	57	6	14	20	59	1.56
29239--29296	10	5.6	10	73	15	55	10	12	20	56	1.64
29245--29293	16	3.1	16	93	0	89	8	12	22	57	1.61
31579--31778	5	39.6	5	97	2	373	39	0	0	60	1.01
32017--32050	17	1.9	18	88	5	52	35	2	11	50	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34143--34200	25	2.4	24	75	16	57	15	10	8	65	1.46
41997--42073	20	3.8	20	79	3	100	15	22	23	38	1.92
42021--42227	21	10.1	21	69	10	160	22	18	25	33	1.97
42001--42174	40	4.3	40	91	6	230	20	20	25	34	1.96
42017--42166	40	3.7	40	93	4	241	22	20	24	33	1.97
42184--42266	20	4.2	20	69	6	78	16	22	21	38	1.93
42062--42255	102	1.9	100	85	11	270	22	19	25	32	1.97
41980--42255	142	1.9	141	89	5	423	21	20	23	34	1.96
42163--42255	40	2.3	41	92	1	152	20	20	24	34	1.96
42264--42310	6	8.2	6	90	9	80	0	14	48	36	1.44
42273--42304	16	2.0	16	100	0	64	0	12	50	37	1.41
42267--42310	22	2.0	22	100	0	88	0	13	50	36	1.42
42270--42318	22	2.2	22	85	7	64	6	14	44	34	1.70
42394--42478	41	2.0	41	86	6	118	37	23	21	17	1.94
42419--42482	21	3.1	21	75	4	76	37	26	18	17	1.93
42511--42616	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
42518--42620	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
42518--42624	21	5.2	21	69	4	92	38	27	18	15	1.91
43416--43451	15	2.4	15	90	9	56	27	2	0	69	1.02
49049--49106	26	2.2	27	84	6	84	77	1	17	3	0.99
49049--49104	12	4.5	12	70	16	51	78	1	17	1	0.92
52785--52999	103	2.1	103	89	0	331	27	13	22	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53009--53086	23	3.3	23	76	1	84	25	17	21	34	1.96
57726--57781	21	2.7	21	100	0	112	28	23	21	26	1.99
58708--58922	103	2.1	103	95	0	394	26	13	24	35	1.92
58932--59009	23	3.3	23	80	1	93	24	17	23	34	1.96
60124--60248	46	2.8	45	86	6	164	30	22	6	40	1.79
60139--60212	25	3.1	25	61	21	59	35	21	8	35	1.83
60323--60402	40	2.0	40	85	0	106	25	23	22	28	1.99
62472--62530	30	2.0	30	90	6	93	33	20	8	37	1.83
63962--65037	228	4.7	228	88	0	1341	28	24	26	21	1.99
66963--67003	20	2.0	21	86	13	59	56	2	12	29	1.49
67083--67132	26	2.0	26	84	11	68	48	12	4	36	1.59
68135--68261	64	2.0	64	87	4	184	31	24	16	27	1.96
70347--70386	20	2.0	21	85	14	57	37	15	5	42	1.68
70336--70390	21	2.7	20	80	11	58	40	12	3	43	1.60
76186--76224	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
76123--76331	65	3.2	64	83	8	212	29	26	17	26	1.97
76172--76334	65	2.5	65	85	3	222	30	26	15	26	1.96
78515--80088	228	6.9	227	84	4	1644	28	23	24	22	1.99
85756--85833	39	2.0	39	100	0	156	46	15	12	25	1.81
87900--87952	24	2.2	24	100	0	106	37	13	20	28	1.90
87123--88556	787	1.8	790	90	2	2329	35	17	17	29	1.93
89640--89774	62	2.2	62	91	0	225	27	10	8	53	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90164--90211	23	2.1	23	92	0	78	35	10	18	35	1.85
90638--90700	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
92231--92902	183	3.7	183	96	0	1206	33	17	15	33	1.91
93363--94317	199	4.8	199	97	1	1803	30	16	15	36	1.90
94436--94479	19	2.4	19	92	3	72	56	11	2	29	1.46
96269--96334	33	2.0	33	87	0	96	22	46	0	30	1.52
96368--96432	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
98651--98693	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
98656--98702	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
98836--98882	20	2.3	20	86	10	69	17	14	10	57	1.65
98623--99094	180	2.6	180	89	1	703	26	16	14	42	1.87
100035--100064	2	15.0	2	92	0	51	50	0	46	3	1.18
103374--103452	31	2.5	31	89	4	124	30	11	13	44	1.80
103374--103466	31	3.0	30	73	14	82	31	9	13	45	1.77
104346--104391	24	1.9	23	86	8	65	52	2	2	43	1.25
114084--114177	28	3.5	28	67	14	88	25	41	21	11	1.87
114725--114808	29	2.9	29	83	0	105	14	23	38	23	1.92
119441--119515	11	6.4	11	72	14	51	28	4	5	62	1.35
119423--119527	49	2.1	50	96	1	194	26	4	3	64	1.30
122594--122627	8	4.1	8	88	7	50	82	5	11	0	0.83
122568--122638	24	3.0	23	74	11	63	76	5	15	2	1.10
122594--122638	17	2.7	18	80	13	51	77	6	15	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123222--123272	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
123680--123715	18	2.0	19	89	10	58	19	5	30	44	1.73
123987--125289	106	12.3	106	93	0	2156	34	24	17	22	1.96
125631--125776	36	4.0	36	86	2	166	24	19	15	41	1.89
125670--125776	36	3.0	36	92	0	178	24	19	14	42	1.88
125693--125757	21	3.4	21	64	24	61	23	20	13	43	1.87
125825--125952	33	3.9	33	88	6	188	39	20	9	31	1.84
125829--125952	67	1.9	65	88	6	187	40	20	8	29	1.83
125940--126127	84	2.2	84	85	2	243	30	26	19	23	1.98
127640--127714	11	6.4	11	72	14	51	28	4	5	62	1.35

Tables:   1   2