genome.fa.s1282.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001282.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002516_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180784

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263--287	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
851--961	19	5.8	18	80	13	107	18	23	18	39	1.92
851--961	37	2.9	38	85	10	145	18	23	18	39	1.92
769--961	21	9.7	21	79	9	127	23	22	19	35	1.96
809--971	19	8.4	19	78	14	93	26	20	19	33	1.97
868--977	58	1.9	57	80	10	125	20	22	17	39	1.93
1804--1856	24	2.2	24	93	0	88	20	18	22	37	1.94
4291--4373	20	4.2	20	71	15	64	33	22	20	22	1.97
4357--4482	33	3.8	33	91	2	200	46	17	23	12	1.82
4357--4482	65	1.9	66	90	1	200	46	17	23	12	1.82
4337--4486	19	8.7	18	64	23	65	45	18	23	12	1.84
4482--4554	19	4.1	19	75	20	77	10	16	26	46	1.80
4497--4586	33	2.8	33	86	5	112	11	20	22	46	1.81
4696--4731	14	2.6	14	86	4	56	44	22	0	33	1.53
6082--6204	42	2.9	42	80	4	115	23	18	35	21	1.95
6624--6697	33	2.2	33	95	2	130	45	22	21	9	1.80
6624--6683	19	3.4	19	71	21	67	46	23	20	10	1.80
6708--6776	20	3.5	19	88	5	102	5	15	26	52	1.66
6708--6802	20	4.8	19	84	6	100	8	18	21	51	1.72
6707--6802	39	2.4	39	81	5	104	9	18	20	51	1.74
6884--7342	94	5.0	94	90	6	687	46	18	12	21	1.82
8943--9079	19	7.1	19	90	3	202	45	19	21	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9075--9163	33	2.8	33	87	3	119	11	20	22	46	1.82
9105--9205	18	5.6	19	72	14	63	10	18	20	49	1.78
9737--9826	20	4.4	20	84	4	117	41	17	21	20	1.91
9735--9826	21	4.5	21	83	4	125	40	17	21	20	1.92
9735--9826	41	2.2	41	98	0	175	40	17	21	20	1.92
13176--13245	30	2.3	30	90	4	106	47	15	15	21	1.83
19937--20001	33	2.0	33	93	0	112	35	23	16	24	1.95
23983--24292	41	7.5	41	80	3	300	36	17	17	28	1.92
23981--24292	82	3.8	82	81	1	338	36	16	17	28	1.93
23981--24292	123	2.5	122	80	5	358	36	16	17	28	1.93
25426--25460	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
25460--25497	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
25567--25613	22	2.1	22	100	0	94	48	10	10	29	1.71
25994--26133	7	19.9	7	73	1	100	21	2	30	45	1.63
25999--26090	28	3.2	28	89	1	130	20	1	31	46	1.58
26552--26683	59	2.2	59	74	12	128	38	14	12	34	1.84
27435--27466	16	1.9	17	93	6	57	31	6	28	34	1.82
35045--35103	31	1.9	31	86	6	84	28	11	18	40	1.86
39120--39169	21	2.5	21	90	6	77	56	10	6	28	1.56
42228--42486	138	1.9	138	80	3	306	22	15	27	35	1.94
42942--43156	73	2.9	74	79	8	226	40	12	16	31	1.86
43037--43153	37	3.2	36	72	2	108	42	16	14	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44650--44774	44	2.8	44	95	0	214	32	22	15	29	1.94
50855--50890	3	12.3	3	94	5	65	63	0	0	36	0.94
50914--51041	50	2.7	46	76	13	141	25	5	17	51	1.66
53453--53503	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
53353--53505	66	2.4	65	86	2	209	28	15	26	30	1.96
61952--62114	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
62062--62112	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
61956--62163	65	3.2	65	81	12	207	26	17	25	29	1.97
62658--62687	15	1.9	16	93	6	53	46	3	0	50	1.18
65157--65243	3	28.3	3	74	11	52	64	1	31	3	1.17
65157--65218	24	2.7	23	92	5	106	70	0	27	1	0.96
65157--65242	24	3.5	24	85	9	104	65	1	30	3	1.17
71034--71153	54	2.2	54	88	2	179	22	20	25	31	1.98
71789--71830	21	2.0	22	90	4	68	59	26	2	11	1.45
73308--73341	13	2.6	13	95	0	59	44	5	14	35	1.70
73828--73887	23	2.7	22	82	7	77	33	16	26	23	1.96
76182--76370	85	2.2	85	87	3	283	31	20	15	32	1.94
76204--76407	85	2.4	84	78	6	221	32	19	16	31	1.94
78523--78637	39	3.0	39	81	13	132	3	36	9	50	1.52
79928--79999	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
81369--81415	15	3.1	15	84	6	60	8	17	12	61	1.55
83956--83995	20	2.0	20	100	0	80	30	10	0	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88432--88615	74	2.4	75	87	2	244	23	20	28	27	1.99
88868--88905	20	1.9	20	88	0	58	26	26	18	28	1.98
90962--91021	31	2.0	30	86	3	84	53	6	13	26	1.64
92463--92492	15	1.9	16	93	6	53	26	6	26	40	1.81
92537--92609	31	2.4	31	85	0	92	28	19	16	35	1.93
95430--95463	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
97416--97446	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
100142--100190	19	2.5	20	76	3	55	28	6	0	65	1.16
100192--100234	17	2.5	17	82	10	52	34	0	2	62	1.08
100211--100270	7	9.2	6	75	21	50	20	5	0	75	0.99
100211--100270	26	2.3	25	80	11	66	20	5	0	75	0.99
108881--109304	106	4.0	106	79	5	434	35	23	18	23	1.95
110685--110773	2	45.0	2	91	6	137	46	2	1	50	1.21
110823--110951	14	8.4	14	69	21	55	23	3	3	69	1.19
110851--110882	15	2.1	15	94	0	55	12	9	0	78	0.97
110846--110921	21	3.5	20	75	19	64	15	6	3	73	1.19
110878--110955	32	2.4	32	79	12	88	20	2	6	70	1.21
111829--111867	20	1.9	21	84	5	53	76	2	10	10	1.10
112085--112135	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
112796--112867	35	2.1	35	97	0	135	27	20	9	41	1.84
113352--113557	106	1.9	106	82	1	252	23	17	24	33	1.96
113288--113849	280	2.0	281	88	1	824	23	18	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122461--122536	9	8.4	9	73	11	59	73	3	3	18	1.14
122461--122535	31	2.4	32	84	6	91	73	4	4	18	1.15
122466--122536	27	2.6	27	84	10	83	73	4	4	18	1.16
122458--122545	27	3.2	27	74	9	72	72	4	5	17	1.21
122796--122822	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
122935--122973	14	2.7	15	88	4	53	71	0	0	28	0.86
124131--124329	110	1.8	110	89	0	317	23	18	23	35	1.96
125054--125436	65	5.8	65	75	7	279	38	10	20	30	1.87
125181--125457	36	8.0	36	69	18	167	38	12	19	28	1.88
125193--125284	37	2.5	36	87	1	121	42	15	21	20	1.89
125386--125457	37	1.9	37	85	0	99	38	13	22	25	1.91
126943--126998	20	2.8	20	78	13	60	3	7	7	82	0.95
126943--126998	21	2.8	20	83	10	69	3	7	7	82	0.95
130095--130167	9	8.1	9	73	10	53	71	5	4	19	1.22
130099--130160	22	2.7	22	85	7	70	70	6	4	17	1.26
130398--130430	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
131356--131398	20	2.2	19	87	4	59	79	0	6	13	0.93
131649--131690	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
132973--133446	106	4.5	106	84	2	530	21	17	24	36	1.95
134190--134232	13	3.2	13	87	6	68	2	16	0	81	0.79
134192--134229	7	5.6	7	81	6	51	2	18	0	78	0.86
137751--137822	2	37.5	2	91	8	123	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138297--138368	35	2.1	35	94	0	126	27	20	11	40	1.87
140599--140763	57	2.8	58	77	9	183	36	6	21	34	1.80
141089--141129	21	2.0	21	90	0	64	36	2	0	60	1.10
144246--144337	36	2.6	35	80	8	98	51	2	2	44	1.25
144458--144495	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
150617--150647	15	2.1	15	100	0	62	35	6	0	58	1.24
150999--151042	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
151922--151956	18	1.9	18	100	0	70	45	0	0	54	0.99
152402--152434	16	2.1	16	88	11	50	54	0	0	45	0.99
152402--152435	17	2.1	16	88	5	50	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2