genome.fa.s1362.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001362.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002655_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  681426

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 253 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9808--9858	21	2.4	21	90	0	75	27	21	13	37	1.91
10252--10396	54	2.7	54	87	7	197	27	23	19	29	1.98
10366--10468	21	5.0	21	76	14	74	30	28	12	29	1.93
10408--10458	21	2.4	21	96	0	93	31	25	13	29	1.94
26214--26248	17	2.1	17	94	0	61	22	40	20	17	1.92
27833--27954	59	2.1	59	88	0	181	22	18	15	43	1.87
29079--29179	49	2.1	49	84	0	130	19	25	18	35	1.95
42007--42072	24	2.8	24	80	0	78	13	10	15	60	1.59
42238--42262	10	2.5	10	100	0	50	12	0	16	72	1.13
47110--47158	18	2.7	18	81	12	64	61	4	10	24	1.45
58303--58597	146	2.0	146	100	0	590	25	17	10	46	1.80
61802--61846	21	2.1	21	83	0	54	35	4	2	57	1.31
61873--61925	21	2.5	21	93	0	88	66	13	9	11	1.46
64802--64858	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
66688--67502	209	3.8	213	90	2	1155	50	7	12	29	1.67
66688--67502	425	1.9	427	86	5	1168	50	7	12	29	1.67
67528--67578	2	25.0	2	76	11	50	49	1	3	45	1.32
67562--67630	27	2.5	28	83	9	88	47	7	4	40	1.51
67672--67790	11	10.6	11	66	16	66	47	1	3	47	1.28
67617--67719	20	5.1	20	69	12	75	45	6	5	41	1.55
67648--67746	42	2.3	43	81	5	103	47	5	5	42	1.47
67715--67768	17	3.1	17	81	2	63	46	0	3	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67756--67812	22	2.6	22	88	5	71	45	0	5	49	1.24
68186--68244	29	2.0	29	96	0	109	25	13	11	49	1.76
72836--72894	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
74215--74264	23	2.2	23	85	0	64	24	14	24	38	1.92
74842--74879	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
74858--74904	19	2.5	19	89	3	69	61	0	6	31	1.21
75100--75138	16	2.4	16	86	0	51	33	20	28	17	1.96
83997--84062	3	22.0	3	87	0	96	62	1	4	31	1.25
83998--84089	6	15.3	6	95	0	76	53	1	13	32	1.47
84044--84092	3	16.3	3	86	0	71	40	0	26	32	1.56
84109--84135	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
84226--84297	36	2.0	36	97	0	135	44	20	2	31	1.66
86407--86467	3	21.0	3	80	6	72	60	1	4	32	1.28
86407--86447	17	2.4	17	100	0	82	65	0	0	34	0.93
86408--86488	6	13.3	6	85	12	58	53	1	12	33	1.46
86449--86491	3	14.3	3	85	0	59	41	0	25	32	1.56
86507--86533	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
86624--86695	36	2.0	36	97	0	135	44	20	2	31	1.66
88746--88789	24	1.9	23	86	9	63	56	9	6	27	1.55
90204--90275	2	36.5	2	97	2	137	50	0	0	50	1.00
100684--100718	13	2.6	13	90	4	52	48	11	2	37	1.54
101174--101220	19	2.5	19	89	0	76	36	17	23	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107290--107339	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
107924--107959	3	11.7	3	94	5	63	66	30	2	0	1.06
112417--112460	21	2.2	20	83	4	52	40	6	0	52	1.28
115232--115280	13	3.6	13	81	8	62	57	14	2	26	1.48
115817--115865	21	2.3	21	82	0	62	24	20	30	24	1.98
123626--123710	40	2.2	38	89	6	127	22	17	11	48	1.80
124179--124258	19	4.4	18	73	17	67	48	7	0	43	1.31
124196--124266	8	8.1	8	72	27	56	49	5	0	45	1.26
124179--124280	27	3.8	27	98	0	195	46	7	0	45	1.39
132920--132978	23	2.6	23	76	7	59	61	5	3	30	1.34
133887--133929	19	2.3	19	100	0	86	39	27	9	23	1.85
139474--139504	14	2.2	14	100	0	62	35	0	38	25	1.56
139573--139604	11	2.8	11	95	4	55	43	0	0	56	0.99
139600--139700	3	33.7	3	92	4	168	64	0	1	32	1.11
139950--140802	113	7.5	113	92	1	1265	28	19	13	37	1.90
141352--141763	84	4.9	84	98	0	779	35	23	14	27	1.93
142888--142948	1	61.0	1	80	0	68	0	9	0	90	0.46
142887--142949	11	6.1	10	83	12	83	0	12	0	87	0.55
142887--142949	16	4.1	16	87	8	103	0	12	0	87	0.55
153572--153614	22	1.9	23	85	4	61	72	2	0	25	0.97
155633--155663	14	2.2	14	100	0	62	35	0	38	25	1.56
155748--155847	3	33.7	3	94	2	175	64	1	1	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156649--156700	22	2.4	22	100	0	104	13	28	17	40	1.87
161457--161515	30	2.0	30	90	6	93	35	0	6	57	1.25
161462--161530	28	2.3	30	82	7	79	36	0	10	53	1.35
161572--161619	23	2.1	23	84	0	60	39	12	6	41	1.68
162717--162764	21	2.3	21	77	0	60	27	20	18	33	1.96
162779--162832	20	2.7	20	97	0	99	29	27	16	25	1.97
163401--163453	20	2.7	20	93	0	88	16	20	26	35	1.94
163390--163476	20	4.4	20	83	1	86	16	17	22	43	1.87
163446--163484	20	2.0	20	89	0	60	17	12	17	51	1.76
165388--165476	20	4.4	20	86	0	115	35	22	22	19	1.95
165468--165543	33	2.3	34	86	2	100	46	18	19	15	1.85
165553--165583	14	2.2	14	94	0	53	12	19	16	51	1.76
165548--165613	33	2.0	34	87	3	98	15	19	18	46	1.83
165605--165653	20	2.5	20	86	0	62	22	20	22	34	1.97
166160--166251	42	2.2	42	86	3	123	22	38	17	21	1.93
166133--166236	21	5.0	21	75	6	86	21	35	18	25	1.95
166182--166251	21	3.3	21	72	4	61	22	37	18	21	1.94
167644--167682	14	2.8	14	96	0	69	35	0	17	46	1.49
167816--167879	20	3.2	20	84	0	83	46	20	15	17	1.83
167802--167879	40	2.0	40	82	5	95	44	23	15	16	1.85
167918--167994	20	3.8	20	91	0	118	28	20	19	31	1.97
167918--167994	40	1.9	40	94	0	136	28	20	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171154--171191	17	2.2	17	100	0	76	26	5	36	31	1.79
171153--171206	17	2.8	20	81	16	60	25	9	37	27	1.87
171338--171406	20	3.4	20	71	11	68	23	17	26	33	1.96
171893--171989	47	2.1	47	94	0	167	36	16	14	32	1.89
176857--176890	14	2.3	15	90	5	52	52	0	2	44	1.16
184289--184332	21	2.1	21	87	4	63	36	2	0	61	1.09
184959--185022	26	2.5	26	100	0	128	34	18	18	28	1.95
194991--195254	136	2.0	133	94	2	465	29	30	13	27	1.94
196771--196850	39	2.1	39	100	0	160	28	27	10	33	1.89
203720--203744	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
227807--228140	176	1.9	176	86	3	476	37	11	14	36	1.83
228596--228868	50	5.4	51	82	6	263	48	14	9	27	1.75
228585--228889	100	3.1	99	79	7	325	49	13	9	27	1.73
229591--229657	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
234061--234334	91	3.0	92	92	1	462	25	26	14	33	1.95
235755--235787	16	2.1	16	100	0	66	18	18	15	48	1.81
244443--244476	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
264826--264866	21	2.0	21	85	0	55	24	26	21	26	2.00
278521--278977	104	4.4	104	93	3	778	23	18	25	32	1.97
278521--278977	210	2.2	208	93	3	778	23	18	25	32	1.97
278928--279031	55	1.9	54	96	3	192	20	17	26	35	1.94
278823--279141	159	2.0	160	97	2	608	22	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290526--290551	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
297866--298045	36	5.1	36	90	2	274	17	20	19	42	1.90
297866--298045	71	2.5	72	90	1	283	17	20	19	42	1.90
299709--299904	100	2.0	100	93	2	340	31	22	17	27	1.97
306084--306185	42	2.3	46	77	9	115	49	1	2	46	1.28
310783--310917	60	2.2	60	86	0	180	34	12	29	23	1.92
310899--310938	19	2.1	19	100	0	80	42	20	22	15	1.88
314632--314716	29	2.9	29	77	16	88	38	15	4	41	1.68
317711--317767	2	28.5	2	85	0	69	47	5	3	43	1.43
319057--319087	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3