genome.fa.s1371.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001371.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365156

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3900--3996	2	49.5	2	95	4	180	49	0	0	50	1.00
4428--4490	12	5.3	12	69	17	51	71	0	6	22	1.08
4430--4490	23	2.6	23	80	17	72	70	0	6	22	1.10
5726--5971	36	7.3	35	70	14	128	47	6	2	43	1.43
5804--5846	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
5834--6013	36	5.6	32	74	20	137	43	8	2	44	1.50
5832--5972	33	4.1	34	84	10	130	45	8	2	43	1.46
5983--6052	36	1.9	37	88	2	106	40	11	5	42	1.65
5988--6063	36	2.1	36	85	4	100	44	9	6	39	1.62
6911--7645	85	8.8	84	81	5	729	24	19	23	32	1.97
6937--7645	86	8.4	85	82	4	778	24	19	23	32	1.97
6937--7645	169	4.2	169	86	2	903	24	19	23	32	1.97
6937--7645	331	2.1	334	85	2	940	24	19	23	32	1.97
15758--15797	20	2.0	21	85	5	55	40	12	5	42	1.64
19110--19170	23	2.9	21	85	7	79	21	36	24	18	1.95
22583--22628	18	2.3	20	80	20	53	78	2	2	17	0.96
22657--22890	36	6.4	35	82	11	249	45	7	2	44	1.43
23009--23033	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25288--25351	31	2.1	31	93	0	110	57	3	0	39	1.14
28853--28914	31	1.9	33	87	6	92	59	6	4	29	1.43
32063--32114	23	2.3	22	80	12	61	50	1	1	46	1.23
32099--32172	28	2.7	28	79	8	80	50	0	4	45	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48190--48237	22	2.2	22	88	0	69	20	22	37	18	1.94
53617--53697	20	4.0	20	79	7	92	22	27	33	17	1.96
53617--53697	40	2.0	41	92	2	137	22	27	33	17	1.96
57520--57618	44	2.2	44	83	0	126	31	18	21	29	1.97
57546--57676	44	3.0	44	82	0	154	31	16	23	29	1.96
58074--58115	21	2.0	21	85	0	57	2	30	14	52	1.54
61463--61494	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
63427--63560	20	6.7	20	84	1	187	38	18	20	22	1.93
63757--63820	22	2.9	22	80	0	83	23	39	15	21	1.92
64190--64239	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
64207--64261	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
64226--64269	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
66140--66196	20	2.8	20	91	0	87	43	22	17	15	1.87
66216--66302	20	4.3	20	91	0	84	21	14	20	42	1.88
66216--66409	40	5.2	40	77	13	128	17	17	22	43	1.87
66341--66409	20	3.5	20	95	0	129	14	18	26	40	1.89
66893--66997	21	5.0	21	71	3	86	20	36	19	23	1.95
66890--67000	42	2.6	42	77	5	109	20	36	18	23	1.95
68366--68401	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
68509--68602	33	2.8	33	90	3	134	41	21	24	12	1.88
68540--68608	19	3.8	19	73	21	76	44	18	21	14	1.85
68617--68712	33	2.8	33	90	3	138	13	22	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68684--68772	20	4.4	20	87	2	126	16	19	25	38	1.92
71191--71242	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
72070--72116	20	2.3	20	92	0	76	21	19	27	31	1.97
72103--72236	20	6.7	20	86	1	196	20	21	19	38	1.94
72103--72236	61	2.2	60	91	1	214	20	21	19	38	1.94
72233--72278	21	2.2	21	84	0	56	39	17	26	17	1.91
72866--72913	20	2.4	20	85	0	69	43	8	22	25	1.81
73071--73144	35	2.1	35	87	5	105	52	2	1	43	1.23
79102--79135	13	2.6	13	95	0	59	44	5	14	35	1.70
83582--83651	34	2.1	32	89	5	104	21	30	15	32	1.94
83933--83974	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
84012--84052	21	2.0	21	100	0	82	14	29	39	17	1.89
84109--84138	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
84087--84166	22	4.0	21	72	21	73	15	26	37	21	1.92
84088--84160	36	2.0	36	86	2	101	16	26	35	21	1.94
84256--84316	29	2.0	32	90	9	101	44	16	6	32	1.73
86096--86133	3	13.0	3	86	5	51	0	28	2	68	1.03
87124--87193	34	2.1	32	89	5	104	21	30	15	32	1.94
87475--87516	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
87554--87594	21	2.0	21	100	0	82	14	29	39	17	1.89
87629--87707	21	4.0	21	76	18	89	13	27	36	21	1.92
87651--87680	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87630--87701	36	2.0	36	91	0	117	15	27	34	22	1.94
87797--87856	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
90843--90933	32	2.8	32	83	8	114	31	26	23	18	1.97
94609--94644	16	2.1	18	90	10	58	69	0	0	30	0.89
97678--97726	25	1.9	25	87	4	71	57	6	12	24	1.58
98714--98835	38	3.4	37	79	16	146	40	34	10	13	1.80
99587--99647	26	2.3	26	97	0	113	50	14	22	11	1.75
102535--102596	30	2.1	30	90	0	97	45	24	19	11	1.83
103483--103613	41	3.2	41	68	10	113	35	19	20	25	1.96
103432--103653	83	2.7	83	84	0	273	34	19	22	23	1.97
104372--104411	21	1.9	21	100	0	80	32	15	15	37	1.88
105497--105595	21	4.6	21	79	7	101	39	18	40	2	1.62
105935--106177	43	5.6	43	71	13	124	30	20	20	28	1.98
106182--106241	15	3.9	15	77	14	59	10	16	26	46	1.78
106566--107819	634	2.0	639	89	3	1915	37	11	14	35	1.83
109183--109220	19	2.0	20	84	5	51	21	10	5	63	1.46
116243--116267	6	4.2	6	100	0	50	20	16	64	0	1.30
116493--116527	12	2.9	12	95	0	61	31	48	8	11	1.69
116619--116687	25	2.8	25	97	0	129	21	14	34	28	1.93
123834--123974	63	2.2	64	87	5	196	27	21	19	30	1.98
125431--125460	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
125725--126092	85	4.4	83	77	7	314	35	17	19	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125861--126132	128	2.1	125	84	6	359	36	16	19	26	1.94
125714--126115	42	9.5	42	78	4	333	36	16	19	27	1.94
125714--126131	170	2.5	167	79	6	389	35	16	19	27	1.94
127021--127084	31	2.1	31	100	0	110	37	10	18	32	1.86
127021--127075	19	3.3	19	62	32	52	34	10	21	32	1.89
128472--128522	21	2.4	21	86	0	66	31	15	43	9	1.80
136957--137131	60	2.9	60	72	12	133	32	20	4	42	1.72
137283--137443	60	2.7	61	80	4	193	40	4	19	34	1.73
140882--141030	72	2.1	72	85	0	199	32	15	12	38	1.85
142537--142567	14	2.2	14	94	0	53	41	19	16	22	1.89
143342--143404	3	21.3	3	90	9	103	33	0	0	66	0.92
144592--144665	5	14.8	5	77	18	75	18	2	1	77	0.97
144592--144694	9	11.0	9	78	17	88	21	3	0	73	1.05
144592--144694	37	2.8	38	81	14	99	21	3	0	73	1.05
145741--145783	19	2.2	19	87	4	59	60	2	9	27	1.40
147240--147340	34	2.8	35	85	13	125	44	6	3	44	1.49
147240--147332	36	2.6	33	86	11	123	46	7	3	43	1.48
147244--147427	39	4.8	38	75	16	157	44	9	4	41	1.57
147893--148059	72	2.3	72	85	0	235	22	16	27	33	1.95
159721--159762	20	2.1	20	86	8	59	57	2	16	23	1.51
161198--161352	82	1.9	80	81	13	183	37	10	5	45	1.63
161201--161360	39	4.0	38	68	20	103	37	11	5	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163003--163300	162	1.9	160	81	5	368	28	16	4	50	1.64
165597--165653	23	2.5	23	82	0	69	21	22	22	33	1.97
165615--165661	23	2.1	23	96	4	87	19	21	25	34	1.96
166551--167023	236	2.0	236	99	0	937	44	16	9	29	1.79
169958--170057	33	3.1	33	84	2	132	38	22	13	27	1.90
174699--174798	33	3.1	33	89	2	150	38	23	12	27	1.90
175596--175665	34	2.1	32	84	5	86	22	28	15	32	1.95
175944--175996	21	2.5	21	100	0	106	18	22	30	28	1.98
176081--176127	20	2.3	20	100	0	94	34	21	29	14	1.93
176148--176267	21	5.8	20	81	12	134	24	20	34	21	1.97

Tables:   1   2