genome.fa.s1371.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001371.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002683_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365156

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 238 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176149--176267	63	1.9	62	84	10	161	24	20	33	21	1.97
177199--177352	20	7.7	20	85	2	195	33	25	19	22	1.97
177160--177353	60	3.2	59	78	5	194	36	25	18	19	1.94
177735--177805	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
177885--177990	21	5.6	20	70	16	91	45	18	25	10	1.81
177883--177961	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
177878--177994	41	3.1	38	79	14	136	46	17	26	10	1.80
177948--178001	14	3.5	14	73	22	54	42	24	25	7	1.80
177937--178006	33	2.1	33	97	0	131	47	20	25	7	1.75
177943--178017	33	2.3	33	92	0	123	46	24	22	6	1.75
178013--178110	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
178035--178124	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
178018--178132	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
179830--180302	93	5.1	93	98	0	903	22	12	19	46	1.82
180346--180474	19	7.3	19	75	17	125	46	28	16	8	1.76
180382--180474	33	2.8	32	91	4	150	47	27	17	7	1.74
180346--180474	52	2.5	52	72	14	131	46	28	16	8	1.76
180470--180604	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
180492--180548	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
180475--180567	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
182528--182563	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
182670--182750	19	4.5	19	80	16	109	44	17	23	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182757--182924	19	9.6	19	76	18	168	16	22	17	43	1.88
182757--182924	52	3.2	52	95	0	291	16	22	17	43	1.88
182763--182924	33	4.7	33	72	16	141	15	22	17	44	1.86
182983--183080	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
182983--183099	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
185413--185437	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
186340--186589	20	12.5	20	84	1	232	20	18	23	37	1.94
186576--186658	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
186556--186654	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
188701--188746	18	2.5	18	89	3	65	50	10	17	21	1.77
188695--188746	19	2.8	18	82	5	68	50	9	17	23	1.75
190455--190767	80	3.9	80	86	3	405	20	20	25	33	1.97
192337--192384	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
193736--193898	21	7.8	20	87	7	168	22	17	36	22	1.95
193978--194035	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
193978--194037	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
196783--197896	561	2.0	561	93	1	1919	32	17	10	40	1.83
202038--202107	12	5.8	12	76	6	70	50	18	15	15	1.79
202036--202144	24	4.5	24	79	6	123	47	16	17	18	1.83
202036--202144	48	2.3	47	85	6	139	47	16	17	18	1.83
207130--207201	24	3.0	24	87	0	108	50	18	13	18	1.79
207132--207201	12	5.8	12	73	6	61	50	18	14	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207130--207221	48	1.9	48	84	4	123	48	16	14	20	1.80
212194--212288	24	4.0	24	83	8	113	49	16	14	18	1.80
212196--212265	12	5.8	12	76	6	70	51	18	14	15	1.77
212194--212285	48	1.9	48	88	4	141	50	16	15	18	1.79
212198--212302	24	4.4	23	72	14	63	48	15	17	19	1.81
221369--221418	21	2.4	21	80	6	57	26	28	2	44	1.65
221668--222009	168	2.0	168	85	2	463	24	30	8	36	1.85
221759--222484	231	3.1	227	74	11	612	24	31	7	36	1.84
221379--222223	399	2.1	399	87	2	1205	23	31	7	37	1.83
222177--222303	63	2.0	63	84	0	164	22	33	5	37	1.78
221851--222569	231	3.1	226	73	13	636	24	31	7	36	1.84
224833--225406	185	3.1	182	79	7	577	41	12	15	29	1.85
236115--236155	17	2.4	17	100	0	82	34	12	17	36	1.87
240212--240280	3	23.3	3	97	2	131	33	0	0	66	0.92
240787--240811	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
240821--240867	24	2.0	24	82	0	58	70	4	21	4	1.22
241398--241444	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
243887--243948	32	2.0	32	96	3	117	14	14	9	61	1.57
245127--245206	26	3.3	25	70	19	80	25	25	10	40	1.86
247554--247785	104	2.3	101	82	8	265	30	18	12	37	1.88
247737--247821	36	2.4	36	82	4	100	30	21	12	35	1.91
248098--248232	29	4.8	27	81	11	155	28	10	15	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248098--248232	56	2.4	56	84	7	168	28	10	15	45	1.79
248326--248532	30	6.4	30	68	19	123	33	11	13	42	1.79
248382--248575	37	5.6	37	67	23	143	31	12	11	44	1.78
248352--248586	67	3.5	67	95	1	420	31	12	11	44	1.78
248351--248659	67	4.7	66	89	4	263	31	11	12	44	1.79
248687--248911	120	1.9	120	80	9	262	30	14	12	42	1.83
248808--248933	65	2.0	64	85	4	173	30	14	11	42	1.81
248915--248994	40	2.0	40	100	0	160	30	22	12	35	1.91
249542--249623	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
249649--250000	40	8.3	40	72	18	198	24	32	18	25	1.97
249652--250047	128	3.1	128	91	2	620	24	31	18	25	1.97
250218--250293	3	25.3	3	100	0	152	32	0	0	67	0.91
250222--250321	18	5.4	18	87	8	121	33	1	2	64	1.12
251413--251459	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
256646--256689	20	2.3	19	84	7	54	52	0	18	29	1.46
256832--256911	37	2.1	39	82	13	96	53	3	0	42	1.18
258052--258124	22	3.3	22	72	0	65	65	2	2	28	1.20
260028--260062	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
268281--268326	21	2.3	20	81	7	58	8	32	26	32	1.87
268525--268579	27	2.0	27	85	0	74	34	34	7	23	1.83
268528--268587	27	2.2	27	81	0	66	36	33	6	23	1.81
272634--272687	28	1.9	28	84	0	72	33	5	14	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275265--275439	42	4.3	40	73	11	142	37	20	13	28	1.91
275265--275413	38	3.7	38	74	13	129	37	19	14	28	1.91
282428--282467	21	2.0	20	90	5	62	55	5	2	37	1.35
285600--285646	19	2.5	19	96	0	85	40	8	10	40	1.70
289376--289402	11	2.5	11	100	0	54	33	11	14	40	1.82
289867--289912	21	2.2	21	88	3	67	13	15	28	43	1.83
296300--296351	14	3.6	14	92	2	77	40	0	1	57	1.10
309425--309486	7	9.1	7	78	16	51	75	0	14	9	1.03
309429--309484	16	3.4	17	76	16	64	75	0	16	8	1.05
309413--309483	32	2.2	32	80	12	83	73	1	16	8	1.15
309445--309493	19	2.7	18	87	6	64	77	0	14	8	0.98
309438--309511	25	2.8	26	82	11	82	75	0	16	8	1.02
309448--309506	18	3.2	19	86	11	70	76	0	15	8	1.01
310361--310708	136	2.6	136	91	1	522	35	18	21	24	1.95
310957--311123	91	1.8	92	90	3	275	41	13	20	23	1.88
311493--311543	14	3.6	14	91	2	75	41	0	1	56	1.10
317660--317700	18	2.3	18	100	0	82	9	7	34	48	1.64
320857--320890	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
322889--323079	60	3.2	60	86	1	258	42	8	29	18	1.80
330675--330708	15	2.1	17	89	10	54	17	8	0	73	1.08
335968--336039	36	2.0	36	91	0	117	25	20	5	48	1.71
341826--341854	10	2.9	10	100	0	58	37	0	10	51	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342576--342634	21	2.7	22	76	5	57	64	3	18	13	1.42
346629--346700	32	2.3	31	85	2	90	50	2	5	41	1.40
348896--348946	24	2.1	25	85	3	68	29	5	1	62	1.29
351515--351553	16	2.4	16	82	0	51	38	15	12	33	1.85
353693--353752	25	2.4	25	85	0	93	20	11	30	38	1.88
355534--355622	32	2.8	32	75	1	90	44	3	7	43	1.49
356525--356555	15	2.1	14	94	5	53	35	16	16	32	1.91
359058--359118	24	2.5	24	81	0	77	55	16	11	16	1.68

Tables:   1   2

The End!