genome.fa.s1372.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001372.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  540953

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 247 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10771--11253	197	2.4	200	79	10	535	37	13	16	32	1.88
11403--11522	64	1.9	64	94	0	213	31	10	13	45	1.76
12421--12488	35	1.9	35	90	0	109	35	13	16	35	1.87
13426--13489	6	10.7	6	79	0	65	23	10	26	39	1.88
13427--13496	24	2.9	24	84	0	86	25	11	24	38	1.89
13427--13485	30	2.0	30	93	0	100	23	11	25	38	1.89
13457--13502	24	1.9	24	86	0	65	30	13	19	36	1.90
19093--19126	12	2.8	12	86	0	50	23	0	5	70	1.09
20618--20671	22	2.6	21	73	5	56	61	12	9	16	1.56
22643--22667	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27058--27512	6	75.5	6	99	0	892	16	0	33	50	1.46
27739--27812	31	2.6	29	76	19	82	21	20	17	40	1.91
28825--28894	2	35.0	2	94	5	124	48	0	1	50	1.09
33224--33286	33	1.9	33	90	0	99	25	11	9	53	1.66
38580--38636	22	2.6	22	83	5	71	31	1	0	66	1.02
39476--39536	26	2.4	26	97	2	115	36	8	0	55	1.30
39487--39543	26	2.2	26	93	0	96	42	7	1	49	1.40
42868--42930	22	3.0	22	80	13	80	22	19	28	30	1.98
49990--50038	22	2.5	19	75	18	55	24	14	32	28	1.94
50661--50694	12	2.8	12	90	0	50	26	29	11	32	1.92
54215--54263	22	2.2	23	88	3	73	65	8	10	16	1.46
54222--54269	22	2.2	22	81	3	62	66	6	8	18	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55803--55846	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
55908--55980	30	2.4	30	74	2	74	50	16	1	31	1.53
56669--56709	20	2.0	20	95	0	73	24	43	24	7	1.79
61332--61392	23	2.7	22	87	7	86	21	32	19	26	1.97
64021--64058	20	1.9	20	100	0	76	28	34	26	10	1.90
64401--64448	22	2.2	22	96	0	87	31	25	4	39	1.74
65267--65305	6	6.5	6	100	0	78	51	0	0	48	1.00
66741--66791	22	2.3	22	100	0	102	45	13	0	41	1.44
74139--74164	13	2.0	13	100	0	52	38	15	38	7	1.76
78727--78772	20	2.4	19	82	7	58	28	21	26	23	1.99
80851--81009	62	2.5	65	84	8	202	28	18	22	30	1.97
80898--80942	17	2.6	17	85	3	54	26	22	24	26	2.00
84618--84653	17	2.1	17	89	0	54	33	19	19	27	1.96
95685--95998	55	5.7	55	88	2	427	27	26	16	29	1.97
96920--96965	7	6.6	7	85	10	51	10	4	0	84	0.75
96928--96959	9	3.4	9	91	8	55	9	0	0	90	0.45
96928--96959	10	3.3	10	95	4	57	9	0	0	90	0.45
100477--100504	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
112981--113053	36	2.0	36	100	0	146	34	24	16	24	1.95
114861--114908	22	2.2	22	96	0	87	43	4	25	27	1.72
116185--116223	2	19.5	2	89	0	60	43	0	5	51	1.24
116201--116990	4	199.0	4	96	2	1443	25	0	24	49	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119191--119251	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
119725--119782	29	2.0	29	93	0	98	41	10	15	32	1.81
120413--120443	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
132990--133106	48	2.4	50	82	5	150	22	11	17	47	1.80
133268--133300	16	2.1	16	88	5	50	63	0	3	33	1.10
135301--135351	3	17.7	3	77	22	56	68	0	0	31	0.90
135299--135351	19	2.9	18	91	8	81	69	0	0	30	0.88
138632--138662	14	2.3	14	94	5	55	61	0	19	19	1.35
138701--138800	29	3.6	28	78	8	96	50	9	8	33	1.63
138882--138979	27	3.6	28	77	18	107	46	13	9	30	1.74
141704--141763	24	2.5	24	86	0	84	16	15	36	31	1.90
144104--144133	12	2.4	13	94	5	53	53	6	0	40	1.27
144178--144206	14	2.1	14	93	6	51	34	10	0	55	1.34
156674--156737	22	2.9	22	97	0	119	25	21	26	26	2.00
162346--162661	45	7.0	45	81	3	314	31	19	9	39	1.84
162363--162661	135	2.2	135	83	3	361	31	20	10	38	1.85
162381--162698	45	7.1	44	81	6	146	31	20	9	38	1.85
162362--162698	90	3.8	89	74	9	283	30	20	10	38	1.86
162450--162698	135	1.8	133	80	7	297	30	21	10	37	1.86
167861--168214	45	7.9	45	83	3	356	31	21	9	38	1.85
167871--168165	90	3.3	90	85	3	396	30	20	9	39	1.84
168643--168835	96	2.0	95	83	6	239	32	25	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173035--173200	81	2.0	82	80	1	181	28	22	10	37	1.88
173641--173896	45	5.7	45	90	0	334	29	21	9	39	1.85
173866--174004	34	3.8	34	68	18	98	29	25	10	35	1.88
173831--174064	79	3.0	79	90	0	351	30	25	10	34	1.89
174466--174521	19	2.7	21	81	13	64	25	28	17	28	1.98
179860--179908	22	2.2	22	100	0	98	22	16	4	57	1.56
179860--179914	22	2.6	20	86	13	67	21	21	3	52	1.62
180115--180482	29	12.8	28	72	11	217	36	11	8	43	1.72
180098--180482	58	6.7	57	80	7	348	36	11	8	43	1.72
181012--181227	58	3.8	58	80	3	249	37	12	10	39	1.77
181012--181221	29	7.3	29	68	10	101	37	11	10	40	1.77
181550--181616	29	2.3	29	82	2	73	31	14	17	35	1.91
181712--181784	28	2.6	27	84	4	92	49	9	6	34	1.62
181623--181783	85	1.9	86	83	6	211	45	9	9	35	1.68
181983--182097	28	4.2	29	82	8	100	43	13	12	31	1.80
182019--182260	81	3.0	80	79	9	258	43	12	9	33	1.75
182019--182276	28	9.4	27	82	8	247	44	11	10	33	1.74
182020--182276	109	2.4	109	84	3	322	44	11	10	33	1.75
185390--185454	5	13.0	5	76	12	62	72	1	4	21	1.11
185851--185892	15	2.9	15	80	16	52	59	2	4	33	1.31
190438--190752	120	2.6	120	92	2	508	49	18	20	11	1.78
190699--190765	27	2.5	27	85	0	80	50	22	23	2	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193333--193489	85	1.9	83	85	5	217	49	3	20	26	1.65
193348--193492	41	3.4	44	77	11	160	48	2	21	26	1.63
193333--193519	85	2.2	81	81	11	216	47	4	20	26	1.70
193380--193519	41	3.3	41	80	7	158	47	5	20	27	1.71
196114--196213	45	2.2	45	87	7	141	31	21	16	32	1.95
203579--203622	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
204206--204285	31	2.6	31	89	0	115	32	2	35	30	1.71
204708--204776	27	2.5	27	95	2	120	33	20	21	24	1.97
208126--208174	20	2.5	19	78	12	55	42	6	20	30	1.76
208923--208954	16	2.0	16	100	0	64	37	12	0	50	1.41
220719--220822	36	2.9	36	91	0	154	20	15	23	41	1.90
224769--224840	36	2.0	36	97	0	135	43	2	30	23	1.68
231316--231396	29	2.7	28	78	14	74	40	7	7	44	1.60
232300--232354	24	2.3	24	78	3	67	40	0	0	60	0.97
232298--232334	17	2.1	18	90	5	58	37	0	0	62	0.96
232298--232351	18	3.0	19	81	10	60	35	0	0	64	0.94
233297--233415	45	2.6	45	89	5	179	34	17	20	27	1.95
236045--236121	23	3.4	23	69	18	63	27	19	25	27	1.99
241903--242088	64	2.9	63	94	4	313	30	17	22	29	1.97
242586--242636	14	3.8	13	82	10	59	41	17	3	37	1.68
246443--246485	3	14.3	3	81	18	54	32	0	0	67	0.91
247922--248015	30	3.2	30	81	3	118	22	11	8	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247913--248015	29	3.5	29	81	4	109	21	13	8	56	1.64
248780--248818	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
250982--251021	21	2.0	20	85	5	53	17	20	15	47	1.83
252355--252383	10	3.0	10	95	5	51	79	0	20	0	0.74
253413--253475	31	2.0	32	96	3	119	25	15	26	31	1.96
253611--253696	34	2.5	33	81	7	91	27	18	12	40	1.87
253827--254204	67	5.7	67	83	5	396	26	18	14	40	1.89
253833--254204	132	2.8	131	82	8	409	26	18	15	39	1.90
254482--254515	17	1.9	18	88	5	52	41	17	17	23	1.90
257888--257937	20	2.5	20	90	0	82	28	20	18	34	1.95

Tables:   1   2   3