genome.fa.s1396.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001396.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002726_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  227762

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1755--1789	17	2.1	17	94	0	61	20	42	22	14	1.88
1798--1917	29	4.1	29	90	3	188	38	2	20	38	1.67
1784--1917	57	2.3	59	88	6	202	38	2	20	38	1.68
3949--3988	12	3.1	12	80	19	53	47	15	12	25	1.80
11628--11657	13	2.3	13	94	0	51	70	0	0	30	0.88
11724--11849	8	15.0	8	68	11	56	75	4	6	13	1.16
11724--11792	34	2.0	33	83	10	86	78	2	7	11	1.06
11730--11791	17	3.4	18	74	17	58	77	3	8	11	1.09
13050--13097	16	2.7	19	72	21	59	66	4	6	22	1.32
13153--13456	37	8.5	37	77	9	290	46	7	2	43	1.47
13271--13326	27	2.2	25	90	6	85	50	7	3	39	1.47
13271--13326	25	2.1	27	87	12	82	50	7	3	39	1.47
13223--13352	65	2.0	63	82	10	156	47	5	2	44	1.38
13191--13389	102	2.0	100	85	8	269	46	6	2	44	1.42
13154--13409	139	1.8	139	84	4	345	46	7	2	43	1.43
13813--13902	24	3.6	23	77	15	74	72	4	5	17	1.21
14270--14323	22	2.5	22	90	0	90	3	48	31	16	1.64
15170--15218	27	1.9	25	84	12	64	53	6	4	36	1.45
15184--15366	38	4.9	37	77	9	151	43	6	5	44	1.51
15316--15417	27	3.9	25	73	15	82	44	5	3	46	1.46
15180--15566	36	10.1	37	73	18	249	44	6	4	44	1.50
15352--15381	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15244--15493	125	2.0	125	97	1	475	43	6	4	45	1.50
15368--15568	37	5.4	36	79	10	194	44	6	3	44	1.49
15386--15573	73	2.5	71	80	10	182	44	6	3	45	1.46
16183--17178	165	6.1	165	96	0	1795	22	21	26	29	1.99
16207--17351	165	7.0	163	95	1	765	22	21	26	29	1.99
22341--22370	12	2.4	13	88	11	53	60	0	0	40	0.97
22453--22526	24	3.1	22	75	12	67	71	4	4	20	1.19
22439--22495	23	2.4	23	79	2	60	70	5	1	22	1.17
22914--22956	22	2.0	22	100	0	86	4	46	27	20	1.71
23819--23901	41	2.0	40	83	4	103	42	4	3	49	1.41
23814--23993	35	4.8	38	72	18	144	44	6	4	45	1.48
23952--24054	27	3.9	25	73	16	84	44	5	3	45	1.46
23814--24205	37	10.1	37	71	18	196	44	6	4	44	1.48
23988--24017	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
23879--24130	126	2.0	126	96	3	463	44	5	4	44	1.49
24004--24204	37	5.4	37	78	12	198	45	5	3	44	1.46
24065--24227	74	2.2	71	82	7	184	47	6	3	41	1.47
24065--24228	37	4.5	34	78	11	105	47	6	3	42	1.47
24318--24360	2	22.0	2	90	4	70	48	0	0	51	1.00
24476--24569	29	3.2	29	71	3	82	43	6	18	31	1.75
27789--27836	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
28218--28290	23	3.2	23	82	0	83	38	20	6	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28693--28779	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
29035--29071	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
29366--29416	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
29685--29736	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
29695--29757	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
30044--30109	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
32575--33102	184	2.9	184	96	0	948	33	16	14	35	1.89
34191--35360	199	5.9	199	98	0	2209	31	15	15	37	1.90
34191--35360	397	2.9	398	97	0	2218	31	15	15	37	1.90
35479--35527	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
37320--37380	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
39707--39752	19	2.3	20	86	13	69	17	17	10	54	1.70
39873--39918	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
41850--42005	21	7.7	20	71	7	82	38	25	16	19	1.92
42013--42243	20	11.6	20	82	5	243	35	24	17	21	1.95
41974--42243	40	6.8	40	87	5	280	37	24	17	20	1.93
42922--42968	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
45398--45562	33	4.7	34	81	13	183	46	18	21	13	1.83
45412--45600	19	10.7	19	77	17	210	45	17	21	15	1.85
45398--45600	52	3.9	52	85	10	272	45	17	22	14	1.85
45609--45706	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
45592--45706	53	2.2	53	96	1	214	13	24	18	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45813--45848	14	2.6	14	86	4	56	47	22	0	30	1.52
47773--47838	19	3.4	20	83	6	82	45	25	16	12	1.82
47829--47885	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
47810--47902	33	2.8	33	96	0	168	47	20	20	11	1.81
47789--47907	19	6.8	19	76	18	123	47	21	20	10	1.81
47903--48017	19	6.3	19	81	10	141	8	16	28	46	1.77
48065--48533	93	5.1	93	98	0	913	45	19	12	22	1.83
50237--50326	14	5.7	14	68	23	54	44	23	22	10	1.82
50229--50342	33	3.5	33	95	1	203	46	21	21	10	1.81
50251--50347	14	5.7	19	70	21	81	44	22	21	11	1.84
50353--50422	33	2.1	33	97	0	131	10	22	20	47	1.79
50358--50414	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
50398--50475	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
50399--50474	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
50555--50622	33	2.1	33	91	0	109	48	19	22	10	1.78
50804--50858	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
51005--51158	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93
51004--51158	40	3.8	40	82	4	186	18	18	26	37	1.93
51145--51227	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
51125--51223	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
55360--55403	19	2.3	19	84	4	52	27	13	6	52	1.66
57992--58068	26	2.9	27	81	12	97	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58063--58118	24	2.4	23	79	5	58	44	1	1	51	1.22
58046--58105	18	3.6	16	74	12	50	48	1	1	48	1.21
59739--59771	11	3.1	11	95	4	59	48	0	0	51	1.00
63674--63739	30	2.2	30	83	0	78	12	22	24	40	1.88
63726--63763	20	1.9	19	94	5	67	13	15	21	50	1.78
64102--64216	21	5.6	21	70	4	108	20	19	24	36	1.95
64123--64236	20	5.6	20	71	4	102	16	21	22	39	1.92
64101--64239	41	3.4	41	98	0	269	18	19	23	38	1.93
64228--64299	22	3.4	22	73	11	87	18	19	25	37	1.94
64249--64317	19	3.5	19	73	11	66	18	18	21	40	1.91
64208--64317	41	2.7	41	92	4	177	17	20	22	40	1.92
64099--64280	82	2.2	81	87	5	251	19	19	23	37	1.94
65027--65095	19	3.5	19	75	11	75	37	21	20	20	1.94
65027--65157	41	3.2	41	84	8	169	36	23	19	20	1.95
65045--65116	22	3.4	22	75	11	87	34	25	19	20	1.96
65128--65202	21	3.6	21	98	0	141	30	29	14	25	1.95
65105--65203	21	4.8	21	83	7	121	34	27	16	22	1.95
66450--66529	21	3.6	24	77	14	82	50	0	0	50	1.00
66468--66535	18	3.7	18	76	16	59	51	0	0	48	1.00
66620--66725	42	2.7	37	77	17	106	44	2	2	50	1.31
66626--66706	42	1.9	42	89	0	126	45	1	2	50	1.22
68200--68254	15	3.7	15	92	0	92	5	50	0	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69103--69160	28	2.1	28	83	6	73	50	3	43	3	1.36
73154--73198	13	3.5	13	81	0	54	68	13	2	15	1.30
75344--75406	29	2.2	29	80	8	76	66	4	0	28	1.12
79912--79976	3	21.0	3	87	6	94	61	0	0	38	0.96
79912--79976	16	4.2	16	94	3	107	61	0	0	38	0.96
84462--84499	12	3.2	12	81	11	51	55	0	0	44	0.99
84461--84511	23	2.3	21	86	6	66	50	0	1	47	1.12
84461--84511	11	4.6	11	73	7	50	50	0	1	47	1.12
89825--89875	7	7.4	7	76	10	52	60	0	0	39	0.97
91018--91076	9	6.6	9	74	14	50	71	0	5	23	1.06

Tables:   1   2