genome.fa.s1458.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001458.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002813_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  210874

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303--344	2	22.0	2	88	9	61	47	0	2	50	1.14
291--343	16	3.3	16	84	10	65	47	0	3	49	1.19
748--772	12	2.1	12	100	0	50	28	8	32	32	1.86
892--1166	144	1.9	146	93	4	475	29	14	20	35	1.93
4442--4483	21	2.0	21	85	0	57	28	28	26	16	1.97
5426--5469	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
5888--5915	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
6016--6317	149	2.0	149	95	0	541	29	15	20	34	1.93
7019--7138	31	3.9	31	79	10	129	37	18	18	25	1.93
9072--9206	67	2.0	67	97	0	252	37	16	5	41	1.71
9630--9679	18	2.8	17	82	11	55	14	10	18	58	1.63
9851--9888	17	2.2	18	85	4	51	26	0	2	71	1.00
11845--11893	21	2.3	21	96	0	89	53	10	4	32	1.54
12577--12624	25	1.9	25	82	0	60	27	2	33	37	1.69
12574--12671	51	1.9	51	80	0	115	29	3	32	34	1.73
12757--12831	26	3.0	25	70	25	68	52	9	13	25	1.70
25846--25898	23	2.3	23	96	0	97	37	22	24	15	1.92
26243--26367	34	3.8	34	73	19	129	42	10	16	31	1.81
26722--26764	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
27021--27066	22	2.1	22	84	8	58	21	2	2	73	1.04
28451--28478	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
30950--31019	7	9.3	7	74	20	61	77	7	15	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30947--31021	32	2.4	31	80	13	82	77	6	16	0	0.97
30954--31051	45	2.1	47	81	10	123	74	8	16	1	1.11
31672--31726	22	2.5	22	100	0	110	36	27	12	23	1.91
32605--32709	36	2.9	36	91	2	165	24	23	13	38	1.91
32605--32714	37	3.0	37	90	2	168	26	23	12	37	1.91
32623--33014	102	3.9	102	90	0	624	29	20	12	36	1.90
32827--32913	37	2.4	37	86	5	115	25	21	13	39	1.90
32623--33081	204	2.2	203	87	1	648	29	21	12	36	1.91
32928--33014	36	2.4	36	86	0	111	26	21	12	39	1.89
32956--33130	67	2.6	67	87	4	237	30	21	11	36	1.89
33820--34212	105	3.8	103	77	8	322	33	24	20	21	1.97
33954--34212	98	2.6	98	81	5	286	33	24	21	20	1.97
34806--34929	33	3.8	34	75	20	138	41	10	16	31	1.82
35375--35419	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
39120--39236	20	5.8	20	84	2	144	14	22	23	40	1.90
39124--39239	41	2.9	41	86	1	153	14	21	24	39	1.91
39698--39883	3	62.0	3	100	0	372	33	0	0	66	0.92
41949--42335	130	3.0	130	84	4	492	41	15	9	33	1.79
42585--42629	3	15.3	3	86	4	65	35	4	0	60	1.17
42836--42874	19	2.2	18	86	9	53	30	51	15	2	1.57
51843--52036	90	2.2	90	90	1	300	28	18	19	34	1.95
52249--52319	23	3.4	22	68	22	62	43	12	29	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52239--52338	40	2.5	40	96	0	182	43	12	26	19	1.85
52273--52608	136	2.5	134	86	4	457	34	16	22	25	1.95
52538--52726	105	1.8	105	90	2	308	38	17	17	25	1.92
52844--53061	91	2.4	91	90	3	334	40	15	17	25	1.89
52950--53008	19	3.0	21	69	23	63	47	13	20	18	1.82
52950--53014	20	3.3	20	71	18	64	44	13	20	21	1.86
52988--53112	52	2.4	52	91	0	205	36	15	17	30	1.91
53041--53247	91	2.3	90	89	4	301	39	14	19	26	1.91
52900--53203	143	2.1	143	93	0	509	37	15	18	27	1.92
53411--53461	3	17.3	3	87	4	77	35	3	0	60	1.15
53655--53688	17	2.0	17	88	0	50	26	50	20	2	1.63
57449--57488	3	14.0	3	80	19	50	72	0	0	27	0.85
59337--59416	11	7.0	11	73	12	54	6	15	1	77	1.02
61985--62024	3	13.7	3	85	15	57	35	0	0	65	0.93
63293--63338	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
76151--76363	117	1.8	117	91	3	356	36	14	24	24	1.93
78858--78895	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
86735--86808	20	3.7	20	79	0	94	29	25	16	28	1.97
87292--87350	20	3.0	20	84	0	73	15	18	20	45	1.85
87487--87541	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
88670--88717	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
89313--89371	14	3.9	14	76	20	64	50	23	15	10	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89297--89388	33	2.8	33	93	0	157	47	21	17	13	1.81
89327--89393	19	3.8	19	75	18	72	49	20	17	11	1.79
89405--89463	14	3.9	14	72	20	55	11	16	22	49	1.78
89400--89479	33	2.4	33	93	0	142	12	18	21	47	1.81
89421--89518	20	5.3	19	72	15	71	16	21	20	41	1.90
89464--89518	20	2.8	19	83	8	74	18	25	21	34	1.96
89465--89544	20	4.1	19	77	7	61	23	18	23	33	1.97
89452--89538	40	2.2	39	81	6	95	18	20	24	36	1.95
89893--89960	21	3.3	20	74	8	66	25	36	16	22	1.94
89883--90002	42	2.9	40	83	5	132	22	37	17	22	1.94
91383--91421	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
91558--91606	19	2.6	19	96	0	89	51	16	18	14	1.77
91558--91613	19	2.9	18	82	10	67	51	16	19	12	1.75
91926--92003	41	1.9	41	91	0	129	20	17	23	38	1.93
91911--92000	20	4.4	20	79	8	92	22	18	25	33	1.97
91989--92040	20	2.5	20	81	3	59	23	23	15	38	1.92
92217--92250	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
92805--92858	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
95387--95511	19	7.4	18	64	25	76	45	17	22	14	1.84
95387--95513	33	3.8	33	93	0	209	44	18	22	14	1.85
95518--95589	19	4.1	19	73	21	75	12	15	22	50	1.77
95528--95654	33	3.8	32	87	4	155	14	18	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95563--95654	19	5.4	19	66	24	69	15	18	18	47	1.82
95529--95654	66	1.9	66	86	3	182	14	17	20	47	1.82
95761--95797	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
97146--97268	42	2.9	42	80	4	106	24	17	34	22	1.96
97486--97670	91	2.0	90	87	8	266	48	17	11	22	1.79
98028--98102	21	3.7	21	67	19	52	14	13	41	30	1.84
99356--99463	20	5.8	19	76	14	100	44	20	22	12	1.85
99356--99468	33	3.1	38	80	15	137	43	20	23	13	1.86
99356--99468	19	6.1	19	76	13	110	43	20	23	13	1.86
99464--99556	33	2.8	32	85	4	114	11	20	23	44	1.85
100081--100192	20	5.6	20	77	4	109	24	20	17	37	1.94
100099--100192	41	2.3	40	83	1	107	23	21	15	39	1.92
100182--100254	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
100241--100293	20	2.7	20	77	16	65	28	20	20	30	1.98
100285--100337	21	2.5	21	78	6	63	35	16	24	22	1.95
100709--100749	4	10.2	4	89	10	66	24	24	0	51	1.49
104240--104277	15	2.6	14	88	8	58	42	2	0	55	1.14
104584--104630	23	2.1	23	84	7	62	51	0	0	48	1.00
104511--104603	37	2.7	36	82	9	104	56	3	1	38	1.22
104584--104646	23	2.8	22	77	13	58	47	0	3	49	1.17
105507--105554	19	2.5	19	82	3	51	45	2	2	50	1.25
110110--110193	3	28.0	3	85	9	109	64	3	0	32	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110537--110616	41	1.9	42	84	2	108	33	22	22	21	1.97
124626--124665	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
130527--130586	27	2.2	29	85	11	83	5	16	3	75	1.12
130531--130602	30	2.5	28	84	10	85	6	15	4	73	1.20
131316--131384	33	2.1	32	89	2	102	33	11	28	26	1.91
140010--140049	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
140031--140092	20	2.9	21	78	9	63	19	25	33	20	1.96
148032--148095	3	21.0	3	77	15	60	68	1	0	29	0.99
148033--148095	26	2.4	26	86	5	83	69	1	0	28	0.97
148034--148095	10	5.9	11	71	16	51	69	1	0	29	0.98

Tables:   1   2