genome.fa.s1476.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001476.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002866_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310879

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7275--7354	16	4.7	17	72	23	62	76	1	16	6	1.05
7268--7346	17	4.6	17	71	16	65	77	1	15	6	1.03
7281--7349	36	1.9	35	82	11	86	75	1	15	7	1.09
7281--7354	18	4.3	17	78	10	62	75	1	16	6	1.08
7372--7411	10	3.7	10	90	10	53	87	2	7	2	0.71
7370--7402	12	2.8	12	86	13	50	90	3	6	0	0.52
8736--9363	107	5.8	109	82	9	673	28	16	25	29	1.97
8736--9363	55	11.6	55	84	6	707	28	16	25	29	1.97
16164--16204	22	1.9	22	85	14	59	51	14	0	34	1.43
16667--16703	18	2.1	18	89	0	56	43	13	8	35	1.74
28828--28905	21	3.7	21	77	14	88	46	26	0	26	1.53
29792--29823	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
37243--37340	29	3.3	28	66	16	72	41	15	9	33	1.79
39671--39791	61	2.0	60	98	1	233	33	26	21	19	1.97
40651--40714	29	2.2	29	86	5	85	34	12	12	40	1.81
40600--40767	89	1.9	89	87	4	250	34	17	13	34	1.89
41692--41939	48	5.2	48	85	4	268	25	10	33	31	1.89
48048--48120	31	2.4	31	88	6	105	28	10	10	49	1.72
48309--48504	101	1.9	101	100	0	392	46	10	14	28	1.77
51346--51382	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
51344--51388	6	6.7	7	87	10	51	51	0	0	48	1.00
53462--53805	182	1.9	181	83	2	449	38	15	10	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54282--54643	183	2.0	183	96	0	670	45	11	11	30	1.76
72837--72901	24	2.7	24	83	9	87	35	18	16	29	1.93
72837--72919	24	3.5	24	79	8	80	38	18	14	28	1.90
72886--72936	23	2.2	23	82	0	57	39	15	13	31	1.87
75499--75533	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
76636--76660	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
79767--79884	8	14.8	8	98	0	218	39	24	10	25	1.86
82328--82397	32	2.3	31	90	5	106	45	7	10	37	1.65
87646--87777	60	2.2	58	82	9	160	36	19	4	39	1.72
87661--87807	60	2.5	60	78	6	145	32	21	4	40	1.74
88799--88837	18	2.2	17	86	4	51	56	2	0	41	1.13
92341--92410	31	2.3	31	92	0	122	40	14	18	27	1.89
102787--102864	38	2.1	38	88	9	115	21	12	8	56	1.64
106166--106323	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
106291--106680	20	19.5	20	83	5	448	35	25	18	20	1.95
107354--107400	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
107575--107599	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
109879--110133	19	14.4	19	80	16	316	46	18	21	13	1.83
109879--110114	33	6.8	33	78	14	210	46	18	21	13	1.83
109907--110133	52	4.2	53	89	9	306	46	16	22	14	1.83
109879--110155	90	3.2	89	89	7	394	46	18	21	14	1.84
109879--110155	52	5.3	55	87	9	290	46	18	21	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110162--110244	20	4.6	19	81	15	113	14	24	18	43	1.87
110351--110387	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
112322--112414	33	2.8	33	91	0	159	48	20	20	10	1.79
112341--112397	14	3.7	14	72	20	51	47	21	21	10	1.80
112285--112419	19	7.6	19	75	16	119	46	22	19	11	1.81
112415--112510	19	5.3	19	78	13	103	9	16	28	45	1.78
112554--113024	92	5.1	92	99	0	915	46	18	12	22	1.83
114728--114817	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
114720--114834	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
114727--114839	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
114851--114905	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
114835--114905	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
114846--114927	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
114858--114946	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
115026--115096	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
115278--115332	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
115478--115670	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
115478--115670	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
123729--123787	21	2.8	21	78	0	73	32	27	15	25	1.95
124244--124349	40	2.6	40	82	4	124	26	12	16	44	1.83
124373--124581	41	5.0	41	72	8	129	31	16	15	37	1.90
128850--128919	21	3.3	21	87	0	104	22	5	20	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129108--129199	44	2.1	42	82	11	107	32	18	17	31	1.94
131595--131653	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
136273--136331	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
139302--139402	46	2.2	46	81	1	112	20	20	4	53	1.64
139327--139479	73	2.1	73	85	2	200	22	21	5	50	1.69
139412--139817	50	8.4	47	75	15	266	18	21	7	52	1.68
139415--139635	99	2.3	94	79	9	241	21	19	6	52	1.69
139393--139817	147	2.9	141	80	10	418	18	21	7	52	1.70
139412--139823	48	8.5	46	75	12	296	18	21	7	52	1.70
139462--139823	194	1.9	191	82	6	462	17	22	8	52	1.70
139787--139853	27	2.5	27	85	4	91	16	25	7	50	1.71
139826--140111	46	6.0	47	78	9	260	19	22	7	50	1.73
139826--140111	94	3.0	92	83	8	326	19	22	7	50	1.73
140839--140928	44	2.0	45	86	4	128	37	15	11	35	1.83
153144--153209	33	2.0	33	82	5	80	30	28	10	30	1.90
157596--157680	30	2.7	33	74	7	86	44	3	12	38	1.60
170113--170145	16	2.1	16	94	0	57	21	6	27	45	1.75
174441--174505	32	2.1	32	88	2	96	36	13	10	38	1.80
176028--176053	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
180042--180089	20	2.4	21	76	13	57	47	4	4	43	1.41
182048--182181	65	2.1	65	92	2	225	32	24	6	36	1.82
184119--184145	14	1.9	14	100	0	54	18	44	14	22	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187437--187477	16	2.6	16	85	11	57	56	4	4	34	1.42
188615--188675	31	2.0	32	90	9	101	42	9	16	31	1.81
188937--188961	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
190223--190310	24	3.6	24	80	8	115	18	13	7	60	1.57
190247--190323	24	3.1	25	76	12	95	20	14	5	59	1.54
190222--190323	49	2.1	50	96	1	188	20	13	6	58	1.58
190232--190339	49	2.2	48	88	6	155	22	16	4	56	1.58
196452--196478	4	6.8	4	100	0	54	22	0	25	51	1.48
205638--205800	54	3.0	54	95	0	281	24	15	30	30	1.95
205717--205821	17	5.7	20	71	14	66	27	12	29	30	1.93
209437--209585	58	2.6	57	86	2	208	27	15	27	29	1.96
215552--215601	22	2.2	22	86	13	66	28	0	0	72	0.86
220107--220673	3	191.0	3	90	2	905	33	2	0	63	1.09
221423--221451	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
222004--222039	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
233416--233453	1	38.0	1	89	0	58	94	0	5	0	0.30
234392--235054	52	12.7	52	96	0	1200	24	15	23	37	1.93
235615--236623	113	8.9	113	93	0	1651	37	14	19	28	1.91
236918--237075	3	52.7	3	94	0	280	34	0	0	65	0.98
237827--237855	13	2.2	13	100	0	58	0	31	62	6	1.22
238418--238453	19	1.9	19	94	5	65	22	0	5	72	1.05
239959--240370	205	2.0	206	96	1	763	38	16	12	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243251--243370	60	2.0	60	98	0	231	25	13	12	48	1.77
245554--245610	16	3.6	16	75	17	55	50	21	12	15	1.76
245554--245617	32	2.0	33	84	3	85	48	23	12	15	1.79
246742--246808	30	2.3	29	85	9	93	41	1	2	53	1.25
246736--246835	30	3.4	29	80	13	91	42	1	2	55	1.18
246722--246867	30	5.0	29	71	26	89	44	1	2	52	1.21
246776--246867	28	3.4	27	76	19	84	45	1	2	51	1.20
246852--246913	23	2.6	23	84	5	70	51	4	3	40	1.39
246882--247050	90	1.9	85	81	10	198	49	4	0	45	1.23
247194--247243	20	2.5	20	100	0	100	34	16	10	40	1.81

Tables:   1   2