genome.fa.s1484.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001484.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002880_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1039362

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45--78	18	1.9	17	94	5	59	44	0	0	55	0.99
1458--1513	23	2.4	23	96	0	103	26	8	19	44	1.80
3356--3428	28	2.6	29	74	10	71	28	1	1	68	1.06
6508--6590	37	2.3	37	97	2	159	32	4	0	62	1.16
21491--21563	37	2.0	37	100	0	146	54	12	13	19	1.70
33840--33897	30	1.9	30	92	0	98	29	12	22	36	1.90
52555--52693	33	4.2	33	83	0	161	38	21	22	17	1.94
58351--58393	24	1.9	21	86	13	59	51	4	0	44	1.22
60050--60139	32	2.8	32	80	14	96	51	2	0	46	1.13
60284--60328	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
60297--60502	89	2.3	90	94	2	360	47	5	1	45	1.36
60459--60528	29	2.2	32	83	14	85	45	4	1	48	1.30
60533--60596	23	2.6	25	75	12	69	46	0	3	50	1.17
60666--60723	21	2.8	21	78	5	55	41	20	8	29	1.82
64105--64168	31	2.1	31	90	0	101	34	9	7	48	1.64
80092--80157	33	2.0	33	100	0	132	27	18	18	36	1.94
81096--81155	29	2.1	29	96	0	111	45	11	16	26	1.82
81492--81550	29	2.0	29	87	6	84	32	8	13	45	1.74
87715--87744	16	1.9	15	93	6	51	26	6	20	46	1.75
88064--88101	18	2.1	18	85	9	51	60	2	5	31	1.33
89639--89791	31	5.0	31	76	4	139	35	16	18	29	1.93
92572--92608	14	2.6	14	100	0	74	43	13	0	43	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93936--94006	30	2.4	31	83	11	94	36	25	5	32	1.79
94417--94477	30	2.0	32	87	12	92	36	18	9	36	1.84
93577--94532	478	2.0	478	95	0	1714	32	21	9	36	1.85
98576--98644	23	3.0	23	84	0	93	26	24	27	21	1.99
100853--100890	20	1.9	20	94	0	67	23	0	5	71	1.07
101662--101864	101	2.0	101	100	0	406	21	26	19	32	1.97
105550--105594	21	2.1	22	91	4	74	57	2	0	40	1.11
116486--116673	5	38.0	5	92	7	314	39	0	0	60	0.97
127285--127315	16	1.9	16	93	0	53	25	0	22	51	1.48
127414--127636	91	2.5	89	78	9	247	33	17	16	33	1.92
138507--138549	18	2.4	18	80	7	52	44	6	6	41	1.58
145573--145597	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
149331--149393	31	2.1	30	81	3	72	31	17	6	44	1.74
149770--149822	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
149849--149926	41	1.9	41	91	0	129	38	25	17	17	1.92
149854--149946	20	4.6	20	82	7	107	33	26	19	20	1.96
149854--149966	20	5.6	20	79	9	95	34	25	18	21	1.96
150139--150183	22	2.2	20	84	8	54	26	40	8	24	1.84
150420--150463	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
152243--152297	20	2.8	19	78	10	58	40	20	21	18	1.92
152360--152427	20	3.5	20	80	9	77	14	22	23	39	1.91
154164--154199	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154403--154498	20	4.8	20	92	0	156	16	22	21	38	1.93
154391--154478	40	2.4	34	76	20	104	15	23	21	38	1.92
154854--154889	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
155093--155188	20	4.8	20	92	0	156	16	22	21	38	1.93
155081--155168	40	2.4	34	76	20	104	15	23	21	38	1.92
154150--156222	690	3.0	690	99	0	4101	31	15	19	34	1.93
155544--155579	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
155783--155878	20	4.8	20	92	0	156	16	22	21	38	1.93
155771--155858	40	2.4	34	76	20	104	15	23	21	38	1.92
158162--158186	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
159236--159313	41	1.9	41	91	0	129	19	19	25	35	1.95
159162--159309	20	7.3	20	83	4	154	25	18	28	28	1.98
159236--159331	41	2.3	41	83	3	104	19	21	23	34	1.97
162365--162513	37	4.0	37	92	1	246	40	12	12	33	1.81
163491--163528	20	1.9	20	94	0	67	10	28	34	26	1.90
164410--164480	24	3.0	24	85	2	99	19	25	25	29	1.99
165257--165296	13	3.2	13	78	7	55	20	25	37	17	1.94
165256--165293	12	3.0	13	76	7	51	21	28	31	18	1.97
166229--166270	23	2.0	22	86	13	61	40	7	19	33	1.78
166278--166321	23	1.9	23	85	0	61	27	27	29	15	1.96
166349--166397	22	2.3	22	82	10	57	34	28	24	12	1.91
168977--169030	28	1.9	28	85	7	74	62	1	16	18	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170741--170811	24	3.0	24	85	2	99	19	25	25	29	1.99
171637--171685	22	2.3	22	82	10	57	34	28	24	12	1.91
174264--174316	27	1.9	28	85	11	74	62	1	16	18	1.42
176024--176094	24	3.0	24	85	2	99	19	25	25	29	1.99
176857--176906	25	2.0	25	92	0	82	20	16	32	32	1.94
177263--177311	16	3.1	16	80	16	50	8	10	4	77	1.10
177378--177448	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
177543--177581	20	1.9	21	94	5	71	25	0	2	71	0.98
183500--183553	20	2.7	20	88	5	74	74	9	1	14	1.15
183500--183553	10	5.4	10	80	8	65	74	9	1	14	1.15
183553--183598	21	2.2	20	84	11	56	32	0	2	65	1.05
183562--183614	27	2.0	27	89	7	83	32	0	0	67	0.91
183997--184050	19	2.8	20	77	5	65	20	5	5	68	1.30
197381--197515	67	2.0	66	97	1	252	34	12	13	39	1.82
201292--201337	19	2.3	22	79	20	57	41	4	0	54	1.20
204749--204947	7	26.6	7	69	21	111	39	2	8	50	1.44
204839--204936	32	3.2	31	81	16	116	41	0	5	53	1.23
204856--204970	59	1.9	60	84	8	155	40	0	7	51	1.37
204839--204971	2	70.0	2	69	25	76	41	0	6	51	1.34
206237--206289	12	4.5	12	79	9	56	18	5	0	75	0.99
206237--206289	23	2.2	24	87	9	74	18	5	0	75	0.99
207109--207153	13	3.2	14	81	9	56	62	0	11	26	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208167--208226	28	2.2	26	79	5	66	55	1	0	43	1.10
210339--210363	12	2.1	12	100	0	50	52	0	8	40	1.31
210534--210571	20	1.9	20	100	0	76	28	31	21	18	1.97
210580--210730	64	2.4	63	87	3	214	29	21	19	29	1.98
211729--211755	14	1.9	14	100	0	54	14	14	14	55	1.70
212783--212825	12	3.5	12	77	3	50	16	18	48	16	1.81
212859--212935	30	2.6	30	85	0	100	16	29	14	38	1.88
221673--221722	20	2.5	20	80	3	66	18	16	0	66	1.26
229134--229179	15	2.9	15	87	12	58	63	2	0	34	1.07
229973--230040	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
230462--230495	16	2.1	16	100	0	68	38	0	0	61	0.96
231874--231922	24	2.0	24	100	0	98	8	14	24	53	1.68
231874--231915	14	3.3	14	75	25	56	7	14	26	52	1.67
231880--231935	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
233011--233085	16	4.7	16	91	0	123	10	12	20	57	1.64
233732--233943	19	11.1	19	72	21	142	39	0	7	52	1.33
233733--233931	16	12.6	15	72	19	122	39	0	7	52	1.34
233805--233955	23	6.4	24	74	21	117	42	0	6	50	1.33
233825--233943	2	64.5	2	74	24	102	43	0	4	52	1.20
243905--243977	7	11.1	7	70	14	57	42	0	2	54	1.14
243939--244002	20	3.3	19	77	16	53	31	0	1	67	1.00
245149--245260	18	6.2	17	81	13	111	17	2	0	78	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245346--245390	7	6.4	7	100	0	90	26	0	0	73	0.84
246098--246170	13	5.2	14	77	11	78	61	0	9	28	1.27
246100--246165	28	2.4	28	97	0	123	60	0	7	31	1.25
248288--248422	5	26.0	5	69	25	61	40	0	6	53	1.27
248286--248440	2	81.5	2	68	27	81	40	0	7	52	1.29
248274--248438	7	23.7	7	71	17	121	40	0	7	52	1.31
248413--248458	19	2.4	20	79	17	53	36	0	13	50	1.41
248391--248453	18	3.5	19	76	24	57	38	0	12	49	1.41
249594--249633	17	2.4	17	83	8	55	20	7	0	72	1.08
249600--249662	29	2.2	29	83	11	76	22	6	0	71	1.08

Tables:   1   2   3   4