genome.fa.s1563.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001563.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003096_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  849978

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110060--110120	10	6.1	10	86	7	88	3	16	18	62	1.46
110090--110130	20	2.0	20	90	0	64	12	12	17	58	1.63
110891--110949	18	3.2	17	73	17	55	59	5	0	35	1.20
114820--114860	21	2.0	21	85	0	55	53	24	2	19	1.57
114829--114876	21	2.3	21	92	7	80	47	25	0	27	1.52
117919--118109	95	2.0	95	90	0	301	37	14	20	27	1.92
117921--118141	95	2.3	95	85	1	264	36	14	20	27	1.92
118548--118644	20	4.5	20	78	16	113	42	9	27	20	1.83
118533--118623	47	1.9	47	97	0	173	42	8	25	23	1.82
125064--125253	94	2.0	94	84	3	247	36	15	21	25	1.93
125689--125930	20	10.7	20	70	22	142	41	11	25	21	1.86
125709--125958	47	5.3	47	91	1	394	42	10	23	23	1.85
129935--129960	5	5.2	5	100	0	52	61	0	38	0	0.96
131369--131414	18	2.6	17	83	10	56	23	2	0	73	0.94
133424--133466	14	3.2	13	87	9	59	18	13	6	60	1.55
133434--133466	7	4.9	7	85	7	50	15	15	9	60	1.58
137571--138024	114	4.0	114	96	0	818	33	15	19	30	1.93
139197--139234	18	2.1	18	100	0	76	28	15	31	23	1.96
139947--140104	54	3.0	54	78	9	157	37	14	21	25	1.92
141346--142317	75	12.9	76	96	1	1753	21	20	23	34	1.96
141346--142316	151	6.4	151	96	1	1768	21	20	23	34	1.96
143136--143161	5	5.2	5	100	0	52	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145540--145662	41	3.0	41	82	0	156	36	17	16	29	1.92
145821--145979	40	4.0	40	74	11	128	35	18	16	28	1.93
145860--145993	41	3.3	41	78	4	153	38	17	17	27	1.92
150391--150431	4	10.2	4	89	0	55	26	21	0	51	1.48
151443--151481	20	2.1	19	85	9	53	28	15	25	30	1.96
154518--154567	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
155699--156789	45	24.3	45	75	6	605	41	18	16	23	1.90
155699--156789	90	12.1	89	74	6	802	41	18	16	23	1.90
155744--156789	135	7.8	134	77	5	793	42	18	16	22	1.89
155739--156790	180	5.8	180	81	2	961	41	18	16	23	1.89
158234--158318	44	1.9	44	97	0	161	32	17	11	37	1.86
158090--158599	255	2.0	255	99	0	1002	30	20	14	35	1.92
158489--158573	44	1.9	44	95	0	152	32	18	11	36	1.88
161066--161090	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
162493--162537	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
164645--164726	42	2.0	42	82	4	103	26	18	20	34	1.96
165160--165224	3	22.3	3	87	6	98	33	0	0	66	0.92
167200--167282	42	2.0	43	90	7	134	36	21	19	22	1.95
172904--172949	2	23.0	2	95	0	83	50	0	2	47	1.13
174460--174525	2	33.5	2	86	3	71	0	59	0	40	0.98
175155--175197	21	2.2	19	87	8	59	62	4	4	27	1.35
175451--175487	15	2.3	16	86	13	58	37	16	0	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175456--175486	15	2.1	15	100	0	62	35	19	0	45	1.51
177331--177395	18	3.4	18	72	12	67	49	16	4	29	1.66
177311--177393	39	2.1	39	100	0	166	50	18	4	26	1.66
177434--177480	19	2.5	19	86	6	69	21	27	0	51	1.48
177445--177530	13	6.4	13	67	12	57	23	23	2	51	1.60
177438--177530	28	3.4	28	89	4	138	22	24	2	50	1.60
177561--177615	18	3.0	18	84	5	65	36	14	3	45	1.63
177561--177627	19	3.6	19	82	6	66	38	14	4	41	1.67
178220--178263	23	2.0	22	86	4	61	9	11	2	77	1.08
179169--179198	14	2.1	14	93	0	51	23	16	6	53	1.66
179281--179347	16	3.9	16	71	17	53	28	5	0	65	1.16
179319--179356	13	3.1	13	88	7	53	26	0	0	73	0.83
179026--179636	286	2.2	280	89	5	881	23	11	6	58	1.56
183351--183457	15	7.2	14	73	14	74	76	1	16	4	1.04
185407--186629	53	22.7	54	79	9	567	31	9	18	41	1.82
185409--185934	55	9.6	54	74	9	300	32	9	14	42	1.79
185907--186571	53	12.5	53	88	1	949	29	9	20	40	1.84
185844--186571	316	2.3	318	86	3	971	29	9	20	40	1.84
186665--187111	240	1.9	239	89	0	707	31	14	17	36	1.90
186636--187174	238	2.3	239	85	1	749	29	16	18	35	1.93
192341--192371	14	2.2	14	94	0	53	41	41	3	12	1.59
196209--196256	21	2.3	21	100	0	96	29	20	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206916--206948	3	10.7	3	93	6	57	0	33	0	66	0.92
210958--210990	16	2.1	16	94	0	57	6	9	33	51	1.58
211861--211962	53	1.9	53	91	0	168	37	16	11	34	1.85
220497--220533	19	1.9	19	100	0	74	35	0	21	43	1.53
220756--220816	24	2.5	24	81	7	70	52	1	4	40	1.33
222742--222835	42	2.2	42	92	0	152	53	12	5	28	1.61
224036--224154	40	2.8	43	81	7	154	51	3	31	14	1.58
224036--224179	43	3.4	43	80	7	143	49	4	30	15	1.65
226372--226422	26	2.0	26	84	0	66	41	21	1	35	1.65
228053--228112	26	2.3	26	88	0	84	38	28	11	21	1.89
228987--229056	30	2.3	30	82	7	79	31	22	8	37	1.85
241529--241634	23	4.7	23	79	4	110	27	16	24	32	1.96
248438--248520	23	3.7	23	86	3	114	25	16	26	31	1.97
249150--249204	24	2.3	24	84	9	69	30	25	25	18	1.98
251051--251110	26	2.3	26	91	0	93	36	30	11	21	1.89
254447--254519	31	2.4	31	95	0	128	49	17	13	19	1.80
255142--255172	15	2.1	15	93	0	53	35	16	9	38	1.81
255591--255664	23	3.3	22	74	14	80	27	24	21	27	1.99
256109--256142	13	2.6	13	90	0	50	35	20	5	38	1.77
258519--258589	34	2.1	33	84	2	88	33	14	29	22	1.93
260476--260530	20	2.7	20	78	18	60	29	16	27	27	1.97
261658--261818	79	2.0	79	81	0	187	42	11	8	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261923--262331	58	7.1	58	83	5	465	43	13	6	36	1.70
262483--262646	45	3.6	47	77	12	141	38	14	6	40	1.73
263175--263292	42	2.8	41	94	2	200	16	19	16	46	1.84
263463--263513	21	2.3	23	86	10	70	50	0	0	49	1.00
263465--263541	23	3.3	23	81	13	70	48	0	0	51	1.00
263499--263656	30	5.6	30	69	23	96	47	0	1	50	1.13
263490--263656	29	5.6	29	73	16	112	47	0	1	50	1.13
263984--264093	20	5.5	20	97	0	202	36	15	8	40	1.77
264076--264148	30	2.5	30	90	2	121	31	17	6	43	1.75
264076--264148	15	4.9	15	76	3	85	31	17	6	43	1.75
266085--266145	23	2.7	23	75	14	63	45	1	0	52	1.10
266130--266170	21	2.0	22	85	9	59	36	0	0	63	0.95
266955--267197	69	3.5	70	76	6	210	25	28	20	25	1.99
267252--267301	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
267377--267415	20	2.0	20	84	0	51	33	20	20	25	1.97
269285--269337	22	2.5	22	82	8	67	33	15	16	33	1.90
269325--269373	20	2.5	20	100	0	98	26	14	32	26	1.94
269698--269970	55	4.9	55	86	1	366	35	18	18	27	1.94
276189--276242	22	2.6	22	82	8	69	33	16	18	31	1.93
276591--276874	55	5.2	55	87	2	403	34	17	18	28	1.94
276589--276874	108	2.6	110	88	3	416	35	17	18	28	1.94
283444--284032	134	4.4	135	85	3	728	30	19	19	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283507--284019	267	1.9	268	87	4	757	30	20	20	28	1.97
285310--285421	7	16.3	7	80	11	99	7	8	0	83	0.84
285311--285404	39	2.4	38	81	6	100	7	7	1	84	0.84
285310--285397	46	1.9	46	86	4	124	7	6	0	85	0.75
285310--285403	1	94.0	1	74	0	62	7	6	1	85	0.80
286308--286664	46	7.8	46	85	3	387	24	20	11	43	1.85
286306--286662	137	2.6	138	82	2	448	24	20	11	43	1.85
286671--286810	70	2.0	70	85	2	192	30	21	11	37	1.89
286741--286908	81	2.1	82	90	1	266	29	20	12	36	1.90
288076--288100	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50

Tables:   1   2   3   4   5