genome.fa.s1577.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001577.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003137_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  426047

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190--241	15	3.8	14	83	14	56	76	5	17	0	0.97
197--244	15	3.2	16	85	11	66	81	4	14	0	0.84
175--252	40	2.1	36	85	9	102	79	3	16	0	0.87
181--226	23	1.9	25	86	8	69	73	6	19	0	1.04
180--306	51	2.5	50	76	13	125	75	7	17	0	1.01
180--281	17	6.3	16	69	15	50	77	6	15	0	0.97
180--253	10	7.3	10	70	8	60	81	4	14	0	0.84
206--269	19	3.5	17	76	22	51	81	6	12	0	0.87
181--292	11	10.8	11	74	16	64	76	7	16	0	0.99
184--303	40	3.0	38	73	16	91	75	7	17	0	1.03
1550--1629	39	2.1	39	85	2	108	30	15	18	36	1.92
1662--1785	42	3.0	40	82	5	133	25	22	23	28	1.99
2272--2452	30	5.8	30	66	25	90	28	21	12	37	1.90
2131--2481	65	5.4	65	80	9	369	29	21	12	36	1.91
2131--2481	131	2.7	129	85	6	442	29	21	12	36	1.91
2367--2623	35	7.4	36	75	12	214	26	20	13	39	1.90
3336--3379	16	2.6	18	85	7	65	72	6	18	2	1.17
4124--4256	60	2.2	60	89	0	194	18	15	7	58	1.60
4124--4275	30	5.1	30	77	7	148	18	13	8	59	1.58
6635--6989	34	9.9	37	72	20	106	45	1	7	45	1.42
6641--7004	75	5.1	71	73	18	276	45	1	7	45	1.42
6641--7006	33	10.3	34	77	15	298	45	1	7	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8905--9069	64	2.6	64	77	9	160	30	16	22	30	1.96
9417--9453	16	2.2	17	86	13	51	16	43	2	37	1.62
10104--10150	21	2.2	21	84	0	58	38	10	44	6	1.65
10677--10713	18	2.0	18	89	5	56	35	0	16	48	1.46
11109--11172	24	2.9	21	72	17	58	28	18	21	31	1.97
11079--11172	45	2.1	44	84	13	122	27	20	23	28	1.99
17431--17472	3	14.7	3	81	18	54	30	0	0	69	0.89
17437--17522	23	3.6	22	78	18	68	25	1	2	70	1.06
17447--17522	23	3.3	23	83	12	86	25	1	2	71	1.07
17469--17522	23	2.3	24	93	3	92	22	1	3	72	1.10
19100--19132	17	1.9	17	88	11	50	27	6	3	63	1.32
20220--20251	15	2.1	15	94	0	55	31	0	3	65	1.08
20427--20479	26	2.0	26	92	0	88	52	3	16	26	1.61
21177--21226	7	6.7	7	79	20	57	0	4	12	84	0.76
21177--21225	15	3.1	16	85	11	66	0	4	10	85	0.71
21177--21225	24	2.1	23	88	11	73	0	4	10	85	0.71
24670--24740	30	2.4	29	77	15	74	21	11	7	60	1.54
28989--29038	14	3.6	14	84	15	68	84	2	14	0	0.72
28995--29040	20	2.3	20	88	3	67	82	2	15	0	0.76
28989--29032	13	3.0	16	87	12	60	84	2	13	0	0.73
31495--32179	81	8.5	81	90	2	1022	31	20	12	35	1.90
32568--32617	20	2.5	20	96	0	91	20	32	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33618--34039	131	3.3	131	84	2	566	26	29	18	26	1.98
33784--33893	43	2.7	40	72	17	100	22	32	20	24	1.97
34194--34256	31	2.1	30	85	5	83	15	14	6	63	1.49
41661--41706	19	2.4	19	85	3	56	76	0	4	19	0.96
41761--41802	18	2.4	17	84	7	57	71	2	4	21	1.16
42451--42552	19	4.3	24	61	24	63	58	11	0	28	1.39
42401--42602	71	2.9	71	90	5	306	58	12	1	27	1.43
44547--44576	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
50171--50221	20	2.5	21	84	9	70	74	0	3	21	0.98
50270--50312	18	2.4	18	96	0	77	74	0	2	23	0.93
50776--50805	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
53270--53568	79	3.8	79	87	1	438	24	23	16	36	1.94
53336--53550	40	5.5	39	70	7	166	26	25	13	33	1.94
53277--53568	157	1.8	157	88	1	449	24	22	16	36	1.94
53290--53575	40	7.3	39	68	9	150	24	23	16	35	1.95
53927--54006	17	4.5	17	73	7	79	41	20	12	26	1.87
54076--54127	25	2.1	25	82	7	61	40	23	3	32	1.72
54749--54794	23	2.0	23	82	0	56	8	19	0	71	1.11
60872--61139	136	2.0	136	93	0	464	33	19	16	30	1.93
63618--63667	19	2.6	18	81	12	55	26	4	2	68	1.18
63648--63708	26	2.4	26	78	13	72	32	11	1	54	1.46
77538--77580	19	2.3	19	100	0	86	39	16	4	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79130--79246	11	11.5	10	81	8	78	79	0	17	3	0.87
79147--79267	8	16.1	7	74	21	86	78	0	19	1	0.83
79158--79257	22	4.5	22	82	8	105	78	0	21	1	0.82
80947--81014	28	2.4	28	95	0	127	54	17	8	19	1.68
81332--81671	101	3.4	101	81	6	361	30	16	12	41	1.85
81891--82019	45	2.9	43	81	3	141	29	17	19	33	1.95
81783--82387	208	2.9	208	86	3	808	34	17	20	27	1.95
83657--83748	14	6.5	14	66	12	53	20	14	4	60	1.50
83790--83831	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
106266--106329	8	8.5	8	75	16	57	75	1	14	9	1.12
106300--106338	13	3.0	13	84	0	51	74	0	17	7	1.05
107211--107853	334	1.9	334	90	1	1020	37	16	20	25	1.93
107800--107864	20	3.3	20	67	18	55	44	12	21	21	1.85
107690--107982	117	2.6	114	88	8	408	39	14	21	23	1.91
115527--115559	11	2.8	12	90	9	50	15	12	0	72	1.12
118364--118406	18	2.4	19	84	7	54	18	6	4	69	1.29
120811--120883	31	2.4	31	84	6	87	72	1	17	8	1.16
125319--125370	26	2.0	26	100	0	104	34	7	30	26	1.85
125928--125964	7	5.3	7	100	0	74	72	0	13	13	1.11
125901--125975	14	5.5	13	78	9	62	76	4	10	9	1.15
125921--125975	21	2.6	20	83	11	74	76	1	10	10	1.10
128309--128867	134	4.2	134	82	3	669	32	21	15	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129060--129101	3	14.0	3	92	0	66	28	2	0	69	1.01
133793--133819	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
133617--133993	187	2.0	188	96	0	702	27	9	14	48	1.75
137901--137976	38	2.0	38	85	10	102	44	3	18	32	1.68
138310--138399	21	4.3	21	84	5	110	17	18	27	35	1.94
138310--138412	21	4.9	21	82	7	93	20	18	26	34	1.95
150728--150785	30	1.9	30	85	0	80	25	3	6	63	1.35
163367--163396	8	3.6	8	95	4	51	86	0	13	0	0.57
163433--163481	14	3.6	14	79	15	50	77	2	20	0	0.87
164212--164473	105	2.5	105	92	0	452	34	25	19	20	1.96
164387--164559	86	2.0	86	94	2	303	33	26	17	22	1.96
164473--165182	105	6.7	105	87	4	917	33	25	18	22	1.97
164212--165025	296	2.7	305	89	4	1207	34	25	18	21	1.96
165791--165853	26	2.4	25	77	12	65	39	4	0	55	1.21
167174--167228	22	2.5	22	82	8	67	16	9	1	72	1.18
167326--167375	17	2.9	16	85	8	55	22	8	0	70	1.13
172842--172896	23	2.4	23	96	3	103	41	40	12	5	1.66
191783--191811	14	2.1	14	100	0	58	34	13	6	44	1.71
192811--192898	44	2.0	44	95	0	158	38	15	20	25	1.92
194084--194183	43	2.3	43	82	3	121	28	20	22	30	1.98
197971--198016	19	2.3	21	85	7	60	34	6	4	54	1.46
201157--201228	12	6.1	11	82	12	81	23	12	1	62	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201157--201212	24	2.3	24	100	0	112	21	12	0	66	1.25
202036--202134	32	3.0	34	80	5	121	43	9	17	30	1.80
204681--204728	12	4.1	11	81	10	51	22	12	2	62	1.40
204681--204715	12	2.9	12	91	8	54	22	11	0	65	1.24
204727--204770	20	2.3	20	84	7	65	13	15	2	68	1.31
212389--212432	22	2.0	22	100	0	88	18	13	45	22	1.84
212613--212710	47	2.1	48	81	9	112	31	14	22	31	1.94
219404--219487	44	1.9	44	100	0	168	33	19	15	32	1.93
219740--219866	42	3.0	42	89	2	191	28	21	18	31	1.97
219826--220009	93	2.0	93	90	0	287	34	16	19	28	1.94

Tables:   1   2