genome.fa.s1608.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001608.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003192_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  149230

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 108 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9634--9689	18	3.1	18	76	0	67	26	14	14	44	1.83
11895--11975	40	2.0	40	97	0	153	43	22	13	20	1.87
12726--12799	25	3.0	25	95	0	130	33	13	28	24	1.93
18381--18441	30	2.0	30	100	0	122	31	32	16	19	1.94
21494--21590	29	3.3	29	72	11	88	43	4	19	32	1.70
21439--21616	60	3.0	60	83	3	223	41	4	20	33	1.72
22165--22217	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
22207--22319	20	5.7	20	96	0	208	39	21	19	19	1.92
22286--22452	60	2.8	58	84	12	212	30	26	19	23	1.98
22306--22452	20	7.3	20	93	0	240	29	27	19	24	1.98
23294--23347	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
25764--25837	20	3.7	19	85	7	103	36	24	20	18	1.95
25809--25904	33	2.9	34	90	3	149	43	19	22	13	1.86
25919--26014	33	2.9	34	88	3	140	12	21	19	45	1.83
26120--26156	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
27556--27648	42	2.2	42	80	3	107	22	17	39	20	1.92
28128--28216	20	4.4	20	91	0	142	37	23	20	19	1.94
28261--28307	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
28281--28374	33	2.8	34	83	3	127	13	19	22	44	1.85
30265--30413	20	7.6	20	81	2	140	44	22	16	16	1.86
30268--30421	59	2.6	59	93	3	256	44	22	16	16	1.87
30268--30414	39	3.7	39	81	2	161	42	23	17	16	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30750--30815	22	3.0	22	88	0	96	22	15	37	24	1.92
31014--31105	20	4.7	20	87	2	132	21	19	18	40	1.92
31095--31147	21	2.5	21	87	0	79	35	18	24	20	1.95
33247--33321	18	4.0	18	73	17	55	33	1	1	64	1.11
33273--33315	21	2.0	21	90	0	68	32	0	0	67	0.91
33591--33816	7	32.3	7	100	0	452	42	14	14	28	1.84
41595--41914	159	2.0	159	98	0	613	30	12	23	34	1.91
44817--44902	22	3.9	22	72	15	70	23	36	24	16	1.94
44819--44901	23	3.8	21	74	16	62	22	37	24	15	1.93
47954--47994	18	2.3	18	95	0	73	26	21	14	36	1.93
57199--58358	134	8.7	133	84	2	1426	29	16	23	30	1.96
57199--58358	403	2.9	400	86	1	1590	29	16	23	30	1.96
59839--59998	65	2.5	63	79	8	171	30	23	17	28	1.97
61822--62050	37	6.1	37	79	14	179	44	3	7	43	1.50
61888--62045	36	4.4	35	76	15	128	45	3	7	43	1.48
61973--61997	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
61978--62058	40	2.0	40	83	4	101	50	2	3	43	1.33
62024--62077	26	2.0	28	89	7	85	46	0	1	51	1.11
61997--62135	64	2.2	64	83	11	171	47	0	3	48	1.24
62029--62085	28	2.1	26	77	6	60	57	0	0	42	0.98
62141--62203	3	20.3	3	78	12	65	30	1	1	66	1.10
62121--62210	13	6.8	13	78	10	94	31	3	1	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62133--62210	37	2.1	37	85	4	104	29	3	1	65	1.18
62121--62219	6	14.7	7	73	18	68	31	3	1	64	1.15
63400--63449	18	2.7	18	85	14	59	32	2	0	66	1.03
63422--63468	25	2.0	23	83	8	58	25	2	2	70	1.10
65326--65361	18	1.9	19	94	5	65	11	8	8	72	1.29
68729--69499	84	9.4	83	77	8	699	29	25	20	24	1.99
68746--69562	165	5.0	164	85	4	1029	30	24	20	24	1.98
68746--69488	324	2.3	322	88	3	942	30	25	20	24	1.99
70223--70458	36	6.1	36	74	18	165	46	3	6	42	1.48
70242--70344	45	2.2	46	85	11	131	47	3	6	41	1.48
70245--70380	46	3.2	44	69	24	119	46	3	8	41	1.51
70382--70406	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
70350--70528	75	2.4	77	77	8	174	48	2	5	44	1.39
70350--70539	38	5.0	39	73	10	119	47	2	5	44	1.39
70543--70591	11	4.9	10	77	22	50	34	4	0	61	1.15
70560--70617	3	19.3	3	78	7	64	29	1	1	67	1.11
70560--70624	12	5.3	12	74	9	60	27	3	1	67	1.14
71829--71862	11	3.1	11	91	8	52	35	0	0	64	0.94
76440--76520	23	3.7	23	77	8	96	25	25	24	23	2.00
76439--76538	43	2.3	42	80	8	112	27	25	25	23	2.00
76950--76974	13	1.9	13	100	0	50	32	8	8	52	1.60
79173--79370	64	3.1	64	78	11	181	33	23	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86865--86913	24	2.0	24	96	0	89	30	14	12	42	1.82
94247--94299	3	17.7	3	84	0	70	62	0	0	37	0.96
94247--94299	18	2.9	18	88	0	79	62	0	0	37	0.96
96122--96180	20	2.8	20	73	17	57	18	16	3	61	1.49
96910--97024	61	1.9	59	87	8	171	33	18	5	43	1.72
101887--101950	33	1.9	33	87	0	92	31	15	29	23	1.95
106587--106920	65	5.1	65	71	15	196	31	14	13	41	1.83
106874--106933	31	1.9	32	86	3	86	31	15	11	41	1.82
106882--106948	31	2.2	31	84	7	84	32	17	11	37	1.87
107293--107368	40	1.9	40	81	5	91	21	39	15	23	1.92
107048--107499	133	3.4	132	78	4	500	25	33	16	23	1.96
107692--107766	3	25.3	3	76	12	75	34	1	0	64	1.02
107691--107765	11	7.2	11	75	20	72	36	1	0	62	1.04
107692--107766	18	4.1	19	79	10	84	34	1	0	64	1.02
109180--109257	29	2.7	30	80	9	99	23	15	6	55	1.63
124319--124377	20	2.8	20	73	17	57	18	16	3	61	1.49
125134--125252	60	2.0	58	90	9	188	33	19	4	42	1.70
125843--125869	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
134634--134694	27	2.3	27	94	0	104	26	18	26	29	1.98
135220--135291	20	3.4	20	77	19	74	79	5	13	1	0.98
135224--135310	20	4.2	19	72	16	57	77	5	16	1	1.03
135223--135292	25	2.8	25	81	12	74	78	5	14	1	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135232--135310	25	3.2	24	74	15	63	75	5	17	1	1.04
136581--136729	39	3.9	38	81	7	169	42	12	11	33	1.78
136579--136730	75	2.0	76	89	3	236	42	11	11	34	1.78
136579--136696	36	3.2	36	85	3	164	43	12	11	32	1.79
136696--136819	63	2.0	63	87	3	178	28	11	13	46	1.78
136845--136904	32	1.9	31	86	10	86	35	15	10	40	1.80
137024--137126	42	2.4	42	82	4	109	29	36	12	21	1.90
137074--137264	43	4.4	43	71	11	149	27	30	16	25	1.97
140103--140141	18	2.2	18	86	9	53	20	17	43	17	1.88
140735--140786	24	2.2	24	89	0	77	50	0	0	50	1.00
141003--141065	22	3.0	21	76	17	58	65	4	1	28	1.22
142234--142276	3	14.7	3	86	13	63	67	0	0	32	0.91
142221--142277	9	5.9	10	82	10	57	61	0	0	38	0.96
142516--143190	113	6.0	113	84	3	804	30	17	12	38	1.88
142516--143190	224	3.0	224	87	2	911	30	17	12	38	1.88
144001--144563	93	6.0	93	91	0	842	35	21	15	27	1.94
145851--145908	12	5.1	11	80	15	73	0	13	0	86	0.58
145851--145902	12	4.2	12	87	4	77	0	13	0	86	0.57
145850--145908	9	6.7	9	75	16	61	0	15	0	84	0.62
145854--145906	25	2.1	25	93	6	90	0	15	0	84	0.61

Tables:   1

The End!