genome.fa.s1610.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001610.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003194_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  256671

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--13227	7	1926.1	7	94	4	17589	37	43	5	14	1.68
13223--13263	7	5.9	7	100	0	82	29	58	12	0	1.34
14617--14683	26	2.6	25	83	4	80	44	8	10	35	1.70
14943--14983	22	1.9	22	85	14	59	56	2	0	41	1.13
24558--24768	108	2.0	108	93	0	359	37	17	21	23	1.93
31683--31713	6	5.2	6	100	0	62	0	48	16	35	1.46
39690--39776	31	2.8	31	98	0	165	37	13	13	34	1.85
40781--40831	19	2.7	19	93	0	84	9	33	27	29	1.89
44449--44534	36	2.3	36	82	8	91	55	0	0	44	0.99
50778--50814	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
54840--55101	130	2.0	130	93	2	445	55	7	4	32	1.48
65837--65912	23	3.2	23	73	12	57	39	10	5	44	1.61
65949--66044	18	5.4	17	72	20	72	43	2	9	44	1.48
65960--65991	16	2.0	16	93	0	55	43	3	12	40	1.58
65951--66044	16	6.4	15	68	26	51	43	2	9	44	1.48
69297--69332	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
70448--70513	29	2.3	29	86	2	89	34	19	13	31	1.91
72259--72290	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
73990--74246	45	5.8	45	90	1	374	29	21	8	40	1.82
73990--74246	89	2.9	90	88	2	376	29	21	8	40	1.82
74129--74202	25	3.2	25	62	31	63	29	22	8	39	1.83
73990--74246	134	1.9	134	89	1	399	29	21	8	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74777--74822	24	1.9	24	100	0	92	45	13	8	32	1.73
76350--76425	23	3.2	23	73	12	57	39	10	5	44	1.61
76462--76557	18	5.4	17	72	20	72	43	2	9	44	1.48
76473--76504	16	2.0	16	93	0	55	43	3	12	40	1.58
76464--76557	16	6.4	15	68	26	51	43	2	9	44	1.48
80683--80715	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
82818--82853	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
83969--84034	29	2.3	29	86	2	89	34	19	13	31	1.91
88039--88295	45	5.8	45	90	2	376	29	21	8	40	1.82
88039--88281	89	2.7	90	89	2	375	30	22	7	39	1.82
88178--88251	25	3.2	25	62	31	63	29	22	8	39	1.83
88039--88295	134	1.9	134	88	3	392	29	21	8	40	1.82
88826--88871	24	1.9	24	100	0	92	45	13	8	32	1.73
92362--93731	706	1.9	706	81	5	1609	26	17	22	33	1.96
100817--100902	44	2.0	44	88	4	129	30	25	18	25	1.98
100823--100902	21	3.7	21	71	15	65	31	26	18	23	1.98
100889--100933	21	2.1	21	84	8	56	40	28	11	20	1.86
101478--101653	53	3.3	53	84	2	219	28	20	19	30	1.97
101644--101693	20	2.5	20	87	6	66	32	20	12	36	1.89
102712--102790	21	3.7	21	81	3	95	30	21	24	24	1.99
103112--103137	7	3.7	7	100	0	52	30	38	0	30	1.58
108562--108604	23	2.0	23	86	13	65	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110909--110976	31	2.2	31	91	0	109	35	11	29	23	1.90
111226--111300	30	2.5	30	95	0	132	50	0	8	41	1.32
111266--111329	23	2.8	22	73	17	60	51	0	6	42	1.27
111826--111888	30	2.1	30	91	2	101	25	25	11	38	1.89
124220--124279	30	2.0	30	96	0	111	35	21	20	23	1.96
124223--124292	30	2.3	30	90	0	104	32	21	21	24	1.98
124281--124402	63	2.0	62	88	4	183	31	20	19	27	1.97
124275--124405	31	4.2	31	80	10	151	33	19	19	26	1.96
125372--125416	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
128469--128541	30	2.4	30	95	0	128	30	24	20	24	1.99
128524--128652	63	2.1	61	84	7	170	32	18	20	28	1.96
128527--128654	31	4.1	31	77	9	134	33	19	18	28	1.96
129348--129389	22	2.0	22	85	4	59	33	26	0	40	1.56
129839--129883	21	2.1	21	91	0	72	15	22	28	33	1.95
146489--146513	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
150428--150461	14	2.3	15	90	5	52	26	2	0	70	1.01
155420--155535	53	2.1	55	88	6	173	26	18	17	37	1.92
156813--156853	16	2.5	17	96	4	75	31	14	7	46	1.72
169576--169645	35	2.0	35	91	0	113	35	15	17	31	1.91
175844--175891	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
181424--181500	39	2.0	39	97	0	145	45	2	2	49	1.29
187230--187265	16	2.3	16	90	4	56	25	30	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187328--187363	19	1.9	19	94	5	65	50	0	5	44	1.25
187524--187569	13	3.7	13	75	19	53	45	0	4	50	1.21
187523--187571	23	2.1	23	92	7	82	48	0	4	46	1.20
187522--187578	24	2.4	24	82	11	82	52	0	3	43	1.18
189829--190030	101	2.0	101	86	1	280	40	8	23	28	1.83
190052--190159	16	7.3	15	75	20	86	52	0	0	46	1.06
190050--190136	28	3.1	28	91	3	140	52	0	0	47	1.00
190098--190161	6	11.3	6	73	23	59	48	1	0	50	1.10
190102--190161	22	2.8	22	82	14	72	48	1	0	50	1.11
190050--190221	50	3.4	52	74	15	130	50	1	1	46	1.19
190035--190161	28	4.5	28	82	12	120	51	0	0	46	1.11
190176--190360	31	5.8	30	71	20	126	49	4	4	41	1.44
190183--190229	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
190311--190361	15	3.3	15	71	15	50	50	3	3	41	1.39
190343--190445	22	4.8	22	75	11	88	48	8	5	36	1.58
190372--190424	21	2.5	21	87	0	79	47	5	7	39	1.56
190370--190461	21	4.3	20	72	14	78	47	7	6	38	1.58
190499--190549	21	2.4	22	90	3	77	41	3	7	47	1.51
190464--190591	22	6.1	21	73	14	77	41	7	8	42	1.62
190556--190629	37	2.1	37	84	5	98	37	10	8	43	1.69
190651--190732	14	5.8	14	72	1	56	19	1	29	50	1.56
191112--191202	2	46.5	2	74	12	73	45	2	1	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191112--191200	40	2.2	40	78	4	99	44	2	1	51	1.21
191153--191202	15	3.4	15	88	2	57	44	2	2	52	1.24
191557--191588	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
191678--191732	18	3.1	18	87	7	69	47	1	5	45	1.36
191678--191752	17	4.3	17	81	11	73	46	1	4	48	1.29
191708--191756	15	3.1	15	82	5	53	46	0	2	51	1.12
197829--197873	16	2.6	17	86	6	56	66	0	0	33	0.92
198100--198168	31	2.2	31	86	5	93	42	2	5	49	1.41
201754--201791	17	2.2	17	100	0	76	44	18	5	31	1.72
204557--204593	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
204728--204752	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
205973--206055	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
210727--210809	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
215141--215180	21	1.9	21	85	10	55	42	0	7	50	1.30
221600--221657	27	2.1	27	84	6	73	8	39	1	50	1.43
231599--231630	2	16.5	2	93	6	57	53	46	0	0	1.00
232313--232359	14	3.4	14	80	11	51	46	10	0	42	1.38
239170--239225	28	2.0	28	89	0	85	26	19	25	28	1.99
242961--243023	19	3.2	19	77	20	67	61	1	15	20	1.41
244005--244391	184	2.1	184	92	2	647	43	2	8	45	1.48
244397--244430	9	3.7	9	96	4	59	23	8	17	50	1.74
247942--247976	11	3.0	12	87	8	54	34	17	8	40	1.80

Tables:   1

The End!