genome.fa.s163.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000163.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000287_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  301105

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
445--498	24	2.2	24	86	0	81	38	20	18	22	1.93
622--655	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
1423--1618	20	9.5	20	73	8	110	34	12	23	29	1.92
1425--1597	61	2.8	61	81	4	172	34	13	23	28	1.92
2281--2357	36	2.1	36	95	0	136	31	16	11	40	1.85
4037--4083	22	2.3	21	85	10	62	63	2	8	25	1.34
4620--4651	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
4755--4824	2	35.0	2	97	0	131	50	0	1	48	1.09
12953--13000	14	3.4	14	75	16	53	37	14	10	37	1.81
16326--16535	109	1.9	109	87	1	305	19	13	18	48	1.81
18102--18153	19	2.8	19	82	8	63	26	34	13	25	1.93
18101--18261	65	2.5	65	84	3	200	30	26	15	27	1.96
24051--24106	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
25560--25598	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
25545--25706	65	2.5	65	85	3	211	30	26	16	27	1.96
25545--25726	64	2.8	64	83	2	213	29	26	17	26	1.97
27903--27965	18	3.3	18	79	16	81	26	30	23	19	1.98
29473--29614	64	2.2	63	80	9	155	28	16	21	33	1.96
31528--31890	130	2.8	131	85	2	505	33	12	16	38	1.86
35281--35327	2	23.5	2	95	0	85	48	0	0	51	1.00
35488--35521	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
37173--37244	22	3.3	22	74	14	67	56	2	26	13	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37543--37663	39	3.1	39	82	7	156	12	9	37	40	1.76
38020--38067	18	2.8	18	87	6	73	29	31	6	33	1.82
38830--38860	16	2.0	16	93	6	55	25	19	6	48	1.72
47651--47698	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
51544--51660	21	5.8	21	74	6	98	20	20	25	33	1.97
51589--51656	19	3.5	19	76	7	82	19	19	23	38	1.93
51568--51660	40	2.3	40	98	0	177	19	19	25	35	1.95
51766--51892	19	6.0	23	75	14	89	36	21	20	22	1.95
51784--51997	21	10.4	20	80	7	186	34	24	20	20	1.96
51767--51860	42	2.2	42	94	0	161	35	21	21	22	1.96
51790--51991	61	3.3	61	81	6	250	34	24	19	21	1.96
51844--51991	40	3.7	38	85	5	143	35	25	18	20	1.96
52012--52079	21	3.2	21	91	0	118	20	20	30	27	1.98
53735--53804	20	3.5	20	68	14	54	35	11	14	38	1.82
53735--53827	40	2.3	40	83	7	109	32	13	15	38	1.86
57757--57822	33	2.0	33	82	5	80	48	4	7	39	1.52
58222--58397	11	16.5	11	67	16	70	48	4	3	43	1.42
57549--58429	2	445.0	2	63	21	148	49	4	4	41	1.45
64516--64589	20	3.7	20	80	3	94	39	18	22	18	1.93
64513--64610	41	2.4	41	96	1	180	40	17	22	19	1.91
64516--64603	20	4.3	20	78	4	86	39	18	23	18	1.92
64594--64671	41	1.9	41	84	5	104	41	21	15	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64639--64691	20	2.7	20	93	0	88	28	28	18	24	1.98
64879--64922	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
65168--65205	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
66526--66570	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
67043--67109	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
67098--67155	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
67082--67160	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
67167--67320	19	8.6	19	74	14	105	13	20	23	42	1.87
67189--67246	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
67172--67262	32	2.8	33	93	3	157	12	18	21	47	1.81
67256--67301	20	2.4	19	92	3	74	15	23	26	34	1.94
69173--69208	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
69315--69391	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
69325--69391	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
69417--69467	20	2.5	20	93	0	84	19	23	23	33	1.97
69834--69869	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
69976--70052	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
69986--70052	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
70078--70128	20	2.5	20	90	0	75	19	21	23	35	1.96
68922--70316	661	2.1	661	99	0	2745	32	12	19	35	1.90
71185--71243	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
73736--73833	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73736--73829	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
73829--73871	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
73857--73890	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
74012--74048	14	2.6	14	86	0	56	45	21	2	29	1.65
75402--75468	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
75402--75524	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
77549--77647	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
77524--77707	20	10.1	19	77	15	174	42	22	22	11	1.86
77706--77742	19	1.9	19	88	0	56	8	10	27	54	1.63
77714--77773	19	3.1	19	82	2	66	11	20	21	46	1.82
78287--78380	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
78369--78464	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
78369--78461	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
84213--84437	44	5.2	42	77	8	195	34	18	19	28	1.95
84247--84437	43	4.5	42	81	5	161	32	17	19	29	1.95
84247--84437	85	2.2	86	81	5	217	32	17	19	29	1.95
85406--85449	22	2.0	22	82	4	54	63	13	6	15	1.49
89032--89244	41	5.2	41	80	5	216	34	21	21	23	1.97
89032--89247	81	2.6	82	80	5	249	34	20	21	23	1.97
100516--100540	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
115534--115658	31	4.0	31	92	2	198	38	22	19	20	1.94
128751--128832	10	7.8	11	77	10	50	47	3	2	46	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128822--128862	21	2.0	21	90	0	64	39	0	0	60	0.96
132278--132318	21	1.9	22	85	14	59	31	14	4	48	1.65
134242--134325	41	2.1	40	82	6	98	35	15	16	32	1.90
134454--134486	17	1.9	17	93	0	57	33	24	15	27	1.95
137106--137365	135	1.9	135	90	0	412	31	14	15	39	1.86
144136--144250	36	3.2	36	87	1	160	30	15	6	46	1.72
144131--144281	72	2.1	70	80	4	167	29	15	8	47	1.75
146196--146265	24	2.9	24	89	0	104	12	10	15	61	1.56
147858--147959	34	2.8	37	88	10	158	43	14	13	28	1.84
147858--147993	37	3.8	35	83	9	159	41	13	13	30	1.84
148127--148156	12	2.6	11	90	10	51	10	0	0	90	0.47
148563--148712	75	2.0	75	81	11	173	25	8	2	63	1.36
156120--156149	11	2.6	11	94	5	51	90	10	0	0	0.47
156118--156149	14	2.4	13	94	5	55	90	9	0	0	0.45
156212--156250	19	2.0	20	90	5	62	79	5	15	0	0.90
157080--157628	106	5.2	106	88	3	799	34	25	17	22	1.96
157061--157628	311	1.8	316	87	3	853	33	25	17	22	1.96
158144--158245	34	2.8	37	85	10	149	42	15	14	27	1.86
158141--158271	37	3.6	37	80	10	153	41	16	12	29	1.85
158899--158951	22	2.3	23	78	18	58	28	5	0	66	1.15
158989--159059	5	14.8	5	80	11	69	18	1	4	76	1.03
159781--159890	30	3.7	29	77	9	107	38	6	0	55	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159836--159891	27	2.1	27	83	6	69	37	10	0	51	1.37
161261--161291	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
169895--169997	54	1.9	54	95	0	188	38	19	11	30	1.87
175058--175087	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
175070--175107	19	2.0	20	89	5	60	50	2	0	47	1.15
175142--175218	22	3.5	21	74	19	68	46	2	0	50	1.15
177822--177889	23	3.0	23	86	0	100	20	23	25	30	1.98
179877--179929	21	2.5	21	80	14	56	28	0	5	66	1.15
179923--179978	2	28.5	2	76	16	55	41	1	1	55	1.21
179898--180062	33	5.0	31	68	20	86	32	5	2	59	1.33

Tables:   1   2