genome.fa.s1674.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001674.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003348_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  384960

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4968--5367	45	8.9	45	74	4	281	37	19	18	25	1.94
7981--8005	6	4.2	6	100	0	50	48	16	16	20	1.82
9550--9587	16	2.4	17	82	8	53	57	5	5	31	1.43
10582--10829	137	1.8	136	87	0	370	35	8	17	37	1.81
12456--12501	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
16554--16600	21	2.3	20	82	10	51	40	0	17	42	1.49
17367--17414	23	2.1	23	100	0	96	31	12	25	31	1.92
24256--24347	23	4.0	23	85	1	114	26	21	21	30	1.99
25870--25988	30	3.9	31	74	17	106	40	6	5	47	1.54
25883--25988	31	3.4	31	78	12	112	41	6	6	45	1.56
25917--25972	15	3.7	15	76	13	53	39	5	3	51	1.42
26471--26515	22	2.0	22	83	8	56	44	0	4	51	1.21
29968--30026	31	1.9	31	83	16	79	32	8	25	33	1.86
38062--38154	31	3.0	31	76	16	93	40	8	11	38	1.73
46474--46506	11	3.1	11	86	4	50	15	0	3	81	0.80
47890--47947	21	2.8	21	91	0	98	34	20	25	18	1.96
53832--53884	21	2.5	21	84	0	79	49	22	13	15	1.79
56784--56960	90	2.0	89	94	1	309	45	6	10	37	1.64
65614--65674	30	2.0	30	87	0	86	50	8	14	26	1.71
68734--69468	265	2.8	261	80	7	769	39	10	17	32	1.83
69407--69595	81	2.4	77	80	16	226	37	5	16	40	1.72
70986--71167	98	1.9	98	84	2	249	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74570--76469	945	2.0	943	89	3	2922	30	16	19	34	1.93
80192--80249	24	2.4	24	94	5	100	51	1	20	25	1.57
84373--84428	15	3.7	15	92	2	85	58	12	21	7	1.57
86401--86443	20	2.2	20	100	0	86	39	25	20	13	1.90
86406--86449	20	2.2	20	91	0	70	47	20	18	13	1.82
88273--88364	38	2.5	38	91	3	143	59	7	32	0	1.25
88937--88967	12	2.6	12	94	0	53	12	6	9	70	1.31
90785--90848	2	32.5	2	90	3	103	46	0	0	53	1.00
90896--91056	85	1.9	85	92	0	268	32	17	21	27	1.96
90896--91118	85	2.6	85	83	5	256	33	17	20	29	1.95
91110--91154	13	3.5	13	90	0	72	31	11	24	33	1.90
92869--92896	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
94744--94781	18	2.1	18	100	0	76	36	5	5	52	1.47
95125--95203	24	3.5	23	72	19	76	31	18	15	34	1.92
95125--95222	44	2.2	44	81	0	115	29	22	16	31	1.96
97613--97658	17	2.8	16	84	12	58	80	4	15	0	0.86
97615--97664	10	5.1	10	81	11	50	82	2	16	0	0.77
97615--97667	25	2.1	25	85	3	70	81	1	16	0	0.79
97615--97670	19	2.9	19	89	7	78	80	1	17	0	0.80
97621--97667	16	2.9	16	84	12	53	80	2	17	0	0.80
97615--97670	9	6.2	9	82	17	64	80	1	17	0	0.80
115545--115726	43	4.2	44	75	9	135	30	24	14	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122310--122374	8	8.5	8	77	14	50	70	3	3	23	1.15
123556--123912	37	9.6	37	70	10	167	38	10	19	30	1.87
123428--123916	74	6.7	73	74	8	293	37	10	19	31	1.87
125634--125685	2	26.0	2	96	0	95	48	0	1	50	1.12
130868--130982	47	2.4	47	98	0	221	24	27	9	38	1.86
133454--133484	16	1.9	16	100	0	62	29	12	12	45	1.80
134336--134396	28	2.2	27	97	2	113	60	9	11	18	1.57
140426--140514	32	2.8	32	82	0	115	34	19	10	35	1.85
144033--144057	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
144465--144699	2	130.0	2	72	24	186	42	0	2	53	1.20
144465--144699	14	16.0	15	77	17	212	42	0	2	53	1.20
144466--144699	27	9.2	26	76	19	194	42	0	2	53	1.20
144465--144699	7	32.5	8	77	19	186	42	0	2	53	1.20
148948--149131	54	3.4	54	89	0	278	38	17	15	28	1.91
158735--159032	2	156.0	2	87	10	446	46	0	0	52	1.08
161191--162502	654	2.0	653	95	0	2351	26	14	17	41	1.88
162659--162851	100	2.0	95	91	5	314	31	10	16	41	1.82
167764--167801	14	2.7	14	95	0	67	36	26	26	10	1.89
172386--172429	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
172449--172614	85	2.0	85	82	7	203	31	19	16	31	1.94
172594--172642	13	3.8	13	78	10	55	34	16	18	30	1.93
172586--172653	26	2.6	26	81	9	93	36	17	17	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174247--174287	17	2.4	17	87	0	64	43	14	4	36	1.67
176450--176742	41	7.1	41	84	3	349	31	11	20	36	1.88
181078--181122	23	2.0	23	95	0	81	13	22	15	48	1.79
181079--181128	23	2.2	23	88	0	73	12	24	16	48	1.79
191594--191872	41	6.8	41	84	0	308	27	20	17	34	1.95
191594--191872	123	2.3	122	83	6	339	27	20	17	34	1.95
191846--191897	25	2.1	25	96	0	95	19	23	25	32	1.97
191810--191938	66	2.0	66	88	0	195	24	16	20	38	1.92
197852--197942	31	3.1	30	81	10	98	36	7	10	45	1.68
197847--197942	28	3.3	28	80	8	111	37	7	11	43	1.69
199338--199392	21	2.6	21	79	0	74	23	20	27	29	1.99
203727--203779	18	2.9	18	77	5	63	62	1	0	35	1.06
204402--204473	31	2.4	31	85	2	92	31	20	13	33	1.92
209298--209358	20	2.9	21	85	7	70	19	26	32	21	1.97
216186--216346	65	2.9	51	72	19	144	32	14	11	40	1.83
216113--216346	115	2.0	115	95	0	423	34	13	11	40	1.81
217878--217964	14	6.2	14	67	15	54	18	13	5	62	1.51
218883--218922	18	2.1	20	90	9	66	20	0	0	80	0.72
218890--218922	13	2.5	13	95	0	57	18	0	0	81	0.68
220318--220343	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
222354--223287	474	2.0	472	92	1	1575	35	15	16	31	1.91
224754--225424	139	4.8	139	86	1	862	36	17	19	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226920--226967	21	2.3	21	85	0	60	33	33	4	29	1.77
227153--227179	14	1.9	14	100	0	54	29	14	3	51	1.60
229133--229175	3	14.0	3	95	4	77	32	2	0	65	1.06
230364--230429	30	2.2	30	86	2	89	21	7	9	62	1.50
230646--230684	16	2.4	17	78	8	53	30	5	5	58	1.41
231574--231611	19	2.0	20	89	5	60	7	13	2	76	1.11
233492--233538	19	2.5	19	82	0	58	82	4	10	2	0.88
233495--233538	13	3.3	12	80	20	52	84	4	9	2	0.85
234614--234699	31	2.7	32	87	3	120	27	15	25	31	1.95
235062--235148	45	1.9	46	88	6	133	39	20	12	27	1.89
235064--235144	22	3.7	22	69	19	62	38	20	13	27	1.90
234945--235359	201	2.1	202	91	1	690	37	22	13	26	1.91
235308--235702	115	3.3	119	83	6	462	35	23	15	25	1.94
235904--236228	85	3.8	83	79	8	341	33	20	17	27	1.96
235910--236228	168	1.9	169	81	5	385	33	20	17	27	1.96
237730--237792	29	2.1	30	88	2	92	23	7	6	61	1.46
237861--237888	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
239407--239444	11	3.4	11	92	3	58	71	0	0	28	0.87
239407--239444	4	10.0	4	83	11	53	71	0	0	28	0.87
249295--249350	20	2.8	20	97	0	103	30	35	16	17	1.92
249317--249522	65	3.2	64	80	13	192	31	24	18	25	1.98
249494--249542	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249363--249542	65	2.8	63	79	13	188	29	25	19	26	1.98
250635--250693	30	1.9	31	89	3	93	47	5	1	45	1.34
250800--250900	35	2.8	34	77	18	98	47	7	3	40	1.51
250875--250944	37	1.9	36	91	2	113	47	7	1	44	1.39
255423--255601	90	2.0	88	90	2	277	36	10	6	46	1.65
269345--269370	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
271168--271391	124	1.8	124	89	1	351	23	19	22	35	1.96
271524--271634	50	2.2	50	87	3	152	40	16	13	29	1.86
271619--271724	50	2.1	50	82	5	135	34	17	22	24	1.96
271741--272043	45	6.7	45	74	5	200	39	17	15	27	1.90

Tables:   1   2