genome.fa.s1681.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001681.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003359_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  140752

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986--1089	35	2.9	35	83	7	129	43	14	19	23	1.87
1243--1327	37	2.3	37	83	2	109	44	12	17	24	1.84
1229--1451	101	2.2	103	89	2	335	37	12	17	32	1.88
1362--1539	87	2.1	87	94	1	313	35	12	19	32	1.89
1789--2106	105	3.0	106	85	3	385	23	19	23	33	1.97
2697--2777	30	2.6	31	82	3	92	43	19	8	28	1.81
3693--3830	69	2.0	69	94	0	240	26	13	21	39	1.90
5166--5215	25	2.0	24	84	11	64	50	8	20	22	1.74
7050--7167	22	5.4	22	71	16	77	73	0	4	21	1.05
7087--7166	13	5.9	14	69	15	53	72	1	1	25	0.99
7100--7173	4	17.8	4	76	13	60	72	1	0	25	0.92
7063--7132	28	2.5	28	81	6	79	78	1	4	15	0.98
7063--7173	24	4.9	23	76	12	81	75	0	2	20	0.98
7112--7222	36	3.0	39	79	12	135	65	0	1	31	1.09
7120--7263	31	4.5	31	69	24	93	66	2	2	29	1.14
7116--7245	36	3.8	36	73	17	123	66	1	1	30	1.10
7202--7282	24	3.2	25	79	10	85	69	3	2	24	1.17
7201--7263	25	2.5	24	82	10	72	68	3	1	26	1.14
7230--7302	24	3.4	21	77	17	55	71	4	4	20	1.20
7202--7258	26	2.2	26	84	6	71	68	3	1	26	1.15
7230--7297	23	2.9	23	76	24	63	69	4	4	22	1.25
7745--7903	57	2.8	57	91	1	248	29	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7968--8008	21	2.0	20	90	4	64	24	14	24	36	1.93
8079--8129	20	2.5	20	90	6	77	23	17	15	43	1.88
8630--8760	30	4.4	29	83	10	151	58	11	13	16	1.63
8633--8760	59	2.2	58	84	6	168	59	11	14	14	1.62
10491--10979	131	3.7	129	83	5	538	25	17	30	26	1.97
10491--10979	262	1.9	262	82	5	619	25	17	30	26	1.97
13857--13881	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18392--18506	60	1.9	59	84	5	151	58	10	14	16	1.63
18409--18506	30	3.3	30	87	4	119	58	9	15	17	1.62
26493--26563	32	2.2	32	87	0	97	30	11	23	33	1.90
36199--36228	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
36317--36368	14	3.8	13	80	7	52	67	3	1	26	1.18
37578--37656	3	26.0	3	81	2	95	63	1	0	35	1.03
45333--45375	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
45733--45833	37	2.7	37	85	0	121	30	14	11	42	1.82
46380--46905	105	5.0	105	88	3	749	21	17	26	34	1.96
47105--47180	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
47080--47398	105	3.1	104	92	2	518	36	12	20	30	1.89
47301--47375	39	1.9	39	86	5	107	38	13	21	26	1.90
47515--47628	36	3.2	36	71	0	102	43	14	16	25	1.85
47469--47644	72	2.4	74	83	5	205	42	13	18	26	1.87
48785--49138	183	1.9	183	97	0	672	30	21	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53314--53353	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
53856--53898	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
53778--53906	58	2.2	54	79	15	150	62	2	3	32	1.24
55676--55718	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
55271--55746	182	2.6	181	88	4	697	42	14	17	26	1.87
57937--57980	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
58014--58079	33	2.0	33	87	0	96	27	0	48	24	1.51
59280--59304	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
59884--59932	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
60051--61018	198	4.9	198	97	0	1796	36	15	17	30	1.91
62482--62564	12	6.9	12	90	0	85	36	6	33	24	1.80
62479--62564	18	4.8	18	86	0	73	37	5	33	23	1.79
62494--62568	3	25.0	3	86	0	105	36	4	33	26	1.75
63760--63793	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
63857--63929	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
64378--64414	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
64370--64416	24	2.0	24	86	0	67	36	4	12	46	1.62
64684--64770	39	2.2	39	93	4	149	48	19	13	18	1.81
65187--65259	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
65616--65688	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
66046--66118	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
64987--66368	430	3.2	430	97	0	2594	41	7	12	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71717--71778	30	2.1	30	93	0	106	54	12	6	25	1.62
72804--72838	14	2.5	14	85	0	52	42	0	2	54	1.15
90685--90760	21	3.7	20	75	10	73	25	23	17	34	1.96
90799--90884	21	4.2	20	72	12	68	37	23	17	22	1.94
90810--90884	21	3.7	20	73	10	71	38	24	17	20	1.93
90799--90884	41	2.1	41	88	0	127	37	23	17	22	1.94
91357--91415	20	3.0	20	84	0	64	16	18	20	44	1.87
91552--91606	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
92736--92783	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
93319--93385	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
93358--93449	33	2.8	33	93	0	157	46	21	18	13	1.82
93319--93454	19	7.6	19	70	17	67	42	22	20	13	1.88
93468--93524	14	3.7	14	72	20	51	12	15	21	50	1.76
93461--93540	33	2.4	33	95	0	142	12	18	21	47	1.81
93480--93540	19	3.5	19	74	21	78	14	19	19	45	1.85
93525--93579	20	2.8	20	88	2	85	16	27	23	32	1.96
93954--94022	21	3.3	20	74	6	66	24	40	15	18	1.90
93944--94034	41	2.2	42	88	2	139	21	41	15	20	1.89
95442--95480	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
96265--96351	20	4.3	20	77	8	95	20	18	26	34	1.96
96389--96441	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
98055--98212	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98180--98373	20	9.6	20	76	8	85	36	25	19	19	1.95
98180--98373	40	4.8	39	80	3	172	36	25	19	19	1.95
98199--98372	60	2.9	60	84	0	240	35	26	18	19	1.95
98758--98842	33	2.5	33	80	1	89	11	25	18	43	1.84
98941--99011	33	2.2	33	89	0	106	47	16	22	12	1.80
100726--100761	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
100860--100950	19	5.0	19	80	15	120	45	16	23	15	1.85
100957--101181	33	6.5	33	78	13	179	14	21	18	46	1.84
100979--101181	19	11.4	19	79	16	238	13	21	18	46	1.83
100957--101119	52	3.0	54	80	13	183	14	22	16	46	1.84
100979--101153	52	3.2	52	93	4	278	14	22	16	46	1.83
103289--103313	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
103488--103534	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
104227--104597	20	18.5	20	85	5	455	20	18	25	35	1.96
107393--107422	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
107407--107550	38	3.7	38	82	11	166	49	4	4	42	1.41
107319--107500	89	2.0	88	80	12	201	47	2	4	45	1.39
107407--107558	77	1.9	81	85	7	215	48	4	3	42	1.42
107680--107738	9	6.2	10	77	18	56	32	0	1	66	1.02
107699--107738	3	13.0	3	94	5	71	32	0	0	67	0.91
107696--107753	22	2.6	23	91	5	93	27	1	0	70	0.97
107702--107753	19	2.7	20	91	5	81	26	1	0	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109214--109253	11	3.9	11	78	18	50	22	0	0	77	0.77
109209--109245	19	1.9	19	100	0	74	24	0	0	75	0.80
112956--113151	95	2.1	94	86	3	277	33	17	16	31	1.93
114323--115313	84	11.9	83	77	7	721	30	24	20	25	1.99
114287--115313	169	6.2	162	84	5	970	30	24	20	25	1.99
116021--116073	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
115949--116150	110	1.8	109	82	8	257	45	2	6	45	1.44
116060--116199	38	3.6	38	83	11	160	46	4	5	43	1.47
116164--116324	75	2.1	76	95	1	288	52	3	4	39	1.39
116275--116366	31	2.8	32	82	8	107	48	2	5	43	1.38

Tables:   1   2