genome.fa.s1785.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001785.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003604_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  274370

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25634--25687	21	2.6	19	83	16	72	24	24	16	35	1.95
27027--27081	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
29009--29049	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
29327--29361	18	2.0	18	88	5	54	14	42	25	17	1.86
30845--30882	5	7.6	5	82	11	51	18	0	2	78	0.86
31078--31118	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
34094--34154	20	3.0	20	95	0	104	26	21	16	36	1.94
34751--34836	14	5.7	14	74	16	66	76	6	15	1	1.05
34759--34835	11	6.6	12	76	20	58	76	6	15	1	1.05
34799--34836	13	2.8	14	92	4	60	86	2	10	0	0.66
35686--35742	23	2.4	23	77	8	62	36	10	5	47	1.61
36369--36685	36	8.9	36	71	15	144	31	17	13	37	1.88
36374--36510	71	1.9	71	82	5	168	29	17	15	37	1.90
36574--36683	36	3.1	36	85	1	159	32	18	12	36	1.88
36700--36761	30	2.0	30	81	6	70	29	17	16	37	1.92
36721--36779	31	1.9	31	93	3	102	28	13	13	44	1.82
36839--37024	64	2.9	64	83	3	230	31	9	16	42	1.80
37140--37194	29	2.0	27	82	7	65	30	10	10	47	1.73
37470--37530	31	1.9	31	83	9	79	32	13	11	42	1.79
37589--37708	64	1.9	64	81	6	145	27	13	15	43	1.84
37813--37919	36	2.9	37	78	10	110	35	14	12	38	1.83
38069--38149	28	2.8	28	83	12	92	27	14	13	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38086--38149	28	2.3	28	91	5	103	25	10	15	48	1.77
38102--38165	28	2.3	28	86	0	92	28	17	15	39	1.90
38225--38423	43	4.5	42	68	20	129	23	33	19	23	1.97
38318--38393	40	1.9	39	84	7	100	21	38	17	23	1.93
38174--38450	134	2.1	134	90	1	439	25	31	18	23	1.98
44498--44559	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
44500--44585	21	4.1	20	74	14	66	22	34	26	16	1.95
59177--59240	28	2.3	28	100	0	128	31	25	3	40	1.71
59777--59823	23	2.0	24	91	4	78	27	19	12	40	1.88
64107--64151	18	2.5	18	92	0	72	22	13	26	37	1.91
75778--75881	23	4.4	24	81	4	140	19	22	25	32	1.97
78721--78760	21	1.9	21	100	0	80	30	20	20	30	1.97
79537--79581	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
83386--83426	13	3.2	13	96	0	73	14	12	41	31	1.83
84181--84281	23	4.3	24	83	5	125	20	21	23	33	1.97
84189--84284	47	2.0	47	86	4	131	20	19	26	33	1.97
85361--85414	24	2.5	22	85	11	67	68	3	3	24	1.22
90586--90624	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
94912--94971	31	1.9	31	100	0	120	26	23	13	36	1.92
94997--95039	19	2.2	20	87	4	61	20	18	18	41	1.90
95093--95187	27	3.5	27	92	0	154	45	29	3	22	1.68
95649--95688	21	1.9	21	89	0	62	17	15	12	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97092--97234	42	3.4	42	90	1	198	25	37	15	20	1.92
97167--97234	21	3.2	21	63	29	54	27	38	16	17	1.91
97334--97373	21	1.9	21	94	0	71	17	15	35	32	1.91
97612--97653	4	10.5	4	84	0	57	28	0	2	69	1.01
97787--97831	21	2.1	21	92	8	74	22	26	15	35	1.94
97858--97918	21	2.9	21	85	4	61	18	40	16	24	1.90
99417--99524	20	5.4	20	82	0	117	51	18	10	19	1.74
99423--99524	40	2.5	40	82	0	132	52	18	9	18	1.72
99530--99587	20	2.9	20	84	0	71	22	12	22	43	1.86
102149--102202	24	2.2	24	87	6	74	38	18	18	24	1.93
102327--102360	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
103126--103475	20	17.5	20	71	16	160	32	12	24	30	1.92
103126--103480	60	5.9	59	73	10	240	32	12	24	31	1.92
103158--103475	121	2.6	121	80	8	310	31	12	24	31	1.93
103145--103421	100	2.8	99	79	10	262	33	11	23	31	1.90
103443--103498	20	2.8	20	81	10	71	17	12	32	37	1.88
103661--103688	13	2.2	13	100	0	56	42	28	0	28	1.56
110107--110147	21	2.0	21	85	9	57	43	0	0	56	0.99
120685--120717	12	2.8	12	82	17	50	0	12	3	84	0.72
121449--121485	14	2.6	14	95	0	65	37	16	21	24	1.93
123931--124002	20	3.7	19	76	10	56	33	16	11	38	1.84
129758--129797	19	2.1	19	86	9	55	52	17	7	22	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131582--131632	18	2.8	18	79	8	59	23	0	21	54	1.44
131909--131937	13	2.2	13	100	0	58	62	6	6	24	1.45
150829--150864	18	2.0	18	88	0	54	41	11	36	11	1.76
156770--156835	27	2.4	27	82	0	78	31	19	28	19	1.97
161420--161468	19	2.6	19	93	0	71	38	12	14	34	1.83
165262--165294	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
166949--166991	21	2.0	21	86	8	61	44	2	9	44	1.49
169733--169852	3	40.0	3	91	0	195	35	1	0	62	1.11
171274--171320	14	3.4	14	75	19	53	38	2	2	57	1.23
182660--182711	7	7.0	7	86	8	50	86	0	13	0	0.57
182658--182710	11	4.4	12	81	13	56	88	0	11	0	0.51
182658--182693	1	36.0	1	94	0	54	94	0	5	0	0.31
182658--182710	9	5.4	10	86	8	65	88	0	11	0	0.51
184070--184666	83	7.2	83	91	0	899	28	12	21	37	1.90
185455--186021	113	5.0	113	82	4	620	37	14	19	28	1.91
185490--186018	230	2.3	229	91	3	851	37	13	19	28	1.91
186346--186444	3	33.0	3	89	0	153	35	2	1	61	1.14
187800--187850	16	3.2	16	80	0	57	29	1	1	66	1.13
187863--187909	14	3.4	14	75	19	53	40	2	0	57	1.11
192148--192205	29	2.0	29	96	0	107	29	17	13	39	1.88
194600--194637	16	2.3	17	86	13	53	44	5	15	34	1.69
194879--194955	21	3.6	22	75	18	72	31	16	27	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196623--196694	32	2.2	32	95	0	126	58	2	18	20	1.51
201589--201646	29	2.0	28	93	3	98	50	15	12	22	1.77
206202--206261	29	2.1	28	93	3	102	48	8	13	30	1.71
206807--206835	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
207182--207238	20	2.7	22	76	15	59	56	3	1	38	1.27
209834--209900	24	2.8	25	77	20	81	10	2	35	50	1.52
209934--209966	16	1.9	18	88	11	52	63	0	6	30	1.18
210548--210774	54	4.3	54	80	8	250	24	24	22	28	2.00
219901--219933	15	2.2	15	94	0	57	6	15	69	9	1.34
221605--221677	36	2.0	36	94	0	128	41	9	19	30	1.83
223431--223513	24	3.5	24	75	9	80	18	15	16	49	1.80
223468--223515	12	4.0	12	84	10	62	14	14	16	54	1.72
223445--223515	24	3.0	24	85	4	81	18	14	16	50	1.78
226287--226359	36	2.0	36	94	0	128	41	9	19	30	1.83
228133--228225	12	7.8	12	73	13	75	17	15	18	49	1.80
228119--228227	24	4.5	25	77	12	120	17	15	17	49	1.80
228119--228227	48	2.3	48	88	3	157	17	15	17	49	1.80
234122--234234	1	113.0	1	69	0	73	5	9	0	84	0.75
234122--234235	13	9.4	12	80	15	94	5	10	0	84	0.77
234125--234218	27	3.9	25	77	21	85	4	11	0	84	0.77
234127--234216	20	4.5	21	84	6	109	4	11	0	84	0.76
234122--234234	33	3.4	33	82	12	115	5	9	0	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234153--234233	19	4.3	20	84	13	109	7	6	0	86	0.71
234160--234234	8	9.5	8	84	8	84	8	5	0	86	0.70
234373--234510	68	2.0	69	85	1	188	41	18	12	28	1.86
239361--239417	23	2.6	21	82	15	71	70	0	0	29	0.88
239361--239415	20	2.7	22	86	13	75	69	0	0	30	0.89
239380--239422	20	2.2	20	87	8	61	69	0	0	30	0.88
239943--240828	106	8.4	105	92	1	1346	23	18	24	32	1.97
246053--246109	23	2.6	21	82	15	71	70	0	0	29	0.88
246053--246107	20	2.7	22	86	13	75	69	0	0	30	0.89
246072--246114	20	2.2	20	87	8	61	69	0	0	30	0.88

Tables:   1   2