genome.fa.s1868.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001868.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358561

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6354--6392	17	2.2	17	86	4	51	35	10	25	28	1.89
6743--7342	259	2.4	254	86	8	822	41	19	12	27	1.87
15325--15354	16	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
21860--21939	30	2.6	31	79	13	87	41	10	13	35	1.78
23515--23543	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
32411--32440	10	2.9	10	95	5	51	43	0	0	56	0.99
43684--43724	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
54763--54819	30	1.9	29	82	10	71	59	1	3	35	1.25
58829--59132	149	2.0	149	98	0	590	35	20	16	27	1.94
59221--59279	30	2.0	30	93	0	100	32	23	5	38	1.77
59301--59372	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
59673--59710	20	1.9	20	88	0	58	10	28	34	26	1.90
59674--59822	65	2.3	66	90	3	230	16	25	28	28	1.97
65885--66188	149	2.0	149	98	0	590	35	20	16	27	1.94
66277--66335	30	2.0	30	93	0	100	32	23	5	38	1.77
66357--66428	29	2.5	29	93	0	117	38	12	9	38	1.76
66728--66765	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
66797--66837	20	2.0	20	85	0	55	12	34	29	24	1.91
66729--66879	67	2.3	67	90	1	232	17	27	27	27	1.97
70855--70901	18	2.6	18	96	0	85	31	6	14	46	1.70
72454--72492	20	2.0	19	90	5	60	56	2	5	35	1.35
73111--73166	24	2.3	24	100	0	112	28	17	16	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73391--73456	30	2.2	30	83	0	78	10	28	24	36	1.89
75140--75171	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
77205--77232	12	2.3	12	100	0	56	60	17	14	7	1.55
77220--77303	22	3.9	23	71	17	65	34	14	15	35	1.88
77226--77303	40	2.0	40	94	2	140	35	12	14	37	1.84
78169--78520	43	8.2	42	78	8	257	34	21	20	23	1.96
78169--78520	86	4.1	85	78	8	304	34	21	20	23	1.96
78166--78520	128	2.8	125	79	8	340	35	21	20	23	1.96
79546--79585	21	1.9	21	100	0	80	50	0	20	30	1.49
81369--81477	42	2.6	42	89	4	168	32	18	23	25	1.97
81410--81546	69	2.0	69	97	0	256	33	17	23	25	1.96
81479--81671	41	4.7	42	81	3	214	34	19	17	28	1.94
82893--82921	12	2.3	13	94	5	51	13	3	0	82	0.79
85598--85664	32	2.1	32	91	0	107	29	11	32	25	1.92
91610--91672	22	2.9	22	95	0	108	46	4	4	44	1.45
92078--92111	18	1.9	18	88	5	52	50	5	2	41	1.42
92258--92290	11	3.2	11	91	8	52	48	0	0	51	1.00
92399--92441	23	2.0	21	86	9	59	46	2	11	39	1.53
110432--110478	3	15.0	3	86	8	58	27	0	0	72	0.85
110424--110478	19	2.9	19	82	12	69	27	0	0	72	0.85
110432--110478	16	3.0	16	93	3	78	27	0	0	72	0.85
117531--117596	20	3.2	20	69	12	53	22	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117579--117896	90	3.5	90	93	0	512	33	22	20	23	1.97
117914--118200	43	6.5	43	76	14	264	30	26	11	31	1.92
117948--118052	54	1.9	55	88	5	160	31	24	12	31	1.92
118202--118807	240	2.5	240	94	0	1045	26	21	16	34	1.95
118607--118659	17	3.1	17	70	20	56	24	18	11	45	1.82
118611--118666	16	3.4	16	68	18	51	19	23	8	48	1.77
118729--118989	91	2.9	91	93	0	441	24	22	14	38	1.92
119257--119526	77	3.6	72	77	11	236	38	14	18	29	1.90
119497--119554	28	2.0	29	90	9	93	39	15	12	32	1.84
119503--119555	15	3.7	14	75	12	54	35	15	15	33	1.88
119473--119656	66	2.8	66	79	7	187	40	15	16	27	1.89
119600--119668	36	1.9	36	100	0	138	44	14	17	23	1.85
119659--120153	40	12.4	40	90	1	778	41	11	15	31	1.83
120247--120363	34	3.4	34	92	0	189	34	10	21	34	1.87
120487--120668	33	5.6	32	87	5	222	32	19	14	32	1.93
120487--120670	66	2.8	66	86	6	266	32	20	14	33	1.93
120506--120670	33	5.0	33	87	10	239	31	20	14	33	1.93
121653--121728	12	5.6	14	78	10	70	1	15	5	77	1.01
121667--121733	28	2.5	28	83	13	79	1	16	5	76	1.06
121653--121740	21	4.2	21	73	22	78	1	15	5	77	1.02
121652--121739	41	2.2	40	82	13	108	1	17	5	76	1.04
135092--135147	22	2.5	22	78	21	64	41	1	7	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145630--145685	29	1.9	29	81	0	67	39	19	7	33	1.79
145815--145908	34	2.7	34	86	4	118	40	25	1	32	1.63
146390--146680	148	2.0	146	93	2	494	47	8	6	36	1.62
146844--146937	35	2.7	35	82	9	102	30	2	25	41	1.67
164248--164281	18	1.9	18	88	5	52	26	32	26	14	1.95
170074--170136	31	2.1	31	85	5	85	34	3	3	58	1.30
170422--170508	25	3.3	25	77	18	72	42	5	1	50	1.33
170422--170511	27	3.4	27	76	17	75	42	5	1	51	1.32
170436--170550	27	4.3	27	73	15	89	40	6	1	51	1.37
170674--170733	25	2.8	20	73	26	59	56	1	0	41	1.09
170681--170753	25	2.8	25	93	4	119	60	0	0	39	0.97
170704--170800	25	3.7	25	76	15	81	57	0	2	40	1.10
170758--170813	25	2.2	24	79	14	60	57	0	1	41	1.09
175144--175168	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
180452--180656	68	3.0	68	100	0	410	42	2	19	35	1.66
187824--188042	104	2.1	103	94	0	384	26	12	23	37	1.90
188049--188126	23	3.3	23	80	1	84	25	20	21	32	1.98
189788--189848	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
190006--190059	15	3.6	15	79	13	58	33	5	20	40	1.76
190135--190257	23	5.3	23	79	8	108	15	22	24	37	1.93
190201--190285	23	3.7	24	80	12	90	17	22	24	35	1.95
191428--191470	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193457--193541	23	3.7	23	87	0	125	28	2	14	55	1.51
194792--194860	23	3.0	23	91	0	111	26	26	28	18	1.98
194876--195088	103	2.1	103	95	0	381	35	23	14	26	1.93
198085--198148	23	2.8	23	92	0	101	42	6	21	29	1.78
198572--198619	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
199075--199412	162	2.1	164	91	4	551	28	16	11	43	1.83
199360--199821	112	4.1	112	92	0	721	26	14	13	45	1.81
202458--202539	43	1.9	43	92	0	137	26	13	20	39	1.90
202845--203402	266	2.1	255	84	8	714	39	20	13	27	1.89
205549--205589	3	13.7	3	89	0	64	34	4	0	60	1.18
205661--205705	19	2.4	19	92	0	72	28	40	17	13	1.88
205671--205714	19	2.4	18	85	7	54	27	43	20	9	1.82
207794--207950	20	7.8	20	73	6	93	38	25	17	19	1.93
207794--207950	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	19	1.93
207937--208110	20	8.6	20	79	5	109	34	24	20	20	1.96
207917--208111	40	4.9	39	79	3	174	35	24	20	20	1.95
207937--208108	60	2.8	60	85	0	245	34	24	19	20	1.96
208493--208563	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
208645--208746	19	5.5	19	74	15	88	44	20	23	11	1.84
208701--208762	14	4.1	14	73	18	52	45	22	22	9	1.81
208655--208773	33	3.4	33	86	6	148	44	22	21	10	1.83
208791--208880	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208774--208888	33	3.5	33	96	0	212	9	22	20	46	1.79
208769--208866	19	5.7	19	69	22	81	10	22	22	44	1.82
210584--211052	93	5.1	93	99	0	913	21	12	18	46	1.83
211100--211227	19	7.3	19	72	19	98	45	28	17	8	1.78
211116--211227	19	6.5	18	72	20	105	46	28	17	7	1.75
211134--211227	33	2.9	32	92	4	152	45	28	18	7	1.76
211223--211341	19	6.8	19	76	18	123	10	20	21	47	1.81
211245--211301	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
211228--211320	33	2.8	33	96	0	168	11	20	20	47	1.81
211292--211357	19	3.4	19	83	6	80	12	16	25	45	1.82

Tables:   1   2