genome.fa.s1868.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001868.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003783_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358561

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 238 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213278--213313	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
213420--213521	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
213550--213940	19	22.4	19	78	17	440	13	21	18	46	1.84
213550--213940	33	11.2	36	82	14	388	13	21	18	46	1.84
213528--213940	52	7.9	55	88	8	376	13	21	18	45	1.84
216219--216243	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
216418--216464	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
217147--217356	20	10.5	20	84	2	206	20	17	24	37	1.94
217206--217477	60	4.5	57	76	9	161	20	18	26	35	1.95
217323--217420	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
217323--217479	41	3.9	41	70	14	110	18	17	25	38	1.93
217712--217754	23	1.9	22	90	4	68	72	6	0	20	1.08
226004--226038	17	2.1	17	94	0	61	20	34	22	22	1.97
226037--226089	27	2.0	27	96	0	97	24	20	24	30	1.99
226315--226349	17	2.1	17	100	0	70	22	20	34	22	1.97
226339--226413	29	2.5	30	86	4	125	13	29	37	20	1.90
234417--234465	22	2.2	22	85	0	62	51	0	0	48	1.00
234608--234646	20	2.0	20	90	5	62	58	0	0	41	0.98
236425--236464	15	2.7	15	80	0	53	12	22	7	57	1.60
238477--238545	10	7.1	10	77	12	81	18	23	28	28	1.98
238477--238547	19	3.7	19	90	5	99	18	25	28	28	1.98
238544--238603	17	3.0	21	76	23	74	18	46	23	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238542--238591	17	2.9	17	96	0	91	18	46	22	14	1.84
238593--238622	7	4.4	7	91	8	53	16	30	30	23	1.96
238593--238618	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
240077--240260	95	1.9	95	96	0	341	34	15	23	26	1.94
243457--243490	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
247507--247553	25	2.0	22	84	12	58	29	6	31	31	1.83
247479--247567	19	4.3	20	75	17	92	37	5	26	30	1.80
247931--247981	21	2.4	21	90	0	84	33	21	19	25	1.97
248007--248097	20	4.6	20	90	0	137	27	18	26	27	1.98
264041--264091	20	2.5	21	81	9	70	41	0	0	58	0.98
269927--270035	31	3.5	31	85	0	137	21	17	18	43	1.89
269927--270049	62	2.0	62	82	3	149	22	17	18	41	1.90
269937--270049	31	3.6	31	82	4	86	22	17	20	39	1.92
271597--271939	172	2.0	171	87	1	490	38	32	11	18	1.86
273996--274344	20	17.5	20	84	4	418	34	26	18	20	1.95
275026--275072	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
277552--277856	19	17.4	19	79	17	358	46	18	20	14	1.83
277605--277682	14	4.8	15	71	22	52	43	19	24	12	1.86
277580--277856	51	5.2	52	91	6	370	46	17	21	14	1.83
277552--277894	141	2.5	137	90	6	514	45	18	20	14	1.85
277619--277878	52	4.9	51	88	8	243	46	17	21	15	1.84
277885--277986	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278093--278129	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
280103--280159	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
280084--280176	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
280047--280181	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
280177--280220	20	2.3	19	88	4	61	11	13	29	45	1.79
280264--280921	93	7.1	93	99	0	1300	46	18	12	22	1.83
282623--282712	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
282615--282729	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
282622--282734	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
282746--282800	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
282730--282800	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
282741--282822	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
282753--282841	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
282921--282991	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
283171--283225	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
283371--283563	20	9.6	20	80	5	210	19	19	25	35	1.96
283371--283563	60	3.2	60	81	0	242	19	19	25	35	1.96
283619--283671	20	2.7	20	96	0	97	22	13	26	37	1.91
283874--283915	21	1.9	22	85	9	59	42	2	14	40	1.58
287879--287937	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
287962--288004	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
287988--288039	18	3.1	18	68	21	58	55	11	0	32	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287964--288012	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
287966--288348	80	4.8	78	75	14	320	51	13	0	34	1.44
288018--288091	26	3.2	22	73	16	60	54	16	0	29	1.43
287952--288249	133	2.2	134	96	0	553	51	13	0	34	1.44
288064--288170	32	3.7	32	75	24	137	51	14	0	34	1.42
288095--288137	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
288097--288145	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
288047--288302	54	4.7	54	75	9	277	50	14	0	34	1.46
288148--288218	26	3.0	23	73	15	72	49	18	1	30	1.56
288197--288281	32	2.7	32	94	0	152	51	11	1	35	1.46
287967--288348	108	3.6	108	75	14	355	51	13	0	35	1.44
288220--288272	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
288261--288325	22	3.0	22	90	6	105	46	15	0	38	1.46
288328--288419	15	6.5	15	81	10	113	51	1	0	47	1.07
288328--288441	30	4.0	30	81	9	125	50	2	0	47	1.15
288327--288405	41	1.9	40	89	5	122	50	1	0	48	1.08
288400--288454	26	2.0	28	86	6	78	45	7	0	47	1.30
288883--288925	22	2.0	22	85	0	59	39	9	9	41	1.69
289269--289349	40	2.0	40	87	0	117	32	7	17	43	1.77
289441--289478	19	2.1	19	90	5	60	34	2	0	63	1.09
293547--293742	75	2.6	75	83	4	229	21	23	32	22	1.98
294352--294395	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294347--294397	9	6.2	8	78	17	52	58	27	0	13	1.36
296361--296421	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
302167--302363	75	2.6	76	84	3	254	20	24	31	23	1.98
302242--302283	21	2.0	22	95	4	77	14	26	33	26	1.94
303266--303302	14	2.6	15	87	8	51	56	2	2	37	1.28
303301--303338	14	2.6	15	83	4	51	36	0	0	63	0.95
303906--304048	60	2.4	60	82	5	157	33	23	4	37	1.76
304187--304323	60	2.3	60	80	9	163	40	5	20	33	1.76
304223--304340	60	2.0	60	83	6	150	42	5	18	33	1.75
305568--305607	21	1.9	21	100	0	80	27	20	15	37	1.92
310981--311058	23	3.3	23	83	1	93	34	23	17	24	1.96
311065--311282	103	2.1	103	96	0	400	37	23	13	25	1.92
316555--316605	26	2.0	26	96	0	93	43	19	27	9	1.82
317700--317737	17	2.2	17	95	0	67	31	10	28	28	1.90
318077--318102	13	2.0	13	100	0	52	23	7	30	38	1.83
319236--319269	16	2.2	16	89	5	52	26	5	0	67	1.13
320895--320932	18	2.0	20	85	10	53	23	7	7	60	1.51
324634--324708	2	37.5	2	100	0	150	50	0	0	49	1.00
329620--329653	15	2.3	15	89	0	50	70	2	26	0	1.01
333641--333679	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
336571--336672	23	4.8	21	67	17	57	37	23	15	23	1.93
336575--336719	21	6.8	21	70	14	100	37	24	17	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336575--336713	42	3.3	42	91	2	224	37	24	17	20	1.94
336707--336754	20	2.4	20	100	0	96	39	16	18	25	1.91
337178--337216	14	2.7	15	81	18	55	10	0	12	76	1.01
345430--345454	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
346374--346448	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
346375--346462	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
346679--346765	29	3.0	29	84	0	120	14	29	39	16	1.88
355955--355985	15	2.1	15	93	0	53	80	6	9	3	0.99

Tables:   1   2

The End!