genome.fa.s1891.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001891.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003836_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  178718

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 95 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4112--4185	31	2.4	31	81	2	78	35	22	17	24	1.95
4476--4510	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
9678--9837	64	2.5	63	79	9	164	22	20	22	34	1.97
12916--12967	23	2.3	22	83	6	68	17	40	21	21	1.91
22983--23015	16	2.1	16	88	11	50	72	0	0	27	0.85
28342--28423	16	5.1	16	74	14	87	32	18	13	35	1.90
28321--28428	49	2.2	49	96	0	198	34	17	13	34	1.90
31984--32438	182	2.5	182	91	0	730	28	15	11	44	1.82
32310--32995	111	6.1	112	90	2	952	26	14	12	46	1.80
32310--32995	336	2.0	334	87	3	966	26	14	12	46	1.80
38634--38718	43	2.0	43	95	0	152	35	8	24	31	1.85
45890--45965	33	2.3	32	84	6	91	42	0	0	57	0.98
45889--45969	36	2.4	33	81	10	92	40	0	0	59	0.98
46114--46167	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
47693--47740	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
47744--47858	21	5.5	21	83	8	153	19	33	24	23	1.97
47714--47850	63	2.2	63	82	10	165	21	35	20	23	1.96
48374--48472	35	2.9	35	87	1	137	54	5	2	38	1.34
48401--48459	28	2.1	29	87	9	86	57	3	1	37	1.25
48375--48482	34	3.1	34	87	1	144	55	5	1	37	1.34
48716--48768	23	2.3	23	100	0	106	35	15	0	49	1.45
48718--48760	14	3.4	14	70	29	51	32	18	0	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48902--49229	128	2.6	128	95	0	584	34	19	24	22	1.96
54022--54269	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
54036--54300	130	2.0	129	81	4	309	38	12	13	34	1.83
54738--54771	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
57983--58022	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
61853--61892	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
63557--63591	10	3.4	10	96	4	61	8	22	8	60	1.54
64167--64205	16	2.3	18	86	8	55	53	7	0	38	1.30
64261--64300	21	1.9	21	100	0	80	40	2	15	42	1.60
64272--64357	35	2.5	35	86	0	109	38	2	19	39	1.65
65471--65717	130	1.9	129	92	0	413	35	14	13	36	1.85
66180--66213	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
66213--66270	30	1.9	30	82	6	73	44	6	1	46	1.40
66335--66377	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
66346--66429	35	2.4	35	83	0	96	36	1	20	41	1.60
76836--76978	21	6.8	21	85	8	136	38	22	20	18	1.93
80845--81070	125	1.8	125	88	1	346	33	18	24	23	1.97
82283--82517	36	6.5	36	83	6	201	37	22	20	19	1.95
82279--82517	72	3.3	72	77	7	259	36	23	20	20	1.95
82270--82517	108	2.3	108	83	4	320	37	22	20	19	1.95
82879--83633	54	13.9	55	85	5	925	33	18	23	24	1.97
89204--89274	33	2.1	34	97	2	135	47	11	14	26	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89081--89431	189	1.8	191	98	1	679	37	4	22	35	1.75
91023--91149	65	2.0	62	86	6	175	21	5	17	55	1.61
92942--92983	18	2.3	19	88	8	61	33	0	0	66	0.92
95620--95649	15	2.0	15	93	0	51	36	13	6	43	1.70
113456--113503	23	2.1	23	92	0	78	37	12	16	33	1.86
113979--114051	23	3.2	23	90	0	110	38	20	5	35	1.76
114421--114483	23	2.7	23	90	0	90	38	19	4	38	1.73
114852--114914	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
113813--115977	430	5.0	431	97	0	4014	39	12	7	40	1.71
115272--115323	23	2.3	22	80	9	59	46	15	1	36	1.57
115282--115344	23	2.7	23	87	0	81	39	15	4	39	1.69
113813--115977	861	2.5	861	97	0	4030	39	12	7	40	1.71
115716--115774	23	2.6	23	91	0	91	38	18	5	37	1.73
116121--116185	25	2.6	25	97	0	121	36	12	10	40	1.78
118645--119320	183	3.7	183	97	0	1230	33	16	14	34	1.90
119701--119773	23	3.2	23	86	7	103	41	21	2	34	1.68
120134--120167	16	2.1	16	88	0	50	23	20	8	47	1.78
121358--121444	3	29.0	3	78	0	93	24	33	5	36	1.79
121358--121461	12	8.7	12	86	0	109	23	32	6	37	1.81
121358--121461	36	2.9	36	89	0	145	23	32	6	37	1.81
121398--121461	18	3.6	18	75	8	67	18	32	9	39	1.83
122923--123895	199	4.9	200	97	0	1803	31	16	15	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122923--123895	399	2.4	399	96	1	1801	31	16	15	36	1.90
124014--124062	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
125861--125926	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
125960--126003	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
128217--128259	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
128222--128268	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
128403--128444	20	2.2	19	84	16	59	14	14	11	59	1.61
128189--128658	181	2.6	180	89	3	703	26	17	14	42	1.87
128725--129219	229	2.2	229	95	1	895	40	7	7	45	1.61
129466--129490	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
130203--130256	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
145526--146122	297	2.0	295	87	1	845	43	16	22	18	1.88
150367--150431	23	2.8	23	90	0	112	33	12	21	32	1.90
150509--151232	199	3.6	198	84	5	815	31	14	14	40	1.85
153699--153743	19	2.4	19	88	0	63	53	6	4	35	1.47
155320--156084	200	3.9	197	84	2	897	31	16	13	38	1.87
155320--156084	397	1.9	397	84	2	1018	31	16	13	38	1.87
160305--161455	200	5.8	200	82	5	1282	32	15	14	37	1.88
161823--161867	19	2.4	19	96	0	81	55	8	2	33	1.43
163415--163453	18	2.2	18	95	0	69	7	35	0	56	1.28
163636--163735	33	3.0	33	95	0	182	25	46	0	29	1.53
163767--163811	21	2.1	21	87	0	63	15	33	8	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164066--164090	6	4.2	6	100	0	50	32	36	0	32	1.58
166439--166490	20	2.6	20	96	0	95	15	21	23	40	1.91
166259--166856	182	3.1	201	82	11	805	26	17	15	41	1.88
166463--166908	182	2.5	181	91	3	702	26	16	15	41	1.88
170142--170174	15	2.2	15	89	10	50	48	3	0	48	1.17
176408--176468	31	2.0	31	86	0	86	16	14	13	55	1.69
177095--177143	24	2.0	24	100	0	98	40	0	8	51	1.32

Tables:   1

The End!