genome.fa.s1933.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003911_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  111224

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3149--3195	20	2.3	20	100	0	94	31	25	4	38	1.75
3957--4000	21	2.2	19	84	8	52	34	4	6	54	1.47
6924--7015	33	2.8	33	86	0	130	35	33	5	25	1.79
8231--8274	21	2.2	19	84	8	52	34	4	6	54	1.47
11198--11287	31	2.8	33	86	3	130	34	35	5	24	1.79
11201--11287	33	2.7	31	85	3	120	33	36	4	25	1.76
12058--12645	316	1.9	313	96	1	1079	29	11	20	38	1.88
13666--13711	19	2.5	18	89	3	65	26	6	0	67	1.15
14021--14056	14	2.5	15	95	4	65	41	0	0	58	0.98
14059--14104	22	2.1	22	100	0	92	36	0	13	50	1.41
14036--14644	54	11.4	54	85	7	635	35	0	12	52	1.40
14168--14210	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
14222--14264	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
14276--14318	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
14194--14644	188	2.4	182	95	2	812	34	0	13	52	1.41
14377--14524	32	5.3	31	69	29	134	35	0	14	50	1.43
14222--14636	134	3.2	128	86	8	545	34	0	13	51	1.41
14410--14452	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
14464--14549	22	3.7	22	74	17	93	34	0	13	51	1.42
14486--14629	74	1.9	76	91	8	238	33	0	14	52	1.42
14592--14634	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
14659--14717	31	1.9	31	89	0	91	45	8	3	42	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16588--16632	22	2.0	22	83	8	56	42	11	8	37	1.72
16658--16704	23	2.1	22	92	7	78	34	4	21	40	1.73
17116--17188	23	3.2	23	86	0	101	35	6	21	35	1.81
17594--17666	23	3.2	23	88	0	101	35	5	19	39	1.75
18069--18141	23	3.2	23	94	0	119	35	5	19	39	1.75
16226--19979	953	3.9	957	92	3	5991	41	7	10	40	1.68
18547--18617	23	3.1	23	81	4	90	33	7	21	38	1.80
19026--19098	23	3.2	23	90	0	101	36	4	20	38	1.72
16658--19979	478	6.9	477	93	1	5479	41	7	10	40	1.68
19441--19485	22	2.1	21	83	4	54	42	8	11	37	1.72
19504--19576	23	3.2	23	96	0	128	35	8	20	35	1.83
20742--20824	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
25506--25588	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
27194--27238	23	2.0	23	86	8	65	51	8	11	28	1.68
29066--29110	20	2.2	20	84	0	54	24	22	17	35	1.95
29231--29312	29	2.8	29	88	1	119	32	13	10	42	1.79
33990--34071	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
41141--41332	106	1.8	106	87	2	287	33	25	18	21	1.96
41630--41734	37	2.9	37	94	1	185	23	21	14	40	1.90
41785--41875	39	2.4	38	89	7	134	47	16	8	27	1.76
47242--47310	21	3.3	21	100	0	138	27	20	18	33	1.96
48044--48341	106	2.8	106	93	1	499	34	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48639--48743	36	2.9	37	92	1	176	24	21	13	40	1.89
48642--48743	37	2.8	36	92	1	168	25	22	12	39	1.90
48794--48884	39	2.4	38	91	7	143	46	16	7	29	1.75
50632--50697	32	2.1	32	100	0	132	24	6	12	57	1.57
51726--52023	106	2.8	106	92	1	490	34	26	18	20	1.96
52341--52406	21	3.4	21	66	25	63	24	19	13	42	1.87
52321--52425	37	2.9	37	91	7	178	23	20	14	40	1.89
52443--52563	33	3.6	33	86	4	125	42	19	9	28	1.81
52405--52528	66	1.9	64	85	4	169	39	20	11	29	1.87
52435--52598	35	4.7	35	83	8	201	43	17	10	28	1.82
54357--54388	7	4.7	7	96	3	57	37	0	0	62	0.95
55230--55264	15	2.2	16	90	5	54	31	2	0	65	1.07
56180--56214	16	2.2	16	89	0	52	77	0	11	11	1.00
57728--57800	2	36.5	2	91	5	121	47	0	2	49	1.15
58333--59951	106	15.3	104	89	3	2308	22	18	25	33	1.97
58333--59951	422	3.8	422	94	1	2629	22	18	25	33	1.97
60686--60735	6	8.7	6	76	24	54	0	16	2	82	0.77
60688--60735	25	2.0	23	88	8	69	0	16	2	81	0.79
60772--60801	15	1.9	15	93	6	51	0	16	0	83	0.65
71139--71173	16	2.2	16	89	0	52	77	0	11	11	1.00
71185--71233	23	2.1	24	85	11	66	71	0	12	16	1.14
71401--71483	2	41.5	2	84	4	87	54	0	4	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72714--72771	2	30.0	2	81	13	68	50	0	3	46	1.18
74013--74191	75	2.4	75	81	3	182	28	6	12	51	1.65
76685--76729	3	14.0	3	86	9	54	66	0	2	31	1.04
76685--76729	23	2.0	22	91	4	72	66	0	2	31	1.04
76860--80068	76	42.4	76	94	0	5636	35	22	19	22	1.96
76860--80068	227	14.1	228	95	0	5636	35	22	19	22	1.96
80740--80794	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
81166--81307	40	3.0	49	70	21	124	25	22	16	35	1.95
81203--81292	40	2.2	40	96	2	162	27	22	15	34	1.94
83427--83764	114	3.0	114	94	0	586	30	20	16	33	1.94
85970--86011	22	2.0	20	86	13	59	4	14	14	66	1.40
93343--93392	3	16.0	3	87	8	73	66	0	2	32	1.03
93343--93392	19	2.7	18	90	6	73	66	0	2	32	1.03
95164--95204	20	2.0	20	100	0	82	34	34	17	14	1.90
96560--96602	21	2.0	21	81	0	50	25	27	27	18	1.98
96630--96667	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
97262--97340	31	2.6	30	80	6	86	29	18	21	30	1.97
97323--97687	30	12.2	30	96	0	651	23	22	23	30	1.99
102185--102237	2	27.5	2	92	7	92	50	0	0	49	1.00
102855--102909	21	2.5	23	82	14	80	25	25	16	32	1.96
105998--106028	15	2.1	15	100	0	62	12	12	6	67	1.40
108872--108940	35	2.0	35	100	0	138	39	20	8	31	1.83

Tables:   1

The End!