genome.fa.s1965.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001965.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003969_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  250570

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
962--1033	23	3.0	25	82	13	82	63	1	0	34	1.03
958--992	17	2.1	17	88	0	52	65	0	0	34	0.93
1129--1228	31	3.3	31	78	9	82	59	0	0	41	0.98
1203--1248	24	2.0	23	82	4	56	58	2	0	39	1.10
1438--1585	60	2.5	60	81	8	160	25	33	25	16	1.96
4083--4126	20	2.1	21	83	8	54	54	9	4	31	1.52
4539--4718	82	2.2	84	81	6	215	37	20	17	25	1.94
4537--4759	42	5.4	41	73	14	154	37	19	18	25	1.94
4591--4864	83	3.3	79	80	10	225	35	16	17	29	1.92
4705--4864	41	3.9	41	86	4	216	35	15	19	30	1.92
4661--4864	82	2.5	83	83	7	238	35	16	18	29	1.93
6197--6293	42	2.3	42	84	10	128	27	16	20	35	1.94
9107--9149	16	2.6	16	85	7	50	74	2	0	23	0.93
9278--9587	155	2.0	155	99	0	611	26	17	14	41	1.88
15580--15622	21	2.0	21	90	0	68	44	25	27	2	1.66
16020--16236	42	5.1	41	85	4	238	34	25	19	20	1.96
16036--16315	43	6.6	42	81	6	251	36	25	16	21	1.94
17854--17896	20	2.2	19	87	4	59	32	37	0	30	1.58
20297--20353	28	2.1	27	83	3	69	59	3	1	35	1.25
20454--20521	32	2.2	32	83	2	84	42	17	19	20	1.89
20503--21272	389	2.0	382	89	2	1173	37	14	12	35	1.84
27230--27277	19	2.5	20	86	3	62	33	12	6	47	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29324--29374	22	2.3	22	83	6	59	23	7	5	62	1.44
34189--34240	20	2.6	20	84	0	59	38	15	26	19	1.91
34658--35089	54	8.0	54	87	2	598	27	18	21	32	1.96
41066--41620	54	10.3	53	88	1	741	29	17	20	32	1.96
43279--43310	12	2.7	12	95	0	55	50	31	3	15	1.60
44142--44178	12	3.0	12	88	4	56	70	18	0	10	1.16
48229--48272	23	2.0	22	82	8	54	63	6	2	27	1.31
57280--57341	22	2.8	22	76	13	74	40	6	16	37	1.74
59731--59800	27	2.5	27	82	11	88	41	2	4	51	1.36
61021--61156	54	2.5	53	86	6	186	21	8	17	52	1.72
62496--62523	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
65716--65742	14	1.9	14	100	0	54	25	7	7	59	1.51
69871--70005	61	2.2	61	95	0	243	30	17	17	34	1.93
71005--71050	22	2.1	22	100	0	92	34	30	13	21	1.91
83051--83182	23	5.4	24	76	19	98	71	0	17	11	1.14
83052--83141	12	7.1	13	67	28	52	71	0	15	13	1.15
83063--83143	10	8.0	10	68	26	55	72	0	14	12	1.11
83080--83186	31	3.6	29	78	15	101	73	0	16	9	1.08
83044--83186	46	3.1	45	76	16	118	71	0	18	10	1.14
83052--83173	8	15.9	8	70	23	68	72	0	16	11	1.13
84017--84091	37	2.1	36	85	7	98	37	18	20	24	1.94
84096--84204	51	2.1	51	89	0	164	31	13	26	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84161--84414	55	4.6	55	79	2	249	29	18	22	29	1.97
93977--94022	20	2.3	20	88	0	65	19	28	21	30	1.98
93986--94027	20	2.1	20	95	0	75	16	23	23	35	1.95
100785--100825	20	2.0	20	90	0	64	26	12	29	31	1.92
104355--104435	29	2.7	30	78	5	83	37	6	1	55	1.33
104411--104510	30	3.5	30	72	18	95	39	4	1	56	1.25
104513--104546	16	2.1	16	88	0	50	55	5	0	38	1.24
104546--104595	26	2.0	26	92	4	84	52	0	4	44	1.20
106909--106938	10	3.0	10	95	0	51	6	10	23	60	1.52
107002--107034	16	2.1	16	94	0	57	6	12	21	60	1.53
107886--107911	10	2.6	10	100	0	52	46	11	19	23	1.82
117182--117280	23	4.3	23	92	0	144	35	24	24	16	1.95
117303--117365	21	3.0	20	81	9	81	31	25	20	22	1.98
117250--117365	42	2.7	42	79	2	133	37	22	18	21	1.94
136607--136642	18	1.9	19	94	5	65	44	8	0	47	1.33
136669--136852	38	4.9	36	77	12	147	46	5	5	41	1.53
137565--137715	65	2.3	65	85	5	191	27	19	23	30	1.98
138768--138816	21	2.3	21	85	0	71	28	16	36	18	1.92
140370--140449	23	3.6	22	76	5	90	23	23	26	26	2.00
140440--140490	20	2.5	20	96	0	93	25	13	23	37	1.92
144682--144753	37	2.0	36	81	8	83	66	0	4	29	1.10
144775--144817	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145175--145279	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
145822--146452	105	6.0	105	89	3	864	21	17	26	34	1.96
146652--146727	36	2.1	36	90	0	116	40	15	21	22	1.90
146627--146946	106	3.1	105	91	3	506	37	11	20	30	1.89
147062--147176	36	3.2	36	72	4	108	44	10	17	27	1.81
147015--147176	72	2.2	74	84	10	208	41	12	17	27	1.87
148316--148852	183	2.9	183	94	0	923	31	20	20	27	1.97
154195--154269	33	2.2	33	85	7	96	69	2	10	17	1.29
154524--154566	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
154925--155026	37	2.8	37	84	0	123	30	13	13	42	1.83
155316--155535	117	1.9	117	81	5	266	28	13	9	49	1.73
157386--157464	35	2.3	35	80	4	88	44	3	7	44	1.50
157492--157543	7	7.9	7	85	8	65	19	1	1	76	0.97
158882--158930	9	5.3	9	81	16	57	18	4	0	77	0.92
158881--158930	24	2.1	23	82	10	57	18	4	0	78	0.91
158892--158987	37	2.7	36	73	19	94	18	10	0	70	1.15
159968--160012	15	2.9	16	86	6	65	26	4	42	26	1.74
162385--162619	90	2.7	89	87	7	331	31	18	18	31	1.95
163715--163975	38	7.3	36	79	10	209	44	6	7	41	1.60
163716--164047	38	9.3	36	73	14	185	43	6	7	42	1.58
163786--163984	33	5.8	33	73	20	115	43	6	7	42	1.57
164065--164111	20	2.2	22	78	17	55	21	4	0	74	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166626--166657	15	2.0	17	88	11	50	31	15	6	46	1.71
172059--172114	29	1.9	29	85	7	78	46	10	0	42	1.38
172067--172122	29	1.9	29	85	7	78	48	8	1	41	1.45
172067--172129	29	2.2	29	83	8	76	52	7	1	38	1.40
172385--172481	3	32.3	3	100	0	194	67	0	0	32	0.91
173070--173102	17	1.9	17	100	0	66	24	18	12	45	1.83
174048--174098	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
178228--178275	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
178654--178705	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
178664--178726	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
179129--179215	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
179474--179510	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
179759--179809	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
180032--180070	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
180073--180124	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
180083--180145	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
180499--180550	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
180509--180571	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
183143--183486	184	1.9	184	92	0	580	33	16	13	35	1.89
184930--185014	3	29.0	3	75	4	75	24	35	4	35	1.77
184932--184965	17	2.0	17	94	0	59	32	35	0	32	1.58
184930--184967	20	1.9	20	94	0	67	31	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184938--185026	41	2.2	41	89	4	135	22	35	6	34	1.81
186469--187992	193	7.9	197	93	4	2569	31	16	15	36	1.90
186469--187992	583	2.6	588	94	4	2638	31	16	15	36	1.90
188113--188161	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
190210--190275	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
192733--192791	19	3.0	19	79	16	66	16	15	13	54	1.72
192841--193280	224	2.0	222	91	4	715	39	7	7	45	1.61
194116--194169	26	2.2	25	83	6	65	42	16	0	40	1.48
194122--194172	26	2.0	26	92	0	84	39	15	0	45	1.47
194216--194276	24	2.5	23	76	5	59	39	18	4	37	1.72

Tables:   1   2