genome.fa.s1976.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001976.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004004_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  915387

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8373--8466	25	3.8	25	97	2	172	27	13	20	38	1.90
8508--8584	37	2.1	37	97	0	145	2	19	42	35	1.65
8625--8688	3	22.0	3	78	12	71	67	1	3	28	1.15
8627--8690	32	2.0	32	90	6	103	65	3	4	26	1.27
13770--13841	29	2.5	29	97	0	135	41	8	15	34	1.77
14273--14334	31	2.0	31	96	0	115	30	12	30	25	1.93
14743--14798	28	1.9	30	82	13	73	41	3	1	53	1.29
14848--14898	23	2.2	23	86	6	68	47	3	1	47	1.32
15761--15805	22	1.9	25	86	13	69	48	8	15	26	1.74
16908--16950	16	2.7	16	77	0	50	37	2	6	53	1.41
25773--25842	12	5.8	12	80	6	79	51	18	15	14	1.77
25771--25879	48	2.3	47	85	3	137	47	17	16	18	1.83
25771--25879	24	4.5	25	78	6	109	47	17	16	18	1.83
38162--38245	28	3.0	28	100	0	168	42	7	14	35	1.73
43869--43925	21	2.8	20	70	17	53	66	1	8	22	1.29
46494--46574	20	3.9	21	75	14	78	29	22	4	43	1.74
49566--49693	66	2.0	62	91	7	204	21	11	14	51	1.74
49587--49717	65	2.0	64	82	5	156	22	14	15	48	1.81
54090--54148	29	2.0	30	90	3	93	40	8	16	33	1.79
55785--55838	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
59502--59635	29	4.6	29	77	4	101	30	6	21	41	1.79
59588--59656	29	2.3	30	82	9	88	33	4	20	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60509--60796	42	6.9	41	90	4	450	19	24	25	31	1.98
60509--60796	84	3.4	83	96	1	504	19	24	25	31	1.98
62190--62214	7	3.6	7	100	0	50	16	44	0	40	1.47
77271--77309	19	2.1	19	85	0	51	35	0	2	61	1.10
80568--80672	46	2.3	45	84	11	126	32	20	19	28	1.96
87158--87203	23	2.0	23	86	0	65	19	23	26	30	1.98
89658--89700	17	2.6	16	78	7	50	34	0	25	39	1.56
91809--91881	36	2.0	37	91	2	121	19	30	30	20	1.97
92447--92586	31	4.5	31	91	0	226	21	18	20	39	1.93
93213--93246	14	2.4	14	90	0	50	20	17	20	41	1.91
94469--94537	23	3.0	22	77	8	75	20	23	23	33	1.97
96851--96922	21	3.3	22	78	5	65	26	25	23	25	2.00
96851--96930	23	3.6	23	73	11	78	28	25	22	23	1.99
98842--98870	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
98917--99000	2	45.0	2	86	13	126	48	0	0	51	1.00
100575--100681	29	3.6	29	66	16	76	29	10	8	51	1.65
100908--100964	24	2.5	23	83	13	73	26	8	8	56	1.59
100917--100965	25	2.0	25	92	4	82	30	8	10	51	1.65
101608--101670	23	2.8	22	83	9	83	15	7	12	63	1.51
101608--101670	22	2.8	23	83	9	85	15	7	12	63	1.51
103728--103870	70	2.0	71	97	2	272	16	23	13	47	1.81
103978--104011	2	17.0	2	93	0	59	0	50	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105776--105817	18	2.3	19	88	8	61	52	2	4	40	1.35
110316--110340	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
119236--119271	19	1.9	19	88	5	56	27	13	25	33	1.94
123794--123857	30	2.1	30	88	0	92	34	26	18	20	1.96
124531--124696	64	2.6	64	82	7	194	25	18	19	36	1.95
125710--125759	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
128423--128476	24	2.2	24	90	0	81	40	18	18	22	1.91
128439--128490	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
129218--129255	16	2.5	16	87	8	53	63	0	5	31	1.17
129263--129306	22	2.0	21	82	4	52	27	11	40	20	1.86
129391--129439	18	2.6	19	83	9	64	36	12	20	30	1.89
129412--129491	41	2.0	40	82	2	97	32	12	22	32	1.91
129432--129544	20	5.6	20	73	15	81	30	13	23	31	1.93
129428--129559	40	3.3	38	73	8	111	28	14	24	33	1.94
129553--129599	20	2.3	20	92	0	76	21	19	23	36	1.95
129512--129644	60	2.2	61	80	6	155	24	15	24	35	1.94
154798--154897	3	32.7	3	79	7	103	39	2	0	59	1.09
154799--154897	15	6.7	15	78	14	116	39	2	0	58	1.10
157277--157329	20	2.7	19	75	16	54	41	0	7	50	1.30
158276--158312	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
166431--166609	41	4.4	42	91	7	298	17	26	24	31	1.97
166431--166639	41	5.1	42	87	9	290	19	25	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166431--166639	40	5.1	42	88	5	304	19	25	23	31	1.98
166431--166675	82	3.0	83	86	5	259	18	25	23	32	1.97
167407--167518	56	2.0	56	100	0	224	33	17	23	25	1.96
169417--169456	20	2.1	19	85	4	53	27	27	27	17	1.98
171125--171189	22	3.0	21	93	2	103	20	24	27	27	1.99
174234--174274	21	2.0	21	85	0	55	29	29	24	17	1.97
174804--174917	59	2.0	57	91	6	185	47	3	13	35	1.60
175983--176051	21	3.2	21	89	6	102	17	26	27	28	1.97
177947--179325	692	2.0	686	97	2	2615	40	5	22	30	1.78
179830--179873	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
181549--181615	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
182547--182775	122	1.9	121	83	4	300	31	15	18	34	1.92
182668--182839	82	2.1	83	86	7	246	31	15	19	33	1.93
182872--182967	41	2.3	42	85	5	133	28	14	22	34	1.94
185516--185599	30	2.8	29	87	3	105	19	10	9	60	1.56
185864--185901	16	2.3	17	81	4	51	26	5	7	60	1.46
186789--186822	16	2.1	16	88	5	50	38	5	29	26	1.80
188928--188975	19	2.6	18	83	3	60	75	10	10	4	1.18
190973--191042	22	3.3	22	78	9	74	30	20	24	25	1.99
191054--191269	103	2.1	102	97	1	407	37	22	13	26	1.91
193725--194067	121	2.8	122	85	4	451	34	24	16	24	1.96
193976--194062	32	2.6	34	77	15	94	34	25	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194150--194394	43	5.6	44	72	11	153	23	30	20	26	1.98
194141--194438	131	2.3	131	86	3	424	22	31	19	25	1.98
195513--195580	29	2.4	29	87	7	95	22	13	7	57	1.60
198523--198578	27	2.0	27	82	3	67	30	5	14	50	1.65
205373--205427	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
207128--207174	25	2.0	25	83	8	62	57	2	12	27	1.47
213748--213820	30	2.5	28	74	10	83	41	9	5	43	1.60
217767--218032	125	2.1	125	96	1	489	67	4	9	18	1.36
220008--220359	43	7.4	43	64	18	155	22	19	23	34	1.96
219985--220573	98	6.0	98	93	2	963	22	19	23	33	1.97
220243--220414	55	3.3	55	65	18	161	22	20	23	33	1.97
221350--221440	47	1.9	47	90	0	146	15	24	15	45	1.84
231764--232030	126	2.1	126	95	2	484	67	4	9	17	1.35
242171--242204	18	1.9	18	88	5	52	64	0	2	32	1.08
244564--244596	16	2.1	16	100	0	66	57	18	12	12	1.64
244662--244720	16	3.7	16	90	0	100	55	22	13	8	1.64
244950--244994	19	2.4	19	96	0	81	20	22	6	51	1.70
245472--245533	24	2.6	25	92	5	94	54	17	12	14	1.70
245485--245532	10	4.4	10	78	19	51	54	20	12	12	1.70
245492--245533	14	3.3	14	75	25	56	52	21	14	11	1.73
246703--246734	6	5.3	6	100	0	64	0	18	46	34	1.49
247360--247509	60	2.5	60	81	6	169	32	22	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247415--247548	60	2.2	60	81	5	146	34	26	2	36	1.72
247679--247799	60	2.0	60	82	6	147	39	0	25	33	1.62
258151--258195	20	2.4	19	82	10	56	26	13	4	55	1.57
258158--258195	20	1.9	20	88	0	58	28	13	5	52	1.61
261744--261816	20	3.7	20	75	14	62	27	28	19	24	1.98
261832--261879	19	2.4	20	75	6	53	22	20	18	37	1.94
262264--262300	19	1.9	19	100	0	74	27	29	5	37	1.79
262655--262763	20	5.3	20	73	7	94	37	20	14	27	1.92
262655--262761	40	2.6	41	79	5	110	38	20	14	26	1.92
262747--262796	20	2.5	20	87	6	75	24	26	8	42	1.82

Tables:   1   2   3   4