genome.fa.s1983.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001983.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004041_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  530088

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12100--12145	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
12492--12789	22	13.5	22	88	1	445	39	0	11	48	1.41
16921--16962	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
17490--17515	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28119--28434	99	3.2	97	71	9	278	25	22	26	25	2.00
29185--30621	108	13.4	108	90	1	2168	25	23	32	19	1.98
34204--34373	60	2.8	60	85	5	236	32	18	17	31	1.94
40779--41763	154	6.2	155	80	9	1006	22	14	22	41	1.89
45549--45822	138	2.0	135	90	3	433	26	10	25	37	1.88
55660--55834	60	2.9	60	83	3	201	40	5	22	32	1.76
68883--68926	20	2.2	20	88	4	63	36	9	27	27	1.87
68941--68975	17	2.1	17	88	0	52	34	11	5	48	1.63
74977--75008	15	2.0	17	88	11	50	56	15	12	15	1.68
77027--77068	14	2.8	15	85	7	59	26	2	2	69	1.13
77253--77347	48	2.0	49	82	2	120	37	9	8	44	1.67
77528--77583	14	3.9	14	73	13	51	30	3	1	64	1.21
77528--77591	30	2.2	28	81	13	76	31	3	1	64	1.19
79859--79901	22	2.0	21	82	13	52	67	4	9	18	1.36
85286--85341	29	1.9	29	96	0	103	12	39	28	19	1.88
85345--85413	33	2.1	33	89	5	104	8	40	23	27	1.84
85360--85438	33	2.4	33	84	0	95	12	34	26	26	1.92
86662--86735	31	2.4	30	75	6	85	54	4	14	27	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88750--88791	9	4.7	9	96	0	75	71	0	0	28	0.86
89452--89538	27	2.9	31	66	13	83	43	13	13	28	1.83
89455--89573	58	2.1	55	90	7	186	43	14	15	26	1.84
93960--93986	14	1.9	14	100	0	54	29	22	33	14	1.94
96652--96720	25	2.9	24	77	14	79	26	15	11	46	1.80
101134--101210	36	2.2	36	84	11	97	19	14	6	59	1.56
101185--101268	44	1.9	43	92	2	141	16	27	9	46	1.78
105653--105714	30	2.1	31	81	6	74	35	4	3	56	1.37
108058--108086	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
116833--116907	32	2.3	34	84	9	93	48	28	1	22	1.59
121521--121568	5	9.2	5	88	6	69	2	22	0	75	0.91
126472--126501	12	2.4	12	94	5	51	46	3	23	26	1.68
131342--131402	25	2.4	25	100	0	122	54	0	18	27	1.44
132391--132443	22	2.4	21	79	17	54	58	3	3	33	1.34
132393--132450	23	2.5	24	73	18	61	60	3	3	32	1.30
133808--133840	16	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
133808--133841	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
137424--137469	24	1.9	24	86	8	67	4	8	17	69	1.31
141845--142006	60	2.7	60	82	4	184	32	18	4	44	1.71
151387--151515	60	2.2	59	81	5	152	34	14	17	33	1.90
166201--166235	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
170353--170381	4	7.2	4	100	0	58	24	27	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182391--182696	158	1.9	157	82	3	382	35	12	15	36	1.85
183138--183176	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
183434--183558	59	2.2	59	88	4	193	48	11	8	32	1.70
184209--184253	21	2.1	21	84	8	56	51	4	11	33	1.58
186612--186645	12	2.8	12	90	0	50	44	0	0	55	0.99
187639--187727	29	3.0	30	73	12	85	44	1	20	33	1.59
191319--191345	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
199219--199264	21	2.2	21	84	0	56	52	4	8	34	1.52
200805--200847	21	2.0	21	100	0	86	44	9	41	4	1.57
205516--205574	27	2.2	27	81	6	66	23	15	18	42	1.88
208760--208807	23	2.1	23	96	0	87	33	33	18	14	1.91
213340--213383	21	2.0	22	86	4	63	56	20	2	20	1.52
214666--214712	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
218258--218310	15	3.4	15	78	5	61	47	11	7	33	1.68
218707--218761	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
218747--218845	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
218840--218879	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
221172--221217	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
221171--221210	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
224367--224552	94	2.0	93	83	6	232	36	16	17	30	1.92
226654--226770	60	2.0	59	84	1	153	31	19	5	42	1.75
227886--227976	31	3.0	30	92	6	148	41	16	6	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229336--229373	18	2.2	18	85	4	51	76	0	10	13	1.02
229418--229446	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
229505--229545	17	2.4	17	84	11	57	65	7	0	26	1.18
229647--229691	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
229740--229777	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
230323--230418	37	2.6	37	89	0	147	32	11	15	40	1.83
231150--232825	106	16.0	106	87	4	2253	23	17	24	34	1.96
234139--234185	21	2.2	22	80	7	60	29	27	27	14	1.96
235900--235965	22	3.0	22	97	0	123	19	27	27	25	1.99
237478--237512	15	2.3	15	100	0	70	14	22	34	28	1.93
244116--244180	27	2.4	27	82	5	69	46	3	18	32	1.65
246417--246499	23	3.7	21	75	15	76	3	12	9	74	1.18
246430--246502	16	4.7	15	74	17	69	2	12	9	75	1.15
246424--246499	22	3.3	23	80	7	91	3	10	10	75	1.18
251086--251126	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
251169--251259	19	4.6	19	70	17	60	61	2	2	34	1.20
251147--251317	67	2.6	66	74	15	167	57	2	4	34	1.34
251719--251822	37	2.8	37	89	0	154	29	15	14	40	1.87
259440--259620	59	3.1	58	81	7	213	33	20	4	40	1.73
259748--259804	30	1.9	29	85	3	78	42	3	22	31	1.71
261646--261729	42	2.0	42	95	0	150	16	23	19	40	1.91
265285--265395	35	3.2	35	94	1	188	51	13	13	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266406--266561	59	2.6	58	76	4	159	32	21	4	41	1.73
269468--269536	29	2.4	29	100	0	138	42	2	5	49	1.41
269474--269523	16	3.3	16	67	16	52	40	4	6	50	1.46
270011--270190	89	2.0	89	90	2	281	41	14	20	23	1.89
271762--271789	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
271829--271872	23	2.0	22	90	4	70	38	11	6	43	1.67
275537--275584	19	2.5	19	75	0	51	62	2	2	33	1.18
279274--279369	40	2.3	40	81	13	124	34	12	16	36	1.87
279659--279732	10	7.1	10	85	8	103	8	10	21	59	1.56
279628--279722	43	2.2	43	84	0	118	9	9	21	60	1.56
279824--279919	40	2.3	40	77	13	106	33	11	16	38	1.85
280323--280355	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
281908--281982	33	2.2	35	88	4	109	53	14	10	21	1.71
283503--283531	13	2.2	13	100	0	58	44	27	20	6	1.77
288183--288224	16	2.6	17	81	7	52	59	4	4	30	1.39
290696--290772	37	2.1	37	83	9	95	46	1	3	48	1.28
297246--297376	19	6.7	19	87	5	156	35	23	9	31	1.88
297246--297357	59	1.9	59	87	3	163	34	24	9	31	1.88
297087--297377	20	14.6	20	78	10	215	36	24	13	25	1.91
298306--298359	24	2.2	24	86	0	72	22	20	16	40	1.91
300613--300648	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
300941--301037	27	3.2	27	68	25	77	54	16	1	27	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300941--301079	64	2.2	64	88	6	205	51	17	0	30	1.51
302438--302509	21	3.5	20	79	7	72	25	19	31	23	1.98
302414--302507	42	2.2	42	87	7	129	23	21	34	21	1.97
302454--302527	21	3.5	20	81	7	76	25	20	32	21	1.97
302414--302533	42	2.9	42	81	6	109	26	20	31	21	1.98
305013--305069	22	2.6	22	82	0	69	22	19	38	19	1.93
305223--305474	20	12.6	20	78	11	198	20	15	24	40	1.90
305223--305416	60	3.2	62	82	10	231	20	14	24	40	1.90
305223--305474	80	3.1	80	84	7	307	20	15	24	40	1.90
321669--321696	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2