genome.fa.s1993.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001993.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004075_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  637348

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12419--12498	1	80.0	1	72	0	61	86	0	13	0	0.58
12416--12498	18	4.8	18	77	18	95	85	0	14	0	0.60
12419--12498	13	5.9	13	79	15	83	86	0	13	0	0.58
12416--12498	23	3.6	23	80	9	98	85	0	14	0	0.60
12419--12499	27	2.7	31	83	14	116	85	0	14	0	0.61
12416--12495	28	2.9	28	88	7	119	85	0	15	0	0.61
12419--12498	10	8.1	10	83	10	103	86	0	13	0	0.58
13622--14238	76	7.9	78	84	10	774	28	11	22	36	1.90
13622--14238	235	2.7	230	87	8	837	28	11	22	36	1.90
14966--15711	107	7.0	110	87	9	930	37	13	18	29	1.89
16029--16065	3	12.7	3	94	5	67	35	0	0	64	0.94
16024--16065	17	2.4	17	92	4	66	38	0	0	61	0.96
19523--19564	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
19914--19938	13	1.9	13	100	0	50	72	12	16	0	1.13
19894--19948	23	2.3	24	78	6	67	78	9	10	1	1.05
19902--19940	10	3.6	10	81	18	51	74	10	15	0	1.07
24123--24164	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
29047--29086	9	4.3	9	82	17	55	65	0	22	12	1.26
29045--29086	13	3.0	14	86	13	68	64	0	21	14	1.29
29039--29086	13	3.6	13	83	10	53	64	0	20	14	1.28
29621--29658	19	2.0	20	89	5	60	39	5	15	39	1.70
33599--33724	47	2.8	45	84	5	155	37	8	23	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37726--37851	47	2.8	45	85	5	164	38	7	23	30	1.84
39333--39389	5	11.0	5	78	17	55	78	1	15	3	0.96
39332--39389	16	3.7	15	74	19	55	79	1	15	3	0.95
39343--39401	24	2.4	25	77	13	59	76	5	15	3	1.10
47019--47079	31	2.0	30	83	3	77	40	1	26	31	1.66
54192--54241	22	2.5	19	75	25	57	54	14	14	18	1.72
55290--55320	14	2.2	14	94	0	53	29	0	32	38	1.57
58125--58162	18	2.1	19	85	14	53	44	2	10	42	1.52
60681--60714	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
67045--67087	20	2.1	21	87	8	63	18	13	0	67	1.23
67044--67093	20	2.5	20	75	15	59	18	18	0	64	1.30
70915--70948	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
72323--72363	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
75770--75820	23	2.3	23	89	3	77	15	17	11	54	1.70
77403--77684	142	2.0	142	90	0	447	39	12	11	36	1.80
80206--80257	23	2.3	23	87	12	81	13	17	11	57	1.64
81746--82027	142	2.0	142	92	0	465	39	13	11	35	1.81
88614--89273	327	2.0	326	86	1	926	28	20	16	35	1.94
95218--95250	16	2.1	16	94	0	57	36	18	3	42	1.66
104929--104961	16	2.1	16	100	0	66	42	6	18	33	1.75
105803--105844	14	3.1	14	89	3	59	23	38	0	38	1.55
110699--110756	24	2.5	23	78	13	57	36	18	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112699--112739	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
113061--113123	33	1.9	33	86	0	90	79	3	12	4	1.01
113059--113145	38	2.4	36	83	9	106	78	4	12	4	1.06
113094--113128	16	2.1	16	89	10	52	80	0	20	0	0.72
117308--117348	22	1.9	21	90	5	64	36	36	2	24	1.69
120965--120989	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
126334--126503	77	2.2	77	81	4	196	27	25	11	35	1.90
126788--127019	59	4.0	59	90	3	362	32	19	13	34	1.91
127376--127521	75	1.9	75	87	2	213	25	25	16	32	1.96
130507--130552	13	3.4	14	76	8	51	43	2	0	54	1.12
130513--130562	13	4.1	12	76	19	50	44	2	0	54	1.11
131462--131528	29	2.3	29	100	0	134	20	13	25	40	1.89
138450--138620	60	2.8	59	82	11	188	48	1	3	46	1.29
140195--140254	16	3.6	16	81	18	61	31	15	11	41	1.82
140261--140319	17	3.5	17	95	0	100	42	15	6	35	1.73
140261--140330	17	4.1	17	90	0	95	42	14	5	37	1.69
140246--140330	34	2.5	34	78	1	98	42	12	5	38	1.68
143359--143411	17	3.1	17	75	0	61	39	11	5	43	1.64
145024--145052	12	2.5	12	94	5	51	17	13	6	62	1.52
146673--146740	17	3.9	17	79	9	66	41	13	5	39	1.68
154956--154993	20	1.9	20	89	10	60	34	0	21	44	1.52
157966--158038	20	3.6	20	83	9	85	38	21	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158840--158883	20	2.2	20	84	4	63	34	15	20	29	1.94
162443--162562	59	2.0	59	91	3	197	30	8	20	40	1.82
163353--163393	19	2.1	19	86	4	55	19	17	31	31	1.95
163449--163492	20	2.1	21	87	4	63	40	18	15	25	1.90
172712--172759	24	2.0	25	84	15	66	18	29	20	31	1.97
175860--175975	35	3.3	35	83	1	151	31	1	37	29	1.68
176488--176551	27	2.4	27	91	0	101	21	12	40	25	1.88
189992--190040	21	2.4	21	77	16	57	38	16	16	28	1.90
194570--194605	14	2.6	14	100	0	72	16	25	0	58	1.38
229419--229464	23	2.0	23	82	4	56	45	32	0	21	1.52
229422--229484	29	2.2	29	85	5	83	44	33	0	22	1.53
246921--246969	17	2.7	17	78	12	53	63	0	28	8	1.23
256157--256200	20	2.1	21	87	8	63	45	6	11	36	1.67
258111--258170	29	2.1	29	96	0	111	21	5	23	50	1.68
266933--266970	18	2.2	18	90	4	60	63	0	26	10	1.27
267812--267856	20	2.1	21	88	8	65	48	4	13	33	1.62
271344--272077	363	2.0	367	97	1	1406	30	20	15	34	1.93
273676--273896	110	2.0	110	100	0	442	32	22	22	22	1.98
276118--276159	18	2.3	18	91	0	66	9	14	57	19	1.64
285047--285177	43	3.1	43	79	10	153	31	20	16	32	1.94
285046--285204	85	1.9	86	82	4	205	30	22	15	31	1.95
285165--285316	44	3.6	42	80	6	157	29	21	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288232--288256	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
292635--292672	16	2.4	16	86	8	51	84	2	13	0	0.73
306936--307027	36	2.6	34	77	13	89	44	2	4	48	1.34
306983--307031	23	2.1	23	77	11	55	44	0	0	55	0.99
322472--322504	13	2.5	13	90	0	57	45	18	0	36	1.49
335048--335177	40	3.2	40	84	2	163	23	16	23	36	1.95
340310--340360	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
341715--341887	90	1.9	90	84	3	231	39	19	16	24	1.92
346150--346348	94	2.1	95	85	0	274	36	13	23	26	1.91
346668--346914	54	4.6	54	90	0	379	35	14	14	36	1.86
350422--350508	6	14.8	6	77	13	83	80	0	19	0	0.71
350416--350510	25	4.1	22	79	14	102	81	0	18	0	0.70
350416--350508	41	2.3	42	84	14	124	80	0	19	0	0.71
352080--352317	75	3.2	74	82	5	286	30	18	13	37	1.90
357773--357905	69	1.9	69	90	3	214	30	17	14	37	1.89
357773--357882	36	3.1	36	67	12	93	29	17	16	37	1.91
358277--358779	134	3.7	134	82	5	595	36	14	21	27	1.93
358277--358779	270	1.9	270	84	3	690	36	14	21	27	1.93
362217--362281	28	2.3	28	81	0	76	33	12	20	33	1.89
366953--367315	43	8.5	43	83	2	347	32	16	22	28	1.96
367151--367315	85	2.0	84	83	6	208	33	16	23	26	1.96
375205--375360	64	2.4	64	87	4	217	29	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
375314--375352	19	2.1	19	90	0	60	30	15	28	25	1.96
375205--375404	64	3.1	63	81	11	196	28	16	24	31	1.96
377555--377731	90	2.0	89	89	1	273	44	6	11	36	1.68
384364--384541	90	2.0	90	89	0	275	46	6	10	36	1.65
385355--385459	35	3.0	35	84	1	129	32	3	34	29	1.76
388140--388263	45	2.8	41	78	14	124	25	20	23	29	1.99
394088--394246	64	2.5	64	87	4	214	29	15	22	32	1.94
395329--395359	16	1.9	16	100	0	62	41	12	0	45	1.42
398656--398690	15	2.3	15	95	0	61	31	8	14	45	1.75
400049--400137	27	3.3	27	75	6	74	28	11	20	40	1.86

Tables:   1   2