genome.fa.s1999.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001999.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004090_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  232417

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3291--3354	27	2.4	27	97	0	119	21	15	23	39	1.92
3323--3364	21	1.9	23	85	9	61	23	14	23	38	1.92
3296--3364	27	2.9	22	71	22	59	23	14	23	39	1.91
3321--3369	21	2.3	22	79	10	57	24	14	24	36	1.93
4390--4637	2	126.0	2	70	16	153	45	3	6	44	1.45
4409--4576	25	6.7	25	73	17	109	47	3	4	44	1.41
4436--4583	73	2.0	73	79	12	158	46	2	4	45	1.38
5169--5211	18	2.4	19	88	7	63	48	0	0	51	1.00
6696--6737	21	2.0	21	81	9	50	23	16	23	35	1.95
7760--7841	13	6.1	13	69	18	51	51	1	4	42	1.31
7785--7839	15	3.2	16	76	19	58	49	1	7	41	1.41
7781--7839	19	3.4	17	73	21	59	49	1	6	42	1.39
7875--7955	13	5.9	14	72	20	57	49	2	7	40	1.44
7767--7909	23	5.6	25	68	20	73	46	4	4	44	1.46
7761--7938	2	89.5	2	68	21	81	48	3	5	42	1.43
7983--8016	2	18.0	2	88	11	54	52	0	0	47	1.00
7983--8016	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
8263--8317	21	2.6	21	85	0	74	20	25	18	36	1.94
8305--8448	20	7.3	20	85	4	186	37	20	18	22	1.94
9303--9356	24	2.3	23	90	6	90	22	18	20	38	1.93
11769--11862	20	4.7	20	85	2	127	34	22	22	21	1.97
11769--11860	40	2.3	40	90	3	150	34	21	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11867--11946	19	4.4	19	74	16	80	50	17	16	16	1.79
12008--12048	20	2.1	20	95	4	75	19	24	19	36	1.95
12082--12154	31	2.4	31	72	25	73	50	20	2	26	1.61
12145--12180	13	2.6	14	86	4	56	50	22	0	27	1.50
13533--13643	42	2.6	42	78	7	125	24	17	37	20	1.93
14123--14172	20	2.4	21	93	3	84	42	26	18	14	1.87
14148--14237	33	2.7	34	77	3	101	47	23	16	12	1.80
14211--14259	20	2.5	20	82	0	62	36	24	18	20	1.94
14266--14418	20	7.8	19	80	17	145	17	20	20	40	1.91
14304--14418	20	5.5	20	84	13	160	18	20	21	40	1.92
16294--16348	20	2.8	20	85	0	74	49	21	16	12	1.79
16389--16440	20	2.6	20	90	0	77	21	21	23	34	1.97
16769--16834	18	3.2	21	72	22	59	18	15	37	28	1.91
17005--17089	38	2.2	39	82	18	106	25	21	20	32	1.97
17027--17089	20	3.2	20	95	4	112	23	22	19	34	1.96
17749--17780	10	3.0	11	90	9	57	46	0	0	53	1.00
18028--18069	19	2.2	19	83	8	50	50	21	0	28	1.49
22962--23035	22	3.5	22	85	8	93	25	28	22	22	1.99
29391--29513	64	1.9	64	85	6	169	25	19	20	34	1.96
32767--32825	22	2.7	22	91	0	91	23	22	23	30	1.99
35813--35846	15	2.3	15	89	0	50	47	11	11	29	1.76
40334--41016	336	2.0	336	97	0	1287	45	16	12	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44034--44143	3	37.0	3	71	13	50	28	5	2	63	1.30
44407--44445	19	2.0	21	90	10	64	28	5	0	66	1.12
44402--44445	22	2.0	21	86	4	61	29	6	0	63	1.20
44656--44708	18	3.0	17	80	5	52	20	0	7	71	1.10
45704--45755	27	2.0	26	84	3	68	13	11	7	67	1.42
55156--55247	47	1.9	48	93	2	159	44	15	25	15	1.85
56018--56681	105	6.3	105	94	0	1114	33	25	18	23	1.97
58739--58777	19	2.0	21	90	10	64	28	5	0	66	1.12
58734--58777	22	2.0	21	86	4	61	29	6	0	63	1.20
63382--63750	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
64432--64478	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
64652--64676	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
66955--67247	19	16.4	19	82	14	374	46	18	20	14	1.83
66983--67269	52	5.4	55	88	8	338	46	17	20	15	1.84
66955--67269	128	2.6	128	87	7	444	46	18	20	14	1.84
67276--67377	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
67484--67520	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
69477--69533	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
69458--69550	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
69421--69555	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
69551--69679	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
69551--69642	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69723--70194	93	5.1	93	98	1	912	46	18	12	22	1.83
69723--70194	185	2.6	185	99	0	926	46	18	12	22	1.83
71899--71955	14	3.7	14	79	20	69	40	24	26	8	1.84
71891--71972	33	2.5	33	91	0	146	45	20	24	9	1.81
71898--71977	19	4.8	18	74	22	68	42	22	25	10	1.84
71989--72043	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
71973--72043	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
71984--72065	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
71996--72084	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
72164--72234	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
72415--72469	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
72614--72806	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
72614--72806	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
72862--72913	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
73759--73820	27	2.3	26	86	8	81	30	8	4	56	1.49
73777--73828	27	2.0	27	88	7	81	34	3	7	53	1.48
75691--75758	29	2.3	29	89	0	118	29	19	23	27	1.98
77881--77940	29	2.1	28	85	11	79	48	0	1	50	1.11
80219--80252	18	1.9	18	88	5	52	35	8	23	32	1.86
81461--81496	18	2.0	18	89	10	56	50	5	0	44	1.25
81465--81537	20	3.6	20	69	1	65	52	2	4	41	1.35
86763--86851	45	2.0	45	97	0	169	25	13	25	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90233--90262	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
93833--93909	20	3.7	20	89	5	109	27	25	24	22	2.00
94194--94224	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
94659--94819	64	2.5	64	78	6	148	27	22	17	31	1.97
99923--99968	10	4.6	10	84	10	67	15	21	28	34	1.94
99922--99960	19	2.0	20	95	5	71	17	20	25	35	1.95
99960--100002	18	2.4	18	84	0	59	16	41	25	16	1.88
100009--100084	29	2.6	29	80	0	80	21	9	27	42	1.83
107112--107164	9	5.4	10	78	13	65	13	18	30	37	1.89
107112--107157	10	4.5	11	79	15	55	13	17	28	41	1.86
107156--107217	31	2.0	31	87	0	88	16	45	22	16	1.85
107177--107228	18	2.9	18	100	0	104	17	50	21	11	1.77
107167--107199	13	2.5	13	95	0	57	15	48	21	15	1.81
107229--107304	29	2.6	29	80	0	80	21	7	26	44	1.79
117103--117133	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
117518--117575	20	2.7	20	86	10	71	27	20	20	31	1.98
118890--118931	22	1.9	22	95	0	75	11	23	40	23	1.88
121572--121608	20	1.9	20	88	5	58	16	27	32	24	1.96
126932--126968	20	1.9	19	89	10	58	18	24	32	24	1.97
128445--128470	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
134342--134384	21	2.2	19	83	8	50	46	16	6	30	1.73
136495--136574	34	2.4	34	73	20	80	66	1	3	28	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136899--136974	33	2.3	34	86	4	109	31	14	19	34	1.92
136915--136985	33	2.2	33	97	0	133	26	11	21	40	1.87
137035--137094	3	19.7	3	86	13	79	68	0	0	31	0.90
137035--137094	26	2.3	27	88	11	90	68	0	0	31	0.90
137441--138569	84	13.7	82	80	4	1031	24	19	24	31	1.98
137424--138568	165	6.9	164	84	4	1344	24	19	24	31	1.98
139740--139991	32	8.0	31	82	9	185	32	19	17	29	1.95
139802--139970	32	5.3	32	94	0	302	31	20	17	30	1.95
139740--139990	96	2.6	94	83	7	319	32	19	17	29	1.95
140772--140846	35	2.1	35	92	0	123	33	29	28	9	1.88

Tables:   1   2