genome.fa.s2012.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002012.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004111_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  773058

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959--1040	35	2.3	34	80	12	94	43	0	3	52	1.18
15610--15740	66	2.0	67	83	4	167	30	10	2	56	1.46
23658--23735	31	2.5	31	87	0	102	37	16	10	35	1.83
29380--29407	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
33567--33601	17	2.1	17	100	0	70	28	5	42	22	1.76
33744--33789	19	2.3	20	78	17	51	45	2	4	47	1.34
34880--34938	31	1.9	31	86	6	84	33	1	3	61	1.23
42606--42742	28	4.9	28	96	0	238	35	28	21	15	1.94
44068--44104	19	2.0	19	89	5	58	5	51	16	27	1.66
46275--46301	12	2.2	12	100	0	54	22	7	37	33	1.82
49126--49195	32	2.1	34	86	5	99	47	4	4	44	1.42
49147--49318	68	2.5	68	77	7	179	47	7	6	38	1.58
58563--58625	13	4.5	13	74	18	54	19	47	17	15	1.83
58541--58631	18	5.2	18	78	16	93	18	48	17	15	1.82
58545--58625	31	2.6	31	86	0	126	18	48	18	14	1.82
58612--58653	8	5.5	8	88	11	70	14	35	26	23	1.93
58615--58654	7	5.4	7	91	8	62	12	35	27	25	1.92
58615--58653	15	2.6	15	100	0	78	12	35	25	25	1.92
63317--63362	9	4.9	9	79	10	56	15	19	30	34	1.93
63389--63451	13	4.5	13	74	18	54	19	47	17	15	1.83
63367--63457	18	5.2	18	78	16	93	18	48	17	15	1.82
63371--63451	31	2.6	31	86	0	126	18	48	18	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63438--63479	8	5.5	8	88	11	70	14	35	26	23	1.93
63441--63480	7	5.4	7	91	8	62	12	35	27	25	1.92
63441--63479	15	2.6	15	100	0	78	12	35	25	25	1.92
101581--101673	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
101578--101673	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
101600--101734	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
101662--101756	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
101944--101987	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
102251--102288	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
103604--103648	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
104121--104187	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
104176--104233	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
104160--104250	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
104121--104255	19	7.6	19	71	19	85	42	23	20	12	1.86
104262--104372	32	3.4	32	97	1	204	9	18	24	46	1.79
104262--104413	14	8.9	18	73	18	121	11	20	24	44	1.84
104357--104411	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
106278--106313	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
106862--106897	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
108112--108170	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
108345--108369	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
110658--110755	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110658--110751	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
110751--110793	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
110779--110812	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
110933--110969	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
112323--112389	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
112323--112444	42	2.9	41	79	8	104	22	18	36	22	1.95
114438--114578	19	7.8	19	69	17	86	43	19	24	13	1.86
114463--114561	33	3.0	33	89	1	144	39	21	26	13	1.90
114533--114583	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
114579--114645	19	3.5	19	83	2	80	10	16	23	49	1.77
115166--115259	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
115187--115321	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	37	1.94
115248--115340	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
115248--115343	41	2.3	41	98	0	183	18	23	17	39	1.92
143048--143114	33	2.0	34	91	2	109	22	7	28	41	1.80
146156--146249	44	2.1	44	82	0	116	36	15	19	28	1.93
146846--146910	23	2.8	23	80	0	76	21	24	21	32	1.98
150858--150915	20	2.9	20	92	0	89	22	22	8	46	1.79
161498--161658	60	2.7	60	77	2	137	42	8	16	32	1.78
167638--167696	19	3.1	19	72	18	59	50	5	5	38	1.46
170768--170797	4	7.5	4	92	0	51	46	23	3	26	1.68
171945--171985	16	2.4	17	84	12	57	56	2	4	36	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175200--175232	17	2.0	17	94	5	59	39	18	24	18	1.92
178496--178541	24	2.0	23	82	4	56	21	4	4	69	1.24
183228--183330	51	2.0	52	96	1	190	38	10	21	29	1.87
187127--187302	60	2.9	61	83	3	214	32	25	4	38	1.76
192931--193002	2	36.5	2	97	2	137	48	0	0	51	1.00
202812--202873	22	2.7	22	78	14	72	17	11	24	46	1.81
205671--206035	181	2.0	181	96	0	667	24	25	13	36	1.92
206676--206702	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
207634--207696	22	2.7	23	77	20	69	19	11	22	47	1.80
211571--212185	314	2.0	315	89	1	939	41	17	16	25	1.89
212234--212258	12	2.1	12	100	0	50	60	16	16	8	1.58
212299--212384	34	2.5	34	94	0	154	18	16	18	46	1.84
212619--214147	509	3.0	509	96	0	2851	36	15	20	28	1.93
219546--219604	19	3.1	19	72	18	59	50	5	5	38	1.46
220553--220581	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
227543--227574	16	2.0	16	100	0	64	37	18	25	18	1.94
234408--234510	51	2.0	52	96	1	190	38	10	21	29	1.87
238115--238290	60	2.9	61	83	3	205	32	23	4	39	1.75
248790--248829	19	2.0	20	85	4	55	15	7	5	72	1.24
249556--249655	35	2.8	37	81	6	123	38	14	16	32	1.88
250079--250111	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
250218--250253	18	2.1	18	89	5	56	25	8	0	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254022--254119	16	6.3	15	72	17	60	76	8	14	1	1.06
254758--254808	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
255207--255242	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
255807--255878	37	1.9	37	88	5	110	29	18	11	41	1.84
256531--257893	105	13.0	105	83	6	1450	33	25	19	21	1.97
258354--258453	35	2.7	35	86	6	119	38	15	16	31	1.89
258959--258996	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
259007--259042	18	2.1	18	89	5	56	25	8	0	66	1.19
265500--265560	23	2.9	21	85	7	70	21	36	26	16	1.94
265543--265580	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
272703--272736	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
273487--273518	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
278546--278588	19	2.2	20	87	4	61	65	4	2	27	1.25
283501--283574	31	2.4	31	88	0	103	31	25	8	35	1.85
286299--286892	314	1.9	314	86	0	846	39	17	17	25	1.91
286970--286996	12	2.2	12	100	0	54	55	18	18	7	1.65
288436--288460	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
293218--293281	28	2.3	28	100	0	128	37	25	15	21	1.93
305909--305977	9	7.3	9	76	9	66	15	27	28	27	1.96
305909--305971	19	3.3	19	82	10	67	15	25	30	28	1.96
305908--305977	29	2.4	29	85	2	88	17	27	28	27	1.97
305974--306038	22	3.0	22	88	0	103	20	46	21	12	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306032--306058	7	3.9	7	100	0	54	14	25	29	29	1.95
313580--313613	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
317104--317143	20	2.0	20	90	0	62	20	15	20	45	1.86
317187--317233	12	3.7	12	81	15	58	44	19	19	17	1.87
319523--319562	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
319551--319692	33	4.6	33	79	14	160	32	7	14	45	1.74
320083--320131	15	3.1	15	75	11	53	24	14	14	46	1.81
320222--320253	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
328699--328750	27	2.0	27	84	3	70	51	0	5	42	1.25
328780--328824	23	2.0	23	90	0	72	44	0	2	53	1.13

Tables:   1   2   3