genome.fa.s2061.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002061.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004198_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  345124

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8044--8128	3	27.7	3	83	4	71	54	1	0	44	1.07
8069--8127	21	2.8	21	89	0	91	54	0	0	45	0.99
9386--9499	60	1.9	60	83	3	149	33	8	12	45	1.72
9848--9884	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
10633--10746	20	5.6	20	65	4	66	21	22	21	34	1.97
10608--10759	41	3.7	41	95	0	268	25	21	21	32	1.97
10886--10963	6	12.5	6	81	11	77	30	48	14	6	1.68
10877--10930	28	1.9	28	100	0	108	35	42	11	11	1.76
11448--11478	6	5.2	6	100	0	62	32	0	32	35	1.58
11577--11711	41	3.3	41	89	0	198	35	23	19	21	1.96
11683--11732	21	2.4	21	96	0	91	32	30	14	24	1.94
11649--11773	62	2.0	62	93	0	214	35	24	16	24	1.95
11659--11858	82	2.4	82	81	3	188	37	23	17	22	1.94
11609--11814	103	2.0	103	92	0	340	35	23	16	24	1.95
11708--11858	41	3.7	41	95	1	259	36	22	17	23	1.95
11749--11855	21	5.2	21	67	4	83	35	23	17	23	1.95
11762--11834	20	3.6	20	70	3	74	39	23	19	17	1.92
11577--11855	144	1.9	144	93	0	477	35	23	17	22	1.95
13762--13786	7	3.6	7	100	0	50	56	0	44	0	0.99
14571--14685	30	3.8	30	97	0	212	40	13	6	39	1.70
22059--22114	24	2.3	24	100	0	112	14	28	7	50	1.69
28342--28434	38	2.4	38	90	0	150	22	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952--29019	35	1.9	35	100	0	136	22	32	27	17	1.96
28948--29012	20	3.5	20	65	26	61	24	29	32	13	1.94
35046--35141	38	2.5	38	88	3	140	23	28	22	25	2.00
35048--35109	17	3.4	17	70	23	54	24	32	22	20	1.98
35665--35736	36	2.0	36	91	5	119	19	29	33	18	1.95
39890--39940	18	2.7	19	76	17	61	27	27	13	31	1.94
44636--44687	26	2.0	26	92	0	86	36	13	28	21	1.91
51049--51116	20	3.5	20	85	4	84	38	11	19	30	1.87
53085--53353	45	6.0	46	84	3	332	27	18	9	44	1.81
53082--53353	90	3.0	91	86	1	386	26	18	10	44	1.82
53097--53353	135	1.9	136	87	2	383	27	18	9	44	1.81
60176--60304	45	2.9	45	89	2	197	25	17	11	45	1.82
67539--67567	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
67778--67821	21	2.1	21	83	8	54	50	11	2	36	1.51
69435--69477	20	2.2	20	87	4	61	9	13	11	65	1.48
79851--79902	20	2.6	20	87	0	68	30	9	15	44	1.78
82381--82485	51	2.1	51	100	0	210	32	15	15	37	1.88
90719--90764	20	2.3	20	85	7	58	39	10	17	32	1.84
91595--91640	15	3.4	14	80	11	51	28	2	0	69	1.00
94549--95744	105	11.4	105	92	0	1924	23	18	25	32	1.97
96565--96613	1	49.0	1	79	0	53	0	0	10	89	0.48
96558--96612	7	7.9	7	80	15	60	0	0	12	87	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96549--96613	22	3.0	21	81	4	67	0	3	12	84	0.73
96558--96613	8	7.6	8	80	15	59	0	0	12	87	0.54
96558--96613	14	3.9	14	82	13	69	0	0	12	87	0.54
103734--103781	14	3.2	15	80	16	55	72	8	6	12	1.26
111638--111677	15	2.6	15	88	4	53	42	0	2	55	1.13
113925--114256	43	7.8	43	78	10	209	34	21	20	24	1.97
113917--114272	128	2.8	125	79	9	367	34	21	20	23	1.96
113985--114272	85	3.4	83	82	9	330	33	22	21	22	1.97
117262--117626	42	8.8	41	80	7	337	32	18	20	29	1.96
117262--117595	83	4.0	83	88	1	438	33	18	20	28	1.96
125919--125986	27	2.5	27	95	2	118	45	10	33	10	1.72
128239--128366	21	5.8	22	75	12	102	19	18	25	36	1.94
131876--131933	19	3.1	19	90	5	82	41	13	17	27	1.87
132653--132765	23	5.0	23	81	7	115	17	25	23	33	1.96
134373--134429	3	18.7	3	78	3	60	36	1	0	61	1.07
136601--136657	28	2.2	26	87	9	80	35	5	0	59	1.20
136601--136657	26	2.2	26	84	9	71	35	5	0	59	1.20
138273--138311	20	2.0	20	84	0	51	17	10	7	64	1.48
144756--144908	54	2.9	54	86	1	200	37	13	23	25	1.92
145271--145325	22	2.5	22	100	0	110	40	9	9	41	1.68
146040--146721	45	15.1	45	93	1	1107	23	23	18	35	1.96
151593--151622	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152625--152670	21	2.2	21	92	0	74	45	28	0	26	1.54
153085--153137	23	2.3	23	96	0	97	32	16	9	41	1.81
155461--155688	5	46.8	5	91	8	382	59	0	0	40	0.97
156272--156391	59	2.0	59	79	9	129	45	21	13	20	1.85
159411--159764	41	8.8	41	85	2	441	27	20	17	34	1.95
163274--163673	42	9.4	43	80	5	384	26	19	19	34	1.96
163243--163673	85	5.1	85	78	6	397	26	19	19	34	1.96
163263--163648	127	3.0	126	82	4	454	27	19	18	33	1.96
165870--165899	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
170377--170432	29	1.9	29	88	0	85	44	1	51	1	1.22
171952--172281	164	2.0	161	84	5	423	26	21	9	41	1.84
176571--176613	20	2.2	20	91	0	68	51	20	11	16	1.75
176736--176783	22	2.2	22	88	0	69	20	41	12	25	1.87
177090--177120	14	2.2	14	94	0	53	48	25	19	6	1.72
177126--177218	20	4.7	20	98	0	177	10	20	20	48	1.79
178315--178348	16	2.1	16	94	0	59	17	2	20	58	1.51
180961--181003	21	2.0	21	86	8	61	23	2	25	48	1.62
181394--181422	15	1.9	15	100	0	58	34	6	31	27	1.83
182057--182144	7	12.7	7	82	2	106	29	0	30	39	1.57
182136--182183	21	2.3	21	100	0	96	10	8	41	39	1.69
186604--186650	18	2.6	18	96	0	85	31	29	10	27	1.90
208677--208708	12	2.6	13	80	19	50	53	0	6	40	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212180--212225	21	2.2	21	88	0	65	23	21	13	41	1.88
214675--214715	22	1.9	22	85	5	57	21	31	12	34	1.91
218993--219386	41	9.4	40	72	9	252	33	18	11	36	1.87
219016--219252	82	2.9	82	79	4	280	34	18	10	35	1.86
219192--219285	47	2.0	47	93	0	161	31	21	9	37	1.86
219110--219367	129	2.0	129	88	3	385	33	18	11	36	1.86
219239--219443	82	2.5	82	93	0	338	35	18	11	35	1.86
219028--219421	211	1.9	211	88	1	592	34	18	10	36	1.86
219275--219412	41	3.4	41	70	4	125	36	19	10	34	1.86
219239--219436	41	4.8	40	70	4	117	34	18	11	36	1.86
221117--221149	14	2.4	14	100	0	66	42	12	0	45	1.41
226885--226923	20	1.9	21	84	5	53	51	0	2	46	1.14
228935--229201	128	2.1	128	88	0	390	32	11	15	40	1.84
229458--229487	14	2.1	14	93	0	51	3	13	26	56	1.52
229468--229513	24	1.9	24	90	0	74	10	15	19	54	1.70
230413--230650	45	5.3	44	86	7	302	40	12	23	23	1.88
233420--233476	21	2.7	21	76	10	62	0	43	1	54	1.10
234334--234406	30	2.4	30	86	0	101	23	21	35	19	1.96
235177--235235	30	2.0	30	96	0	109	16	38	23	20	1.92
239113--239174	30	2.1	30	96	0	115	24	4	22	48	1.70
242614--242926	66	4.7	67	83	3	341	39	13	22	25	1.90
242811--243028	102	2.1	101	88	0	328	37	11	22	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242911--243094	65	2.8	65	89	0	269	37	11	21	29	1.89
242745--243120	167	2.2	168	89	0	574	37	12	21	28	1.90
243041--243233	37	5.3	36	76	8	140	36	10	17	35	1.84
243070--243232	36	4.5	35	75	10	130	36	9	17	36	1.83
243078--243233	74	2.1	74	85	4	210	35	8	17	37	1.82
245579--245646	28	2.4	29	83	9	79	45	14	26	13	1.82
245610--245646	13	2.6	15	79	16	51	45	10	29	13	1.77
248816--248860	17	2.6	17	96	0	81	8	28	20	42	1.82
249275--249304	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
251621--251658	17	2.2	17	95	0	67	34	10	15	39	1.82

Tables:   1   2