genome.fa.s2062.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002062.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004205_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  357801

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3885--3922	19	2.0	20	85	10	53	31	0	7	60	1.25
8624--8758	68	2.0	68	100	0	270	28	19	11	40	1.87
13083--13217	68	2.0	68	94	0	234	30	17	11	40	1.85
15111--15158	22	2.2	22	96	0	87	35	20	20	22	1.96
16262--16307	23	2.0	23	83	12	58	47	19	0	32	1.50
23027--23592	282	2.0	282	98	0	1096	34	13	12	38	1.83
28040--28141	18	5.5	18	68	23	52	41	2	0	54	1.22
28094--28150	2	29.0	2	76	16	57	45	3	0	50	1.18
28688--29378	219	3.2	216	86	9	904	45	6	7	39	1.60
30291--30338	21	2.2	21	92	3	78	35	6	18	39	1.76
30305--30371	33	2.1	32	88	5	100	38	4	17	38	1.70
30336--30399	23	2.8	23	90	0	101	35	4	21	37	1.75
30283--30394	54	2.1	53	93	6	190	36	5	18	39	1.74
30757--30800	21	2.1	21	83	8	54	43	13	11	31	1.80
30810--30873	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
31359--31405	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
32144--32205	23	2.8	23	82	4	83	35	4	20	38	1.74
32616--32679	23	2.8	23	85	0	92	35	4	20	39	1.73
31619--34941	476	7.1	477	92	5	5393	41	7	10	40	1.69
33539--33601	22	2.8	23	90	2	101	36	4	22	36	1.75
34010--34071	23	2.8	23	87	4	92	35	4	22	37	1.76
34485--34548	23	2.8	23	87	0	92	37	4	20	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35122--35180	31	1.9	31	100	0	118	16	20	16	45	1.85
35870--35937	34	2.0	34	100	0	136	23	8	32	35	1.86
42211--42256	23	2.0	24	83	12	60	23	34	0	41	1.55
43201--43243	20	2.1	21	86	4	61	69	0	2	27	1.00
44770--44924	15	9.5	15	71	21	107	45	0	3	50	1.17
44974--45231	32	8.7	31	79	18	309	36	0	11	51	1.44
45061--45103	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
45092--45208	14	7.5	14	66	20	63	36	0	8	53	1.37
45106--45194	18	5.4	18	64	20	68	34	1	11	52	1.44
44904--45419	284	1.8	284	96	0	951	35	0	11	52	1.42
45178--45328	80	1.9	80	94	0	266	33	0	13	52	1.46
45258--45365	32	3.7	32	73	23	128	36	0	11	52	1.37
45352--45424	18	4.1	17	66	27	53	36	1	8	53	1.39
44975--45451	54	8.6	54	86	9	553	35	0	11	52	1.42
45466--45524	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
51646--51674	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
56683--56727	20	2.3	20	96	3	83	37	11	17	33	1.85
57784--57831	21	2.3	20	79	10	53	50	12	12	25	1.75
62099--62209	58	1.9	58	94	0	195	30	28	9	30	1.89
69049--69075	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
71863--71910	23	2.1	23	100	0	96	35	12	16	35	1.87
82935--82984	20	2.5	20	78	12	59	40	4	2	54	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82921--82988	31	2.2	31	86	2	91	41	2	2	52	1.31
83710--83791	11	8.1	10	72	20	55	52	3	0	43	1.18
83706--83791	30	2.8	30	76	13	86	52	3	0	44	1.18
83710--83758	20	2.6	19	87	12	66	53	2	0	44	1.12
83710--83762	21	2.6	21	80	14	58	54	1	0	43	1.11
83715--83791	30	2.5	32	79	8	97	51	3	0	44	1.19
84366--84455	13	7.2	13	71	21	59	61	0	2	36	1.09
84375--84447	16	4.4	16	76	13	58	63	0	0	36	0.95
84540--84577	11	3.5	11	85	10	51	60	0	0	39	0.97
84542--84576	14	2.5	14	86	13	54	60	0	0	40	0.97
84748--84791	18	2.4	18	92	0	70	20	45	2	31	1.64
86927--86980	22	2.5	22	100	0	108	51	7	3	37	1.48
102580--102652	36	2.0	36	84	10	96	49	2	1	46	1.24
105860--105909	11	4.7	11	74	16	52	44	0	0	56	0.99
112040--112151	37	3.2	35	79	10	104	35	4	16	42	1.69
116653--116713	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
116645--116763	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
123689--123755	27	2.5	27	87	4	91	58	1	1	38	1.17
125541--125634	30	3.2	30	79	11	81	50	1	1	47	1.15
125552--125638	14	6.2	14	69	9	52	47	1	1	50	1.16
125566--125634	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
125646--125685	21	1.9	21	94	0	71	40	12	20	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125714--126128	183	2.3	182	92	0	670	28	15	12	43	1.83
126008--126508	112	4.5	112	93	0	853	24	15	14	45	1.83
126008--126669	223	3.0	222	89	4	984	25	14	14	45	1.82
126405--126601	93	2.1	93	97	0	369	23	15	13	47	1.81
126294--126669	205	1.8	203	91	3	621	25	13	13	47	1.80
127108--127146	16	2.5	16	87	4	53	35	23	5	35	1.77
138143--138196	22	2.5	22	93	6	92	12	24	0	62	1.30
146189--146220	10	3.3	10	95	4	57	0	6	0	93	0.34
146253--146366	37	3.1	35	79	16	124	30	2	0	65	1.12
146284--146503	4	54.5	4	71	18	68	23	4	0	70	1.11
146305--146390	34	2.5	34	79	9	95	29	2	0	68	1.02
146268--146429	42	4.1	40	77	18	137	27	3	0	68	1.09
146268--146381	37	3.0	35	75	21	106	31	2	0	65	1.06
146370--146504	5	26.8	5	70	19	59	20	5	1	73	1.10
146313--146464	42	3.7	41	77	16	104	21	5	1	71	1.15
146903--147428	261	2.0	263	98	0	1020	25	14	17	42	1.87
149805--149846	15	2.8	14	86	13	57	83	2	11	2	0.84
149821--149857	19	2.0	18	94	5	65	78	5	10	5	1.08
149929--150066	69	2.0	69	97	0	258	38	21	13	26	1.91
150992--151111	32	3.8	32	81	6	127	30	14	20	35	1.92
151690--151960	106	2.6	106	90	0	416	35	25	17	22	1.95
152213--152369	64	2.4	64	82	5	192	29	19	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152382--152528	65	2.3	65	86	4	199	26	19	13	40	1.88
152280--152471	102	1.9	102	86	6	273	25	17	14	43	1.86
152132--152655	167	3.2	166	92	1	827	28	17	12	41	1.86
152431--152813	102	3.8	101	82	5	391	29	17	13	39	1.88
152612--152684	37	2.0	37	84	10	96	28	17	15	38	1.90
152700--152775	36	2.1	36	82	0	89	26	19	14	39	1.90
152841--152949	36	3.1	36	78	4	123	23	20	15	40	1.91
153821--153857	19	1.9	19	88	0	56	35	29	13	21	1.92
153883--153957	20	3.8	20	71	7	71	29	21	20	29	1.98
153902--154037	20	6.7	20	74	9	105	38	16	16	27	1.91
153942--154036	21	4.7	20	80	8	102	41	15	15	27	1.88
153942--154036	41	2.3	41	83	3	111	41	15	15	27	1.88
153901--154031	61	2.1	61	81	5	149	38	16	16	27	1.91
154482--154572	19	4.4	20	73	17	87	30	26	5	37	1.79
155163--155187	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
155177--155318	22	6.4	21	69	21	87	29	2	1	66	1.11
155171--155299	44	3.1	41	81	10	129	31	2	0	65	1.11
155237--155441	9	22.3	9	68	20	65	21	5	0	71	1.13
155140--155318	44	4.8	37	72	18	115	30	1	1	65	1.12
160170--160224	18	3.0	19	75	15	53	65	7	14	12	1.46
186009--186038	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
188214--188308	26	3.7	26	98	0	181	58	3	33	4	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192319--192345	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
199256--199292	17	2.1	18	90	5	58	13	37	8	40	1.74
200447--200799	176	2.0	177	99	0	699	32	20	18	29	1.96
201466--201519	20	2.7	21	72	11	51	44	1	3	50	1.30
201467--201558	45	2.1	43	83	4	112	44	1	3	51	1.25
201512--201593	34	2.3	37	81	14	100	43	1	1	53	1.16
201640--201683	21	2.1	21	86	0	61	52	2	0	45	1.13
201669--201703	17	2.1	16	89	5	52	48	0	0	51	1.00
201913--202064	77	2.0	77	100	0	304	40	13	14	32	1.84
203362--203769	218	1.9	219	98	1	793	22	25	8	42	1.82

Tables:   1   2