genome.fa.s213.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000213.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000376_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150623

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1037--1084	21	2.3	21	96	0	87	43	37	10	8	1.69
2388--3251	225	3.9	223	75	6	710	28	16	21	32	1.95
4271--4395	43	3.1	41	79	10	139	14	19	17	48	1.81
5947--6002	15	3.7	15	79	11	60	42	19	7	30	1.78
16762--16801	21	1.9	21	84	0	53	27	7	2	62	1.35
17407--17440	16	2.1	16	88	0	50	17	17	0	64	1.29
31794--31878	32	2.7	32	78	10	93	41	29	9	20	1.83
35434--35488	12	4.5	12	93	4	92	43	0	0	56	0.99
35431--35487	25	2.3	25	96	0	105	42	0	0	57	0.98
41167--41331	74	2.2	75	90	2	251	30	26	18	24	1.98
47082--47183	44	2.3	44	83	6	118	30	19	16	33	1.94
47668--47704	14	2.8	13	91	4	56	37	16	2	43	1.62
54335--54391	20	2.8	20	86	0	78	40	17	17	24	1.91
54354--54958	197	3.1	195	85	4	804	40	13	16	29	1.86
54731--54781	20	2.4	21	80	9	59	47	9	13	29	1.75
57033--57083	18	2.8	18	93	0	84	33	0	23	43	1.54
57550--57587	21	1.9	20	84	10	51	28	10	15	44	1.80
58269--58324	16	3.6	15	85	4	67	46	23	16	14	1.83
65532--65559	9	3.1	9	100	0	56	32	0	0	67	0.91
65588--65658	34	2.0	36	86	5	101	57	12	7	22	1.59
65619--65674	24	2.3	24	84	0	67	48	16	10	25	1.78
67172--67241	20	3.6	19	86	5	86	38	7	18	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67855--67942	31	2.8	31	84	0	113	35	22	17	25	1.95
69279--69326	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
69366--70026	330	2.0	330	96	2	1222	38	11	8	42	1.70
70079--70141	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
70545--70628	39	2.2	39	95	0	150	16	14	20	48	1.80
70886--70922	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
71310--71360	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
71556--71621	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
74083--74423	183	1.9	181	92	1	574	33	16	14	35	1.89
74728--74765	20	1.9	20	88	0	58	50	7	13	28	1.69
75847--75921	3	25.0	3	76	0	69	24	34	6	34	1.81
75851--75939	12	7.4	12	81	0	79	21	33	7	37	1.82
75851--75942	18	5.1	18	74	0	67	20	33	7	38	1.81
75863--75939	36	2.1	36	87	0	109	20	33	9	36	1.85
77399--78555	196	5.9	196	97	1	2135	31	16	15	36	1.90
78674--78721	19	2.6	18	90	3	69	56	10	2	31	1.45
80509--80572	32	2.0	32	90	0	101	23	50	0	26	1.50
80606--80670	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
82898--82940	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
83072--83116	19	2.3	20	85	14	67	17	17	11	53	1.72
83180--83628	229	2.0	228	94	0	790	39	7	7	44	1.61
84406--84464	23	2.5	23	81	10	66	52	3	0	44	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84954--84995	21	2.0	20	90	9	66	40	0	21	38	1.53
84954--85004	22	2.3	21	84	15	68	41	0	19	39	1.52
85685--85735	21	2.4	21	80	0	66	13	19	33	33	1.91
86595--86726	40	3.4	38	70	25	116	34	2	9	53	1.45
86561--86742	75	2.4	75	84	1	231	34	4	9	52	1.54
88344--88371	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
92997--93046	23	2.2	23	96	0	91	36	22	8	34	1.83
93065--93109	22	2.0	22	86	0	63	37	11	11	40	1.76
93465--93537	23	3.2	23	90	0	110	39	20	5	34	1.76
93956--94028	23	3.2	23	83	11	96	39	19	5	35	1.75
94444--94516	23	3.2	23	94	0	119	39	21	4	34	1.73
92997--96031	488	6.2	490	96	0	5485	40	11	7	40	1.70
94933--95005	23	3.2	23	94	0	119	41	21	2	34	1.68
92594--96031	977	3.5	979	94	1	5950	40	11	7	41	1.69
95422--95494	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
95910--95982	23	3.2	23	86	0	101	38	17	5	38	1.73
96065--97237	200	6.0	188	76	14	1002	31	18	14	36	1.91
96166--96808	200	3.2	200	95	0	1169	30	18	14	36	1.91
96166--97187	379	2.6	379	92	3	1657	30	18	14	36	1.91
96617--97187	179	3.1	179	86	6	746	31	19	14	35	1.92
96065--97235	579	2.0	583	92	1	1931	31	18	14	36	1.91
97388--97436	19	2.6	19	90	0	80	55	8	2	34	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99221--99281	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
99315--99379	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
101604--101650	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
101785--101831	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
101571--102045	181	2.6	181	89	1	709	27	17	13	41	1.86
102196--102221	11	2.4	11	100	0	52	38	23	7	30	1.83
103548--103578	16	1.9	16	93	0	53	41	19	9	29	1.83
103936--104595	182	3.6	182	89	2	970	42	13	17	26	1.86
106551--106599	24	2.1	24	85	7	66	48	0	8	42	1.32
107055--107121	33	2.0	33	94	0	116	31	0	44	23	1.54
107270--107308	18	2.2	18	100	0	78	56	0	38	5	1.22
108865--108909	19	2.4	19	92	0	72	33	2	11	53	1.49
109358--110113	201	3.8	193	84	8	916	37	14	14	33	1.87
110418--110446	15	1.9	15	100	0	58	27	37	6	27	1.82
111606--111639	6	5.7	6	89	0	50	44	2	32	20	1.67
112952--112988	18	2.1	18	94	0	65	29	5	13	51	1.63
112944--112996	24	2.2	24	82	0	61	33	3	15	47	1.63
116628--117820	198	6.0	200	87	2	1566	40	13	15	30	1.86
119382--119429	19	2.5	19	96	0	87	31	6	10	52	1.60
120926--121129	58	3.5	59	76	11	222	36	11	23	28	1.89
120927--121176	117	2.1	117	87	2	351	36	10	22	30	1.88
123437--123461	9	2.8	9	100	0	50	24	12	40	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137675--137937	58	4.5	59	80	11	281	37	11	21	29	1.88
137675--137767	30	3.1	30	64	23	79	36	10	23	29	1.89
137735--137996	118	2.2	118	80	7	295	38	11	19	30	1.87
137928--138039	59	1.9	59	87	3	163	37	10	16	35	1.83
138201--138234	17	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
138546--138605	11	5.5	11	91	0	84	30	5	30	35	1.79
141310--141789	200	2.4	200	87	3	655	39	13	15	31	1.86
142315--142381	29	2.3	29	84	0	80	26	16	5	50	1.68
142493--142521	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
142422--142715	123	2.4	123	87	3	423	23	16	14	45	1.84
142763--142850	45	2.0	44	88	6	133	23	10	3	62	1.42
143587--143647	24	2.5	26	81	7	74	18	6	1	73	1.12
144426--144657	117	2.0	118	82	3	290	30	12	5	51	1.62
148584--148691	29	3.6	30	81	7	123	36	24	18	21	1.95
149452--149607	64	2.5	63	76	11	158	26	19	19	34	1.95

Tables:   1

The End!